References and Footnotes
- Rould , M. A. , Perona , J. J. and Steitz , T. A. 1991 . Nature , 352 : 213 – 218 .
- Ruff , M. , Krishnaswamy , S. , Boeglin , M. , Poterszman , A. , Mitschler , A. , Podjarny , A. , Rees , B. , Thierry , J. C. and Moras , D. 1991 . Science , 252 : 1682 – 1689 .
- Biou , V. , Yaremchuk , A. , Tukalo , M. and Cusack , S. 1994 . Science , 263 : 1404 – 1410 .
- Cusack , S. , Yaremchuk , A. and Tukalo , M. 1996 . EMBO J. , 15 : 6321 – 6334 .
- Sankaranarayan , R. , Dock-Bregeon , A. C. , Romby , P. , Caillet , J. , Springer , M. , Rees , B. , Ehresmann , C. , Ehresmann , B. and Moras , D. 1999 . Cell , 97 : 371 – 381 .
- Arnez , J. G. and Moras , D. 1997 . Trends Biochem. Sci. , 22 : 211 – 216 .
- Jacobo-Molina , A. , Ding , J. , Nanni , R. G. , Clark , A. D. Jr. , Lu , X. , Tantillo , C. , Williams , R. L. , Kamer , G. , Ferris , A. L. , Clark , P. , Hizi , A. , Hughes , S. H. and Arnold , E. 1993 . Proc. Natl. Acad. Sci. USA , 90 : 6320 – 6324 .
- Huang , H. , Chopra , R. , Verdine , G. L. and Harrison , S. C. 1998 . Science , 282 : 1669 – 1675 .
- Hou , Y. M. and Schimmel , P. 1988 . Nature , 333 : 140 – 145 .
- McClain , W. H. and Foss , K. 1988 . Science , 240 : 793 – 796 .
- Musier-Forsyth , K. , Usman , N. , Scaringe , S. , Doudna , J. , Green , R. and Schimmel , P. 1991 . Science , 253 : 784 – 786 .
- Francklyn , C. and Schimmel , P. 1989 . Nature , 337 : 478 – 481 .
- Schimmel , P. 1993 . The Translational Apparatus Edited by: Nierhaus , K. H. and Wittmann-Liebold , B. 13 – 21 . New York and London : Plenum .
- McClain , W. H. , Chen , Y.-M. , Foss , K. and Schneider , J. 1988 . Science , 242 : 1681 – 1684 .
- McClain , W. H. , Gabriel , K. and Schneider , J. 1996 . RNA , 2 : 105 – 109 .
- Gabriel , K. , Schneider , J. and McClain , W. H. 1996 . Science , 271 : 195 – 197 .
- Beuning , P. J. , Yang , F. , Schimmel , P. and Musier-Forsyth , K. 1997 . Proc. Natl. Acad. Sci. USA , 94 : 10150 – 10154 .
- Limmer , S. , Reif , B. , Ott , G. , Arnold , L. and Sprinzl , M. 1996 . FEBS Letters , 385 : 15 – 20 .
- Ramos , A. and Varani , G. 1997 . Nucleic Acids Res. , 25 : 2083 – 2090 .
- Smith , J. S. and Roth , M. J. 1992 . J. Biol. Chem. , 267 : 15071 – 15079 .
- Götte , M. , Fackler , S. , Hermann , T. , Perola , E. , Cellai , L. , Gross , H. J. , Grice , S. F.J.L. and Heumann , H. 1995 . EMBO J. , 14 : 833 – 841 .
- Fedoroff , O. Y. , Salazar , M. and Reid , B. R. 1996 . Biochemistry , 35 : 11070 – 11080 .
- Szyperski , T. , Götte , M. , Billeter , M. , Perola , E. , Cellai , L. , Heumann , H. and Wüthrich , K. 1999 . J. Biomol. NMR , 13 : 343 – 355 .
- Mueller , U. , Schübel , H. , Sprinzl , M. and Heinemann , U. 1999 . RNA , 5 : 670 – 677 .
- Mueller , U. , Muller , Y. A. , Herbst-Irmer , R. , Sprinzl , M. and Heinemann , U. 1999 . Acta Crystallogr. D , 55 : 1405 – 1413 .
- Mueller , U. , Maier , G. , Mochi Onori , A. , Cellai , L. , Heumann , H. and Heinemann , U. 1998 . Biochemistry , 37 : 12005 – 12011 .
- Ott , G. , Dörfler , S. , Sprinzl , M. , Müller , U. and Heinemann , U. 1996 . Acta Crystallogr. , D52 : 871 – 873 .
- Yeates , T. O. 1997 . Methods Enzymol. , 276 : 344 – 358 .
- Yeates , T. O. and Fam , B. C. 1999 . Structure , 7 : R25 – R29 .
- Navaza , J. 1994 . Acta Crystallogr. , A50 : 157 – 163 .
- Sheldrick , G. M. and Schneider , T. R. 1997 . Methods Enzymol. , 277 : 319 – 343 .
