The Emergence of Novel Spoligotypes of Highly Drug-Resistant Mycobacterium tuberculosis Isolates in Fujian, China

Figures & data

Table 1 Spoligotyping Analyses of MTB Isolates from Fujian, China

Spoligotypes	SIT^a	Lineage^b	No.^c(%)
□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■■■■■■■■■	1	Beijing	214(44.86)
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□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■■■■■□□□□	1311	Beijing	2(0.42)
□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■■■□□■■■■	1364	Beijing	1(0.21)
□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■■■■■■■□■	1674	Beijing	1(0.21)
□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■■■■■□■■■	190	Beijing	9(1.89)
□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■■□□□□□□□	2101	Beijing	2(0.42)
□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■■■■■■□□□	2316	Beijing	1(0.21)
□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■■■■■■	250	Beijing	5(1.05)
□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■■■■□■■■■	255	Beijing	2(0.42)
□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■■□■■■■■■	265	Beijing	3(0.63)
□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■□■■■■■■□	3216	Beijing	1(0.21)
□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■■■■■■■■	796	Beijing	1(0.21)
□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■■■■■■□■■	941	Beijing	1(0.21)
■■□■■■■■■■■■■■□■■■■□□■■■■■■■□□□□■□■■■■■■■■■	1490	EAI2-Manila	2(0.42)
■■□■■■■■■■■■■■■■■■■□□■■■■■■■□□□□■□■■■■■■■■■	19	EAI2-Manila	7(1.47)
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□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■□□□□■■■■■■■	467	H	3(0.63)
■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□□□□■□□□□■■■■■■■	742	H	9(1.89)
■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□□□□□□■□□□□■■■■■■■	946	H	1(0.21)
■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□□□■□□□□■■■■■■■	47	H1	1(0.21)
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■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□■■■■■■■■□■□□□□■■■■■■■	1812	H3	1(0.21)
■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□■■■■■■■■■□■□□□□■■■■■■■	2885	H3	1(0.21)
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■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□■■□■□□□□■■■■■■■	457	H3	1(0.21)
■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□■□□□□■■■■■■■	50	H3	5(1.05)
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■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□□□□□■□□□□■■■■■■■	791	H3	1(0.21)
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■■■■■■■■■■■■■□□□■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■	913	T1	2(0.42)
■□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■□■■■	1302	T2	1(0.21)
■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■□■■■	52	T2	5(1.05)
■□□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■□■■■	783	T2	1(0.21)
■□■■■■■■■■■■□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■	3139	T3	2(0.42)
■■■■■■■■■■■■□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□□□□■■■■	3444	T3	1(0.21)
■■■■■■■■■■■■■■■■■■□■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■	40	T4	3(0.63)
■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■	44	T5	1(0.21)
■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□□□□□□□□□□□□□□□	1353	Unknown	1(0.21)
■■■■■■■■□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■■■■■	32	Unknown	2(0.42)
■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□□□□□□□□□□□□□□□□	46	Unknown	1(0.21)
■■■■■■■■■■■■■■■■■□■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■	119	X1	1(0.21)
□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■■■■□□□□■	New	Beijing	1(0.21)
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■■■■■■■■■■■■□■■■■■■■■■□□□□□□□□□■□□□□■■■■■■■	New	H3	1(0.21)
■■■■■■■■■■■□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■□□□□■■■■■■■	New	H3	1(0.21)
■□■■□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■	New	T1	1(0.21)
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Notes: ^aRepresent spoligo international type from SITVIT2 database. ^bSpoligotypes lineage assigned in SITVIT2 database. ^cNumber of isolates shared with the same spoligotype binary.

Figure 1 Distribution of Beijing genotype strains in ten prefectures of Fujian Province.

