22
Views
4
CrossRef citations to date
0
Altmetric
Original Articles

Conformational Preferences of the HIV-1 Principal Neutralizing Determinant

Pages 267-282 | Received 18 Jun 2005, Published online: 15 May 2012

References and Footnotes

  • Moore , J. P. , Trkola , A. and Dragic , T. 1997 . Curr. Opin. Immunol. , 9 : 551 – 562 .
  • Broder , C. C. and Collman , R. G. 1997 . J. Leukoc. Biol. , 62 : 20 – 29 .
  • Leonard , C. K. , Spellman , M. W. , Riddle , L. , Harris , R. J. , Thomas , J. N. and Gregory , T. J. 1990 . J. Biol. Chem. , 265 : 10373 – 10382 .
  • LaRosa , G. J. , Davide , J. P. , Weinhold , K. , Waterbury , J. A. , Profy , A. T. , Lewis , J. A. , Langlois , A. J. , Dressman , G. R. , Boswell , R. N. , Shadduk , P. , Holley , L. H. , Karplus , M. , Bolognesi , D. P. , Matthews , T. J. , Emini , E. A. and Putney , S. D. 1990 . Science , 249 : 932 – 935 .
  • Chavda , S. C. , Griffin , P. , Han-Liu , Z. , Keys , B. , Vekony , M. A. and Cann , A. J. 1994 . J. Gen. Virol. , 75 : 3249 – 3253 .
  • Mammano , F. , Salvatori , F. , Ometto , L. , Panozzo , M. , Chieco-Bianchi , L. and De Rossi , A. 1995 . J. Virol , 69 : 82 – 92 .
  • Milich , L. , Margolin , B. H. and Swanstrom , R. 1993 . J. Virol. , 67 : 5623 – 5634 .
  • Shioda , T. , Levy , J. A. and Cheng-Mayer , C. 1992 . Proc. Natl. Acad. Sci. USA , 89 : 9434 – 9438 .
  • Yamashita , A. , Yamamoto , N. , Matsuda , J. and Koyanagi , Y. 1994 . Virology , 204 : 170 – 179 .
  • Javaherian , K. , Langlois , A. J. , LaRosa , G. J. , Profy , A. T. , Bolognesi , D. P. , Herlihy , W. C. , Putney , S. D. and Matthews , T. J. 1990 . Science , 250 : 1590 – 1593 .
  • Rusche , J. R. , Javaherian , K. , McDanal , C. , Petro , J. , Lynn , D. L. , Grimaila , R. , Langlois , A. , Gallo , R. C. , Arthur , L. O. , Fischinger , P. J. , Bolognesi , D. P. , Putney , S. D. and Matthews , T. J. 1988 . Proc. Natl. Acad. Sci. USA , 85 : 3198 – 3202 .
  • Schreiber , M. , Wachsmuth , C. , Muller , H. , Odemuyiwa , S. , Schmitz , H. , Meyer , S. , Meyer , B. and Schneider-Mergener , J. 1997 . J. Virol. , 71 : 9198 – 9205 .
  • Gorny , M. K. , Xu , J.-Y. , Karwowska , S. , Buchbinder , A. and Zolla-Pazner , S. 1993 . J. Immun. , 150 : 635 – 643 .
  • Javaherian , K. , Langlois , A. J. , McDanal , C. , Ross , K. L. , Eckler , L. I. , Jellis , C. L. , Profy , A. T. , Rusche , J. R. , Bolognesi , D. , Putney , S. D. and Matthews , T. J. 1989 . Proc. Natl. Acad. Sci. USA , 86 : 6768 – 6772 .
  • Wu , L. , Gerard , N. P. , Wyatt , R. , Choe , H. , Parolin , C. , Ruffin , N. , Borsetti , A. , Cardoso , A. A. , Desjardin , E. , Newman , W. , Gerard , C. and Sodroski , J. 1996 . Nature , 384 : 179 – 183 .
  • Trkola , A. , Dragic , T. , Arthos , J. , Binley , J. M. , Olson , W. , Allaway , G. P. , Cheng Mayer , C. , Robinson , J. , Maddon , P. J. and Moore , J. P. 1996 . Nature , 384 : 184 – 187 .
  • Dettin , M. , Ferranti , P. , Scarinci , C. , Picariello , G. and Di Bello , C. 2003 . Biochemistry , 42 : 9007 – 9012 .
  • Chesebro , B. , Wehrly , K. , Nishio , J. and Perryman , S. 1996 . J. Virol. , 70 : 9055 – 9059 .
  • Choe , H. , Farzan , M. , Sun , Y. , Sulivan , N. , Rollins , B. , Ponath , P. D. , Wu , L. , Mackay , C. R. , LaRosa , G. , Newman , W. and et al . 1996 . Cell , 28 : 1135 – 1148 .
