References
- Samanta , S. , Chakrabarti , J. and Bhattacharyya , D. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 429 – 442 .
- Carra , C. and Cucinotta , F. A. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 407 – 427 .
- Roy , S. and Thakur , A. R. 2011 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 729 – 742 .
- Rohs , R. 2011 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 1152 – 1152 .
- Liu , P. , Rohs , R. , Mann , R. and Honig , B. 2011 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 1155 – 1155 .
- Roy , S. and Thakur , A. R. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 443 – 455 .
- Jen-Jacobson , L. 1997 . Biopolymers , 44 : 153 – 180 .
- Jen-Jacobson , L. , Engler , L. E. and Jacobson , L. A. 2000 . Structure , 8 : 1015 – 1023 .
- Pingoud , A. and Jeltsch , A. 2001 . Nucl Acids Res , 29 : 3705 – 3727 .
- Hedgpeth , J. , Goodman , H. M. and Boyer , H. W. 1972 . Proc Nat Acad Sci USA , 69 : 3448 – 3452 .
- Needels , M. C. , Fried , S. R. , Love , R. , Rosenberg , J. M. , Boyer , H. W. and Greene , P. J. 1989 . Proc Natl Acad Sci , 86 : 3579 – 3583 .
- Fritz , A. , Küster , W. and Alves , J. 1998 . FEBS Lett , 438 : 66 – 70 .
- Alves , J. , Rueter , T. , Geiger , R. , Fliess , A. , Maass , G. and Pingoud , A. 1989 . Biochemistry , 28 : 2678 – 2684 .
- Hager , P. W. , Reich , N. O. , Day , J. P. , Coche , T. G. , Boyer , H. W. , Rosenberg , J. M. and Greene , P. J. 1990 . J Biol Chem , 265 : 21520 – 21526 .
- Rosati , O. , Srivastava , T. K. , Katti , S. B. and Alves , J. 2002 . Biochem Biophys Res Comm , 295 : 198 – 205 .
- Olson , W. K. , Gorin , A. A. , Lu , X.-J. , Hock , L. M. and Zhurkin , V. B. 1998 . Proc Nat Acad Sci USA , 95 : 11163 – 11168 .
- Jayaram , B. , McConnell , K. J. , Dixit , S. B. and Beveridge , D. L. 1999 . J Comput Phys , 151 : 333 – 357 .
- Lankas , F. , Sponer , J. , Langowski , J. and Cheatham , T. E. III . 2003 . Biophys J , 85 : 2872 – 2883 .
- Lankas , F. , Sponer , J. , Langowski , J. and Cheatham , T. E. III . 2004 . J Am Chem Soc , 126 : 4124 – 4125 .
- Fujii , S. , Kono , H. , Takenaka , S. , Go , N. and Sarai , A. 2007 . Nucl Acids Res , 35 : 6063 – 6074 .
- Ayadi , L. , Coulombeau , C. and Lavery , R. 2000 . J Biomol Struct Dyn , 17 : 645 – 653 .
- Madhumalar , A. and Bansal , M. 2005 . J Biomol Struct Dyn , 23 : 13 – 28 .
- Lesser , D. R. , Kurpiewski , M. R. , Waters , T. , Connolly , B. A. and Jen-Jacobson , L. 1993 . Proc Natl Acad Sci USA , 90 : 7548 – 7552 .
- Sidorova , N. Y. and Rau , D. C. 1996 . Proc Nat Acad Sci USA , 93 : 12272 – 12277 .
- Rohs , R. , West , S. M. , Sosinsky , A. , Liu , P. , Mann , R. S. and Honig , B. 2009 . Nature , 461 : 1248 – 1253 .
- Eisenmesser , E. Z. , Bosco , D. A. , Akke , M. and Kern , D. 2002 . Science , 295 : 1520 – 1523 .
- Wang , L. , Pang , Y. , Holder , T. , Brender , J. R. , Kurochkin , A. V. and Zuiderweg , E. R. P. 2001 . Proc Natl Acad Sci USA , 98 : 7684 – 7689 .
- Su , J. G. , Xu , X. J. , Li , C. H. , Chen , W. Z. and Wang , C. X. 2011 . J Biomol Struct Dyn , 29 : 105 – 121 .
- Martinez , R. , Schwaneberg , U. and Roccatano , D. 2011 . Protein Engineering Design and Selection , 24 : 533 – 544 .
- Kalodimos , C. G. , Biris , N. , Bonvin , A. M.J. J. , Levandoski , M. M. , Guennuegues , M. , Boelens , R. and Kaptein , R. 2004 . Science , 305 : 386 – 389 .
- Cave , J. W. , Kremer , W. and Wemmer , D. E. 2000 . Protein Sci , 9 : 2354 – 2365 .
- Brown , C. , Campos-León , K. , Strickland , M. , Williams , C. , Fairweather , V. , Brady , R. L. , Crump , M. P. and Gaston , K. 2011 . Nuc Acids Res , 39 : 2969 – 2980 .
- Doruker , P. , Nilsson , L. and Kurkcuoglu , O. 2006 . J Biomol Struct Dyn , 24 : 1 – 16 .
- Uyar , A. , Kurkcuoglu , O. , Nilsson , L. and Doruker , P. 2011 . Phys Biol , 8 : 056001
- Fuxreiter , M. , Simon , I. and Bondos , S. 2011 . Trends in Biochemical Sciences , 36 : 415 – 423 .
- Csermely , P. , Palotai , R. and Nussinov , R. 2010 . Tr Biochem Sci , 35 : 539 – 546 .
