Reference and Footnotes
- Luscombe , N. M. , Austin , S. E. , Berman , H. M. and Thornton , J. M. 2000 . Genome Biol , 1
- Sonnhammer , L. , Eddy , S. R. and Durbin , R. 1997 . Proteins , 28 : 405 – 420 .
- Jones , S. , Barker , J. A. , Nobeli , I. and Thornton , J. M. 2003 . Nucleic Acids Res , 35 : 2811 – 2823 .
- Shanahan , H. P. , Garcia , M. A. , Jones , S. and Thornton , J. M. 2004 . Nucleic Acids Res , 32 : 4732 – 4741 .
- Ahmad , S. and Sarai , A. 2004 . J Mol Biol , 341 : 65 – 71 .
- Bhardwaj , N. , Langlois , R. E. , Zhao , G. and Lu , H. 2005 . Nucleic Acids Res , 33 : 6486 – 6493 .
- Ponomarenko , J. V. , Bourne , P. E. and Shindyalov , I. N. 2002 . Bioinformatics , 18 : S192 – S201 .
- Altschul , S. F. , Madden , T. L. , Schaffer , A. A. , Zhang , J. , Zhang , Z. , Miller , W. and Lipman , D. J. 1997 . Nucleic Acids Res , 25 : 3389 – 3402 .
- Eddy , S. R. 1998 . Bioinformatics , 14 : 755 – 763 .
- Pugalenthi , G. , Bhaduri , A. and Sowdhamini , R. 2005 . Nucleic Acids Res , 33 : D252 – D255 .
- Gough , J. , Karplus , K. , Hughey , R. and Chothia , C. 2001 . J Mol Biol , 313 : 903 – 919 .
- Cai , Y. D. and Lin , S. L. 2003 . Biochim Biophys Acta , 1648 : 127 – 133 .
- Cao , X. Yu J. , Cai , Y. , Shi , T. and Li , Y. 2006 . J Theor Biol , 240 : 175 – 184 .
- Kumar , M. , Gromiha , M. M. and Raghava , G. P. 2007 . BMC Bioinformatics , 8 : 463
- Stawiski , E. W. , Gregoret , L. M. and Mandel-Gutfreund , Y. 2003 . J Mol Biol , 326 : 1065 – 1079 .
- