277
Views
3
CrossRef citations to date
0
Altmetric
Molecular Physics in China

One- and two-photon absorption spectra of the yellow fluorescent protein citrine: effects of intramolecular electron-vibrational coupling and intermolecular interactions

, &
Pages 885-897 | Received 28 Sep 2017, Accepted 02 Jan 2018, Published online: 08 Feb 2018

References

  • M. Drobizhev, N.S. Makarov, S.E. Tillo, T.E. Hughes, and A. Rebane, Nat. Methods 8, 393 (2011). doi:10.1038/nmeth.1596
  • O. Griesbeck, G.S. Baird, R.E. Campbell, D.A. Zacharias, and R.Y. Tsien, J. Biol. Chem. 276, 29188 (2001). doi:10.1074/jbc.M102815200
  • M. Cotlet, J. Hofkens, M. Maus, T. Gensch, M.V. Auweraer, J. Michiels, G. Dirix, M. V. Guyse, J. Vanderleyden, A.J.W. G. Visser, and F. C. D. Schryver,J. Phys. Chem. B 105, 4999 (2001). doi:10.1021/jp003813i
  • A.A. Heikal, S.T. Hess, G.S. Baird, R.Y. Tsien, and W.W. Webb, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 97, 11996 (2000). doi:10.1073/pnas.97.22.11996
  • M. Ormö, A. B. Cubitt, K. Kallio, L.A. Cross, R. Y. Tsien, and J. Remington, Science 273, 1392 (1996). doi:10.1126/science.273.5280.1392
  • R.M. Wachter, M.-A. Elsliger, K. Kallio, G.T. Hanson, and S.J. Remington, Structure 6, 1267 (1998). doi:10.1016/S0969-2126(98)00127-0
  • A. Miyawaki, J. Llopis, R. Heim, J. M. McCaffery, J. A. Adams, M. Ikura, and R. Y. Tsie, Nature 388, 882 (1997). doi:10.1038/42264
  • A.A. Pakhomov and V.I. Martynov, Chem. Biol. 15, 755 (2008). doi:10.1016/j.chembiol.2008.07.009
  • A.D. Kummer, J. Wiehler, H. Rehaber, C. Kompa, B. Steipe, and M. E. Michel-Beyerle, J. Phys. Chem. B 104, 4791 (2000). doi:10.1021/jp9942522
  • J.W. Park and Y.M. Rhee, Phys. Chem. Chem. Phys. 18, 3944 (2016). doi:10.1039/C5CP07535A
  • G. Jung, J. Wiehler, and A. Zumbusch, Biophys. J. 88, 1932 (2005). doi:10.1529/biophysj.104.044412
  • C. Filippi, M. Zaccheddu, and F. Buda, J. Chem. Theory Comput. 5, 2074 (2009). doi:10.1021/ct900227j
  • E. Epifanovsky, I. Polyakov, B. Grigorenko, A. Nemukhin, and A.I. Krylov, J. Chem. Theory Comput. 5, 1895 (2009). doi:10.1021/ct900143j
  • M.E. Martin, F. Negri, and M. Olivucci, J. Am. Chem. Soc. 126, 5452 (2004). doi:10.1021/ja037278m
  • T. Laino, R. Nifosì, and V. Tozzini, Chem. Phys. 298, 17 (2004). doi:10.1016/j.chemphys.2003.10.040
  • D. Xie and J. Zeng, J. Comput. Chem. 26, 1487 (2005). doi:10.1002/jcc.20273
  • M. Wanko, P. García-Risueño, and A. Rubio, Phys. Status Solidi B 249, 392 (2012). doi:10.1002/pssb.201100536
  • J. Dong, K.M. Solntsev, and L.M. Tolbert, J. Am. Chem. Soc. 128, 12038 (2006). doi:10.1021/ja063128a
