Genetic study with autosomal STR markers in people of the Peruvian jungle for human identification purposes

Abstract

In the present study allele frequencies and other population parameters were determined for forensically-relevant Short Tandem Repeat (STR) markers in 278 Peruvians born and resident in the Peruvian jungle in total and separated into the subpopulations Amazonas, Loreto, and Madre de Dios. The samples were analyzed using the VeriFiler^TM Express kit which enables typing of 23 STR loci and an amelogenin marker for sex determination. The parameters assessed and reported herein were allele frequencies, the power of discrimination (PD), departures from Hardy-Weinberg equilibrium, and estimates of the population distances. Under the assumption of independence, when comparing the population of the Peruvian jungle with a Peruvian mestizo population, Aymara population of Peru, Ashaninca of Peru, Hispanic Americans, and a Bolivia mestizo population, the largest genetic distance (Fst) was with the Hispanic population (Fst = 0.0343), and the smallest was with the Peruvian mestizo population (Fst = 0.0126). The jungle subpopulation showed greater distances in some comparisons. This study provides population data from a unique population residing in the Peruvian jungle which could be used to estimate various statistics of forensic interest for human identification.

RÉSUMÉ

Dans cette étude, les fréquences alléliques et autres paramètres de population furent déterminés pour les marqueurs génétiques de répétitions courtes en tandem (RCT) dans 278 péruviens, nés et résidents de la jungle péruvienne, et séparés en sous-populations Amazonas, Loreto et Madre de Dios. Les échantillons furent analysés avec le système VeriFilerMC Express kit qui génère des profils génétiques dans 23 loci RCT et au marqueur amélogénine pour la détermination du sexe. Les paramètres évalués et rapportés ici sont les fréquences alléliques, la puissance de discrimination (PD), l’éloignement de l’équilibre Hardy-Weinberg et l’estimation des distances de populations. Sous l’hypothèse d’indépendance, lorsqu’on compare la population de la jungle péruvienne avec une population péruvienne mestizo, une population péruvienne Aymara, une population péruvienne Ashaninca, des hispano-américains et une population bolivienne mestizo, la plus grande distance génétique (Fst) était avec la population hispanique (Fst= 0.0343) et la plus petite était avec la population péruvienne mestizo (Fst= 0.0126). La sous-population de la jungle montrait une plus grande distance dans certaines comparaisons. Cette étude présente des données populationnelles, pour une population unique résidant dans la jungle péruvienne, qui pourrait être utilisées pour estimer différentes statistiques d’intérêt judiciaire pour l’identification humaine.

Keywords:

• Allelic frequencies
• DNA
• genetic distance
• human identification
• STR marker

MOTS CLÉS::

• fréquences alléliques
• ADN
• distance génétique
• identification humaine
• marqueur RCT

Acknowledgements

We especially thank to the National Institute of Health for the facilities and equipment for the research.

Additional information

Funding

This work was supported by the Office of the Vice President for Research, Innovation and Entrepreneurship (Call for Research Projects UAP-2018) at the Universidad Alas Peruanas (Resolution No. 1C-006-VIeIT-2018). This project was evaluated by the Research Ethics Committee of the Alas Peruanas University, which approved this project and the use of human subjects by issuing a certificate of approval for one year (Approval document, CEI-006-2018).