References and Footnotes
- Blume-Jensen , P. and Hunter , T. 2001 . Nature , 411 : 355 – 365 .
- Schlessinger , J. 2000 . Cell , 103 : 211 – 225 .
- Schlessinger , J. 2002 . Cell , 110 : 669 – 672 .
- Olayioye , M. A. , Neve , R. M. , Lane , H. A. and Hynes , N. E. 2000 . EMBO , J19 : 3159 – 3167 .
- Burgess , A. W. , Cho , H. S. , Eigenbrot , C. , Ferguson , K. M. , Garrett , T. P. , Leahy , D. J. , Lemmon , M. A. , Sliwkowski , M. X. , Ward , C. W. and Yokoyama , S. 2003 . Mol Cell , 12 : 541 – 552 .
- Bargmann , C. I. and Weinberg , R. A. 1988 . EMBO J , 7 : 2043 – 2052 .
- Brennan , P. J. , Kumagai , T. , Berezov , A. , Murali , R. and Greene , M. I. 2000 . Oncogene , 19 : 6093 – 6101 .
- Tzahar , E. , Pinkas-Kramarski , R. , Moyer , J. D. , Klapper , L. N. , Alroy , I. , Levkowitz , G. , Shelly , M. , Henis , S. , Eisenstein , M. , Ratzkin , B. J. , Sela , M. , Andrews , G. C. and Yarden , Y. 1997 . EMBO , J16 : 4938 – 4950 .
- Mendrola , J. M. , Berger , M. B. , King , M. C. and Lemmon , M. A. 2002 . J Biol Chem , 277 : 4704 – 4712 .
- Kleiger , G. , Grothe , R. , Mallick , P. and Eisenberg , D. 2002 . Biochemistry , 41 : 5990 – 5997 .
- Melnyk , R. A. , Kim , S. , Curran , A. R. , Engelman , D. M. , Bowie , J. U. and Deber , C. M. 2004 . J Biol Chem , 279 : 16591 – 16597 .
- Lemmon , M. A. , Flanagan , J. M. , Hunt , J. F. , Adair , B. D. , Bormann , B. J. , Dempsey , C. E. and Engelman , D. M. 1992 . J Biol Chem , 267 : 7683 – 7689 .
- Russ , W. P. and Engelman , D. M. 1999 . Proc Natl Acad Sci USA , 96 : 863 – 868 .
- Lemmon , M. A. , Treutlein , H. R. , Adams , P. D. , Brunger , A. T. and Engelman , D. M. 1994 . Nat Struct Biol , 1 : 157 – 163 .
- MacKenzie , K. R. , Prestegard , J. H. and Engelman , D. M. 1997 . Science , 276 : 131 – 133 .
- Partridge , A. W. , Therien , A. G. and Deber , C. M. 2004 . Proteins , 54 : 648 – 656 .
- Sternberg , M. J. and Gullick , W. J. 1990 . Protein Eng , 3 : 245 – 248 .
- Bargmann , C. I. , Hung , M. C. and Weinberg , R. A. 1986 . Cell , 45 : 649 – 657 .
- Cao , H. , Bangalore , L. , Bormann , B. J. and Stern , D. F. 1992 . EMBO , J11 : 923 – 932 .
- Burke , C. L. , Lemmon , M. A. , Coren , B. A. , Engelman , D. M. and Stern , D. F. 1997 . Oncogene , 14 : 687 – 696 .
- Bell , C. A. , Tynan , J. A. , Hart , K. C. , Meyer , A. N. , Robertson , S. C. and Donoghue , D. J. 2000 . Mol Biol Cell , 11 : 3589 – 3599 .
- Chen , L. I. , Webster , M. K. , Meyer , A. N. and Donoghue , D. J. 1997 . J Cell Biol , 137 : 619 – 631 .
- Zhou , F. X. , Cocco , M. J. , Russ , W. P. , Brunger , A. T. and Engelman , D. M. 2000 . Nat Struct Biol , 7 : 154 – 160 .
- Zhou , F. X. , Merianos , H. J. , Brunger , A. T. and Engelman , D. M. 2001 . Proc Natl Acad Sci USA , 98 : 2250 – 2255 .
- Gratkowski , H. , Lear , J. D. and DeGrado , W. F. 2001 . Proc Natl Acad Sci USA , 98 : 880 – 885 .