  • S.B. Nielsen, A. Lapierre, J. U. Andersen, U. V. Pedersen, S. Tomita, and L. H.Andersen, Phys. Rev. Lett. 87, 228102 (2001). doi:10.1103/PhysRevLett.87.228102
  • L.H. Anderse, A. Lapierre, S. B. Nielsen, I. B. Nielsen, S. U. Pedersen, U. V. Pedersen, and S.Tomita, , Eur. Phys. J. D 20, 597 (2002). doi:10.1140/epjd/e2002-00141-0
  • L.H. Andersen, H. Bluhme, S. Boyé, T. J. D. Jørgensen, H. Krogh, I. B. Nielsen, S. B. Nielsena and A. Svendsena, Phys. Chem. Chem. Phys. 6, 2617 (2004). doi:10.1039/B315763F
  • M.D. Davari, F.J.A. Ferrer, D. Morozov, F. Santoro, and G. Groenhof, Chem. Phys. Chem. 15, 3236 (2014). doi:10.1002/cphc.201402355
  • A.A. Voityuk, M.-E. Michel-Beyerle, and N. Rösch, Chem. Phys. Lett. 272, 162 (1997). doi:10.1016/S0009-2614(97)88003-7
  • C.X. Ye, H.L. Ma, and W.Z. Liang, Acta Phys. Chim. Sin. 32, 301 (2016). doi:10.3866/PKU.WHXB201512112
  • M.W. Forbes and R.A. Jockusch, J. Am. Chem. Soc. 131, 17038 (2009). doi:10.1021/ja9066404
  • Y. Ai, G. Tian, and Y. Luo, Mol. Phys. 111, 1316 (2013). doi:10.1080/00268976.2013.771800
  • E. Kamarchik and A.I. Krylov, J. Phys. Chem. Lett. 2, 488 (2011). doi:10.1021/jz101616g
  • M. SchrÖter, S. D. Ivanov, J. Schulze, S. P. Polyutov, Y.Yan, and T.Pullerits, O.Kühn, Phys. Rep. 567, 1 (2015). doi:10.1016/j.physrep.2014.12.001
  • V. May and K. Oliver, Charge and Energy Transfer Dynamics in Molecular Systems (WILEY-VCH Verlag GmbH and Co. KGaA, Weinheim, 2011).
  • H.L. Ma, Y. Zhao, and W.Z. Liang, J. Chem. Phys. 140, 094107 (2014). doi:10.1063/1.4867273
  • W.Z. Liang, H.L. Ma, H. Zang, and C.X. Ye, Int. J. Quantum Chem. 115, 550 (2015). doi:10.1002/qua.24824
  • W.M. McClain, J. Chem. Phys. 55, 2789 (1971). doi:10.1063/1.1676494
  • D.S. Chemla, Nonlinear Optical Properties of Organic Molecules and Crystals (Academic Press, USA, 1987), Vol. 1.
  • Y.-R. Shen, The Principles of Nonlinear Optics (Wiley-Interscience, New York, 1984), p. 575.
  • D.M. Bishop, J.M. Luis, and B. Kirtman, J. Chem. Phys. 116, 9729 (2002). doi:10.1063/1.1477179
  • D.W. Silverstein and L. Jensen, J. Chem. Phys. 136, 064111 (2012). doi:10.1063/1.3684236
  • F. Santoro, C. Cappelli, and V. Barone, J. Chem. Theory Comput. 7, 1824 (2011). doi:10.1021/ct200054w
  • F.F.J. Avila, V. Barone, C. Cappelli, and F. Santoro, J. Chem. Theory Comput. 9, 3597 (2013). doi:10.1021/ct400197y