Table 2 Characteristics of MTB Strains of Beijing Family Compared with Non-Beijing Family

Characteristics	Familes		P value	Crude OR	Adjusted OR
	Beijing (%)	Non-Beijing (%)		OR(95% CI)	OR(95% CI)
Gender
Male	189(77.14)	173(74.57)		Ref.	Ref.
Female	56(22.86)	59(25.43)	0.51	1.15(0.76, 1.75)	1.34 (0.85, 2.10)
Age groups, years
0–24	26(10.61)	13(5.60)	Ref.	Ref.	Ref.
25–44	84(34.29)	60(25.86)	0.35	1.43(0.68, 3.01)	1.83(0.85, 3.95)
45–64	99(40.41)	101(43.54)	0.05	2.04(0.99, 4.20)	3.73(1.67, 8.30)
≥65	36(14.69)	58(25.00)	0.003	3.22(1.47, 7.06)	18.69(5.80, 60.26)
Ethnicity
Han	239(97.55)	228(98.28)		Ref.	Ref.
Other	6(2.45)	4(1.72)	0.58	0.70(0.20, 2.51)	0.67(0.17, 2.61)
Farmer
No	69(28.16)	76(32.76)		Ref.	Ref.
Yes	176(71.84)	156(67.24)	0.28	1.24(0.84, 1.84)	1.99 (1.25, 3.17)
Education
Illiterate	44(17.96)	48(20.69)		Ref.	Ref.
Literate	201(82.04)	184(79.31)	0.45	0.84(0.53, 1.32)	0.46 (0.21, 1.03)
Diabetes
No	206(84.08)	202(87.07)		Ref.	Ref.
Yes	39(15.92)	30(12.93)	0.35	1.28(0.76, 2.13)	2.85 (1.38, 5.86)
Coastal area
No	56(22.86)	64(27.59)		Ref.	Ref.
Yes	189(77.14)	168(72.41)	0.23	0.78(0.51, 1.18)	1.33 (0.86, 2.06)
History
New cases	216(88.16)	211(90.95)		Ref.	Ref.
Retreatment	29(11.84)	21(9.05)	0.32	0.74(0.41, 1.34)	0.61 (0.33, 1.15)
Outcome
Unsuccess	64(26.12)	54(23.28)		Ref.	Ref.
Success	181(73.88)	178(76.72)	0.47	1.17(0.77, 1.77)	0.87 (0.54, 1.41)

Table 3 Comparison of Drug Resistant Rates Between Beijing and Non-Beijing Family

Resistance to	Total	Family		χ^2	P value
	N (%)	Beijing (%, N=245)	Non-Beijing (%, N=232)
INH
Susceptible	431(90.36)	225(91.84)	206(88.79)
Resistant	46(9.64)	20(8.16)	26(11.21)	1.27	0.26
RFP
Susceptible	450(94.34)	235(95.92)	215(92.67)
Resistant	27(5.66)	10(4.08)	17(7.33)	2.35	0.13
EMB
Susceptible	463(97.06)	239(97.55)	224(96.55)
Resistant	14(2.94)	6(2.45)	8(3.45)	0.42	0.52
SM
Susceptible	443(92.87)	227(92.65)	216(93.10)
Resistant	34(7.13)	18(7.35)	16(6.90)	0.04	0.85
KM
Susceptible	470(98.53)	244(99.59)	226(97.41)
Resistant	7(1.47)	1(0.41)	6(2.59)	3.91	0.05
OFX
Susceptible	460(96.44)	242(98.78)	218(93.97)
Resistant	17(3.56)	3(1.22)	14(6.03)	8.02	0
CPM
Susceptible	470(98.53)	245(100)	225(96.98)
Resistant	7(1.47)	0(0)	7(3.02)	7.5	0.01
PTO
Susceptible	467(97.90)	243(99.18)	224(96.55)
Resistant	10(2.1)	2(0.82)	8(3.45)	4.02	0.04
PAS
Susceptible	469(98.32)	244(99.59)	225(96.98)
Resistant	8(1.68)	1(0.41)	7(3.02)	4.92	0.03
MDR
No	457(95.81)	238(97.14)	219(94.40)
Yes	20(4.19)	7(2.86)	13(5.60)	2.24	0.13

Abbreviations: INH, isoniazid; RIF, rifampicin; EMB, ethambutol; SM, streptomycin; KM, kanamycin; OFX, ofloxacin; CPM, capreomycin; PTO, protionamide; PAS, para-aminosalicylic acid; MDR, multidrug resistance; N, numbers of the strains.

Figure 2 Drug resistance of MTB isolates stratified by different lineages. *P<0.05.