- Herbst-Irmer , R. and Sheldrick , G. M. 1998 . Acta Crystallogr. , B54 : 443 – 449 .
- Brünger , A. T. 1992 . X-PLOR Manual Version 3.1 New Haven , CT : Yale University Press .
- Luzzati , V. 1952 . Acta Crystallogr. , 5 : 802 – 810 .
- Read , R. J. 1986 . Acta Crystallogr. , A42 : 140 – 149 .
- Kleywegt , G. J. 1996 . Acta Crystallogr. , D52 : 842 – 857 .
- Heinemann , U. , Lauble , H. , Frank , R. and Blöcker , H. 1987 . Nucleic Acids Res. , 15 : 9531 – 9550 .
- Shakked , Z. 1991 . Current Opinion. Struct. Biol. , 1 : 446 – 451 .
- Wahl , M. and Sundaralingam , M. 1997 . Biopolymers , 44 : 45 – 63 .
- Sussman , J. L. , Holbrook , S. R. , Warrant , R. W. , Church , G. M. and Kim , S.-H. 1978 . J. Mol. Biol. , 123 : 607 – 630 .
- Westhof , E. 1987 . Int. J. Biol. Macromol. , 9 : 186 – 192 .
- Holbrook , S. R. , Cheong , C. , Tinoco , I. Jr. and Kim , S.-H. 1991 . Nature , 353 : 579 – 581 .
- Cruse , W. B.T. , Saludjian , P. , Biala , E. , Strazewski , P. , Prange , T. and Kennard , O. 1994 . Proc. Natl. Acad. Sci. USA , 91 : 4160 – 4164 .
- Biswas , R. , Wahl , M. C. , Ban , C. and Sundaralingam , M. 1997 . J. Mol. Biol. , 267 : 1149 – 1156 .
- Auffinger , P. and Westhof , E. 1998 . J. Biomol. Struct. Dyn. , 16 : 693 – 707 .
- Heinemann , U. , Alings , C. and Bansal , M. 1992 . EMBO J. , 11 : 1931 – 1939 .
- Ban , C. , Ramakrishnan , B. and Sundaralingam , M. 1994 . J. Mol. Biol. , 236 : 275 – 285 .
- Wang , A. H.-J. , Fujii , S. , vanBoom , J. H. , van derMarel , G. A. , van Boekel , S. A.A. and Rich , A. 1982 . Nature , 299 : 601 – 604 .
- Egli , M. , Usman , N. , Zhang , S. and Rich , A. 1992 . Proc. Natl. Acad. Sci. USA , 89 : 534 – 538 .
- Egli , M. , Usman , N. and Rich , A. 1993 . Biochemistry , 32 : 3221 – 3237 .
- Xiong , Y. and Sundaralingam , M. 1998 . Structure , 6 : 1493 – 1501 .
- Conn , G. L. , Brown , T. and Leonard , G. A. 1999 . Nucleic Acids Res. , 27 : 55 – 561 .
- Horton , N. C. and Finzel , B. C. 1996 . J. Mol. Biol. , 264 : 521 – 533 .
- Chou , S. H. , Flynn , P. and Reid , B. R. 1989 . Biochemistry , 28 : 2435 – 2443 .
- Salazar , M. , Fedoroff , O. Y. , Miller , J. M. , Ribeiro , N. S. and Reid , B. R. 1993 . Biochemistry , 32 : 4207 – 4215 .
- Salazar , M. , Fedoroff , O. Y. and Reid , B. R. 1996 . Biochemistry , 35 : 8126 – 8135 .
- Gonzalez , C. , Stec , W. , Kobylanska , A. , Hogrefe , R. I. , Reynolds , M. A. and James , T. L. 1994 . Biochemistry , 33 : 11062 – 11072 .
- Gonzalez , C. , Stec , W. , Reynolds , M. A. and James , T. L. 1995 . Biochemistry , 34 : 4969 – 4982 .
- Lavery , R. and Sklenar , H. 1989 . J. Biomol. Struct. Dyn. , 6 : 655 – 667 .
- Chandrasekaran , R. and Arnott , S. 1989 . Landolt-Börnstein , New Series, Group VII Edited by: Saenger , W. Vol. 1b , 31 – 170 . Berlin : Springer . (Vol
- Abbreviations: ALAwt rGGGGCUA·rUAGCUCC; ALAwt-A/B, molecules A/B of the asymmetric unit of ALAwt crystals; ALAc70, rGGGGCUA·rUAGCCCC; ALAc70-A/B, molecules A/B of the asymmetric unit of ALAc70 crystals; ALAI, rGGGGCi5UA· rUAGCUCC; ALAI-A/B, molecules A/B of the asymmetric unit of ALAI crystals; HIV, human immunodeficiency virus; HIV-1, HIV, type 1; HIV-RT, HIV-1 reverse transcriptase; HIV(-), Rgcaguggc·rGCCAdCTGC; rms, root-mean-square; rmsd, rms deviation