  • K. Aidas, C. Angeli, K.L. Bak, V. Bakken, R. Bast, L. Boman, O. Christiansen, R. Cimiraglia, S. Coriani, J. Cukras, P. Dahle, E. K. Dalskov, U. Ekström, T. Enevoldsen, J. J. Eriksen, P. Ettenhuber, B. Fernández, L. Ferrighi, H. Fliegl, L. Frediani, K. Hald, A. Halkier, C. Hättig, H. Heiberg, T. Helgaker, A. C. Hennum, H. Hettema, E. Hjertenæs, S. Høst, I.-M. Høyvik, M. F. Iozzi, B. Jansik, H. J. Aa. Jensen, D. Jonsson, P. Jørgensen, J. Kauczor, S. Kirpekar, T. Kjærgaard, W. Klopper, S. Knecht, R. Kobayashi, H. Koch, J. Kongsted, A. Krapp, K. Kristensen, A. Ligabue, O. B. Lutnæs, J. I. Melo, K. V. Mikkelsen, R. H. Myhre, C. Neiss, C. B. Nielsen, P. Norman, J. Olsen, J. M. H. Olsen, A. Osted, M. J. Packer, F. Pawlowski, T. B. Pedersen, P. F. Provasi, S. Reine, Z. Rinkevicius, T. A. Ruden, K. Ruud, V. Rybkin, P. Salek, C. C. M. Samson, A. Sánchez de Merás, T. Saue, S. P. A. Sauer, B. Schimmelpfennig, K. Sneskov, A. H. Steindal, K. O. Sylvester-Hvid, P. R. Taylor, A. M. Teale, E. I. Tellgren, D. P. Tew, A. J. Thorvaldsen, L. Thøgersen, O. Vahtras, M. A. Watson, D. J. D. Wilson, M. Ziolkowski, and H. Âgren, “The Dalton quantum chemistry program system”, WIREs Comput. Mol. Sci.4, 269(2014). doi: 10.1002/wcms.1172.
  • J. Tomasi, B. Mennucci, and R. Cammi, Chem. Rev. 105, 2999 (2005). doi:10.1021/cr9904009
  • M. Cossi and V. Barone, J. Chem. Phys. 115, 4708 (2001). doi:10.1063/1.1394921
  • J. Liu and W.Z. Liang, J. Chem. Phys. 135, 014113 (2011). doi:10.1063/1.3605504
  • J. Liu and W.Z. Liang, J. Chem. Phys. 135, 184111 (2011). doi:10.1063/1.3659312
  • J. Liu and W.Z. Liang, J. Chem. Phys. 138, 024101 (2013). doi:10.1063/1.4773397
  • Q. Zeng, J. Liu, and W.Z. Liang, J. Chem. Phys. 140, 18A506 (2014). doi:10.1063/1.4863563
  • Q. Zeng and W.Z. Liang, J. Chem. Phys. 143, 134104 (2015). doi:10.1063/1.4931734
  • Y. Shao, Z. Gan, E. Epifanovsky, A. T.B. Gilbert, M. Wormit, J. Kussmann, A. W. Lange, A. Behn, J. Deng, X. Feng, D. Ghosh, M. Goldey, P. R. Horn, L. D. Jacobson, I. Kaliman, R. Z. Khaliullin, T. Kuś, A. Landau, J. Liu, E. I. Proynov, Y. M. Rhee, R. M. Richard, M. A. Rohrdanz, R. P. Steele, E. J. Sundstrom, H. L. Woodcock III, P. M. Zimmerman, D. Zuev, B. Albrecht, E. Alguire, B. Austin, G. J. O. Beran, Y. A. Bernard, E. Berquist, K. Brandhorst, K. B. Bravaya, S. T. Brown, D. Casanova, C.-M. Chang, Y. Chen, S. H. Chien, K. D. Closser, D. L. Crittenden, M. Diedenhofen, R. A. DiStasio Jr, H. Do, A. D. Dutoi, R. G. Edgar, S. Fatehi, L. Fusti-Molnar, A. Ghysels, A. Golubeva-Zadorozhnaya, J. Gomes, M. W.D. Hanson-Heine, P. H. P. Harbach, A. W. Hauser, E. G. Hohenstein, Z. C. Holden, T.-C. Jagau, H. Ji, B. Kaduk, K. Khistyaev, J. Kim, J. Kim, R. A. King, P. Klunzinger, D. Kosenkov, T. Kowalczyk, C. M. Krauter, K. U. Lao, A. D. Laurent, K. V. Lawler, S. V. Levchenko, C. Y. Lin, F. Liu, E. Livshits, R. C. Lochan, A .Luenser, P. Manohar, S. F. Manzer, S.