References and Footnotes
- von Heijne , G. 1994 . Ann. Rev. Biophys. Biomol. Struct. , 23 : 167 – 192 .
- Popot , J.-L. 1993 . Curr. Opin. Struct. Biol. , 3 : 532 – 540 .
- Kovacs , H. , Mark , A. E. , Johansson , J. and van Gunsteren , W. F. 1995 . J. Mol. Biol. , 247 : 808 – 822 .
- De Loof , H. , Nilsson , L. and Rigler , R. 1992 . J. Amer. Chem. Soc. , 114 : 4028 – 4035 .
- van Buuren , A. R. and Berendsen , H. J.C. 1993 . Biopolymers , 33 : 1159 – 1166 .
- Gerstein , M. and Lynden-Bell , R. M. 1993 . J. Phys. Chem. , 97 : 2991 – 2999 .
- Efremov , R. G. and Vergoten , G. 1995 . J. Phys. Chem. , 99 : 10658 – 10666 .
- Edholm , O. and Jahning , F. 1988 . Biophys. Chem. , 30 : 279 – 292 .
- Milik , M. and Skolnick , J. 1993 . Proteins: , 15 : 10 – 25 .
- Gersappe , D. , Li , W. and Balazs , A. C. 1993 . J. Chem. Phys. , 99 : 7209 – 7213 .
- Chotia , C. 1974 . Nature (London) , 248 : 338 – 339 .
- Eisenberg , D. and McLachlan , A. D. 1986 . Nature (London) , 319 : 199 – 203 .
- Wesson , L. and Eisenberg , D. 1992 . Protein Sci. , 1 : 227 – 235 .
- Schiffer , C. , Caldwell , J. W. , Kollman , P. A. and Stroud , R. M. 1993 . Mol. Simulation , 10 : 121 – 149 .
- Stouten , P. F.W. , Frommel , C. , Nakamura , H. and Sander , C. 1993 . Mol. Simulation , 10 : 97 – 120 .
- von Freyberg , B. , Richmond , T. J. and Braun , W. 1993 . J. Mol. Biol. , 233 : 275 – 292 .
- Cummings , M. D. , Hart , T. N. and Read , R. J. 1995 . Protein Sci. , 4 : 2087 – 2099 .
- Bernstein , F. C. , Koetzle , T. F. , Williams , G. J.B. , Meyer , E. F. Jr. , Brice , M. D. , Rogers , J. R. , Kennard , O. , Shimanouchi , T. and Tasumi , M. 1977 . J. Mol. Biol. , 112 : 535 – 542 .
- Lawson , C. L. and Hanson , R. J. 1974 . Solving Least Squares Problems. New Jersey : Prentice-Hall .
- von Freyberg , B. and Braun , W. 1991 . J. Comp. Chem. , 12 : 1065 – 1076 .
- Sharp , K. A. , Nicholls , A. , Friedman , R. and Honig , B. 1991 . Biochemistry , 30 : 9686 – 9697 .
- Metropolis , N. , Rosenbluth , A. W. , Teller , A. H. and Teller , E. 1953 . J. Chem. Phys. , 21 : 1087 – 1092 .
- Némethy , G. , Pottle , M. S. and Sheraga , H. A. 1983 . J. Phys. Chem. , 87 : 1883 – 1887 .
- Kabsch , W. and Sander , C. 1983 . Biopolymers , 22 : 2577 – 2637 .
- Brooks , C. L. III , Bruccoleri , R. E. , Olafson , B. D. , States , D. J. , Swaminathan , S. and Karplus , M. 1983 . J. Comp. Chem. , 4 : 187 – 217 .
- Ghose , A. K. and Crippen , G. M. 1986 . J. Comp. Chem. , 7 : 565 – 577 .
- Grigorieff , N. , Ceska , T. A. , Downing , K. H. , Baldwin , J. M. and Henderson , R. 1996 . J. Mol. Biol. , 259 : 393 – 421 .
- Pervushin , K. V. and Arseniev , A. S. 1992 . FEBS Lett. , 308 : 190 – 196 .
- Terwilliger , T. C. and Eisenberg , D. 1982 . J. Biol. Chem. , 257 : 6016 – 6022 .
- Smith , R. , Separovic , F. , Milne , T. J. , Whittaker , A. , Bennett , F. M. , Cornell , B. A. and Makriyannis , A. 1994 . J. Mol. Biol. , 241 : 456 – 466 .
- Blaber , M. , Zhang , X.-J. and Matthews , B. W. 1993 . Science , 260 : 1637 – 1643 .
- Deber , C. M. and Li , S.-C. 1995 . Biopolymers , 37 : 295 – 318 .
- Tirado-Rives , J. and Jorgensen , W. L. 1991 . Biochemistry , 30 : 3864 – 3871 .
- Daggett , V. and Levitt , M. 1992 . J. Mol. Biol. , 223 : 1121 – 1138 .