References and Footnotes
- Abaza , I. and Gebauer , F. 2008 . RNA , 14 : 404 – 409 .
- von Hippel , P. H. 2007 . Annu Rev Biophys Biomol Struct , 36 : 79 – 105 .
- Kaczanowska , M. and Rydén-Aulin , M. 2007 . Microbiol Mol Biol Rev , 71 : 477 – 494 .
- Steitz , T. A. 2008 . Nat Rev Mol Cell Biol , 9 : 242 – 253 .
- Frankel , A. D. and Smith , C. A. 1998 . Cell , 92 : 149 – 151 .
- Brylinski , M. , Konieczny , L. and Roterman , I. 2007 . Int J Bioinform Res Appl , 3 : 234 – 260 .
- Williamson , J. R. 2000 . Nat Struct Biol , 7 : 834 – 837 .
- Low , L. Y. , Hernéndez , H. , Robinson , C. V. , O'Brien , R. , Grossmann , J. G. , Ladbury , J. E. and Luisi , B. 2002 . J Mol Biol , 319 : 87 – 106 .
- Lunde , B. M. , Moore , C. and Varani , G. 2007 . Nat Rev Mol Cell Biol , 8 : 479 – 490 .
- Nelson , H. C. 1995 . Curr Opin Genet Dev , 5 : 180 – 189 .
- Aravind , L. , Anantharaman , V. , Balaji , S. , Babu , M. M. and Iyer , L. M. 2005 . FEMS Microbiol Rev , 29 : 231 – 262 .
- Schreiter , E. R. and Drennan , C. L. 2007 . Nat Rev Microbiol , 5 : 710 – 720 .
- Chiarabelli , C. , Vrijbloed , J. W. , Lucrezia , D. D. , Thomas , R. M. , Stano , P. , Polticelli , F. , Ot- tone , T. , Papa , E. and Luisi , P. L. 2006 . Chem Biodivers , 3 : 840 – 859 .
- Chiarabelli , C. , Vrijbloed , J. W. , Thomas , R. M. and Luisi , P. L. 2006 . Chem Biodivers , 3 : 827 – 839 .
- Aimoto , S. 1999 . Biopolymers , 51 : 247 – 265 .
- Kawakami , T. , Hasegawa , K. , Teruya , K. , Akaji , K. , Horiuchi , M. , Inagaki , F. , Kurihara , Y. , Uesugi , S. and Aimoto , S. 2001 . J Pept Sci , 7 : 474 – 487 .
- Kauzmann , W. 1959 . Adv Protein Chem , 14 : 1 – 63 .
- Loof , H. D. , Rosseneu , M. , Brasseur , R. and Ruysschaert , J. M. 1986 . Proc Natl Acad Sci USA , 83 : 2295 – 2299 .
- de Loof , H. 1988 . Ann Biol Clin (Paris) , 46 : 10 – 15 .
- Young , T. , Abel , R. , Kim , B. , Berne , B. J. and Friesner , R. A. 2007 . Proc Natl Acad Sci USA , 104 : 808 – 813 .
- Bartlett , G. J. , Porter , C. T. , Borkakoti , N. and Thornton , J. M. 2002 . J Mol Biol , 324 : 105 – 121 .
- Pintar , A. , Carugo , O. and Pongor , S. 2003 . Trends Biochem Sci , 28 : 593 – 597 .
- Berman , H. M. , Battistuz , T. , Bhat , T. N. and et al . 2002 . Acta Crystallogr D Biol Crystallogr , 58 : 899 – 907 .
- Brylinski , M. , Kochanczyk , M. , Broniatowska , E. and Roterman , I. 2007 . J Mol Model , 13 : 665 – 675 .
- Brylński , M. , Prymula , K. , Jurkowski , W. , Kochafozyk , M. , Stawowczyk , E. , Konieczny , L. and Roterman , I. 2007 . PLoS Comput Biol , 3 : e94
- Levitt , M. 1976 . J Mol Biol , 104 : 59 – 107 .
- Kyte , J. and Doolittle , R. F. 1982 . J Mol Biol , 157 : 105 – 132 .
- Brylinski , M. , Kochanczyk , M. , Konieczny , L. and Roterman , I. 2006 . Silico Biol , 6 : 589 – 600 . In
- Brylinski , M. , Konieczny , L. and Roterman , I. 2006 . Bioinformation , 1 : 127 – 129 .
- Brylinski , M. , Konieczny , L. and Roterman , I. 2006 . J Biomol Struct Dyn , 23 : 519 – 528 .
- Rosenberg , M. and Goldblum , A. 2006 . Curr Pharm Des , 12 : 3973 – 3997 .
- Deng , Y. , Zheng , Q. , Ketas , T. J. , Moore , J. P. and Lu , M. 2007 . Biochemistry , 46 : 4360 – 4369 .
- Antikainen , N. M. and Martin , S. F. 2005 . Bioorg Med Chem , 13 : 2701 – 2716 .
- Patrick , W. M. and Firth , A. E. 2005 . Biomol Eng , 22 : 105 – 112 .
- Chaparro-Riggers , J. F. , Loo , B. L. , Polizzi , K. M. , Gibbs , P. R. , Tang , X. S. , Nelson , M. J. and Bommarius , A. S. 2007 . BMC Biotechnol , 7 : 77
- Fowler , S. B. , Poon , S. , Muff , R. , Chiti , F. , Dobson , C. M. and Zurdo , J. 2005 . Proc Natl Acad Sci USA , 102 : 10105 – 10110 .
- Shao , Z. and Arnold , F. H. 1996 . Curr Opin Struct Biol , 6 : 513 – 518 .
- Eijsink , V. G. , Bjørk , A. , Gäseidnes , S. , Sireväg , R. , Synstad , B. , van den Burg , B. and Vriend , G. 2004 . J Biotechnol , 113 : 105 – 120 .