  • Cocchi , F. , DeVico , A. L. , Garzino-Demo , A. , Cara , A. , Gallo , R. C. and Lusso , P. 1996 . Nat. Med. , 2 : 1244 – 1247 .
  • Trkola , A. , Dragic , T. , Arthos , J. , Binley , J. M. , Olson , W. C. , Allaway , G. P. , Cheng-Mayer , C. , Robinson , J. and Maddon , P. J. 1996 . Nature , 384 : 184 – 187 .
  • Wu , L. , Gerard , N. P. , Wyatt , R. , Choe , H. , Parolin , C. , Ruffing , N. , Borsetti , A. , Cardoso , A. A. , Desjardin , E. , Newman , W. and et al . 1996 . Nature , 384 : 179 – 183 .
  • Speck , R. F. , Wehrly , K. , Platt , E. J. , Atchison , R. E. , Charo , I. F. , Kabat , D. , Chesebro , B. and Goldsmith , M. A. 1997 . J. Virol. , 71 : 7136 – 7139 .
  • Kwong , P. D. , Wyatt , R. , Robinson , J. , Sweet , R. W. , Sodroski , J. and Hendrickson , W. A. 1998 . Nature , 393 : 648 – 659 .
  • Rizzuto , C. D. , Wyatt , R. , Hemandez-Ramos , N. , Sun , Y. , Kwong , P. D. , Hendrickson , W. A. and Sodroski , J. 1998 . Science , 280 : 1949 – 1953 .
  • Berger , E. A. , Murphy , P. M. and Farber , J. M. 1999 . Annu. Rev. Immunol. , 17 : 657 – 700 .
  • Goudsmit , J. , Debouck , C. , Meloen , R. H. , Smit , L. , Bakker , M. , Asher , D. M. , Wolff , A. V. , Gibbs , C. J. Jr. and Gajdusek , D. C. 1988 . Proc. Natl. Acad. Sci. USA , 85 : 4478 – 4482 .
  • Palker , T. J. , Clark , M. E. , Langlois , A. J. , Matthews , T. J. , Weinhold , K. J. , Randall , R. R. , Bolognesi , D. P. and Haynes , B. F. 1988 . Proc. Natl. Acad. Sci. USA , 85 : 1932 – 1936 .
  • Vogel , T. , Kurth , R. and Norley , S. 1994 . J. Immunol. , 153 : 1895 – 1904 .
  • Wu , Z. , Ryk , D. V. , Davis , C. , Abrams , W. R. , Chaiken , I. , Magnani , J. and Malamud , D. 2003 . AIDS Res. Hum. Retroviruses , 19 : 201 – 209 .
  • Wu , Z. , Golub , E. , Abrams , W. R. and Malamud , D. 2004 . AIDS Res. Hum. Retroviruses , 20 : 600 – 607 .
  • Milich , L. , Margolish , B. H. and Swanstrom , R. 1997 . Virology , 239 : 108 – 118 .
  • Cabezas , E. , Wang , M. , Parren , P. W. , Stanfield , R. and Satterthwait , A. C. 2000 . Biochemistry , 39 : 14377 – 14391 .
  • Lekkerkerker , A. N. , Ludwig , I. S. , van Vliet , S. J. , van Kooyk , Y. and Geijtenbeek , T. B. 2004 . Virology , 329 : 465 – 476 .
  • Cruz , L. J. , Iglesias , E. , Aguilar , J. C. , Cabrales , A. , Reyes , O. and Andreu , D. 2004 . Bioconjug. Chem. , 15 : 1110 – 1117 .
  • Looney , D. J. , Fischer , A. G. , Putney , S. D. , Rusche , J. R. , Redfield , R. R. , Burke , D. S. , Gallo , R. C. and Wong-Staat , F. 1988 . Science , 241 : 357 – 359 .
  • Matthews , T. J. , Langlois , A. J. , Robey , W. G. , Chang , N. T. , Gallo , R. C. , Fischinger , P. J. and Bolognesi , D. P. 1988 . Proc. Natl. Acad. Sci. USA , 84 : 6924 – 6928 .
  • Meloen , R. H. , Liskamp , R. M. and Goudsmit , J. 1989 . J. Gen. Virol. , 70 : 1505 – 1512 .
  • Meyers , G. , Korber , B. , Wain-Hobson , S. , Smith , R. F. and Pavlakis , G. N. 1993 . Human Retroviruses and AIDS 1993: A Compilation and Analysis of Nucleic Acid and Amino Acid Sequences. Los Alamos, N. Mex. : Los Alamos National Laboratory .