- Olmez , E. O. and Alakent , B. 2011 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 675 – 693 .
- Xu , X. , Su , J. , Chen , W. and Wang , C. 2011 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 717 – 727 .
- Zhou , Z.-L. , Zhao , J.-H. , Liu , H.-L. , Wu , J. W. , Liu , K.-T. , Chuang , C.-K. , Tsai , W.-B. and Ho , Y. 2011 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 743 – 758 .
- Jani , V. , Sonavane , U. B. and Joshi , R. 2011 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 845 – 860 .
- Zhang , J. and Liu , D. D. W. 2011 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 861 – 869 .
- Zhuohang , M. , Ji , L. and Hongwei , Y. 2011 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 871 – 879 .
- Varughese , J. F. and Li , Y. 2011 . J Biomol Struct Dyn , 29 : 123 – 135 .
- Purohit , R. , Rajendran , V. and Sethumadhavan , R. 2011 . J Biomol Struct Dyn , 29 : 137 – 152 .
- Li , P. , Tan , J. J. , Liu , M. , Zhang , X. Y. , Chen , W. Z. and Wang , C. X. 2011 . J Biomol Struct Dyn , 29 : 311 – 323 .
- Zhang , J. 2011 . J Biomol Struct Dyn , 29 : 369 – 377 .
- Behmard , E. , Abdolmaleki , P. , Asadabadi , E. B. and Jahandideh , S. 2011 . J Biomol Struct Dyn , 29 : 379 – 389 .
- Wiesner , J. , Kriz , Z. , Kuca , K. , Jun , D. and Koca , J. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 393 – 403 .
- Tao , Y. , Rao , Z. H. and Liu , S. Q. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 143 – 157 .
- Koshy , C. , Parthiban , M. and Sowdhamini , R. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 71 – 83 .
- Kalodimos , C. G. , Biris , N. , Bonvin , A. M.J. J. , Levandoski , M. M. , Guennuegues , M. , Boelens , R. and Kaptein , R. 2004 . Science , 305 : 386 – 389 .
- Zhang , J. , Chalmers , M. J. , Stayrook , K. R. , Burris , L. L. , Wang , Y. , Busby , S. A. , Pascal , B. D. , Garcia-Ordonez , R. D. , Bruning , J. B. , Istrate , M. A. , Kojetin , D. J. , Dodge , J. A. , Burris , T. P. and Griffin , P. R. 2011 . Nat Struct Mol Biol , 18 : 556 – 563 .
- Lesser , D. , Kurpiewski , M. and Jen-Jacobson , L. 1990 . Science , 250 : 776 – 786 .
- Kim , Y. , Grable , J. C. , Love , R. , Greene , P. J. and Rosenberg , J. M. 1990 . Science , 249 : 1307 – 1309 .
- Rosenberg , J. M. 1991 . Curr Opin Struct Biol , 1 : 104 – 113 .
- Guex , N. and Peitsch , M. C. 1997 . Electrophoresis , 18 : 2714 – 2723 .
- Hess , B. , Kutzner , C. , van der Spoel , D. and Lindahl , E. 2008 . J Chem Theor Comput , 4 : 435 – 447 .
- Pérez , A. , Marchán , I. , Svozil , D. , Sponer , J. , Cheatham , T. E. , Laughton , C. A. and Orozco , M. 2007 . Biophys J , 92 : 3817 – 3829 .
- Duan , Y. , Wu , C. , Chowdhury , S. , Lee , M. C. , Xiong , G. , Zhang , W. , Yang , R. , Cieplak , P. , Luo , R. , Lee , T. , Caldwell , J. , Wang , J. and Kollman , P. 1999–2012 . J Comput Chem , 24 2003.
- Jorgensen , W. L. , Chandrasekhar , J. , Madura , J. D. , Impey , R. W. and Klein , M. L. 1983 . J Chem Phys , 79 : 926 – 935 .
- Joung , I. S. and Cheatham , T. E. 2008 . J Phys Chem B , 112 : 9020 – 9041 .
- Kurpiewski , M. R. , Engler , L. E. , Wozniak , L. A. , Kobylanska , A. , Koziolkiewicz , M. , Stec , W. J. and Jen-Jacobson , L. 2004 . Structure , 12 : 1775 – 1788 .
- Darden , T. , York , D. and Pedersen , L. 1993 . J Chem Phys , 98 : 10089 – 10092 .
- Ryckaert , J.-P. , Ciccotti , G. and Berendsen , H. J. C. 1977 . J Comput Phys , 23 : 327 – 341 .
- Huitema , H. and Liere , R. V. 11th IEEE Visualization 2000 Proceedings IEEE Computer Society .
- Barrett , C. P. , Hall , B. A. and Noble , M. E. M. 2004 . Acta Crystallogr D , 60 : 2280 – 2287 .
- Humphrey , W. , Dalke , A. and Schulten , K. 1996 . J Molec Graphics , 14 : 33 – 38 .
- Lu , X. J. and Olson , W. K. 2003 . Nucl Acids Res , 31 : 5108 – 5121 .
- Lu , X.-J. and Olson , W. K. 2008 . Nat Protoc , 3 : 1213 – 1227 .
- Kurpiewski , M. R. , Engler , L. E. , Wozniak , L. A. , Kobylanska , A. , Koziolkiewicz , M. , Stec , W. J. and Jen-Jacobson , L. 2004 . Structure , 12 : 1775 – 1788 .
- Jen-Jacobson , L. , Lesser , D. and Kurpiewski , M. 1986 . Cell , 45 : 619 – 629 .