-P.Mao, N. Mardirossian, A. V. Marenich, S. A. Maurer, N. J. Mayhall, E. Neuscamman, C. M. Oana, R. Olivares-Amaya, D. P. O’Neill, J. A. Parkhill, T. M. Perrine, R. Peverati, A. Prociuk, D. R. Rehn, E. Rosta, N. J. Russ, S. M. Sharada, S. Sharma, D. W. Small, A. Sodt, T. Stein, D. Stück, Y.-C. Su, A. J. W. Thom, T. Tsuchimochi, V. Vanovschi, L. Vogt, O. Vydrov, T. Wang, M. A. Watson, J. Wenzel, A. White, C. F. Williams, J. Yang, S. Yeganeh, S. R. Yost, Z.-Q. You, I. Y. Zhang, X. Zhang, Y. Zhao, B. R. Brooks, G. K. L. Chan, D. M. Chipman, C. J. Cramer, W. A. Goddard III, M. S. Gordon, W. J. Hehre, A. Klamt, H. F. Schaefer III, M.W. Schmidt, C. D. Sherrill, D. G. Truhlar, A. Warshel, X. Xu, A. Aspuru-Guzik, R. Baer, A. T. Bell, N. A. Besley, J.-D. Chai, A. Dreuw, B. D. Dunietz, T. R. Furlani, S. R. Gwaltney, C.-P. Hsu, Y. Jung, J. Kong, D. S. Lambrecht, W. Z. Liang, C. Ochsenfeld, V. A. Rassolov, L. V. Slipchenko, J. E. Subotnik, T. V. Voorhis, J. M. Herbert, A. I. Krylov, P. M.W. Gill, M. Head-Gordon, Mol. Phys. 113, 184 (2015). doi:10.1080/00268976.2014.952696
  • H.L. Woodcock, Milan Hodošček, Andrew T. B. Gilbert, Peter M. W. Gill, Henry F. Schaefer III, and B. R. Brooks, J. Comput. Chem. 28, 1485 (2007). doi:10.1002/jcc.20587
  • B.R. Brooks, C. L. Brooks III, A. D. Mackerell Jr., L. Nilsson, R. J. Petrella, B. Roux, Y. Won, G. Archontis, C. Bartels, S. Boresch, A. Caflisch, L. Caves, Q. Cui, A. R. Dinner, M. Feig, S. Fischer, J. Gao, M. Hodoscek, W. Im, K. Kuczera, T. Lazaridis, J. Ma, V. Ovchinnikov, E. Paci, R. W. Pastor, C. B. Post, J. Z. Pu, M. Schaefer, B. Tidor, R. Venable, H. L. Woodcock, X. Wu, W. Yang, D. M. York, and M. Karplus, J. Comput. Chem. 30, 1545 (2009). doi:10.1002/jcc.21287
  • A.D. MacKerell Jr, D. Bashford, M. Bellott, R. L. Dunbrack Jr, J. D. Evanseck, M. J. Field, S. Fischer, J. Gao, H. Guo, S. Ha, D. Joseph-McCarthy, L. Kuchnir, K. Kuczera, F. T. K. Lau, C. Mattos, S. Michnick, T. Ngo, D. T. Nguyen, B. Prodhom, W. E. Reiher, B. Roux, M. Schlenkrich, J. C. Smith, R. Stote, J. Straub, M. Watanabe, J. Wiórkiewicz-Kuczera, D. Yin, and M. Karplus, J. Phys. Chem. B 102, 3586 (1998). doi:10.1021/jp973084f
  • A.D. MacKerell Jr, M. Feig, and C.L. Brooks III, J. Am. Chem. Soc. 126, 698 (2003). doi:10.1021/ja036959e
  • W.L. Jorgensen, J. Chandrasekhar, J.D. Madura, R.W. Impey, and M.L. Klein, J. Chem. Phys. 79, 926 (1983). doi:10.1063/1.445869
  • N. Reuter, H. Lin, and W. Thiel, J. Phys. Chem. B 106, 6310 (2002). doi:10.1021/jp014476w
  • F. Chen, Q. Zeng, W. Zhuang, and W.Z. Liang, J. Phys. Chem. B 120, 9833 (2016). doi:10.1021/acs.jpcb.6b04708
  • J.M. Olsen, K. Aidas, and J. Kongsted, J. Chem. Theory Comput. 6, 3721 (2010). doi:10.1021/ct1003803
  • N.H. List, J.M.H. Olsen, H.J.A. Jensen, A.H. Steindal, and J. Kongsted, J. Phys. Chem. Lett. 3, 3513 (2012). doi:10.1021/jz3014858
