References and Footnotes
- Uversky , V. N. and Fink , A. L. 2004 . Biochem BiophysActa , 1698 : 131 – 153 .
- Krebs , M. R. H. , Domike , K. R. , Cannon , D. and Donald , A. M. 2008 . Faraday Discussions , 139 : 265 – 274 .
- Plakoutsi , G. , Bemporad , F. , Calamai , M. , Taddei , N. , Dobson , C. M. and Chiti , F. 2005 . J Mol Biol , 351 : 910 – 922 .
- Sawaya , M. R. , Sambashivan , S. , Nelson , R. , Ivanova , M. I. , Sievers , S. A. , Apostol , M. I. , Thompson , M. J. , Balbirnie , M. , Wiltzius , J. J. , McFarlane , H. T. , Madsen , A. Ø. , Riekel , C. and Eisenberg , D. 2007 . Nature , 447 : 453 – 457 .
- Madine , J. , Jack , E. , Stockley , P. G. , Radford , S. E. , Serpell , L. C. and Middleton , D. A. 2008 . J Am Chem Soc , 130 : 14990 – 15001 .
- Klein , W. L. , Stine , W. B. Jr and Teplow , D. B. 2004 . Neurobiol Aging , 25 : 569 – 580 .
- Kayed , R. , Head , E. , Thompson , J. L. , Mclntire , T. M. , Milton , S. C. , Cotman , C. W. and Glabe , C. G. 2003 . Science , 300 : 486 – 489 .
- Bucciantini , M. , Giannoni , E. , Chiti , F. , Baroni , F. , Formigli , L. , Zurdo , J. , Taddei , N. , Ramponi , G. , Dobson , C. M. and Stefani , M. 2002 . Nature , 416 : 507 – 511 .
- Ma , B. and Nussinov , R. 2002 . Proc Natl Acad Sci USA , 99 : 14126 – 14131 .
- Zanuy , D. , Ma , B. and Nussinov , R. 2003 . Biophys J , 84 : 1884 – 1894 .
- Zheng , J. , Ma , B. , Tsai , C.-J. and Nussinov , R. 2006 . Biophys J , 91 : 824 – 833 .
- Tsai , H.-H. , Reches , M. , Tsai , C.-J. , Gunasekaran , K. , Gazit , E. and Nussinov , R. 2005 . Proc Natl Acad Sci USA , 102 : 8174 – 8179 .
- Tsai , H.-H. , Zanuy , D. , Haspel , N. , Gunasekaran , K. , Ma , B. , Tsai , C.-J. and Nussinov , R. 2004 . Biophys J , 87 : 146 – 158 .
- Maenaka , K. and Jones , E. Y. 1999 . Curr Opin Struct Biol , 9 : 745 – 753 .
- Kozhukh , G. V. , Hagihara , Y. , Kawakami , T. , Hasegawa , K. , Naiki , H. and Goto , Y. 2002 . J Biol Chem , 277 : 1310 – 1315 .
- Tessier , P. M. and Lindquist , S. 2007 . Nature , 447 : 556 – 561 .
- Iwata , K. , Fujiwara , T. , Matsuki , Y. , Akutsu , H. , Takahashi , S. , Naiki , H. and Goto , Y. 2006 . Proc Natl Acad Sci USA , 103 : 18119 – 18124 .
- Petkova , A. T. , Yau , W.-M. and Tycko , R. 2006 . Biochemistry , 45 : 498 – 512 .
- Ritter , C. , Maddelein , M.-L. , Siemer , A. B. , Lührs , T. , Ernst , M. , Meier , B. H. , Saupe , S. J. and Riek , R. 2005 . Nature , 435 : 844 – 848 .
- Lührs , T. , Ritter , C. , Adrian , M. , Riek-Loher , D. , Bohrmann , B. , Döbeli , H. , Schubert , D. and Riek , R. 2005 . Proc Natl Acad Sci USA , 102 : 17342 – 17347 .
- Ferguson , N. , Becker , J. , Tidow , H. , Tremmel , S. , Sharpe , T. D. , Krause , G. , Flinders , J. , Petrovich , M. , Berriman , J. , Oschkinat , H. and Fersht , A. R. 2006 . Proc Natl Acad Sci USA , 103 : 16248 – 16253 .
- Standley , D. M. , Yonezawa , Y. , Goto , Y. and Nakamura , H. 2006 . FEBS Lett , 580 : 6199 – 6205 .