  • The data on the X-ray structure of gp120 were published in work (24). However, the separate fragments of protein surface, including the V3 loop of interest, were not taken into account in the study cited [see also file 1gc1 in the Protein Data Bank (41, 42)].
  • Bernstein , F. C. , Koetzle , T. F. , Williams , G. J. B. , Meyer , E. F. , Brice , M. D. , Rodgers , J. R. , Kennard , O. , Shimanouchi , T. and Tasumi , M. 1977 . J. Mol. Biol. , 112 : 535 – 542 .
  • Berman , H. M. , Westbrook , J. , Feng , Z. , Gilliland , G. , Bhat , T. N. , Weissig , H. , Shindyalov , I. N. and Bourne , P. E. 2000 . Nucleic Acids Research , 28 : 235 – 242 .
  • Rini , J. M. , Stanfield , R. L. , Stura , E. A. , Salinas , P. A. , Profy , A. T. and Wilson , I. A. 1993 . Proc. Natl. Acad. Sci. USA , 90 : 6325 – 6329 .
  • Ghiara , J. B. , Stura , E. A. , Stanfield , R. L. , Profy , A. T. and Wilson , I. A. 1994 . Science , 264 : 82 – 85 .
  • Ghiara , J. B. , Ferguson , D. C. , Satterthwait , A. C. , Dyson , H. J. and Wilson , I. A. 1997 . J. Mol. Biol. , 266 : 31 – 42 .
  • Stanfield , R. L. , Cabezas , E. , Satterthwait , A. C. , Stura , E. A. , Profy , A. T. and Wilson , I. A. 1999 . Structure , 7 : 131 – 142 .
  • Stanfield , R. L. , Ghiara , J. B. , Saphire , E. O. , Profy , A. T. and Wilson , I. A. 2003 . Virology , 315 : 159 – 173 .
  • Stanfield , R. L. , Gorny , M. K. , Williams , C. , Zolla-Pazner , S. and Wilson , I. A. 2004 . Structure , 12 : 193 – 204 .
  • Ding , J. , Smith , A. D. , Geisler , S. C. , Ma , X. , Arnold , G. F. and Arnold , E. 2002 . Structure , 10 : 999 – 1011 .
  • Catasti , P. , Fontenot , J. D. , Bradbury , E. M. and Gupta , G. 1995 . J. Biol. Chem. , 270 : 2224 – 2232 .
  • Gupta , G. , Anantharamaiah , G. M. , Scott , D. R. , Eldridge , J. H. and Myers , G. 1993 . J. Biomol. Struct. Dynam. , 11 : 345 – 366 .
  • Chandrasekhar , K. , Profy , A. T. and Dyson , H. J. 1991 . Biochemistry , 30 : 9187 – 9194 .
  • Vu , H. M. , de Lorimier , R. , Moody , M. A. , Haynes , B. F. and Spicer , L. D. 1996 . Biochemistry , 35 : 5158 – 5165 .
  • Vranken , W. F. , Budesinsky , M. and Martins , J. C. 1996 . Eur. J. Biochem. , 236 : 100 – 108 .
  • Sarma , A. V. , Raju , T. V. and Kunwar , A. C. 1997 . J. Biochem. Biophys. Methods , 34 : 83 – 98 .
  • Tolman , R. L. , Bednarek , M. A. , Johnson , B. A. , Leanza , W. , Marburg , S. , Underwood , D. J. , Emini , E. A. and Conley , A. J. 1993 . Int. J. Pept. Protein Res. , 41 : 455 – 466 .
  • Jelinek , R. , Terry , T. D. , Gesell , J. J. , Malik , P. , Perham , R. N. and Opella , S. 1997 . J. Mol. Biol. , 266 : 649 – 655 .
  • Huang , X. , Smith , M. C. , Berzofsky , J. A. and Barchi , J. J. Jr. 1996 . FEBS Lett. , 393 : 280 – 286 .
  • Huang , X. , Barchi , J. J. , Lung , F. D. , Roller , P. P. , Nara , P. L. , Muschik , J. and Garrity , R. R. 1997 . Biochemistry , 36 : 10846 – 10856 .
  • Markert , R. L. , Ruppach , H. , Gehring , S. , Dietrich , U. , Mierke , D. F. , Kock , M. , Rubsamen-Waigmann , H. and Griesinger , C. 1996 . Eur. J. Biochem. , 237 : 188 – 204 .
  • Zvi , A. , Kustanovich , I. , Hayek , Y. , Matsushita , S. and Anglister , J. 1995 . FEBS Lett. , 368 : 267 – 270 .
  • Zvi , A. , Feigelson , D. J. , Hayek , Y. and Anglister , J. 1997 . Biochemistry , 36 : 8619 – 8627 .
