Spoligotype and Drug Susceptibility Profiles of Mycobacterium tuberculosis Complex Isolates in Golestan Province, North Iran

Figures & data

Table 1 Identified Mutations for rpoB, katG and inhA Loci in Mycobacterium tuberculosis Complex Isolates, and the Relevant GenBank Accession Numbers

Isolate Number	Phenotypic Resistance	Mutation	Accession Number
21	INH	katG-wild type	MG438288
		inhA-[C(−15)T]	MH373357
57	INH	katG-315 AGC→ACC (Ser→Thr)	MG461957
		inhA-wild type	MH744370
67	INH	katG-wild type	MG461958
		inhA-wild type	MH744371
153	INH	katG-315 AGC→ACC (Ser→Thr)	MG461959
		inhA-wild type	MH744372
165	INH and RMP	katG-315 AGC→ACC (Ser→Thr)	MG461960
		inhA-wild type	MH744373
		rpoB-481 ACC→ AGC (Thr→ Ser) rpoB-531 TCG→ TTG (Ser→Leu)	MG697230
166	INH and RMP	katG-315 AGC→ACC (Ser→Thr)	MG490376
		inhA-wild type	MH744374
		rpoB-531 TCG→ TTG (Ser→Leu)	MG490375

Table 2 Association Between Identified Mycobacterium tuberculosis Complex Genotypes and Drug Resistance Patterns of 166 M. tuberculosis Isolates in Golestan Province