- Smith , S. O. , Smith , C. S. and Bormann , B. J. 1996 . Nat Struct Biol , 3 : 252 – 258 .
- Garnier , N. , Genest , D. , Duneau , J. P. and Genest , M. 1997 . Biopolymers , 42 : 157 – 168 .
- Garnier , N. , Crouzy , S. and Genest , M. 2003 . J Biomol Struct Dyn , 21 : 179 – 200 .
- Aller , P. , Voiry , L. , Garnier , N. and Genest , M. 2005 . Biopolymers , 77 : 184 – 197 .
- Wimley , W. C. and White , S. H. 1996 . Nat Struct Biol , 3 : 842 – 848 .
- Torres , J. , Briggs , J. A. G. and Arkin , I. T. 2002 . Biophys J , 82 : 3063 – 3071 .
- Smith , S. O. , Smith , C. , Shekar , S. , Peersen , O. , Ziliox , M. and Aimoto , S. 2002 . Biochemistry , 41 : 9321 – 9332 .
- Popot , J. L. and Engelman , D. M. 1990 . Biochemistry , 29 : 4031 – 4037 .
- Popot , J. L. and Engelman , D. M. 2000 . Annu. Rev. Biochem. , 69 : 881 – 922 .
- Bennasroune , A. , Gardin , A. , Aunis , D. , Cremel , G. and Hubert , P. 2004 . Crit Rev Oncol Hematol , 50 : 23 – 38 .
- Sajot , N. and Genest , M. 2001 . J Biomol Struct Dyn , 19 : 15 – 31 .
- Sajot , N. and Genest , M. 2000 . Eur Biophys J , 28 : 648 – 662 .
- Kim , S. , Chamberlain , A. K. and Bowie , J. U. 2003 . J Mol Biol , 329 : 831 – 840 .
- Woolf , T. B. 1997 . Biophys J , 73 : 2376 – 2392 .
- Woolf , T. B. and Roux , B. 1996 . Protein Struct Funct Genet , 24 : 92 – 114 .
- Bernèche , S. , Nina , M. and Roux , B. 1998 . Biophys J , 75 : 1603 – 1618 .
- Brooks , B. R. , Bruccoleri , R. E. , Olafson , B. D. , States , D. J. , Swaminathan , S. and Karplus , M. 1983 . J Comp Chem , 4 : 187 – 217 .
- MacKerell , A. D. Jr , Brooks , B. , Brooks , C. L. III , Nilsson , L. , Roux , B. , Won , Y. and Karplus , M. 1998 . In the Encyclopedia of Computational Chemistry , 1 : 271 – 277 .
- Schlenkrich , M. , Brickmann , J. , MacKerell , A. D. J. and Karplus , M. 1996 . Biological Membranes, A Molecular Perspective from Computation and Experiment Edited by: Merz , K. J. and Roux , B. 31 – 81 . Boston : Birkhäuser .
- Jorgensen , W. L. , Impey , R. W. , Chandrasekhar , J. , Madura , J. D. and Klein , M. L. 1983 . J Chem Phys , 79 : 926 – 935 .
- Nagle , J. F. 1993 . Biophys J , 64 : 1476 – 1481 .
- Belohorcova , K. , Qian , J. and Davis , J. H. 2000 . Biophys J , 79 : 3201 – 3216 .
- Lague , P. , Zuckermann , M. J. and Roux , B. 2001 . Biophys J , 81 : 276 – 284 .
- Petrache , H. I. , Grossfield , A. , MacKenzie , K. R. , Engelman , D. M. and Woolf , T. B. 2000 . J Mol Biol , 302 : 727 – 746 .
- Roux , M. , Beswick , V. , Coic , Y. M. , Huynh-Dinh , T. , Sanson , A. and Neumann , J. M. 2000 . Biophys J , 79 : 2624 – 2631 .
- Bachar , M. and Becker , O. M. 2000 . Biophys J , 78 : 1359 – 1375 .
- Bernèche , S. and Roux , B. 2000 . Biophys J , 78 : 2900 – 2917 .
- Essmann , U. , Perera , L. , Berkowitz , M. L. , Darden , H. , Lee , H. and Pedersen , L. G. 1995 . J. Chem Phys , 103 : 8577 – 8593 .
