References and Footnotes
- Kennard , O. and Hunter , W. N. 1991 . Angew. Chem. Int. Ed. Engl. , 30 : 1254
- Dickerson , R. E. , Grzeskowiak , K. , Grzeskowiak , M. , Kopka , M. L. , Larsen , T. , Lipanov , A. , Privé , G. G. , Quintana , J. , Schultze , P. , Yanagi , K. , Yuan , H. and Yoon , H.-C. 1991 . Nucleotid Nucleosid. , 10 : 3
- Bubienko , E. , Cruz , P. , Thomason , J. F. and Borer , P. N. 1993 . Prog. Nucl Acid Res. , 10 : 41
- Hunter , C. A. 1993 . J. Mol. Biol. , 230 : 1025
- Šponer , J. and Kypr , J. 1990 . J. Biomol. Struct. Dyn. , 7 : 1211
- Friedman , R. A. and Honig , B. 1992 . Biopolymers , 32 : 145
- Srinivasan , A. R. , Torres , R. , Clark , W. and Olson , W. K. 1987 . J. Biomol. Struct. Dyn. , 5 : 459
- Šponer , J. and Kypr , J. 1991 . J. Mol. Biol , 221 : 761
- Šponer , J. and Kypr , J. 1991 . Theoretical Biochemistry and Molecular Biophysics Edited by: Beveridge , D. L. and Lavery , R. Vol. I , 271 NY : Adenine Press .
- Šponer , J. and Kypr , J. 1993 . J. Biomol. Struct. Dyn. , 11 in press
- Mohanty , D. and Bansal , M. 1991 . J. Biomol. Struct. Dyn. , 9 : 127
- Bernstein , F. C. , Koetzle , T. F. , Williams , G. J.B. , Mayer , G. F. , Brice , M. D. , Rotgers , J. R. , Kennard , O. , Shimanouchi , T. and Tasumi , M. 1977 . J. Mol. Biol. , 112 : 535
- Lifson , S. , Hagler , A. T. and Dauber , P. 1979 . J. Am. Chem. Soc. , 101 : 5111
- Weiner , S. , Kollman , P. , Case , D. , Singh , V. , Ghio , C. , Alagona , G. , Profeta , S. and Weiner , P. 1984 . J. Am. Chem. Soc. , 106 : 765
- Tung , C.-S. and Harvey , S. C. 1986 . J. Biol. Chem. , 261 : 3700
- Van Gunsteren , W. F. and Berendsen , H. J.C. Groningen Molecular Simulation System, BIOMOS b.v., Biomol, Software. Laboratory of Physical Chemistry Groningen , , The Netherlands : University of Groningen .
- Zhurkin , V. B. , Poltev , V. I. and Florentev , V. L. 1980 . Mol. Biol. (Moscow) , 14 : 1116
- Brooks , B. R. , Braccoleri , R. E. , Olafson , B. D. , States , D. J. , Swaminathan , S. and Karplus , M. 1983 . J. Comput. Chem. , 4 : 187
- Veal , J. M. and Wilson , W. D. 1991 . J. Biomol. Struct. Dyn. , 8 : 1119
- Leszczynski , J. 1992 . Int. J. Quantum Chem. Quant. Biol. Symp. , 19 : 43
- Šponer , J. , Burcl , R. and Hobza , P. submitted
- Šponer , J. and Hobza , P. J. Mol. Struct. (THEOCHEM). , in press
- Riggs , N. V. 1991 . Chem. Phys Lett. , 177 : 447
- Rao , S. N. and Kollman , P. A. 1990 . Biopolymers , 29 : 517
- Drew , H. R. , Wing , R. M. , Takano , T. , Broka , C. , Tanaka , S. , Itakura , K. and Dickerson , R. E. 1981 . Proc. Natl. Acad. Sci. USA , 78 : 2179
- McCall , M. , Brown , T. and Kennard , O. 1985 . J. Mol. Biol. , 183 : 385
- Heinemann , U. and Alings , C. 1989 . J. Mol. Biol. , 210 : 369
- Wing , R. M. , Pjura , P. , Drew , H. R. and Dickerson , R. E. 1984 . EMBO J. , 3 : 1201
- Teng , M.-K. , Usman , N. , Frederick , C. A. and Wang , A. H.-J. 1988 . Nucl. Acids Res. , 16 : 2671
- Privé , G. G. , Heinemann , U. , Chandrasegaran , S. , Kan , L.-S. , Kopka , M. L. and Dickerson , R. E. 1987 . Science , 238 : 498
- Holbrook , S. R. , Dickerson , R. E. and Kim , S.-H. 1985 . Acta Crystallogr. B , 41 : 255
- Fratini , A. V. , Kopka , M. L. , Drew , H. R. and Dickerson , R. E. 1982 . J. Biol. Chem. , 257 : 14686
