Extraction de l’ADN et optimisation de la PCR (Polymorphism Chain Reaction) pour l’application des marqueurs RAPD (Random Amplified Polymorphism DNA) chez Stipa lagascae

Figures & data

Tableau 1 Localisation géographique des différentes provenances de Stipa lagascae utilisées dans notre travail. Table 1. Geographic localisation of the different Stipa lagascae ecotypes used in this study.

Code de la provenance	Site de collect	Longitude	Altitude
13	El -Grine	10°30’13’’	33°35’38’’
58	Harboub	10°27’06’’	33°17’00’’
78	Médenine-Béni Khedache	10° 22’26’’	33°19’17’’
111	El Hamada	11°16’07’’	32°58’44’’
124	Parc national de Sidi Toui	11°14’51’’	32°43’12’’
147	Piste Ben Garden-Sidi Toui à 34 km	11°14’20’’	32°50’13’’
156	Piste Ben Garden-Sidi Toui à 29,5 km	11°13’43’’	32°52’29’’
188	Mezzouna-Skhira km 20	9°58’33’’	34°25’02’’
193	El Grine-Boughrara km 8,7	10°36’08’’	33°33’53’’
197	Mezouna	9°49’36’’	34°34’12’’
223	Tataouine-Ben Guerdane km 11,5 après smar	10°34’24’’	32°55’40’’
263	Tataouine-Kirchaou km 3,4	10°28’36’’	32°56’03’’
309	Médenine-Tataouine: direction Ghomrassen à T. jadida	10°29’21’’	32°59’43’’
324	Route Médenine-Tataouine km 1	10°29’52’’	33°20’07’’
368	Piste El Hamma-Tamezret (juste après croisement de kébili)	9°45’40’’	33°44’40’’
411	Route Remada-Tataouine km 31,5	10°16’16’’	32°33’00’’
467	Gabes-Kairouan km 121	10°04’10’’	34°09’00’’
505	Dhahar-Douz	9°45’40’’	33°00’22’’
540	Douz-Matmata km 49,4	9°32’09’’	33°36’18’’
562	Gabes-Kairouan km 120	10° 03’01’’	34°37’35’’

Fig. 1 Electrophorèse d’ADN génomique de Stipa lagascae sur gel d’agarose 0,8%. (a): ADN extrait par la méthode CTAB 2%; et (b): ADN extrait par la méthode CTAB 3%. Légende: M: marqueur d’ADN (1 kb DNA ladder); 1 à 20: ADN génomique des 20 provenances illustrées dans le tableau I. Fig. 1. Electrophoresis of Stipa genomic DNA on 0.8% agarose gel. (a) DNA extracted by 2% CTAB method and (b): DNA extracted by 3% CTAB method. Legend: M: DNA marker (1Kb DNA ladder); 1-20: Stipa ecotypes genomic DNA illustrated in table I.

Fig. 2 Optimisation de la quantité d’ADN en PCR. M: Marqueur 100 pb, 1-5 correspondent respectivement à 50; 40; 30; 20 et 10 ng d’ADN. Fig. 2. DNA quantity optimization for PCR. M: 100 pb marker; 1-5 represent 50, 40, 30, 20 and 10 ng of DNA respectively.

Fig. 3 Profil des produits PCR, sur gel d’agarose 1,5%, en fonction de la concentration en MgCl₂. Résultats obtenus avec l’amorce OPJ14 (5’-CACCCGGATG-3’) chez S. lagascae. M: marquer de taille (1Kb); 1: 0,5 mM; 2: 1 mM; 3: 1,5 mM; 4: 2 mM; 5: 2,5 mM; 6: 3 mM et 7: 3,5 mM. Fig. 3. Profile of PCR products on 1.5% agarose gel, depending on the concentration of MgCl₂. Results obtained with primer OPJ14 (5’-CACCCGGATG-3’) in S. lagascae. M: 1Kb marker, 1: 0.5 mM, 2: 1 mM, 3: 1.5 mM, 4: 2 mM, 5: 2.5 mM, 6: mM and 7: 3.5 mM.

Fig. 4 Profil RAPD de quatre concentrations de l’amorce sur gel d’agarose 1,5%: résultats obtenus avec l’amorce OPJ14 (5’- CACCCGGATG -3’) chez S. lagascae. M: marquer de taille (1Kb); 1: 10 pM; 2: 20 pM; 3: 30 pM et 4: 40 pM. Fig. 4. RAPD profile obtained from different concentrations of primer OPJ 14 (5’- CACCCGGATG -3’) for S. lagascae. M: 1 Kb marker, 1: 10 pM; 2: 20 pM; 3: 30 pM and 4: 40 pM.

Fig. 5 Profil des produits PCR, sur gel d’agarose 1,5%, en fonction de la concentration en Taq Polymérase. Résultats obtenus avec l’amorce OPJ14 (5’- CACCCGGATG -3’) chez S. lagascae. M: marquer moléculaire (1Kb); 1: 0,5 U; 2: 1 U; 3: 1,5 U et 4: 2 U. Fig. 5. PCR products profile on 1.5% agarose gel of different concentration of Taq polymerase. Results obtained with primer OPJ14 (5’- CACCCGGATG -3’) for S. lagascae. M: 1Kb marker, 1: 0.5 U; 2: 1U, 3: 1,5 and 4 U: 2 U.