References and Footnotes
- Ajay and Murko , M. A. 1995 . J. Med. Chem. , 38 : 4953 – 4967 .
- Kollman , P. 1993 . Chem. Rev. , 93 : 2395 – 2417 .
- Kuntz , I. D. , Meng , E. C. and Shoichet , B. K. 1994 . Acc. Chem. Res. , 72 : 117 – 123 .
- Head , M. S. , Given , J. A. and Gilson , M. K. 1997 . J. Phys. Chem. A. , 101 : 1609 – 1618 .
- Gilson , M. K. 1993 . Proteins: Struct. Funct. Genet. , 15 : 266 – 282 .
- Honig , B. , Sharp , K. and Yang , A.-S. 1993 . J. Phys. Chem. , 97 : 1101 – 1109 .
- Hill , T. L. 1985 . Cooperativity Theory in Biochemistry 1st ed.; Springer Series in Molecular Biology; Springer-Verlag: New York
- Gilson , M. K. , Given , J. A. , Bush , B. L. and McCammon , J. A. 1997 . Biophys. J. , 72 : 1047 – 1069 .
- Luo , R. , Head , M. S. , Given , J. A. and Gilson , M. K. 1999 . Biophys. Chem. , 78 : 183 – 193 .
- Brooks , B. R. , Bruccoleri , R. E. , Olafson , B. D. , States , D. J. , Swaminathan , S. and Karplus , M. 1983 . J. Comput. Chem. , 4 : 187 – 217 .
- Sharp , K. A. , Nicholls , A. , Friedman , R. and Honig , B. 1991 . Biochemistry , 30 : 101 – 1109 .
- Sitkoff , D. , Sharp , K. A. and Honig , B. 1994 . J. Phys. Chem. , 98 : 1978 – 1988 .
- Still , W. C. , Tempczyk , A. , Hawley , R. C. and Hendrickson , T. 1990 . J. Am. Chem. Soc. , 112 : 6127 – 6129 .
- Qiu , D. , Shenkin , P. S. , Hollinger , F. P. and Still , W. C. 1997 . J. Phys. Chem. A. , 101 : 3005 – 3014 .
- Gilson , M. K. and Honig , B. 1988 . Proteins: Struct. Funct. Genet. , 4 : 7 – 18 .
- Gilson , M. K. and Honig , B. 1991 . J. Computer-Aided Drug Design , 5 : 5
- David , L. , Luo , R. , Head , M. S. and Gilson , M. K. 1999 . J. Phys. Chem. B , 103 : 1031
- Marqusee , S. and Baldwin , R. L. 1987 . Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. , 84 : 8898 – 8902 .
- Huyghes-Despointes , B. M.P. and Baldwin , R. L. 1997 . Biochemistry , 36 : 1965 – 1970 .
- Lyu , P. C. , Gans , P. J. and Kallenbach , N. R. 1992 . J. Mol. Biol. , 223 : 343 – 350 .
- Schneider , J. P. , Lear , J. D. and DeGrado , W. F. 1997 . J. Am. Chem. Soc. , 119 : 5742 – 5743 .
- Waldburger , C. D. , Schildbach , J. F. and Sauer , R. T. 1995 . Nat. Struct. Biol. , 2 : 122 – 128 .
- Luo , R. , David , L. , Hung , H. , Devaney , J. and Gilson , M. K. 1999 . J. Phys. Chem. B. , 103 : 727 – 736 .
- Springs , B. and Haake , P. 1977 . Bioorg. Chem. , 6 : 181 – 190 .
- Binford , J. S. Jr. and Holloway , D. M. 1968 . J. Mol. Biol. , 31 : 91 – 99 .
- Kyogoku , Y. , Lord , R. C. and Rich , A. 1969 . Biochim. Biophys. Acta , 179 : 10 – 17 .
- Carmona , P. , Molina , M. , Lasagabaster , A. , Excobar , R. and Altabef , A. B. 1993 . J. Phys. Chem. , 97 : 9519 – 9524 .
- Krikorian , S. E. 1982 . J. Phys. Chem. , 86 : 1875 – 1881 .
- Stoeckli , F. and Huguenin , D. 1992 . J. Chem. Soc. Faraday Trans. , 88 : 737
- Muller , E. A. , Rull , L. F. , Vega , L. F. and Gubbins , K. E. 1996 . J. Phys. Chem. , 100 : 1189
- Natal-Santiago , M. A. , Hill , J. M. and Dumesic , J. A. 1999 . J. Molec. Catal. A. Chem. , 140 : 199
- Glemza , A. J. , Koehler , J. A. , Brune , B. J. and Payne , G. F. 1998 . Ind. Eng. Chem. Res. , 37 : 3685
- Mardis , K. L. , Glemza , A. J. , Brune , B. J. , Payne , G. F. and Gilson , M. K. 1999 . J. Phys. Chem. B. , 103 : 9879
- Glemza , A. J. , Mardis , K. L. , Chaudhry , A. A. , Gilson , M. K. and Payne , G. F. Ind. Eng. Chem. Res. accepted
- Kiso , Y. 1996 . Biopolymer , 40 : 235
- Baldwin , E. T. , Bhat , T. N. , Gulnik , S. , Liu , B. , Topol , I. A. , Kiso , Y. , Mimoto , T. , Mitsuya , H. and Erickson , J. W. 1995 . Structure , 3 : 581 – 590 .
- Ohno , Y. , Kiso , Y. and Kobayashi , Y. 1996 . Bioorg. Med. Chem. , 4 : 1565
- Murcko , M. A. , Govinda Rao , B. and Gomperts , R. 1997 . J. Comput. Chem. , 18 : 1151
- Lam , P. Y.S. , Ru , Y. , Jadhav , P. K. , Aldrich , P. E. , DeLucca , G. V. , Eyermann , C. J. , Chang , C-H. , Emmet , G. , Holler , E. R. , Daneker , W. F. , Li , L. , Confalone , P. N. , McHugh , R. J. , Han , Q. , Li , R. , Markwalder , J. A. , Seitz , S. P. , Sharpe , T. R. , Bacheler , L. T. , Rayner , M. M. , Klabe , R. M. , Shum , L. , Winslow , D. L. , Kornhauser , D. M. , Jackson , D. A. , Erickson-Viitanen , S. and Hodge , C. N. 1996 . J. Med. Chem. , 39 : 3514 – 3525 .