References and Footnotes
- Berman , H. M. , Olson , W. K. , Beveridge , D. L. , Westbrook , J. , Gelbin , A. , Demeny , T. , Hsieh , S. H. , Srinivasan , A. R. and Schneider , B. 1992 . Biophys. J. , 63 : 751 – 759 .
- Pohl , F. M. and Jovin , T. M. 1972 . J. Mol. Biol. , 67 : 375 – 396 .
- Shindo , H. , Matsumoto , N. and Shimizu , M. 1997 . Nucleic Acids Res. , 25 : 4786 – 4791 .
- Han , H. , Cliff , C. L. and Hurley , L. H. 1999 . Biochemistry , 38 : 6981 – 6986 .
- Harvey , S. C. , Wang , C. , Teletchea , S. and Lavery , R. 2003 . J. Comp. Chem. , 24 : 1 – 9 .
- Sinden , R. R. 1999 . Am. J. Hum. Genet. , 64 : 346 – 353 .
- Ponomarenko , J. V. , Orlova , G. V. , Frolov , A. S. , Gelfand , M. S. and Ponomarenko , M. P. 2002 . Nucleic Acids Res. , 30 : 195 – 199 .
- Seeman , N. C. 2003 . Nature , 421 : 427 – 431 .
- Case , D. A. , Pearlman , D. A. , Caldwell , J. W. , Cheatham , T. E. III , Ross , W. S. , Simmerling , C. L. , Darden , T. A. , Merz , K. M. , Stanton , R. V. , Cheng , A. L. , Vincent , J. J. , Crowley , M. , Tsui , V. , Radmer , R. J. , Duan , Y. , Pitera , J. , Massova , I. , Seibel , G. L. , Singh , U. C. , Weiner , P. K. and Kollman , P. A. 1999 . AMBER , 6 University of California, San Francisco
- Arnott , S. and Hukins , D. W. L. 1972 . Biochem. Biophys. Res. Comm. , 47 : 1504 – 1509 .
- Lavery , R. , Zakrzewska , K. and Sklenar , H. 1995 . Comput. Phys. Commun. , 91 : 135 – 158 .
- Macke , T. and Case , D. A. 1998 . Molecular Modeling of Nucleic Acids Edited by: Leontes , N. B. and SantaLucia , J. Jr. 379 – 393 . Washington , DC : ACS .
- Hunter , C. A. and Lu , X. J. 1997 . J. Biomol. Struct. Dyn. , 14 : 747 – 756 .
- Lu , X. J. , Hassan , M. A.E. and Hunter , C. A. 1997 . J. Mol. Biol. , 273 : 681 – 691 .
- Tung , C-S. , Soumpasis , D. M. and Hummer , G. 1994 . J. Biomol. Struct. Dyn. , 11 : 1327 – 1344 .
- Carter , E. S. II and Tung , C-S. 1996 . Comp. Applic. Biosci. , 12 : 25 – 30 .
- Tung , C. S. and Carter , E. S. II . 1994 . Comp. Applic. Biosci. , 10 : 427 – 433 .
- Tung , C. S. 1993 . Computation of Biomolecular Structures: Achievements, Problems and Perspectives. Edited by: Soumpasis , D. M. and Jovin , T. M. NY : Springer-Verlag .
- Major , F. , Gautheret , D. and Cedergren , R. 1993 . Proc. Natl. Acad. Sci. USA , 90 : 9408 – 9412 .
- Malhotra , A. , Tan , R. K. and Harvey , S. C. 1994 . Biophys. J. , 66 : 1777 – 1795 .
- Massire , C. and Westhof , E. 1998 . J. Mol. Graph. Model. , 16 : 197 – 205 .
- Lu , X. J. , Babcock , M. S. and Olson , W. K. 1999 . J. Biomol. Struct. Dyn. , 4 : 833 – 843 .
- Lavery , R. and Sklenar , H. J. 1988 . J. Biomol. Struct. Dyn. , 6 : 63 – 91 .
- Dickerson , R. E. 1998 . Nucleic Acids Res. , 26 : 1906 – 1926 .
- Lu , X. J. , Hassan , M. A.E. and Hunter , C. A. 1997 . J. Mol. Biol. , 273 : 668 – 680 .
