References
- M. Drobizhev, N.S. Makarov, S.E. Tillo, T.E. Hughes, and A. Rebane, Nat. Methods 8, 393 (2011). doi:10.1038/nmeth.1596
- O. Griesbeck, G.S. Baird, R.E. Campbell, D.A. Zacharias, and R.Y. Tsien, J. Biol. Chem. 276, 29188 (2001). doi:10.1074/jbc.M102815200
- M. Cotlet, J. Hofkens, M. Maus, T. Gensch, M.V. Auweraer, J. Michiels, G. Dirix, M. V. Guyse, J. Vanderleyden, A.J.W. G. Visser, and F. C. D. Schryver,J. Phys. Chem. B 105, 4999 (2001). doi:10.1021/jp003813i
- A.A. Heikal, S.T. Hess, G.S. Baird, R.Y. Tsien, and W.W. Webb, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 97, 11996 (2000). doi:10.1073/pnas.97.22.11996
- M. Ormö, A. B. Cubitt, K. Kallio, L.A. Cross, R. Y. Tsien, and J. Remington, Science 273, 1392 (1996). doi:10.1126/science.273.5280.1392
- R.M. Wachter, M.-A. Elsliger, K. Kallio, G.T. Hanson, and S.J. Remington, Structure 6, 1267 (1998). doi:10.1016/S0969-2126(98)00127-0
- A. Miyawaki, J. Llopis, R. Heim, J. M. McCaffery, J. A. Adams, M. Ikura, and R. Y. Tsie, Nature 388, 882 (1997). doi:10.1038/42264
- A.A. Pakhomov and V.I. Martynov, Chem. Biol. 15, 755 (2008). doi:10.1016/j.chembiol.2008.07.009
- A.D. Kummer, J. Wiehler, H. Rehaber, C. Kompa, B. Steipe, and M. E. Michel-Beyerle, J. Phys. Chem. B 104, 4791 (2000). doi:10.1021/jp9942522
- J.W. Park and Y.M. Rhee, Phys. Chem. Chem. Phys. 18, 3944 (2016). doi:10.1039/C5CP07535A
- G. Jung, J. Wiehler, and A. Zumbusch, Biophys. J. 88, 1932 (2005). doi:10.1529/biophysj.104.044412
- C. Filippi, M. Zaccheddu, and F. Buda, J. Chem. Theory Comput. 5, 2074 (2009). doi:10.1021/ct900227j
- E. Epifanovsky, I. Polyakov, B. Grigorenko, A. Nemukhin, and A.I. Krylov, J. Chem. Theory Comput. 5, 1895 (2009). doi:10.1021/ct900143j
- M.E. Martin, F. Negri, and M. Olivucci, J. Am. Chem. Soc. 126, 5452 (2004). doi:10.1021/ja037278m
- T. Laino, R. Nifosì, and V. Tozzini, Chem. Phys. 298, 17 (2004). doi:10.1016/j.chemphys.2003.10.040
- D. Xie and J. Zeng, J. Comput. Chem. 26, 1487 (2005). doi:10.1002/jcc.20273
- M. Wanko, P. García-Risueño, and A. Rubio, Phys. Status Solidi B 249, 392 (2012). doi:10.1002/pssb.201100536
- J. Dong, K.M. Solntsev, and L.M. Tolbert, J. Am. Chem. Soc. 128, 12038 (2006). doi:10.1021/ja063128a
- S.B. Nielsen, A. Lapierre, J. U. Andersen, U. V. Pedersen, S. Tomita, and L. H.Andersen, Phys. Rev. Lett. 87, 228102 (2001). doi:10.1103/PhysRevLett.87.228102
- L.H. Anderse, A. Lapierre, S. B. Nielsen, I. B. Nielsen, S. U. Pedersen, U. V. Pedersen, and S.Tomita, , Eur. Phys. J. D 20, 597 (2002). doi:10.1140/epjd/e2002-00141-0
- L.H. Andersen, H. Bluhme, S. Boyé, T. J. D. Jørgensen, H. Krogh, I. B. Nielsen, S. B. Nielsena and A. Svendsena, Phys. Chem. Chem. Phys. 6, 2617 (2004). doi:10.1039/B315763F
- M.D. Davari, F.J.A. Ferrer, D. Morozov, F. Santoro, and G. Groenhof, Chem. Phys. Chem. 15, 3236 (2014). doi:10.1002/cphc.201402355
- A.A. Voityuk, M.-E. Michel-Beyerle, and N. Rösch, Chem. Phys. Lett. 272, 162 (1997). doi:10.1016/S0009-2614(97)88003-7
- C.X. Ye, H.L. Ma, and W.Z. Liang, Acta Phys. Chim. Sin. 32, 301 (2016). doi:10.3866/PKU.WHXB201512112
- M.W. Forbes and R.A. Jockusch, J. Am. Chem. Soc. 131, 17038 (2009). doi:10.1021/ja9066404
- Y. Ai, G. Tian, and Y. Luo, Mol. Phys. 111, 1316 (2013). doi:10.1080/00268976.2013.771800
- E. Kamarchik and A.I. Krylov, J. Phys. Chem. Lett. 2, 488 (2011). doi:10.1021/jz101616g
- M. SchrÖter, S. D. Ivanov, J. Schulze, S. P. Polyutov, Y.Yan, and T.Pullerits, O.Kühn, Phys. Rep. 567, 1 (2015). doi:10.1016/j.physrep.2014.12.001
- V. May and K. Oliver, Charge and Energy Transfer Dynamics in Molecular Systems (WILEY-VCH Verlag GmbH and Co. KGaA, Weinheim, 2011).
