References and Footnotes
- Yamamoto , T. , Ikawa , S. , Akiyama , T. , Semba , K. , Nomura , N. , Miyajima , N. , Saito , T. and Toyoshima , K. 1986 . Nature , 319 : 230 – 234 .
- Coussens , L. , Yang-Feng , T. L. , Liao , Y. C. , Chen , E. , Gray , A. , McGrath , J. , Seeburg , P. H. , Libermann , T. A. , Schlessinger , J. and Francke , U. 1985 . Science , 230 : 1132 – 1139 .
- Ullrich , A. and Schlessinger , J. 1990 . Cell , 61 : 203 – 212 .
- Bargmann , C. I. , Hung , M. C. and Weinberg , R. A. 1986 . Cell , 45 : 649 – 657 .
- King , C. R. , Kraus , M. H. , DiFiore , P. P. , Paik , S. and Kasprzyk , P. G. 1990 . Semin. Cancer Biol. , 1 : 329 – 337 .
- Sternberg , M. J. and Gullick , W. J. 1990 . Protein Eng. , 3 : 245 – 248 .
- Bargmann , C. I. and Weinberg , R. A . 1988 . Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. , 85 : 5394 – 5398 .
- Cao , H. , Bangalore , L. , Bormann , B. J. and Stern , D. F. 1992 . EMBO J. , 11 : 923 – 932 .
- Brandt-Rauf , P. W. , Pincus , M. R. and Chen , J. M. 1989 . J. Protein Chem. , 8 : 749 – 756 .
- Brandt-Rauf , P. W. , Rackovsky , S. and Pincus , M. R. 1990 . Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. , 87 : 8660 – 8664 .
- Brandt-Rauf , P. W. , Pincus , M. R. and Monaco , R. 1995 . J. Protein Chem. , 14 : 33 – 40 .
- Garnier , N. , Genest , D. , Hebert , E. and Genest , M. 1994 . J. Biomol. Struct. Dyn. , 11 : 983 – 1002 .
- Sternberg , M. J. and Gullick , W. J. 1989 . Nature , 339 : 587
- Smith , S. O. , Smith , C. S. and Bormann , B. J. 1996 . Nat. Struct. Biol. , 3 : 252 – 258 .
- Garnier , N. , Genest , D. , Duneau , J. P. and Genest , M. 1997 . Biopolymers , 42 : 157 168
- Duneau , J. P. , Genest , D. and Genest , M. 1996 . J. Biomol. Struct. Dyn. , 13 : 753 – 769 .
- Shirley , W. A. and Brooks , C. L. III . 1997 . Proteins Struct. Func. Genet. , 28 : 59 – 71 .
- van Gunsteren , W. F. 1987 . GROMOS, Groningen Molecular Simulation System (BIOMOS Biomolecular Software b.v. Groningen
- Brooks , B. R. , Bruccoleri , R. E. , Olafson , B. D. , States , D. J. , Swaminathan , S. and Karplus , M. 1983 . J. Comp. Chem. , 79 : 187 – 217 .
- Ryckaert , J. P. , Ciccotti , G. and Berendsen , H. J.C. 1977 . J. Comput. Phys. , 23 : 327
- Chou , P. Y. and Fasman , G. D. 1978 . Annu. Rev. Biochem. , 47 : 251 – 276 .
- Merutka , G. , Lipton , W. , Shalongo , W. , Park , S. H. and Stellwagen , E. 1990 . Biochemistry , 29 : 7511 – 7515 .
- Lyu , P. C. , Liff , M. I. , Marky , L. A. and Kallenbach , N. R . 1990 . Science , 250 : 669 – 673 .
- Lyu , P. C. , Sherman , J. C. , Chen , A. and Kallenbach , N. R. 1991 . Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. , 88 : 5317 – 5320 .
- Merutka , G. and Stellwagen , E. 1990 . Biochemistry , 29 : 894 – 898 .
- Merutka , G. , Shalongo , W. and Stellwagen , E. 1991 . Biochemistry , 30 : 4245 – 4248 .
- O'Neil , K. T. and DeGrado , W. F. 1990 . Science , 250 : 646 – 651 .
- Altmann , K. H. , Wöjcik , J. , Vasquez , M. and Scheraga , H. A. 1990 . Biopolymers , 30 : 107 – 120 .
- Padmanabhan , S. , Marquesee , S. , Ridgeway , T. , Laue , T. M. and Baldwin , R. L. 1990 . Nature , 344 : 268 – 270 .
- Deber , C. M. and Li , S. C. 1995 . Biopolymers , 37 : 295 – 318 .
- Li , S. C. and Deber , C. M. 1992 . F.E.B.S. Lett. , 311 : 217 – 220 .
- Li , S. C. and Deber , C. M. 1993 . J. Biol. Chem. , 268 : 22975 – 22978 .