- Olson , W. K. and Zhurkin , V. B. 2000 . Curr. Opin. Struct. Biol. , 10 : 286 – 297 .
- Lafontaine , I. and Lavery , R. 1999 . Curr. Opin. Struct. Biol. , 9 : 170 – 176 .
- Berman , H. M. , Westbrook , J. , Feng , Z. , Gilliland , G. , Bhat , T. N. , Weissig , H. , Shindyalov , I. N. and Bourne , P. E. 2000 . Nucleic Acids Res. , 28 : 235 – 242 .
- Vargason , J. M. , Henderson , K. and Shing Ho , P. 2001 . Proc. Nat. Acad. Sci. USA , 98 : 7265 – 7270 .
- Gao , Y. G. , Robinson , H. , van Boom , J. H. and Wang , A. H.-J. 1995 . Biophys. J. , 69 : 559 – 568 .
- Gessner , R. V. , Frederick , C. A. , Quigley , G. J. , Rich , A. and Wang , A. H.-J. 1989 . J. Biol. Chem. , 264 : 7921 – 7935 .
- Gao , X. , Huang , X. , Smith , G. K. , Zheng , M. and Liu , H. 1995 . J. Am. Chem. Soc. , 117 : 8883 – 8884 .
- Radhakrishnan , I. and Patel , D. J. 1993 . Structure , 1 : 135 – 152 .
- Wang , Y. and Patel , D. J. 1993 . J. Mol. Biol. , 234 : 1171 – 1183 .
- Keniry , M. A. , Strahan , G. D. , Owen , E. A. and Shafer , R. H. 1995 . Eur. J. Biochem. , 233 : 631 – 643 .
- van Dongen , M. J. , Mooren , M. M. , Willems , E. F. , van derMarel , G. A. , van Boom , J. H. , Wijmenga , S. S. and Hilbers , C. W. 1997 . Nucleic Acids Res. , 25 : 1537 – 1547 .
- Chattopadhyaya , R. , Grzeskowiak , K. and Dickerson , R. E. 1990 . J. Mol. Biol. , 211 : 189 – 210 .
- Thiviyanathan , V. , Luxon , B. A. , Leontis , N. B. , Illangasekare , N. , Donne , D. and Gorenstein , D. G. 1999 . J. Biomol. NMR , 14 : 209 – 221 .
- Eichman , B. F. , Vargason , J. M. , Mooers , B. H. M. and Ho , P. S. 2000 . Proc. Nat. Acad. Sci. USA , 97 : 3971 – 3976 .
- Chen , H. , Liu , X. and Patel , D. J. 1996 . J. Mol. Biol. , 258 : 457 – 479 .
- Kopka , M. L. , Yoon , C. , Goodsell , D. , Pjura , P. and Dickerson , R. E. 1985 . J. Mol. Biol. , 183 : 553 – 563 .
- Wang , A. H.-J. , Ughetto , G. , Quigley , G. J. , Hakoshima , T. , van derMarel , G. A. , van Boom , J. H. and Rich , A. 1984 . Science , 225 : 1115 – 1121 .
- Kim , J. L. , Nikolav , D. B. and Burley , S. K. 1993 . Nature , 365 : 520 – 527 .
- Su , S. , Gao , Y.-G. , Robinson , H. , Liaw , Y.-C. , Edmondson , S. P. , Shriver , J. W. and Wang , A. H.-J. 2000 . J. Mol. Biol. , 303 : 395 – 403 .
- O'Gara , M. , Klimasauskas , S. , Roberts , R. J. and Cheng , X. 1996 . J. Mol. Biol. , 261 : 634 – 645 .
- Kim , Y. C. , Grable , J. C. , Love , R. , Greene , P. J. and Rosenberg , J. M. 1990 . Science , 249 : 1307 – 1309 .
- Micklefield , J. 2001 . Curr. Med. Chem. , 10 : 1157 – 1179 .
- Pichler , A. , Rüdisser , S. , Winger , R. H. , Liedl , K. R. , Hallbrucker , A. and Mayer , E. 2000 . Chem. Phys. , 258 : 391 – 404 .
- Chambers , E. J. , Price , E. A. , Bayramyan , M. Z. and Haworth , I. S. 2001 . ACS, 221st National Meeting Abstract COMP-171