- H.L. Ma, Y. Zhao, and W.Z. Liang, J. Chem. Phys. 140, 094107 (2014). doi:10.1063/1.4867273
- W.Z. Liang, H.L. Ma, H. Zang, and C.X. Ye, Int. J. Quantum Chem. 115, 550 (2015). doi:10.1002/qua.24824
- W.M. McClain, J. Chem. Phys. 55, 2789 (1971). doi:10.1063/1.1676494
- D.S. Chemla, Nonlinear Optical Properties of Organic Molecules and Crystals (Academic Press, USA, 1987), Vol. 1.
- Y.-R. Shen, The Principles of Nonlinear Optics (Wiley-Interscience, New York, 1984), p. 575.
- D.M. Bishop, J.M. Luis, and B. Kirtman, J. Chem. Phys. 116, 9729 (2002). doi:10.1063/1.1477179
- D.W. Silverstein and L. Jensen, J. Chem. Phys. 136, 064111 (2012). doi:10.1063/1.3684236
- F. Santoro, C. Cappelli, and V. Barone, J. Chem. Theory Comput. 7, 1824 (2011). doi:10.1021/ct200054w
- F.F.J. Avila, V. Barone, C. Cappelli, and F. Santoro, J. Chem. Theory Comput. 9, 3597 (2013). doi:10.1021/ct400197y
- K. Aidas, C. Angeli, K.L. Bak, V. Bakken, R. Bast, L. Boman, O. Christiansen, R. Cimiraglia, S. Coriani, J. Cukras, P. Dahle, E. K. Dalskov, U. Ekström, T. Enevoldsen, J. J. Eriksen, P. Ettenhuber, B. Fernández, L. Ferrighi, H. Fliegl, L. Frediani, K. Hald, A. Halkier, C. Hättig, H. Heiberg, T. Helgaker, A. C. Hennum, H. Hettema, E. Hjertenæs, S. Høst, I.-M. Høyvik, M. F. Iozzi, B. Jansik, H. J. Aa. Jensen, D. Jonsson, P. Jørgensen, J. Kauczor, S. Kirpekar, T. Kjærgaard, W. Klopper, S. Knecht, R. Kobayashi, H. Koch, J. Kongsted, A. Krapp, K. Kristensen, A. Ligabue, O. B. Lutnæs, J. I. Melo, K. V. Mikkelsen, R. H. Myhre, C. Neiss, C. B. Nielsen, P. Norman, J. Olsen, J. M. H. Olsen, A. Osted, M. J. Packer, F. Pawlowski, T. B. Pedersen, P. F. Provasi, S. Reine, Z. Rinkevicius, T. A. Ruden, K. Ruud, V. Rybkin, P. Salek, C. C. M. Samson, A. Sánchez de Merás, T. Saue, S. P. A. Sauer, B. Schimmelpfennig, K. Sneskov, A. H. Steindal, K. O. Sylvester-Hvid, P. R. Taylor, A. M. Teale, E. I. Tellgren, D. P. Tew, A. J. Thorvaldsen, L. Thøgersen, O. Vahtras, M. A. Watson, D. J. D. Wilson, M. Ziolkowski, and H. Âgren, “The Dalton quantum chemistry program system”, WIREs Comput. Mol. Sci.4, 269(2014). doi: 10.1002/wcms.1172.