  • Tugarinov , V. , Zvi , A. , Levy , R. , Hayek , Y. , Matsushita , S. and Anglister , J. 2000 . Structure , 8 : 385 – 395 .
  • Weliky , D. P. , Benett , A. E. , Zvi , A. , Anglister , J. , Steinbach , P. J. and Tycko , R. 1999 . Nat. Struct. Biol. , 6 : 141 – 145 .
  • Vranken , W. F. , Fant , F. , Budesinsky , M. and Borremans , F. A. M. 2001 . Eur. J. Biochem. , 268 : 2620 – 2628 .
  • Wu , G. , MacKenzie , R. , Durda , P. J. and Tsang , P. 2000 . J. Biol. Chem. , 275 : 36645 – 36652 .
  • Sharpe , S. , Kessler , N. , Anglister , J. A. , Yau , W. M. and Tycko , R. 2004 . J. Amer. Chem. Soc. , 126 : 4979 – 4990 .
  • Sharon , M. , Kessler , N. , Levy , R. , Zolla-Pazner , S. , Gorlach , M. and Anglister , J. 2003 . Structure , 11 : 225 – 236 .
  • Weltman , J. K. , Skowron , G. and Loriot , G. B. 2004 . J. Mol. Model. , 10 : 367 – 372 .
  • Hsu , S. T. and Bonvin , A. M. 2004 . Proteins , 55 : 582 – 593 .
  • Andrianov , A. M. 2002 . J. Biomol. Struct. Dynam. , 19 : 973 – 990 .
  • Sherman , S. A. , Andrianov , A. M. and Akhrem , A. A. 1987 . J. Biomol. Struct. Dynam. , 4 : 869 – 884 .
  • Sherman , S. A. , Andrianov , A. M. and Akhrem , A. A. Konformatsionnyi analiz i ustanovlenie prostranstvennoi struktury belkovykh molekul (Conformational Analysis and Establishment of Spatial Protein Structure) 240 Nauka i Tekhnika: Minsk, 1989
  • Andrianov , A. M. and Sherman , S. A. 1990 . Modelling and Computer Methods in Molecular Biology and Genetics Edited by: Kolchanov , N. A. and Ratner , V. A. 83 – 84 . Novosibirsk , , Russia : Abstracts of the International Conference .
  • Wuthrich , K. , Wider , G. , Wagner , G. and Braun , W. 1982 . J. Mol. Biol. , 155 : 311 – 319 .
  • Wuthrich , K. 1983 . Biopolymers , 22 : 131 – 138 .
  • Andrianov , A. M. and Sokolov , Yu. A. 2004 . J. Biomol. Struct. Dynam. , 21 : 577 – 590 .
  • Andrianov , A. M. and Sokolov , Yu. A. 2003 . J. Biomol. Struct. Dynam. , 20 : 603 – 614 .
  • Smith , L. J. , Bolin , K. A. , Schwalbe , H. , McArthur , M. W. , Thornton , J. M. and Dobson , C. M. 1996 . J. Mol. Biol. , 255 : 494 – 506 .
  • Lewis , P. N. , Momany , F. A. and Scheraga , H. A. 1973 . Biochim,. Biophys. Acta , 303 : 211 – 229 .
  • Milner-White , E. J. , Ross , B. M. , Ismail , R. , Belhaj-Mostefa , K. and Poet , R. 1988 . J. Mol. Biol. , 204 : 777 – 782 .
  • Sherman , S. A. and Johnson , M. E. 1993 . Prog. Biophys. Mol. Biol. , 59 : 285 – 339 .
  • Kar , L. , Sherman , S. A. and Johnson , M. E. 1994 . J. Biomol. Struct. Dynam. , 12 : 527 – 558 .
  • Wuthrich , K. , Billeter , M. and Braun , W. 1984 . J. Mol. Biol. , 180 : 715 – 740 .
  • Sippl , M. J. 1990 . J. Mol. Biol. , 213 : 859 – 883 .
  • Andrianov , A. M. 1999 . J. Biomol. Struct. Dynam. , 16 : 931 – 953 .
  • Vranken , W. F. , Budesinsky , M. , Fant , F. , Boulez , K. and Borremans , F. A. M. 1995 . FEBS Lett. , 374 : 117 – 121 .
  • Vranken , W. F. , Budesinsky , M. , Fant , F. , Boulez , K. , Gras-Masse , H. and Borremans , F. A. M. 1996 . Collect. Czech. Chem. Commun. , 61 : 742 – 750 .
  • Andrianov , A. M. 2004 . J. Biomol. Struct. Dynam. , 22 : 159 – 170 .