Lineage	SIT	n (%)	Spoligotype Pattern	Resistance Pattern No.
				RMP, INH, ETL and STM	INH and STM	INH	STM
Beijing	1	21 (12.7)	□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■■■■■■■■■	2	-	-	5
Ural-2	127	25 (15.1)	■□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□■□□□□■■■■■■■	-	-	-	-
	3427	18 (10.8)	■□□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□■□□□□■■■■■■■	-	-	-	2
	361	1 (0.6)	■□■■■■■■■■■■□■■■■■■■■■■■■■■■□□□■□□□□■■■■■■■	-	-	-	-
Ural-1	262	2 (1.2)	■■■■■■■□□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□■□□□□■■■■■■■	-	-	-	-
	1568	2 (1.2)	■■■■■■■□□■■■■■■■■■□■■■■■■■■■□□□■□□□□■■■■■■■	-	-	-	-
CAS1-Delhi	25	10 (6)	■■■□□□□■■■■■■■■■■■■■■■□□□□□□□□□□□□■■□□■■■■■	-	-	-	-
	357	10 (6)	■■■□□□□■■■■■■■■■■■■■■■□□□□□□□□□□□□□□■■■■■■■	-	-	-	3
	1092	8 (4.8)	■■■□□□□■□■■■■■■■■■■■■■□□□□□□□□□□□□■■■■■■■■■	-	-	-	-
	754	6 (3.6)	■□■□□□□■■■■■■■■■■■■■■■□□□□□□□□□□□□■■■■■■■■■	-	-	-	-
	26	4 (2.4)	■■■□□□□■■■■■■■■■■■■■■■□□□□□□□□□□□□■■■■■■■■■	-	-	-	-
	2783	2 (1.2)	■■■□□□□■■■■■■■■■■■■■■■□□□□□□□□□□□□■■■■■■□■■	-	-	-	-
	2693	1 (0.6)	■■■□□□□■■■■■■■□□■■■■■■□□□□□□□□□□□□■■■■■■■■■	-	-	-	-
	1198	1 (0.6)	■■■□□□□■■■■■□■■■■■■■■■□□□□□□□□□□□□■■□□■■■■■	-	-	-	-
CAS1-Kili	21	11 (6.6)	■■■□□□□■■□■■■■■■■■■□□□□□□□□□□□□□□□□■■■■■■■■	-	-	-	-
CAS	3161	2 (1.2)	■■■□□□□■■■■■■□□□□■□□□□□□□□□□□□□□□□□□■■■■■□□	-	-	-	-
	O-1	2 (1.2)	■■■□□□□■■■■■■■■■■■□□□□□□□□□□□□□□□□□■■■■■■■■	-	-	-	-
	O-2	1 (0.6)	■■■□□□□■□■■■■■■■■■□□□□□□□□□□□□□□□□■■■■■■■■■	-	-	-	-
CAS2	288	1 (0.6)	■■■□□□□□□□■■■■■■■■■■■■□□□□□□□□□□□□■■■■■■■■■	-	-	-	-
T1	53	3 (1.8)	■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■	-	-	-	-
	172	1 (0.6)	■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□□■■■■■■■	-	-	-	-
	284	1 (0.6)	□□□□■■■■■■■□□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■	-	-	-	-
	520	1 (0.6)	■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■□■■■■■	-	-	-	1
T2	52	1 (0.6)	■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■□■■■	-	-	-	-
	3776	1 (0.6)	□□□□■■■■■■■□□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■□■■■	–	–	-	-
EAI	27	2 (1.2)	■■■□□□□■■■■■■■■■■■■■■■□□■■■■■■■■■□□□□■■■■■■	-	-	-	-
H3	511	1 (0.6)	■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□□□□□□□■□□□□■■■■■■■	-	-	-	-
Turkey	41	1 (0.6)	■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□□■□□■■■■■□□□□■■■■■■■	-	-	-	-
BOV_1	482	1 (0.6)	■■□■■■■■□■■■■■■□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□□	-	-	1	-
	1181	1 (0.6)	■■□■■■■■□■■■■■■□■■■■■■□■■■■■■■■■■■■■■■□□□□□	-	-	-	-
Not defined	O-3	3 (1.8)	■■■■■■■■■■■■□■■■■■□■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■□□	-	1	1	-
	O-4	3 (1.8)	■□■□□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□■□□□□■■■■■■■	-	-	-	-
	O-5	2 (1.2)	□■■□□□□□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■	-	-	-	-
	O-6	1 (0.6)	■■■□□□□■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□	-	-	-	-
	O-7	1 (0.6)	■■■□□□□■■■■■■■■■■■■■■■□□□□□□□□□□□□□□■■■■□■■	-	-	-	-
	O-8	1 (0.6)	■■■□□□□■■■■■■■■■■■■□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■	-	-	-	-
	O-9	1 (0.6)	■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□■■■■■□□□□□■■■■■■■■■	-	-	-	-
	O-10	1 (0.6)	■■■■■■■■■■■■■■■■■□■■■□■■■■■■■■■■□□□□■□■□■■■	-	-	-	-
	O-11	1 (0.6)	■■■□□□□■■■■■■■□□□□■□□□□□■■■■■■■■■□□□■■■■■■■	-	-	-	-
	O-12	1 (0.6)	■■■□□□□■■■■■□■■■■■■□■■□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□	-	-	-	1
	O-13	1 (0.6)	■■■□□□□■□■■■■■■■■■■■■■□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□	-	-	-	-
	O-14	1 (0.6)	■□■■■■■■□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□■□□□□■■■■■■■	-	-	-	-
	O-15	1 (0.6)	■□■■□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□■□□□□■■■■■■■	-	-	-	-
	O-16	1 (0.6)	■■■■■■■■□□□■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□■□□□□■■■■■■■	-	-	-	-
	O-17	1 (0.6)	■□■□□□□■□■■■■■■■■■■■■■□□□□□□□□□□□□■■■■■■■■■	-	-	-	-
	O-18	1 (0.6)	■□□■■■■■■■■■■■□■■■■■■■■■■■■■□□□■□□□□■■■■■■■	-	-	-	-
	O-19	1 (0.6)	■□□■■■■■■■■■□■■■■■■■■■■■■■■■□□□■□□□□■■■■■■■	-	-	-	-
	O−20	1 (0.6)	■□□■■■■■■■■■□■■■■■■■■■■■■■■■□□□■□□□□■■■□■■■	-	-	-	-
	O-21	1 (0.6)	■■■■■■□□□□□□□□□□□□■■■■■■■■■■□■■■□□□□■■■□■■■	-	-	1	-

Notes: Keys; lineage: spoligotype families annotated in SITVITWEB database.

Abbreviations: RMP, Rifampin; INH, Isoniazid; ETL, Ethambutol; STM, Streptomycin; SIT, spoligotype international types; n, number of strains; ■, presence of spacer; □, absence of spacer; O, orphan.

Figure 1 The Mycobacterium tuberculosis complex genotypes identified in the studied population.