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ABSTRACT
Previous work has shown that polymerase chain reaction (PCR-based DNA identity testing is feasible on formalin-fixed paraffin-embedded tissues and slides. However, procedures using such specimens often involve multiple steps including paraffin removal and a critical extraction procedure that may result in loss of sample and the possible introduction of contamination to the isolated DNA. An extraction procedure is presented here for the direct removal of template DNA from formalin-fixed paraffin-embedded tissues and slides. Paraffin-embedded tissues from slides or blocks are incubated in a solution containing Triton® X-100 and the supernatant is then used directly as template DNA for PCR amplification. This procedure is rapid (20 min), efficient (1 step) and minimizes the presence of any PCR inhibitors that may be introduced from the fixed tissue. The extraction process, results of amplifying and typing at six loci, using the AmpliType® Polymarker (PM) PCR Amplification and Typing Kit, and other applications are discussed.
RÉSUMÉ
Il a déjà été démontré qu'il est possible de faire des tests d'identité génétique, en utilisant la réaction de polymérase en chaîne sur des spécimens formolisés et paraffinés. Cependant, les procédures d'analyse pour de tels spécimens, incluent souvent des étapes multiples incluant l'élimination de la paraffine ainsi que l'étape critique de l'extraction où l'on risque une perte d'échantillon ou l'introduction de contaminants à l'ADN extrait. On présente dans cet article une procédure pour l'extraction directe de l'ADN-cible à partir de spécimens formolisés et paraffinés. Les spécimens formolisés et paraffinés sont incubés dans une solution de Triton® X-100 et le surnageant est utilisé directement comme ADN-cible pour l'amplification par la réaction de polymérase en chaîne. Ce protocole est rapide (20 min), efficace (une étape) et minimise l'effet d'agents inhibiteurs qui proviendraient des spécimens fixés. La procédure d'extraction, les résultats de l'amplification et du typage de 6 loci, utilisant le “AmpliType® Polymarker (PM) PCR Amplification and Typing Kit” ainsi que d'autres applications sont décrits.