References and Footnotes
- Watson , J. D. and Crick , F. H.C. 1953 . Nature , 171 : 737 – 738 .
- Pauling , L. and Corey , R. B. 1951 . Proc. Natl. Acad. Sci., USA , 37 : 235
- Seeman , N. C. , Rosenberg , J. M. and Rich , A. 1976 . Proc. Natl. Acad. Sci. USA , 73 : 804 – 808 .
- McClarin , J. A. , Frederick , C. A. , Wang , B.-C. , Greene , P. , Boyer , H. W. , Grabel , J. and Rosenberg , J. M. 1986 . Science , 249 : 1307 – 1309 .
- Fersht , R. and Serrano , L. 1993 . Curr. Opin. Struct. Biol. , 3 : 75 – 83 .
- Thorson , J. S. , Chapman , E. and Schultz , P. G. 1995 . J. Am. Chem. Soc. , 117 : 9361 – 9362 .
- Jen-Jacobsen , L. 1997 . Biopolymers , 44 : 153 – 180 .
- Yang , A. and Honig , B. 1995 . J. Mol. Biol. , 252 : 351 – 365 .
- Yang , A. , Hitz , B. and Honig , B. 1997 . J. Mol. Biol. , 259 : 873 – 882 .
- Honig , B. and Nicholls , A. 1995 . Science , 268 : 1144
- Arora , N. and Jayaram , B. 1997 . J. Comp. Chem. , 18 : 1245 – 1252 .
- Arora , N. and Jayaram , B. 1998 . J. Phys. Chem. B , 102 : 6139 – 6144 .
- Berman , H. M. , Olson , W. K. , Beveridge , D. L. , Westbrook , J. , Gelbin , A. , Demeny , T. , Hsieh , S.-H. , Srinivasan , A. R. and Schneider , B. 1992 . Biophys. J. , 63 : 751 – 759 .
- Bernstein , F. C. , Koetzle , T. F. , Williams , G. J.B. , Meyer , E. F. Jr , Brice , M. D. , Rodgers , J. R. , Kennard , O. , Shimanouchi , T. and Tasumi , M. 1977 . J. Mol. Biol. , 112 : 535 – 542 .
- NDB Codes of complexes studied: e001; e002; e003; e009; e0115; e017; e020; e022; e025; eb08; r001; r004; r008; r009; r010; r011; r012; r015; r016; r021; r023; r027; rc01; rc03; t003; t004; t005; t007; t009; t011; t014; t016; t017; t028; t029; t031; t038; t039; t040; tb41
- Jayaram , B. , McConnell , K. , Dixit , S. B. and Beveridge , D. L. 1999 . J. Comput. Phy.s , 151 : 333 – 357 .
- Pearlman , A. , Case , D. A. , Caldwell , J. W. , Ross , W. S. , Cheathem , T. E. III , Ferguson , D. M. , Seibel , G. E. , Singh , U. C. , Weiner , P. K. and Kollman , P. A. 1995 . Amber 4.1. San Francisco : University of California .
- Cornell , W. D. , Cieplak , P. , Baylyl , C. I. , Gould , I. R. , Merz , K. M. Jr. , Ferguson , D. M. , Spellmeyer , D. C. , Fox , T. , Caldwell , J. W. and Kollman , P. A. 1995 . J. Am. Chem. Soc. , 117 : 5179 – 5197 .
- Jayaram , B. , Das , A. and Aneja , N. 1996 . J. Mol. Struc. (THEOCHEM) , 361 : 249 – 258 .
- Hingerty , E. , Ritchie , R. H. , Ferrel , T. L. and Turner , J. E. 1985 . Biopolymers. , 24 : 427 – 439 .
- Flatters , D. , Zakrzewska , K. and Lavery , R. 1997 . J. Comp. Chem. , 18 : 1043 – 1055 .
- Jayaram , B. , Liu , Y. and Beveridge , D. L. 1998 . J. Chem. Phys. , 109 : 1465 – 1471 .
- Jayaram , B. , Sprous , D. and Beveridge , D. L. 1998 . J. Phys. Chem. , 102 : 9571 – 9576 .
- Still , W. C. , Tempczyk , A. , Hawley , R. C. and Hendrickson , T. J. 1990 . Am. Chem. Soc. , 112 : 6127 – 6129 .
- Hawkins , G. D. , Cramer , C. J. and Truhlar , D. G. 1996 . J. Phys. Chem. , 100 : 19824 – 19839 .
- Hawkins , G. D. , Cramer , C. J. and Truhlar , D. G. 1995 . Chem. Phys. Lett. , 246 : 122 – 129 .
- Lee , B. K. and Richards , F. M. 1971 . J. Mol. Biol. , 55 : 379 – 406 .
- Freidman , R. A. and Honig , B. 1988 . Biopolymers , 32 : 145 – 159 .
- Cieplak , P. and Kollman , P. A. 1988 . J. Am. Chem. Soc. , 110 : 3734 – 3739 .
- Norberg , J. and Nilson , L. 1998 . Biophys J. , 74 : 394 – 402 .
- Šponer , J. , Gabb , H. A. , Leszczynski , J. and Hobza , P. 1997 . Biophys. J. , 73 : 76 – 87 .
- von Hippel , P. H. 1994 . Science , 263 : 769 – 770 .
- Misra , V. K. , Hecht , J. L. , Sharp , K. A. , Friedman , R. A. and Honig , B. 1994 . J. Mol. Biol. , 238 : 264 – 280 .