Genome exploration and ecological competence are key to developing effective Pseudomonas-based biocontrol inoculants

Abstract

Numerous plant-beneficial Pseudomonas strains have been isolated and characterized for their ability to control plant pathogens and the diseases they cause under controlled conditions. Only a few have, however, demonstrated consistent field efficacy. Better exploitation of genomic information and consideration of the ecological competence of strains of interest could help overcome this major inconsistency. In this minireview, we will discuss these two important aspects that we consider crucial in the development of effective Pseudomonas biocontrol inoculants. We will first explore how the increasing availability of genomic data can empower researchers who study Pseudomonas-mediated biocontrol to better understand the mechanisms at play. We will then discuss the key roles played by ecological competence in the successful development of Pseudomonas-based biocontrol inoculants and how researchers can better select ecologically competent strains. A better understanding of these factors could help accelerate the development of effective Pseudomonas inoculants and prevent wasting precious time and resources performing field experiments with strains that have little chance to succeed.

Résumé

De nombreuses souches de Pseudomonas phytobénéfiques ont été isolées et caractérisées pour leur capacité à lutter contre des agents phytopathogènes et les maladies qu’ils provoquent en conditions contrôlées. Néanmoins, seules quelques-unes ont démontré leur efficacité au champ. Une meilleure utilisation des informations génomiques et la prise en compte de la compétence écologique des souches d’intérêt pourraient contribuer à surmonter cette difficulté majeure. À travers cet article, nous aborderons ces deux aspects importants que nous considérons comme cruciaux pour le développement d’inoculants efficaces de biocontrôle à base de Pseudomonas spp. Nous verrons tout d’abord comment la disponibilité croissante des données génomiques peut permettre aux groupes de recherche qui étudient le biocontrôle reposant sur des Pseudomonas spp. de mieux comprendre les mécanismes en jeu. Nous discuterons ensuite des rôles clés joués par la compétence écologique dans le développement réussi d’inoculants de biocontrôle à base de souches de Pseudomonas et de la manière dont les groupes de recherche peuvent mieux sélectionner des souches écologiquement compétentes. Une meilleure compréhension de ces facteurs aiderait à accélérer le développement d’inoculants efficaces à base de Pseudomonas et éviterait de gaspiller du temps et des ressources précieuses dans des expériences au champ utilisant des souches qui ont peu de chance d’être efficaces.

Keywords:

• biocontrol
• ecological competence
• genome
• inoculant
• Pseudomonas

Mots clés:

• biocontrôle
• compétence écologique
• génome
• inoculant

Disclosure statement

No potential conflict of interest was reported by the authors.

Additional information

Funding

This work was supported by Agriculture and Agri-Food Canada under grants J-002366, J-002500, J-002700 and J-002836.