References and Footnotes
- Marmur , J. and Doty , P. 1962 . J Mol Biol , 5 : 109 – 118 .
- Bram , S. and Tougard , P. 1972 . Nature New Biol , 239 : 128 – 131 .
- Pilet , J. , Blicharski , J. and Brahms , J. 1975 . Biochemistry , 14 : 1869 – 1876 .
- Vorlíčková , M. and Kypr , J. 1985 . J Biomol Struct Dyn , 3 : 67 – 83 .
- Ng , H.-L. , Kopka , M. L. and Dickerson , R. E. 1999 . Proc Natl Acad Sci USA , 97 : 2035 – 2039 .
- Trantírek , L. , Štefl , R. , Vorlíčková , M. , Koča , J. , Sklenář , V. and Kypr , J. 2000 . J Mol Biol , 297 : 907 – 922 .
- Śtefl , R. , Trantírek , L. , Vorlíčková , M. , Koča , J. , Sklenár , V. and Kypr , J. 2001 . J Mol Biol , 307 : 513 – 524 .
- Ng , H.-L. and Dickerson , R. E. 2002 . Nucleic Acids Res , 30 : 4061 – 4067 .
- Hogan , M. , LeGrande , J. and Austin , B. 1983 . Nature , 304 : 752 – 754 .
- Fujimoto , B. S. and Schurr , J. M. 1990 . Nature , 344 : 175 – 178 .
- Rief , M. , Clausen-Schaumann , H. and Gaub , H. E. 1999 . Nature Struct Biol , 6 : 346 – 349 .
- Eyre-Walker , A. 1993 . Proc R Soc Lond B , 252 : 237 – 243 .
- Eyre-Walker , A. 1992 . Nucleic Acids Res , 20 : 1497 – 1501 .
- Deschavanne , P. and Filipski , J. 1995 . Nucleic Acids Res , 23 : 1350 – 1353 .
- Boulikas , T. 1992 . J Cell Biochem , 50 : 111 – 123 .
- Moreau , J. , Marcaud , L. , Maschat , F. , Kejzlarova-Lepesant , J. , Lepesant , J.-A. and Scherrer , K. 1982 . Nature , 295 : 260 – 262 .
- Bernardi , G. 2000 . Gene , 241 : 3 – 17 .
- Antequera , F. and Bird , A. 1993 . Proc Natl Acad Sci USA , 90 : 11995 – 11999 .
- Sueoka , N. 1988 . Proc Natl Acad Sci USA , 85 : 2653 – 2657 .
- Knight , R. D. , Freeland , S. J. and Landweber , L. F. 2001 . Genome Biology , 2 : 1 – 13 .
- Ikemura , T. and Aota , S.-I. 1988 . J Mol Biol , 203 : 1 – 13 .
- Ikemura , T. , Wada , K.-N. and Aota , S.-I. 1990 . Genomics , 8 : 207 – 216 .
- Fickett , J. W. , Torney , D. C. and Wolf , D. R. 1992 . Genomics , 13 : 1056 – 1064 .
- Fukagawa , T. and et al . 1995 . Genomics , 25 : 184 – 191 .
- Häring , D. and Kypr , J. 1999 . J Biomol Struct Dyn , 17 : 267 – 273 .
- Häring , D. and Kypr , J. 1999 . J Theor Biol , 201 : 141 – 156 .
- Matula , M. and Kypr , J. 1999 . J. Biomol. Struct. Dyn. , 17 : 275 – 280 .
- Macleod , M. C. , Johnston , D. A. , LaBate , M. and White , R. A. 1996 . J Theor Biol , 181 : 311 – 318 .
- Dechering , K. J. , Cuelenaere , K. , Konings , R. N. H. and Leunissen , J. A. M. 1998 . Nucleic Acids Res , 26 : 4056 – 4062 .
- Häring , D. and Kypr , J. 2000 . Biochem Biophys Res Commun , 272 : 571 – 575 .
- Häring , D. and Kypr , J. 2001 . Mol Biol Rep , 28 : 9 – 17 .
- Häring , D. and Kypr , J. 2001 . Biochem Biophys Res Commun , 280 : 567 – 573 .
- Hanzálek , P. and Kypr , J. 2001 . Biochem Biophys Res Commun , 283 : 219 – 223 .
- Nekrutenko , A. and Li , W.-H. 2000 . Genome Res , 10 : 1986 – 1995 .
- Saccone , S. , Pavlíček , A. , Federico , C. , Paces , J. and Bernardi , G. 2001 . Chromosome Res , 9 : 533 – 539 .
- Bradnam , K. R. , Seoighe , C. , Sharp , P. M. and Wolfe , K. H. 1999 . Mol Biol Evol , 16 : 666 – 675 .
- International Human Genome Sequencing Consortium . 2001 . Nature , 409 : 860 – 921 .
- Venter , J. C. and et al . 2001 . Science , 291 : 1304 – 1351 .
- Mouse Genome Sequencing Consortium . 2002 . Nature , 420 : 520 – 562 .
- Pavlíček , A. , Paces , J. , Clay , O. and Bernardi , G. 2002 . FEBS Letters , 511 : 165 – 169 .
- Eyre-Walker , A. and Hurst , L. D. 2001 . Genetics , 2 : 549 – 555 .
- Schomer , B. and Yagil , G. 1999 . Nucleic Acids Res. , 27 : 4491 – 4500 .
- Hrabcová , I. and Kypr , J. 2003 . Biochem Biophys Res Commun , 300 : 824 – 831 .
- Wolfe , K. H. and Shields , D. C. 1997 . Nature , 387 : 708 – 713 .
- Endo , T. , Imanishi , T. , Gojobori , T. and Inoko , H. 1997 . Gene , 205 : 19 – 27 .
- Stoester , G. and et al . 2001 . Nucleic Acids Res , 29 : 17 – 21 .
- Jurka , J. 2000 . Trends Genet , 16 : 418 – 420 .
- Benson , G. 1999 . Nucleic Acids Res. , 27 : 573 – 80 .
- Donehower , L. A. , Slagle , B. L. , Wilde , M. , Darlington , G. and Butel , J. S. 1989 . Nucleic Acids Res , 17 : 699 – 710 .
- Duret , L. , Dorkeld , F. and Gautier , Ch . 1993 . Nucleic Acids Res , 21 : 2315 – 2322 .
- Koop , B. F. and Hood , L. 1994 . Nature Genetics , 7 : 48 – 53 .
- Nowak , R. 1994 . Science , 263 : 608 – 610 .
- Beaton , M. J. and Cavalier-Smith , T. 1999 . Proc R Soc Lond B , 266 : 2053 – 2059 .
- Florentiev , V. L. and Ivanov , V. I. 1970 . Nature , 228 : 519 – 525 .
- Eom , S. H. , Wang , J. and Steitz , T. A. 1996 . Nature , 382 : 278 – 281 .
- Wlassoff , W. A. , Dymshits , G. M. and Lavrik , O. I. 1996 . FEBS Letters , 390 : 6 – 9 .
- Keifer , J. R. , Mao , Ch. , Braman , J. C. and Beese , L. S. 1998 . Nature , 391 : 304 – 307 .
- Doublié , S. , Tabor , S. , Long , A. M. , Richardson , Ch. C. and Ellenberger , T. 1998 . Nature , 391 : 251 – 258 .
- Timsit , Y. 1999 . J Mol Biol , 293 : 835 – 853 .
- Zhang , L. , Kasif , S. , Cantor , C. R. and Broude , N. E. 2004 . PNAS USA , 101 : 16855 – 16860 .