  • A.H. Steindal, J.M.H. Olsen, K. Ruud, L. Frediani, and J. Kongsted, Phys. Chem. Chem. Phys. 14, 5440 (2012). doi:10.1039/c2cp23537d
  • A.D. Becke, J. Chem. Phys. 98, 5648 (1993). doi:10.1063/1.464913
  • P.-O. Widmark, P.-Å. Malmqvist, and B.O. Roos, Theor. Chim. Acta 77, 291 (1990). doi:10.1007/BF01120130
  • L. Gagliardi, R. Lindh, and G. Karlström, J. Chem. Phys. 121, 4494 (2004). doi:10.1063/1.1778131
  • F. Aquilante, L. D. Vico, N. Ferré, G. Ghigo, P. Malmqvist, P. Neogrády, T. B. Pedersen, M. Pitoňák, M. Reiher, B. O. Roos, L. Serrano-Andrés, M. Urban, V. Veryazov, and R.Lindh, J. Comput. Chem. 31, 224 (2010). doi:10.1002/jcc.21318
  • D.W. Zhang and J.Z.H. Zhang, J. Chem. Phys. 119, 3599 (2003). doi:10.1063/1.1591727
  • R.L. Martin, J. Chem. Phys. 118, 4775 (2003). doi:10.1063/1.1558471
  • V. Helms, C. Winstead, and P. Langhoff, J. Mol. Struct. 506, 179 (2000). doi:10.1016/S0166-1280(00)00411-5
  • A.A. Voityuk, M.-E. Michel-Beyerle, and N. Rösch, Chem. Phys. 231, 13 (1998). doi:10.1016/S0301-0104(98)00080-9
  • J.-Y. Hasegawa, K. Fujimoto, B. Swerts, T. Miyahara, and H. Nakatsuji, J. Comput. Chem. 28, 2443 (2007). doi:10.1002/jcc.20667
  • M.T.P. Beerepoot, D.H. Friese, and K. Ruud, Phys. Chem. Chem. Phys. 16, 5958 (2014). doi:10.1039/c3cp55205e
  • M. Drobizhev, N.S. Makarov, S.E. Tillo, T.E. Hughes, and A. Rebane, J. Phys. Chem. B 116, 1736 (2012). doi:10.1021/jp211020k
  • S.L. Maddalo and M. Zimmer, Photochem. Photobiol. 82, 367 (2006). doi:10.1562/2005-04-11-RA-485
  • F. Yang, L.G. Moss, and G.N. Phillips Jr, Nat. Biotechnol. 14, 1246 (1996). doi:10.1038/nbt1096-1246
  • O.V. Stepanenko, V. V. Verkhusha, M. M. Shavlovsky, I. M. Kuznetsova, V. N. Uversky, and K. K. Turoverov, Proteins 73, 539 (2008). doi:10.1002/prot.22089
  • F. Terenziani, C. Katan, E. Badaeva, S. Tretiak, and M. Blanchard-Desce, Adv. Mater. 20, 4641 (2008). doi:10.1002/adma.200800402

Reprints and Corporate Permissions

Please note: Selecting permissions does not provide access to the full text of the article, please see our help page How do I view content?

To request a reprint or corporate permissions for this article, please click on the relevant link below:

Academic Permissions

Please note: Selecting permissions does not provide access to the full text of the article, please see our help page How do I view content?

Obtain permissions instantly via Rightslink by clicking on the button below:

If you are unable to obtain permissions via Rightslink, please complete and submit this Permissions form. For more information, please visit our Permissions help page.