Reference and Footnotes
- Crothers , D. M. , Haran , T. E. and Nadeau , J. G. 1990 . J. Biol. Chem. , 265 : 7093 – 7096 .
- Hagerman , P. J. 1990 . Annual Rev. Biochem , 59 : 755 – 781 .
- Chou , P. Y. and Fasman , G. D. 1974 . Biochemistry , 13 : 222 – 245 .
- Garnier , J. 1978 . J. Mol. Biol. , 120 : 97 – 120 .
- Dickerson , R. E. and Drew , H. R. 1981 . J. Mol. Biol. , 149 : 761 – 786 .
- Calladine , C. R . 1982 . J. Mol. Biol. , 161 : 343 – 352 .
- Yanagi , K. , Prive , G. G and Dickerson , R. E . 1991 . J. Mol. Biol. , 217 : 201 – 214 .
- Gorin , A. A , Zhurkin , V. B. and Olson , W. K. 1995 . J. Mol. Biol. , 247 : 34 – 48 .
- Suzuki , M. , Amano , N. , Kakinuma , J. and Tateno , M. 1997 . J. Mol. Biol. , 274 : 421 – 435 .
- Bhattacharyya , D. , Kundu , S. , Thakur , A. R. and Majumder , R. 1999 . J. Biomol. Struct. Dynam. , 17 : 289 – 300 .
- Bansal , M. , Bhattacharyya , D. and Mohanty , D. 1991 . Edited by: Balaram , P. and Ramaseshan , S. 347 – 362 . Molecular conformation and Biological Interactions (Eds
- Hunter , C. A. and Lu , X. J. 1997 . J. Mol. Biol. , 265 : 603 – 619 .
- Subirana , J. A. and Faria , T. 1997 . Biophys J. , 73 : 333 – 338 .
- Urpi , L. , Tereshko , V. , Malinina , L. , H-Dinh , T. and Subirana , J. A . 1996 . Nature Structural Biology , 3 : 325 – 328 .
- Berman , H. M. , Olson , W. K. , Beveridge , D. L. , Westbrook , J. , Gelbin , A. , Demeny , T. , Hsieh , S. H. , Srinivasan , A. R. and Scneider , B. 1992 . Biophys. J , 63 : 751 – 759 .
- Young , M. A. , Ravishanker , G. and Beveridge , D. L. 1997 . Biophys. J , 73 : 2313 – 2336 .
- Koo , H. S. , Wu , H. M. and Crothers , D. M. 1986 . Nature , 320 : 501 – 506 .
- Bolshoy , A. , McNamara , P. , Harrington , R. E. and Trifonov , E. N. 1991 . Proc. Natl. Acad. Sci, U.S.A , 88 : 7046 – 7050 .
- Burkhoff , A. M. and Tullius , T. D. 1987 . Cell , 27 : 935 – 43 .
- Losa , R. , Omari , S. and Thoma , F. 1990 . Nucleic. Acids. Res , 18 : 3495 – 3502 .
- Nagaich , A. K. , Bhattacharyya , D. , Brahmachari , S. K. and Bansal , M. 1994 . J. Biol. Chem , 269 : 7824 – 783 .
- MacKerell , A. D. Jr. , Wiorkirwicz-Kuczera and Karplus , M . 1995 . J. Am. Chem. Soc. , 117 : 11946 – 11975 .
- Brooks , B. R. , Bruccoleri , R. E. , Olafson , B. D. , States , D. J. , Swaminathan , S. and Karplus , M. 1983 . J. Comp. Chem. , 4 : 187 – 217 .
- Steinbach , P. J. and Brooks , B. R. 1993 . Proc. Natl. Acad. Sci. USA , 91 : 35 – 9139 .
- Arnold , G. E. and Ornstein , R. L. 1994 . Proteins , 18 : 19 – 33 .
- Nilsson , L. and Sen , S. 1999 . Biophys. J. , 77 : 1801 – 1810 .
- Chong , L. T. , Duan , Y. , Wang , L. , Massova , I. and Kollman , P. A. 1999 . Proc. Natl. Acad. Sci , 96 : 14330 – 14335 .
- Chandrasekaran , R. and Arnott , S. 1996 . J. Biomol. Struct. Dynam. , 13 : 1015 – 1027 .
- Darden , T. , Perera , L. , Li , L. and Pedersen , L. 1999 . Structure , 7 : R55 – R60 .
- Bansal , M. , Bhattacharyya , D. and Ravi , B. 1995 . Comput. Appl. Biosi , 11 : 281 – 287 .
- Dickerson , R. E. Bansal , M. 1989 . EMBO J , 8 : 1 – 4 .
- Bhattacharyya , D. and Bansal , M. 1990 . J. Biomol. Struct. Dynam. , 8 : 539 – 572 .
- Grezeskowiak , K. , Yanagi , K. , Prive , G. G. and Dickerson , R. E. 1991 . J. Biol. Chem. , 266 : 8861 – 8883 .
- Feig , M. and Pettitt , M. 1998 . Biophys J. , 75 : 134 – 149 .
- Snedecor , W. G and Cochran , W. G. 1989 . Statistical Methods., , Eighth Edition Ames, Iowa : Iowa State University Press .
- Fratini , A. V , Kopka , M. L. , Drew , H. R. and Dickerson , R. E. 1992 . J. Biol. Chem. , 257 : 14686 – 14707 .
- Prive , G. G. , Yanagi , K. and Dickerson , R. E. 1991 . J. Mol. Biol. , 217 : 177 – 199 .
- Heinemann , U. and Hahn , M. J. 1992 . J. Biol. Chem. , 267 : 7332 – 7341 .
- Yuan , H. , Quintana , J. and Dickerson , R. E. 1992 . Biochemistry , 31 : 8009 – 8021 .
- Hartmann , B. , Piazzola , D. and Lavery , R. 1993 . Nucleic. Acids. Res. , 21 : 561 – 568 .
- Bertrand , H. , Ha-Duong , T. , Fermandjian , S. and Hartmann , B. 1998 . Nucleic. Acids. Res. , 26 : 1261 – 1267 .
- Dornberger , U. , Flemming , J. and Fritzsche , H. 1998 . J. Mol. Biol. , 284 : 1453 – 1463 .
- Tisne , C. , Hantz , E. , Hartmann , B. and Delecipierre , M. 1998 . J. Mol. Biol. , 279 : 127 – 142 .
- Wu , H. M. and Crothers , D. M. 1984 . Nature , 308 : 509 – 513 .
- Tereshko , V. and Subirana , J. A. 1999 . Acta Crystallogr D. Biol. Crystallogr , 55 : 810 – 819 .
- Haran , T. E. , Kahn , J. D. and Crothers , D. M. 1994 . J. Mol. Biol. , 244 : 135 – 143 .