  • Andrianov , A. M. 2004 . The Fourth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure 235 – 238 . (BGRS 2004) 1, Novosibirsk (Russia)
  • Ivanoff , L. A. , Looney , D. J. , McDanal , C. , Morris , J. F. , Wong-Staat , F. , Lang , A. J. , Petteway , S. R.J.R. and Matthews , T. J. 1991 . AIDS Res. Hum. Retroviruses , 7 : 595 – 603 .
  • Wang , W.-K. , Dudek , T. , Zhao , Y.-J. , Brumblay , H. G. , Essex , M. and Lee , T.-H. 1998 . Proc. Natl. Acad. Sci. USA , 95 : 5740 – 5745 .
  • Pohlmann , S. , Davis , C. , Meister , S. , Leslie , G. J. , Otto , C. , Reeves , J. D. , Puffer , B. A. , Papkalla , A. , Krumbiegel , M. , Marzi , A. , Lorenz , S. , Munch , J. , Doms , R. W. and Kirchhoff , F. 2004 . J. Virol. , 78 : 3223 – 3232 .
  • MacArthur , M. W. and Thornton , J. M. 1993 . Proteins: Structure, Function, and Genetics , 17 : 232 – 251 .
  • Wuthrich , K. 2003 . Biosci. Rep. , 23 : 119 – 153 .
  • Sherman , S. A. and Johnson , M. E. 1991 . In Proteins: Structure, Dynamics and Design Edited by: Renugopalakrishman , V. , Carey , P. R. , Smith , I. C. P. , Huang , S. G. and Storer , A. C. 62 – 67 . Leiden , , The Netherlands : Esom Science Publishers BV .
  • Andrianov , A. M. 1991 . Molecular Biology (Engl. Tr.) , 25 : 1229 – 1237 .
  • Andrianov , A. M. 1991 . Molecular Biology (Engl. Tr) , 25 : 951 – 959 .
  • Sherman , S. A. and Johnson , M. E. 1992 . J. Magn. Reson. , 96 : 457 – 472 .
  • Kirnarsky , L. , Shats , O. and Sherman , S. A. 1997 . Theochem. , 419 : 213 – 220 .
  • Zolla-Pazner , S. , Zhong , P. , Revesz , K. , Volsky , B. , Williams , C. , Nyambi , P. and Gorny , M. 2004 . AIDS Res. Hum. Retroviruses , 20 : 1254 – 1258 .
  • Yang , Z.-Y. , Chakrabarti , B. K. , Xu , L. , Welcher , B. , Kong , W.-P. , Leung , K. , Panet , A. , Mascola , J. R. and Nabel , G. J. 2004 . J. Virol. , 78 : 4029 – 4036 .
  • Di Bello , C. , Pasquato , A. and Dettin , M. 2004 . Curr. Protein Pept. Sci. , 5 : 225 – 234 .
  • Gorny , M. K. , Reverz , K. , Williams , C. , Volsky , B. , Louder , M. K. , Anyangwe , C. A. , Krachmarov , C. , Kayman , S. C. , Pinter , A. , Nadas , A. , Nyambi , P. N. , Mascola , J. R. and Zolla- Pazner , S. 2004 . J. Virol. , 78 : 2394 – 2404 .
  • Wu , T. T. and Johnson , G. 2004 . Drugs Today (Barc) , 40 : 949 – 955 .
  • Wolinsky , S. M. , Veazey , R. S. , Kunstman , K. J. , Klasse , P. J. , Dufour , J. , Marozsan , A. J. , Springer , M. S. and Moore , J. P. 2004 . Virology , 328 : 19 – 29 .
  • Hartley , O. , Klasse , P. J. , Sattentau , Q. J. and Moore , J. P. 2005 . AIDS Res. Hum. Retroviruses , 21 : 171 – 189 .

Reprints and Corporate Permissions

Please note: Selecting permissions does not provide access to the full text of the article, please see our help page How do I view content?

To request a reprint or corporate permissions for this article, please click on the relevant link below:

Academic Permissions

Please note: Selecting permissions does not provide access to the full text of the article, please see our help page How do I view content?

Obtain permissions instantly via Rightslink by clicking on the button below:

If you are unable to obtain permissions via Rightslink, please complete and submit this Permissions form. For more information, please visit our Permissions help page.