- Hoover , W. G. 1985 . Phys Rev A , 31 : 1695 – 1697 .
- Ryckaert , J. P. and Ciccotti , B. H.J.C.G. 1977 . J Comput Phys , 23 : 327
- Feller , S. E. , Venable , R. M. and Pastor , R. W. 1997 . Langmuir , 13 : 6555 – 6561 .
- Schneider , M. J. and Feller , S. E. 2001 . J Phys Chem , 105 : 1331 – 1337 .
- Chiu , S. W. , Jakobsson , E. and Scott , H. L. 2001 . Biophys J , 80 : 1104 – 1114 .
- Murzyn , K. , Rog , T. , Jezierski , G. , Takaoka , Y. and Pasenkiewicz-Gierula , M. 2001 . Biophys J , 81 : 170 – 183 .
- König , B. , Dietrich , U. and Klose , G. 1997 . Langmuir , 105 : 525 – 532 .
- Heller , H. , Schaefer , M. and Schulten , K. 1993 . J Phys Chem , 97 : 8343 – 8360 .
- Chiu , S. W. , Jakobsson , E. , Subramaniam , S. and Scott , H. L. 1999 . Biophys J , 77 : 2462 – 2469 .
- Tristram-Nagle , S. , Petrache , H. I. and Nagle , J. F. 1998 . Biophys J , 75 : 917 – 925 .
- Nagle , J. F. and Tristram-Nagle , S. 2000 . Biochim Biophys Acta , 1469 : 159 – 195 .
- Liu , Y. and Nagle , J. F. 2004 . Phys Review E , 69 : 040901 – 040904 .
- Rog , T. , Murzyn , K. , Gurbiel , R. , Takaoka , Y. , Kusumi , A. and Pasenkiewicz-Gierula , M. 2004 . J Lipid Res , 45 : 326 – 336 .
- Seelig , A. and Seelig , J. 1977 . Biochemistry , 16 : 45 – 50 .
- Seelig , J. and Seelig , A. 1980 . QuatRev Biophys , 13 : 19 – 61 .
- Wang , X. and Quinn , P. J. 2002 . Biochim Biophys Acta , 1567 : 6 – 12 .
- Seelig , J. and Waespe-Sarcevic , N. 1978 . Biochemistry , 17 : 3310 – 3315 .
- Feller , S. E. and Pastor , R. W. 1999 . J Chem Phys , 111 : 1281 – 1287 .
- Rand , R. P. and Parsegian , V. A. 1989 . Biochim Biophys Acta , 988 : 351 – 376 .
- Duneau , J. P. , Crouzy , S. , Garnier , N. , Chapron , Y. and Genest , M. 1999 . Biophys Chem , 76 : 3553
- Duneau , J. P. , Garnier , N. and Genest , M. 1997 . J Biomol Struct Dyn , 15 : 555 – 572 .
- Duneau , J. P. , Genest , D. and Genest , M. 1996 . J Biomol Struct Dyn , 13 : 753 – 769 .
- Samna Soumana , O. , Aller , P. , Garnier , N. and Genest , M. 2005 . J Biomol Struct Dyn , 23 : 91 – 100 .
- Strandberg , E. and Killian , J. A. 2003 . FEBS Letters , 544 : 69 – 73 .
- Granseth , E. , von Heijne , G. and Elofsson , A. 2005 . J Mol Biol , 346 : 377 – 385 .
- Bond , P. J. and Sansom , M. S. 2006 . J Am Chem Soc , 128 : 2697 – 2704 .
- Ash , W. L. , Stockner , T. , MacCallum , J. L. and Tieleman , D. P. 2004 . Biochemistry , 43 : 9050 – 9060 .
- Stanley , A. M. and Fleming , K. G. 2005 . J Mol Biol , 347 : 759 – 772 .
- Beevers , A. J. and Kukol , A. 2006 . J Mol Graph Model , 25 : 225 – 233 .
- Dawson , J. P. , Melnyk , R. A. , Deber , C. M. and Engelman , D. M. 2003 . J Mol Biol , 331 : 255 – 262 .
- Smith , S. O. , Eilers , M. , Song , D. , Crocker , E. , Ying , W. , Groesbeek , M. , Metz , G. , Ziliox , M. and Aimoto , S. 2002 . Biophys J , 82 : 2476 – 2486 .
