22
Views
6
CrossRef citations to date
0
Altmetric
Original Articles

Molecular Modeling of HIV-1 Coreceptor CCR5 and Exploring of Conformational Space of its Extracellular Domain in Molecular Dynamics Simulation

, , , , &
Pages 77-90 | Received 18 Jun 1998, Published online: 21 May 2012

References and Footnotes

  • Samson , M. , Labbe , O. , Mollereau , C. , Vassart , G. and Parmentier , M. 1996 . Biochemistry , 35 : 3362 – 3367 .
  • Dragic , T. , Litwin , V. , Allaway , G. P. , Martin , S. R. , Huang , Y. , Nagashima , K. A. , Cayanan , C. , Maddon , P. J. , Roup , R. A. , Moore , J. P. and Paxton , W. A. 1996 . Nature , 381 : 667 – 673 .
  • Deng , H. , Liu , R. , Ellmeier , W. , Choe , S. , Unutmaz , D. , Burkhart , M. , Marzio , P. D. , Marmon , S. , Sutton , R. E. , Hill , C. M. , Davis , C. B. , Peiper , S. C. , Schall , T. J. , Littman , D. R. and Landau , N. R. 1996 . Nature , 381 : 661 – 666 .
  • Alkhatib , G. , Combadiere , C. , Broder , C. C. , Feng , Y. , Kennedy , P. E. , Murphy , P. M. and Berger , E. A. 1996 . Science , 272 : 1955 – 1958 .
  • Wu , L. , Gerard , N. P. , Wyatt , R. , Choe , H. , Parolin , C. , Ruffing , N. , Borsetti , A. , Cardoso , A. A. , Desjardin , E. , Newman , W. , Gerard , C. and Sodorski , J. 1996 . Nature , 384 : 179 – 183 .
  • Trkola , A. , Dragic , T. , Arthos , J. , Binley , J. M. , Olson , W. C. , Allaway , G. P. , Cheng-Mayer , C. , Robinson , J. , Maddon , P. J. and Moore , J. P. 1996 . Nature , 384 : 184 – 186 .
  • Walker , J. E. and Saraste , M. 1996 . Curr. Opin. Struct. Biol. , 6 : 457 – 459 .
  • Donnelly , D. and Findlay , J. B.C. 1994 . Curr. Opin. Struct. Biol. , 4 : 582 – 589 .
  • Cramer , W. A. , Engelman , D. M. , von Heijne , G. and Rees , D. C. 1992 . FASEB J. , 6 : 3397 – 3402 .
  • Popot , J.-L. 1993 . Curr. Opin. Struct. Biol. , 3 : 532 – 540 .
  • Efremov , R. G. and Vergoten , G. 1997 . Biomolecular structure and dynamics; , NATO ASI series Edited by: Vergoten , G. and Theophanides , T. Vol. 342 , 211 – 228 . Dordrecht : Kluwer .
  • Findlay , J. B.C. and Eliopoulos , E. 1990 . Trends Pharm. Sci. , 11 : 492 – 499 .
  • Dahl , S. G. , Edvarsen , O. and Sylte , I. 1991 . Proc. Natl. Acad. Sci. USA , 88 : 8111 – 8115 .
  • Grigorieff , N. , Ceska , T. A. , Downing , K. H. , Baldwin , J. M. and Henderson , R. 1996 . J. Mol. Biol. , 256 : 393 – 421 .
  • Kimura , Y. , Vassylyev , D. G. , Miyazawa , A. , Kidera , A. , Matsushima , M. , Mitsuoka , K. , Murata , K. , Hirai , T. and Fujiyoshi , Y. 1997 . Nature , 389 : 206 – 211 .
  • Peblay-Peyroula , E. , Rummel , G. , Rosenbusch , J. P. and Landau , E. M. 1997 . Science , 277 : 1676 – 1681 .
  • Schertier , G. F.X. , Villa , C. and Henderson , R. 1993 . Nature , 362 : 770 – 772 .
  • Baldwin , J. M. 1993 . EMBO J. , 12 : 1693 – 1703 .
  • Donnelly , D. , Findlay , J. B.C. and Blundell , T. L. 1994 . Ree. Chann. , 2 : 61 – 78 .
  • Vriend , G. 1995 . “ GCRDb database at: ” . http://swift.embl-heidelberg.de/7tm/articles/model.html
  • Hibert , M. F. , Trumpp-Kallmeyer , S. , Bruinvels , A. and Hoflack , J. 1991 . Mol. Pharmacol. , 40 : 8 – 15 .
  • MaloneyHuss , K. and Lybrand , T. P. 1992 . J. Mol. Biol. , 225 : 859 – 871 .
  • Cronet , P. , Sander , C. and Vriend , G. 1994 . Protein Eng. , 6 : 59 – 64 .
  • Oliveira , L. , Paiva , A. C.M. and Vriend , G. 1993 . J. Comput. Aid. Mol. Des. , 7 : 649 – 658 .
  • Herzyk , P. and Hubbard , R. E. 1995 . Biophys. J. , 69 : 2419 – 2442 .
  • Du , P. , Salon , J. A. , Tamm , J. A. , Hou , C. , Cui , W. , Walker , M. W. , Adham , N. , Dhanoa , D. S. , Islam , I. , Vaysse , P. J.-J. , Dowling , B. , Shifman , Y. , Boyle , N. , Rueger , H. , Schmidlin , T. , Yamaguchi , Y. , Branchek , T. A. , Weinshank , R. L. and Gluchowski , C. 1997 . Protein Eng. , 10 : 109 – 117 .
  • Eisenberg , D. , Weiss , R. M. and Terwilliger , T. C. 1982 . Nature , 299 : 371 – 374 .
