References and Footnotes
- Schwyzer , R. 1995 . Biopolymers. , 37 : 5 – 16 .
- Gysin , B. and Schwyzer , R. 1984 . Biochemistry. , 23 : 1811 – 1818 .
- Schwyzer , R. 1992 . Chemtracts, Biochem. Mol. Biol. , 3 : 347 – 379 .
- Gao , X. F. and Wong , T. C. 1998 . Biophys. J. , 74 : 1871 – 1888 .
- Gao , X. F. and Wong , T. C. 1999 . Biopolymers. , 50 : 555 – 568 .
- Gao , X. F. and Wong , T. C. 2001 . Biopolymers. , 58 : 20 – 32 .
- Gao , X. F. and Wong , T. C. 2001 . Biopolymers. , 58 : 643 – 659 .
- Wong , T. C. and Gao , X. F. 1998 . Biopolymers. , 45 : 395 – 403 .
- Wymore , T. and Wong , T. C. 1999 . Biophys. J. , 76 : 1199 – 1212 .
- Wymore , T. and Wong , T. C. 1999 . Biophys. J. , 76 : 1213 – 1227 .
- Wymore , T. and Wong , T. C. 2000 . J. Biomol. Struct. Dyn. , 18 : 461 – 476 .
- Schwyzer , R. 1977 . Ann. N. Y. Acad. Sci. , 297 : 3 – 26 .
- Schwyzer , R. 1986 . Biochemistry. , 25 : 6335 – 6342 .
- Schwyzer , R. 1991 . Biopolymers. , 31 : 785 – 792 .
- Gremlich , H. U. , Fringeli , U. P. and Schwyzer , R. 1983 . Biochemistry. , 22 : 4257 – 4264 .
- Roux , M. , Neumann , J-M. and Toma , F. 1997 . Biopolymers. , 42 : 731 – 744 .
- Moreno , M. J. and Prieto , M. 1993 . Photochem. Photobiol. , 57 : 431 – 437 .
- Merz , K. M. Jr. and Roux , B. Biological Membranes. A molecular perspective from computation and experiment; 1996 Boston : Birkhauser .
- Cheatham , T. E. III and Brooks , B. R. 1998 . Theor. Chem. Acc. , 99 : 279 – 288 .
- Berneche , S. , Nina , M. and Roux , B. 1998 . Biophys. J. , 75 : 1603 – 1618 .
- Damodaran , K. V. and Merz , K. M. Jr . 1995 . J. Am. Chem. Soc. , 117 : 6561 – 6571 .
- Huang , P. and Loew , G. H. 1995 . J. Biomol. Struct. Dyn. , 12 : 937 – 956 .
- Tieleman , D. P. , Berendsen , H. J. C. and Sansom , M. S. 1999 . Biophys. J. , 76 : 3186 – 3191 .
- Zhou , F. and Schulten , K. 1996 . Proteins, Struct, Funct, Genet. , 25 : 12 – 27 .
- Chipot , C. and Pohorille , A. 1998 . J Am Chem Soc , 120 : 11912 – 11924 .
- Guba , W. R. Haessner , Breipohl , G. , Henke , S. , Knolle , J. , Santagada , V. and Kessler , H. 1994 . J. Am. Chem. Soc. , 116 : 7532 – 7540 .
- Belohorcova , K. , Davis , J. H. , Woolf , T. B. and Roux , B. 1997 . Biophys. J. , 73 : 3039 – 3055 .
- Shen , L. , Bassolino , D. and Stouch , T. 1997 . Biophys. J. , 73 : 3 – 20 .
- Tieleman , D. P. , Forrest , L. R. , Sansom , M. S. and Berendsen , H. J.C. 1998 . Biochemistry. , 37 : 17554 – 17561 .
- Woolf , T. B. 1997 . Biophys. J. , 73 : 2376 – 2392 .
- Woolf , T. B. and Roux , B. 1996 . Proteins, Struct, Funct., Genet. , 24 : 92 – 114 .
- Brooks , B. R. , Bruccoleri , R. E. , Olofson , B. D. , States , D. J. , Swaminathan , S. and Karplus , M. 1983 . J. Comput. Chem. , 4 : 187 – 217 .
- MacKerell , A. D. Jr. , Bashford , D. , Bellott , M. , Dunbrack , R. L. Jr. , Evanseck , J. D. , Field , M. J. , Fischer , S. , Gao , J. , Guo , H. , Ha , S. , Joseph-McCarthy , D. , Kuchnir , L. , Kuczera , K. , Lau , F. T. K. , Mattos , C. , Michnick , S. , Ngo , T. , Nguyen , D. T. , Prodhom , B. , Reiher , W. E. III , Roux , B. , Schlenkrich , M. , Smith , J. C. , Stote , R. , Straub , J. , Watanabe , M. , Wiorkiewicz- Kuczera , J. , Yin , D. and Karplus , M. J. 1998 . J. Phys. Chem. B. , 102 : 3586 – 3616 .
- Schlenkrich , M. , Brickmann , J. , MacKerell , A. D. Jr. and Karplus , M. 1996 . “ An empirical potential energy function for phospholipids, criteria for parameter optimization and applications. ” . In Biological Membranes: A molecular perspective from computation and experiment. Edited by: Merz , K. M. and Roux , B. Birkhauser .
- Wymore , T. , Gao , X. F. and Wong , T. C. 1999 . J. Mol. Struct. , 485–486 : 195 – 210 .
- Pandit , A. A. and Berkowitz , M. L. 2002 . Biophys. J. , 82 : 1818 – 1827 .
- Darden , T. , York , D. and Pederson , L. 1993 . J. Chem. Phys. , 98 : 10089 – 10092 .
- Ryckaert , J. P. , Cicotti , G. and Berendsen , H. J. C. 1977 . J. Comput. Phys. , 23 : 327 – 341 .
- Verlet , L. 1967 . Phys. Rev. , 159 : 98 – 103 .
- Feller , S. E. , Zhang , Y. , Pastor , R. W. and Brooks , B. R. 1998 . J. Chem. Phys. , 103 : 4613 – 4621 .
- MacKerell , A. D. Jr. 1995 . J Phys Chem , 99 : 1846 – 1855 .
- Bradshaw , J. P. , Davies , S. M. A. and Hauss , T. 1998 . Biophys. J. , 75 : 889 – 895 .
- Ben-Tal , N. , Ben-Shaul , A. , Nicholls , A. and Honig , B. 1996 . Biophys. , 70 : 1803 – 1812 . J
- Roseman , M. A. 1988 . J. Mol. Biol. , 201 : 621 – 623 .
- Wimley , W. C. and White , S. H. 1996 . Nat. Struct. Biol. , 3 : 842 – 848 .
- Brooks , C. L. III , Karplus , M. and Pettitt , B. M. 1998 . Adv Chem Phys , 71
- Bogusz , S. , Venable , R. M. and Pastor , R. W. 2000 . J. Phys. Chem. B. , 104 : 5462 – 5470 .
- Forrest , L. R. and Sansom , M. S. 2000 . Current Opinion Struct. Biol. , 10 : 174 – 181 .