- Doura , A. K. and Fleming , K. G. 2004 . J Mol Biol , 343 : 1487 – 1497 .
- Doura , A. K. , Kobus , F. J. , Dubrovsky , L. , Hibbard , E. and Fleming , K. G. 2004 . J Mol Biol , 341 : 991 – 998 .
- Kobus , F. J. and Fleming , K. G. 2005 . Biochemistry , 44 : 1464 – 1470 .
- Schneider , D. and Engelman , D. M. 2004 . J Mol Biol , 343 : 799 – 804 .
- Fleishman , S. J. , Schlessinger , J. and Ben-Tal , N. 2002 . Proc Natl Acad Sci USA , 99 : 15937 – 15940 .
- Franklin , M. C. , Carey , K. D. , Vajdos , F. F. , Leahy , D. J. , de Vos , A. M. and Sliwkowski , M. X. 2004 . Cancer Cell , 5 : 317 – 328 .
- Ogiso , H. , Ishitani , R. , Nureki , O. , Fukai , S. , Yamanaka , M. , Kim , J. H. , Saito , K. , Sakamoto , A. , Inoue , M. , Shirouzu , M. and Yokoyama , S. 2002 . Cell , 110 : 775 – 787 .
- Garrett , T. P. , McKern , N. M. , Lou , M. , Elleman , T. C. , Adams , T. E. , Lovrecz , G. O. , Kofler , M. , Jorissen , R. N. , Nice , E. C. , Burgess , A. W. and Ward , C. W. 2003 . Mol Cell , 11 : 495 – 505 .
- Garrett , T. P. , McKern , N. M. , Lou , M. , Elleman , T. C. , Adams , T. E. , Lovrecz , G. O. , Zhu , H. J. , Walker , F. , Frenkel , M. J. , Hoyne , P. A. , Jorissen , R. N. , Nice , E. C. , Burgess , A. W. and Ward , C. W. 2002 . Cell , 110 : 763 – 773 .
- Cho , H. S. and Leahy , D. J. 2002 . Science , 297 : 1330 – 1333 .
- Cho , H. S. , Mason , K. , Ramyar , K. X. , Stanley , A. M. , Gabelli , S. B. , Denney , D. W. Jr. and Leahy , D. J. 2003 . Nature , 421 : 756 – 760 .
- Stamos , J. , Sliwkowski , M. X. and Eigenbrot , C. 2002 . J Biol Chem , 277 : 46265 – 46272 .
- Ferguson , K. M. , Berger , M. B. , Mendrola , J. M. , Cho , H. S. , Leahy , D. J. and Lemmon , M. A. 2003 . Mol Cell , 11 : 507 – 517 .
- Rigby , A. C. , Grant , C. W. and Shaw , G. S. 1998 . Biochim Biophys. Acta , 1371 : 241 – 253 .
- Goetz , M. , Carlotti , C. , Bontems , F. and Dufourc , E. 2001 . Biochemistry , 40 : 6534 – 6540 .
- Bagossi , P. , Horvath , G. , Vereb , G. , Szollosi , J. and Tozser , J. 2005 . Biophys J , 88 : 1354 – 1363 .
- Hobert , M. E. , Kil , S. J. , Medof , M. E. and Carlin , C. R. 1997 . J Biol Chem , 272 : 32901 – 32909 .
- Choowongkomon , K. , Hobert , M. E. , He , C. , Carlin , C. R. and Sonnichsen , F. D. 2004 . J Biomol Struct Dyn , 21 : 813 – 826 .
- Seelig , J. 1978 . Biochim Biophys Acta , 515 : 105 – 140 .
- Chothia , C. , Levitt , M. and Richardson , D. 1981 . J Mol Biol , 145 : 215 – 250 .
- v , B. V.B.b. 1996 . Biomos Laboratory of Physical Chemistry, ETH Zentrum CH-8092 Zürich. Switzerland, Edn. BIOMOS b.v. .
- Pearlman , D. , Case , D. , Cadwell , J. , Seibel , G. , Singh , U. , Weiner , P. and Kollman , P. 1991 . San Francisco : University of California .
- Chiu , S. W. , Subramanian , S. and Jakobsson , E. 1999 . Biophys J , 76 : 1929 – 1938 .