- J. Tomasi, B. Mennucci, and R. Cammi, Chem. Rev. 105, 2999 (2005). doi:10.1021/cr9904009
- M. Cossi and V. Barone, J. Chem. Phys. 115, 4708 (2001). doi:10.1063/1.1394921
- J. Liu and W.Z. Liang, J. Chem. Phys. 135, 014113 (2011). doi:10.1063/1.3605504
- J. Liu and W.Z. Liang, J. Chem. Phys. 135, 184111 (2011). doi:10.1063/1.3659312
- J. Liu and W.Z. Liang, J. Chem. Phys. 138, 024101 (2013). doi:10.1063/1.4773397
- Q. Zeng, J. Liu, and W.Z. Liang, J. Chem. Phys. 140, 18A506 (2014). doi:10.1063/1.4863563
- Q. Zeng and W.Z. Liang, J. Chem. Phys. 143, 134104 (2015). doi:10.1063/1.4931734
- Y. Shao, Z. Gan, E. Epifanovsky, A. T.B. Gilbert, M. Wormit, J. Kussmann, A. W. Lange, A. Behn, J. Deng, X. Feng, D. Ghosh, M. Goldey, P. R. Horn, L. D. Jacobson, I. Kaliman, R. Z. Khaliullin, T. Kuś, A. Landau, J. Liu, E. I. Proynov, Y. M. Rhee, R. M. Richard, M. A. Rohrdanz, R. P. Steele, E. J. Sundstrom, H. L. Woodcock III, P. M. Zimmerman, D. Zuev, B. Albrecht, E. Alguire, B. Austin, G. J. O. Beran, Y. A. Bernard, E. Berquist, K. Brandhorst, K. B. Bravaya, S. T. Brown, D. Casanova, C.-M. Chang, Y. Chen, S. H. Chien, K. D. Closser, D. L. Crittenden, M. Diedenhofen, R. A. DiStasio Jr, H. Do, A. D. Dutoi, R. G. Edgar, S. Fatehi, L. Fusti-Molnar, A. Ghysels, A. Golubeva-Zadorozhnaya, J. Gomes, M. W.D. Hanson-Heine, P. H. P. Harbach, A. W. Hauser, E. G. Hohenstein, Z. C. Holden, T.-C. Jagau, H. Ji, B. Kaduk, K. Khistyaev, J. Kim, J. Kim, R. A. King, P. Klunzinger, D. Kosenkov, T. Kowalczyk, C. M. Krauter, K. U. Lao, A. D. Laurent, K. V. Lawler, S. V. Levchenko, C. Y. Lin, F. Liu, E. Livshits, R. C. Lochan, A .Luenser, P. Manohar, S. F. Manzer, S.-P.Mao, N. Mardirossian, A. V. Marenich, S. A. Maurer, N. J. Mayhall, E. Neuscamman, C. M. Oana, R. Olivares-Amaya, D. P. O’Neill, J. A. Parkhill, T. M. Perrine, R. Peverati, A. Prociuk, D. R. Rehn, E. Rosta, N. J. Russ, S. M. Sharada, S. Sharma, D. W. Small, A. Sodt, T. Stein, D. Stück, Y.-C. Su, A. J. W. Thom, T. Tsuchimochi, V. Vanovschi, L. Vogt, O. Vydrov, T. Wang, M. A. Watson, J. Wenzel, A. White, C. F. Williams, J. Yang, S. Yeganeh, S. R. Yost, Z.-Q. You, I. Y. Zhang, X. Zhang, Y. Zhao, B. R. Brooks, G. K. L. Chan, D. M. Chipman, C. J. Cramer, W. A. Goddard III, M. S. Gordon, W. J. Hehre, A. Klamt, H. F. Schaefer III, M.W. Schmidt, C. D. Sherrill, D. G. Truhlar, A. Warshel, X. Xu, A. Aspuru-Guzik, R. Baer, A. T. Bell, N. A. Besley, J.-D. Chai, A. Dreuw, B. D. Dunietz, T. R. Furlani, S. R. Gwaltney, C.-P. Hsu, Y. Jung, J. Kong, D. S. Lambrecht, W. Z. Liang, C. Ochsenfeld, V. A. Rassolov, L. V. Slipchenko, J. E. Subotnik, T. V. Voorhis, J. M. Herbert, A. I. Krylov, P. M.W. Gill, M. Head-Gordon, Mol. Phys. 113, 184 (2015). doi:10.1080/00268976.2014.952696
- H.L. Woodcock, Milan Hodošček, Andrew T. B. Gilbert, Peter M. W. Gill, Henry F. Schaefer III, and B. R. Brooks, J. Comput. Chem. 28, 1485 (2007). doi:10.1002/jcc.20587
- B.R. Brooks, C. L. Brooks III, A. D. Mackerell Jr., L. Nilsson, R. J. Petrella, B. Roux, Y. Won, G. Archontis, C. Bartels, S. Boresch, A. Caflisch, L. Caves, Q. Cui, A. R. Dinner, M. Feig, S. Fischer, J. Gao, M. Hodoscek, W. Im, K. Kuczera, T. Lazaridis, J. Ma, V. Ovchinnikov, E. Paci, R. W. Pastor, C. B. Post, J. Z. Pu, M. Schaefer, B. Tidor, R. Venable, H. L. Woodcock, X. Wu, W. Yang, D. M. York, and M. Karplus, J. Comput. Chem. 30, 1545 (2009). doi:10.1002/jcc.21287