  • von Heijne , G. 1992 . J. Mol. Biol. , 225 : 487 – 494 .
  • Jones , D. T. , Taylor , W. R. and Thornton , J. M. 1994 . Biochemistry , 33 : 3038 – 3049 .
  • Persson , B. and Argos , P. 1994 . J. Mol. Biol. , 237 : 182 – 192 .
  • Rost , B. and Sander , C. 1996 . Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. , 25 : 113 – 136 .
  • Hofmann , K. and Stoffel , W. 1993 . Biol. Chem. Hoppe-Seyler , 347 : 166 – 175 .
  • Bairoch , A. and Boekmann , B. 1992 . Nucl. Acids Res. , 20 : 2013 – 2018 . (Suppl.)
  • Komiya , H. , Yeates , T. O. , Rees , D. C. , Allen , J. P. and Feher , G. 1988 . Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. , 85 : 9012 – 9016 .
  • Du , P. and Alkorta , I. 1994 . Protein Eng. , 7 : 1221 – 1229 .
  • 1995 . Insight II User Guide, version , 95 MSI: San Diego
  • Efremov , R. G. , Gulyaev , D. I. , Vergoten , G. and Modyanov , N. N. 1992 . J. Prot. Chem. , 11 : 665 – 675 .
  • Efremov , R. G. and Vergoten , G. 1995 . J. Phys. Chem. , 99 : 10658 – 10666 .
  • 1991 . Program Manual for the GCG Package Genetics Computer Group version 7
  • Vriend , G. 1990 . J. Mol. Graph. , 8 : 52 – 56 .
  • Strader , C. D. , Fong , T. M. , Tota , M. R. and Underwood , D. 1994 . Annu. Rev. Biochem. , 63 : 101 – 132 .
  • Dauber-Osguthorpe , P. , Roberts , V. A. , Osguthorpe , D. J. , Wolff , J. , Genest , M. and Hagler , A. T. 1988 . Proteins Struct. Funct. Genet. , 4 : 31 – 47 .
  • Kelley , L. A. , Gardner , S. P. and Sutcliffe , M. J. 1996 . Protein Eng. , 9 : 1063 – 1065 .
  • Kabsch , W. and Sander , C. 1983 . Biopolymers , 22 : 2257 – 2637 .
  • Bowie , J. U. , Luthy , R. and Eisenberg , D. 1991 . Science , 253 : 164 – 170 .
  • Rees , D. C. , DeAntonio , L. and Eisenberg , D. 1989 . Science , 245 : 510 – 513 .
  • Wang , J. and Pullman , A. 1991 . Biochim. Biophys. Acta , 1070 : 493 – 496 .
  • Tuffery , P. , Etchebest , C. , Popot , J.-L. and Lavery , R. 1994 . J. Mol. Biol. , 236 : 1105 – 1122 .
  • Reithmeier , R. A.F. 1995 . Curr. Opin. Struct. Biol. , 5 : 491 – 500 .
  • Doranz , B. J. , Lu , Z.-H. , Rucker , J. , Zhang , T.-Y. , Sharron , M. , Cen , Y.-H. , Wang , Z.-X. , Guo , H.-H. , Du , J.-G. , Accavitti , M. A. , Doms , R. W. and Peiper , S. C. 1997 . J. Virol. , 71 : 6305 – 6314 .
  • Golovanov , A. P. , Efremov , R. G. , Jaravine , V. A. , Vergoten , G. and Arseniev , A. S. 1995 . FEBS Lett. , 375 : 162 – 166 .
  • Farzan , M. , Choe , H. , Martin , K. , Marcon , L. , Hofmann , W. , Karlsson , G. , Sun , Y. , Barrett , P. , Marchand , N. , Sullivan , N. , Gerard , N. , Gerard , G. and Sodorski , J. 1997 . J. Exp. Med. , 186 : 405 – 411 .
  • Rucker , J. , Samson , M. , Doranz , B. J. , Libert , F. , Berson , J. F. , Yi , Y. , Smyth , R. J. , Coliman , R. G. , Broder , C. C. , Vassart , G. , Doms , R. W. and Parmentier , M. 1996 . Cell , 87 : 437 – 446 .
  • Samson , M. , LaRosa , G. , Libert , F. , Paindavoine , P. , Detheux , M. , Vassart , G. and Parmentier , M. 1997 . J. Biol. Chem. , 272 : 24934 – 24941 .
  • Atchison , R. E. , Gosling , J. , Monteclaro , F. S. , Franci , C. , Digilio , L. , Charo , I. F. and Goldsmith , M. A. 1996 . Science , 274 : 1924 – 1926 .

Reprints and Corporate Permissions

Please note: Selecting permissions does not provide access to the full text of the article, please see our help page How do I view content?

To request a reprint or corporate permissions for this article, please click on the relevant link below:

Academic Permissions

Please note: Selecting permissions does not provide access to the full text of the article, please see our help page How do I view content?

Obtain permissions instantly via Rightslink by clicking on the button below:

If you are unable to obtain permissions via Rightslink, please complete and submit this Permissions form. For more information, please visit our Permissions help page.