References and Footntoes
- Amadei , A. , Linssen , A. B. and Berendsen , H. J. 1993 . Proteins , 17 : 412 – 425 .
- Chen , C. , Xiao , Y. and Zhang , L. 2005 . Biophys J , 88 : 3276 – 3285 .
- Bahar , I. , Erman , B. , Jernigan , R. L. , Atilgan , A. R. and Covell , D. G. 1999 . J Mol Biol , 285 : 1023 – 1037 .
- Yildirim , Y. and Doruker , P . 2004 . J Biomol Struct Dyn , 22 : 267 – 280 .
- Nunez , S. , Wing , C. , Antoniou , D. , Schramm , V. L. and Schwartz , S. D. 2006 . J Phys Chem A Mol Spectrosc Kinet Environ Gen Theory , 110 : 463 – 472 .
- Delaunay-Bertoncini , N. , Pichon , V. and Hennion , M. C. 2003 . J Chromatogr A , 999 : 3 – 15 .
- Gogos , A. , Jantz , D. , Senturker , S. , Richardson , D. , Dizdaroglu , M. and Clarke , N. D. 2000 . Proteins , 40 : 98 – 105 .
- Pan , P. W. , Dickson , R. J. , Gordon , H. L. , Rothstein , S. M. and Tanaka , S. 2005 . J Chem Phys , 122 : 34904
- Berendsen , H. J. and Hayward , S. 2000 . Curr Opin Struct Biol , 10 : 165 – 169 .
- Hayward , S. , Kitao , A. and Go , N. 1994 . Protein Sci , 3 : 936 – 943 .
- Snow , C. , Qi , G. and Hayward , S. 2007 . Proteins , 67 : 325 – 337 .
- Ota , N. and Agard , D. A. 2001 . Protein Sci , 10 : 1403 – 1414 .
- Oesterheld , J. R. 1998 . J Child Adolesc Psychopharmacol , 8 : 161 – 174 .
- Scott , E. E. , He , Y. A. , Wester , M. R. , White , M. A. , Chin , C. C. , Halpert , J. R. , Johnson , E. F. and Stout , C. D. 2003 . Proc Natl Acad Sci USA , 100 : 13196 – 13201 .
- Reddy , A. B. , Kaur , K. , Mandal , A. K. , Panicker , S. G. , Thomas , R. , Hasnain , S. E. , Balasubramanian , D. and Chakrabarti , S. 2004 . Mol Vis , 10 : 696 – 702 .
- Panicker , S. G. , Reddy , A. B. , Mandal , A. K. , Ahmed , N. , Nagarajaram , H. A. , Hasnain , S. E. and Balasubramanian , D. 2002 . Invest Ophthalmol Vis Sci , 43 : 1358 – 1366 .
- Sarfarazi , M. and Stoilov , I. 2000 . Eye , 14 ( Pt3B ) : 422 – 428 .
- Stoilov , I. , Jansson , I. , Sarfarazi , M. and Schenkman , J. B. 2001 . Drug Metabol Drug Interact , 18 : 33 – 55 .
- Achary , M. S. , Reddy , A. B. , Chakrabarti , S. , Panicker , S. G. , Mandal , A. K. , Ahmed , N. , Balasubramanian , D. , Hasnain , S. E. and Nagarajaram , H. A. 2006 . Biophys J , 91 : 4329 – 4339 .
- Sali , A. and Blundell , T. L. 1993 . J Mol Biol , 234 : 779 – 815 .
- Van Der Spoel , D. , Lindahl , E. , Hess , B. , Groenhof , G. , Mark , A. E. and Berendsen , H. J. 2005 . J Comput Chem , 26 : 1701 – 1718 .
- van der Spoel , D. and Hess , E. L.B. 2006 . GROMACS USER MANUAL 282 (2001-)
- Hess , B. 2002 . Phys Rev E Stat Nonlin Soft Matter Phys , 65 : 031910
- Hess , B. 2000 . Phys Rev E Stat Phys Plasmas Fluids Relat Interdiscip Topics , 62 : 8438 – 8448 .
- Saarela , J. T. , Tuppurainen , K. , Perakyla , M. , Santa , H. and Laatikainen , R. 2002 . Biophys Chem , 95 : 49 – 57 .
- McDonald , I. , Naylor , D. , Jones , D. and Thornton , J. 1993 . HBPLUS: Hydrogen Bond Calculator Version 2.25. London : University College London .
- McDonald , I. K. and Thornton , J. M. 1994 . J Mol Biol , 238 : 777 – 793 .
- Arnold , G. E. and Ornstein , R. L. 1997 . Biophys J , 73 : 1147 – 1159 .
- Abseher , R. and Nilges , M. 1998 . J Mol Biol , 279 : 911 – 920 .
- de Groot , B. L. , van Aalten , D. M. , Amadei , A. and Berendsen , H. J. 1996 . Biophys J , 71 : 1707 – 1713 .
- van Aalten , D. M. , Amadei , A. , Linssen , A. B. , Eijsink , V. G. , Vriend , G. and Berendsen , H. J. 1995 . Proteins , 22 : 45 – 54 .
- van Aalten , D. M. , Findlay , J. B. , Amadei , A. and Berendsen , H. J. 1995 . Protein Eng , 8 : 1129 – 1135 .
- Peters , G. H. , van Aalten , D. M. , Svendsen , A. and Bywater , R. 1997 . Protein Eng , 10 : 149 – 158 .
- Hayward , S. and Go , N. 1995 . Ann Rev Phys Chem , 46 : 223 – 250 .
- Arcangeli , C. , Bizzarri , A. R. and Cannistraro , S. 2001 . Biophys Chem , 90 : 45 – 56 .
- Catell , R. B. 1996 . Multivariate Behav Res , 1 : 245 – 276 .
- Winn , P. J. , Ludemann , S. K. , Gauges , R. , Lounnas , V. and Wade , R. C. 2002 . Proc Natl Acad Sci USA , 99 : 5361 – 5366 .
- Ludemann , S. K. , Lounnas , V. and Wade , R. C. 2000 . J Mol Biol , 303 : 797 – 811 .
- Negishi , M. , Iwasaki , M. , Juvonen , R. O. , Sueyoshi , T. , Darden , T. A. and Pedersen , L. G. 1996 . Mutat Res , 350 : 43 – 50 .