- A.D. MacKerell Jr, D. Bashford, M. Bellott, R. L. Dunbrack Jr, J. D. Evanseck, M. J. Field, S. Fischer, J. Gao, H. Guo, S. Ha, D. Joseph-McCarthy, L. Kuchnir, K. Kuczera, F. T. K. Lau, C. Mattos, S. Michnick, T. Ngo, D. T. Nguyen, B. Prodhom, W. E. Reiher, B. Roux, M. Schlenkrich, J. C. Smith, R. Stote, J. Straub, M. Watanabe, J. Wiórkiewicz-Kuczera, D. Yin, and M. Karplus, J. Phys. Chem. B 102, 3586 (1998). doi:10.1021/jp973084f
- A.D. MacKerell Jr, M. Feig, and C.L. Brooks III, J. Am. Chem. Soc. 126, 698 (2003). doi:10.1021/ja036959e
- W.L. Jorgensen, J. Chandrasekhar, J.D. Madura, R.W. Impey, and M.L. Klein, J. Chem. Phys. 79, 926 (1983). doi:10.1063/1.445869
- N. Reuter, H. Lin, and W. Thiel, J. Phys. Chem. B 106, 6310 (2002). doi:10.1021/jp014476w
- F. Chen, Q. Zeng, W. Zhuang, and W.Z. Liang, J. Phys. Chem. B 120, 9833 (2016). doi:10.1021/acs.jpcb.6b04708
- J.M. Olsen, K. Aidas, and J. Kongsted, J. Chem. Theory Comput. 6, 3721 (2010). doi:10.1021/ct1003803
- N.H. List, J.M.H. Olsen, H.J.A. Jensen, A.H. Steindal, and J. Kongsted, J. Phys. Chem. Lett. 3, 3513 (2012). doi:10.1021/jz3014858
- A.H. Steindal, J.M.H. Olsen, K. Ruud, L. Frediani, and J. Kongsted, Phys. Chem. Chem. Phys. 14, 5440 (2012). doi:10.1039/c2cp23537d
- A.D. Becke, J. Chem. Phys. 98, 5648 (1993). doi:10.1063/1.464913
- P.-O. Widmark, P.-Å. Malmqvist, and B.O. Roos, Theor. Chim. Acta 77, 291 (1990). doi:10.1007/BF01120130
- L. Gagliardi, R. Lindh, and G. Karlström, J. Chem. Phys. 121, 4494 (2004). doi:10.1063/1.1778131
- F. Aquilante, L. D. Vico, N. Ferré, G. Ghigo, P. Malmqvist, P. Neogrády, T. B. Pedersen, M. Pitoňák, M. Reiher, B. O. Roos, L. Serrano-Andrés, M. Urban, V. Veryazov, and R.Lindh, J. Comput. Chem. 31, 224 (2010). doi:10.1002/jcc.21318
- D.W. Zhang and J.Z.H. Zhang, J. Chem. Phys. 119, 3599 (2003). doi:10.1063/1.1591727
- R.L. Martin, J. Chem. Phys. 118, 4775 (2003). doi:10.1063/1.1558471
- V. Helms, C. Winstead, and P. Langhoff, J. Mol. Struct. 506, 179 (2000). doi:10.1016/S0166-1280(00)00411-5
- A.A. Voityuk, M.-E. Michel-Beyerle, and N. Rösch, Chem. Phys. 231, 13 (1998). doi:10.1016/S0301-0104(98)00080-9
- J.-Y. Hasegawa, K. Fujimoto, B. Swerts, T. Miyahara, and H. Nakatsuji, J. Comput. Chem. 28, 2443 (2007). doi:10.1002/jcc.20667
- M.T.P. Beerepoot, D.H. Friese, and K. Ruud, Phys. Chem. Chem. Phys. 16, 5958 (2014). doi:10.1039/c3cp55205e
- M. Drobizhev, N.S. Makarov, S.E. Tillo, T.E. Hughes, and A. Rebane, J. Phys. Chem. B 116, 1736 (2012). doi:10.1021/jp211020k
- S.L. Maddalo and M. Zimmer, Photochem. Photobiol. 82, 367 (2006). doi:10.1562/2005-04-11-RA-485
- F. Yang, L.G. Moss, and G.N. Phillips Jr, Nat. Biotechnol. 14, 1246 (1996). doi:10.1038/nbt1096-1246
- O.V. Stepanenko, V. V. Verkhusha, M. M. Shavlovsky, I. M. Kuznetsova, V. N. Uversky, and K. K. Turoverov, Proteins 73, 539 (2008). doi:10.1002/prot.22089
- F. Terenziani, C. Katan, E. Badaeva, S. Tretiak, and M. Blanchard-Desce, Adv. Mater. 20, 4641 (2008). doi:10.1002/adma.200800402