- Nishino , M. , Sugita , Y. , Yoda , T. and Okamoto , Y. 2005 . FEBS Lett , 579 : 5425 – 5429 .
- Zheng , J. , Ma , B. and Nussinov , R. 2006 . Phys Biol , 3 : 1 – 4 .
- Masuda , Y. , Irie , K. , Murakami , K. , Ohigashi , H. , Ohashi , R. , Takegoshi , K. , Shimizu , T. and Shirasawa , T. 2005 . Bioorg Med Chem , 13 : 6803 – 6809 .
- Zheng , J. , Jang , H. and Nussinov , R. 2008 . Biochemistry , 47 : 2497 – 2509 .
- Li , H.-T. , Du , H.-N. , Tang , L. , Hu , J. and Hu , H.-Y. 2002 . Biopolymers , 64 : 221 – 226 .
- Chiti , F. , Bucciantini , M. , Capanni , C. , Taddei , N. , Dobson , C. M. and Stefani , M. 2001 . Protein Sci , 10 : 2541 – 2547 .
- Hirota , N. , Mizuno , K. and Goto , Y. 1998 . J Mol Biol , 275 : 365 – 378 .
- Kanno , T. , Yamaguchi , K. , Naiki , H. , Goto , Y. and Kawai , T. 2005 . J Struct Biol , 149 : 213 – 218 .
- Chiti , F. , Taddei , N. , Bucciantini , M. , White , P. , Ramponi , G. and Dobson , C. M. 2000 . EMBO J , 19 : 1441 – 1449 .
- Benyamini , H. , Gunasekaran , K. , Wolfson , H. and Nussinov , R. 2003 . J Mol Biol , 330 : 159 – 174 .
- Ivanova , M. I. , Sawaya , M. R. , Gingery , M. , Attinger , A. and Eisenberg , D. 2004 . Proc Natl Acad Sci USA , 101 : 10584 – 10589 .
- Lei , H. , Wu , C. , Wang , Z. and Duan , Y. 2006 . J Mol Biol , 356 : 1049 – 1063 .
- Chen , R. , Li , L. and Weng , Z. 2003 . Proteins: Struct Funct Genet , 52 : 80 – 87 .
- Mendez , R. , Leplae , R. , Lensink , M. F. and Wodak , S. J. 2005 . Proteins: Struct Funct Bioinformatics , 60 : 150 – 169 .
- Chen , R. , Tong , W. , Mintseris , J. , Li , L. and Weng , Z. 2003 . Proteins: Struct Funct Genet , 52 : 68 – 73 .
- Wiehe , K. , Pierce , B. , Mintseris , J. , Tong , W. , Anderson , R. , Chen , R. and Weng , Z. 2005 . Proteins: Struct Funct Bioinformatics , 60 : 207 – 213 .
- Hwang , M. J. , Ni , X. , Waldman , X. , Ewig , C. S. and Hagler , A. T. 1998 . Biopolymers , 45 : 435 – 468 .
- Allen , M. P. and Tildesley , D. J. 1987 . Computer simulation of liquids. Oxford : Clarendon Press .
- Haspel , N. , Zanuy , D. , Ma , B. , Wolfson , H. and Nussinov , R. 2005 . J Mol Biol , 345 : 1213 – 1227 .
- Klimov , D. K. and Thirumalai , D. 2003 . Structttre , 11 : 295 – 307 .
- Kabsch , W. and Sander , C. 1983 . Biopolymers , 22 : 2577 – 2637 .
- Nimrod , G. , Glaser , F. , Steinberg , D. , Ben-Tal , N. and Pupko , T. 2005 . Bioinformatics , 21 Suppl 1, 328–337
- Yamaguchi , K. , Naiki , H. and Goto , Y. 2006 . J Mol Biol , 363 : 279 – 288 .
- Yamaguchi , K. , Takahashi , S. , Kawai , T. , Naiki , H. and Goto , Y. 2005 . J Mol Biol , 352 : 952 – 960 .
- Wadai , H. , Yamaguchi , K. , Takahashi , S. , Kanno , T. , Kawai , T. , Naiki , H. and Goto , Y. 2005 . Biochemistry , 44 : 157 – 164 .
- Zheng , J. , Jang , H. , Ma , B. , Tsai , C. J. and Nussinov , R. 2007 . Biophys J , 93 : 3046 – 3057 .
- Gazit , E. 2002 . FASEB , J16 : 77 – 83 .