- Li , S. C. and Deber , C. M. 1994 . Nat. Struct. Biol. , 1 : 558
- Li , S. C. and Deber , C. M. 1992 . Int. J. Pept. Protein Res. , 40 : 243 – 248 .
- TRIPOS Associates, Inc., 1699 South Hanley Road, Suite 303, St. Louis, Missouri
- Dunbrack , R. L. and Karplus , M. 1993 . J. Mol. Biol. , 230 : 543 – 574 .
- Dunbrack , R. L. and Karplus , M. 1994 . Nature Struct. Biol. , 1 : 334 – 340 .
- Brunger , A. T. 1992 . “X-PLOR Manual” Yale University .
- Keefe , L. J. , Sondek , J. , Shortle , D. and Lattman , E. E. 1993 . Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. , 90 : 3275 – 3279 .
- Lakowski , R. A. , MacArthur , M. W. , Moss , D. S. and Thornton , J. M. 1993 . J. Appl. Cryst. , 26 : 283 – 291 .
- Creighton , T. E. 1984 . Proteins: Structures and Molecular Properties - 171 New York : Freeman and co .
- van Gunsteren , W. F. and Berendsen , H. J.C. 1990 . Angew. Chem. Int. Ed. Engl. , 29 : 992 – 1023 .
- Venable , R. M. , Zhang , Y. , Hardy , B. J. and Pastor , R. W. 1993 . Science , 262 : 223 – 226 .
- Treutlein , H. R. , Lemmon , M. A. , Engelman , D. M. and Brunger , A. T. 1992 . Biochemistry , 31 : 12726 – 12732 .
- Adams , P. D. , Engelman , D. M. and Brunger , A. T. 1996 . Proteins Struct. Func. Genet. , 26 : 257 – 261 .
- Kovacs , H. , Mark , A. E. , Johansson , J. and van Gunsteren , W. F. 1995 . J. Mol. Biol. , 247 : 808 – 822 .
- Johansson , J. , Szyperski , T. , Curstedt , T. and Wüthrich , K. 1994 . Biochemistry , 33 : 6015 – 6023 .
- Vandenbussche , G. , Clercx , A. , Curstedt , T. , Johansson , J. , Jornvall , H. and Ruysschaert , J. M. 1992 . Eur. J. Biochem. , 203 : 201 – 209 .
- Iyer , L. K. and Vishveshwara , S. 1996 . Biopolymers , 38 : 401 – 421 .
- van der Spoel , D. , de Groot , B. L. , Hayward , S. , Berendsen , H. J.C. and Vogel , H. J. 1996 . Protein Science , 5 : 2044 – 2053 .
- Rajashankar , K. R. and Ramakumar , S. 1996 . Protein Sciences , 5 : 932 – 946 .
- Tsukihara , T. , Aoyama , H. , Yamashita , E. , Tomizaki , T. , Yamaguchi , H. , Shinzawa-Itoh , K. , Nakashima , R. , Yaono , R. and Yoshikawa , S. 1996 . Science , 272 : 1136 – 1144 .
- Girvin , M. E. and Fillingame , R. H. 1995 . Biochemistry , 34 : 1635 – 1645 .
- Bernstein , F. C. , Koetzle , T. F. , Williams , G. J. , Meyer , E. E. , Brice , M. D. , Rodgers , J. R. , Kennard , O. , Shimanouchi , T. and Tasumi , M. 1977 . J. Mol. Biol. , 112 : 535 – 542 .
- Vainshtein , B. K. , Melik-Adamyan , W. R. , Barynin , V. V. , Vagin , A. A. , Grebenko , A. I. , Borisov , V. V. , Bartels , K. S. , Fita , I. and Rossmann , M. G. 1986 . J. Mol. Biol. , 188 : 49 – 61 .
- Gaffney , B. J. 1996 . Ann. Rev. biophys. biomol. struc. , 25 : 431 – 459 .
- Hasemann , C. A. , Kurumbail , R. G. , Boddupalli , S. S. , Peterson , J. A. and Deisenhofer , J. 1995 . Structure , 3 : 41 – 62 .
- Heinz , D. W. , Baase , W. A. , Dahlquist , F. W. and Matthews , B. W. 1993 . Nature , 361 : 561 – 564 .
- Fiori , W. R. and Millhauser , G. L. 1995 . Biopolymers , 37 : 243 – 250 .
- Scellman , J. A. and Scellman , C. 1963 . The proteins composition structure and functions. Vol II. Neurath New York : Acad. Press .
- Arnott , S. and Wanacott , A. J. 1966 . J. Mol. Biol. , 21 : 371 – 383 .
- Barlow , D. J. and Thornton , J. M. 1988 . J. Mol. Biol. , 201 : 601 – 619 .