- Frederick , C. A. , Quigley , G. J. , Vander Marel , G. A. , Van Boom , J. H. , Wang , A. H.-J. and Rich , A. 1988 . J. Biol. Chem. , 263 : 17872
- Pjura , P. E. , Grzeskowiak , K. and Dickerson , R. E. 1987 . J. Mol. Biol. , 197 : 257
- Drew , H. R. , Samson , S. and Dickerson , R. E. 1982 . Proc. Natl. Acad. Sci. USA , 79 : 4040
- Kopka , M. L. , Yoon , C. , Goodsell , D. , Pjura , P. and Dickerson , R. E. 1985 . J. Mol. Biol , 183 : 553
- Yoon , C. , Privé , G. G. , Goodsell , D. S. and Dickerson , R. E. 1988 . Proc. Natl. Acad. Sci. USA , 85 : 6332
- Coll , M. , Aymami , I. , Van der Marel , G. A. , Van Boom , J. H. , Rich , A. and Wang , A. H.-J. 1989 . Biochemistry , 28 : 310
- Coll , M. , Frederick , C. A. , Wang , A. H.-J. and Rich , A. 1987 . Proc. Natl. Acad. Sci. USA , 84 : 8385
- Jain , S. , Zon , G. and Sundaralingam , M. 1989 . Biochemistry , 28 : 2360
- Lauble , H. , Frank , R. , Bloecker , H. and Heinemann , U. 1988 . Nucl Acids Res. , 16 : 7799
- Heinemann , U. , Lauble , H. , Frank , R. and Bloecker , H. 1987 . Nucl. Acids Res. , 15 : 9531
- Conner , B. N. , Yoon , C. , Dickerson , J. L. and Dickerson , R. E. 1984 . J. Mol. Biol. , 174 : 663
- McCall , M. , Brown , T. , Hunter , W. N. and Kennard , O. 1986 . Nature , 322 : 661
- Wang , A. H.-J. , Quigley , G. J. , Kolpak , J. , Crawford , J. L. , van Boom , J. H. , van der Marel , G. and Rich , A. 1979 . Nature , 282 : 680
- Gessner , R. V. , Frederick , C. A. , Quigley , G. J. , Rich , A. and Wang , A. H.-J. 1989 . J. Biol. Chem. , 264 : 7921
- Chevrier , B. , Dock , A. C. , Hartmann , B. , Leng , M. , Moras , D. , Thuong , M. T. and Westhof , E. 1986 . J. Mol Biol. , 188 : 707
- Drew , H. R. and Dickerson , R. E. 1981 . J. Mol. Biol. , 152 : 723
- Chattopadhyaya , R. , Ikuta , S. , Grzeskowiak , K. and Dickerson , R. E. 1988 . Nature , 334 : 175
- Heinemann , U. and Alings , C. 1991 . EMBO J. , 10 : 35
- Heinemann , U. and Hahn , J. 1992 . Biol Chem. , 267 : 7332
- Privé , G. G. , Yanagi , K. and Dickerson , R. E. 1991 . J. Mol Biol , 217 : 177
- Heinemann , U. , Alings , C. and Bansal , M. 1992 . EMBO J. , 11 : 1931
- Grzeskowiak , K. , Yanagi , K. , Prive , G. G. and Dickerson , R. E. 1991 . J. Biol. Chem. , 266 : 8861
- Quintana , J. R. , Grzeskowiak , K. , Yanagi , K. and Dickerson , R. E. 1992 . J. Mol. Biol. , 225 : 379
- Yuan , H. , Quintana , J. and Dickerson , R. E. 1992 . Biochemistry , 31 : 8009
- Reddy , B. S. , Seshadri , T. P. , Sakore , T. D. and Sobell , H. 1979 . J. Mol. Biol , 135 : 787
- Jain , S. C. , Bhandary , K. K. and Sobell , H. 1979 . Mol. Biol. , 135 : 813
- Bhattacharyya , D. and Bansal , M. 1990 . J. Biomol Struct. Dyn. , 8 : 539
- Yanagi , K. , Privé , G. G. and Dickerson , R. E. 1991 . J. Mol Biol , 217 : 201
- Van Gunsteren , W. F. and Mark , A. E. 1992 . Eur. J. Biochem. , 204 : 947
- Roterman , I. , Gibson , K. D and Scheraga , H. A. 1989 . J. Biomol. Struct. Dyn. , 7 : 391
- Roterman , I. , Lambert , M. H. , Gibson , K. D. and Scheraga , H. A. 1989 . J. Biomol. Struct. Dyn. , 7 : 421
- Kuriyan , J. , Osapay , K. , Burley , S. K. , Brunger , A. T. , Hendrickson , W. A. and Karplus , M. 1991 . Proteins: Struct. Fund. Genet. , 10 : 340 – 358 .
- Janin , J. 1992 . Biochimie , 72 : 705
- Bhattacharyya , D. and Bansal , M. 1992 . J. Biomol. Struct. Dyn. , 10 : 213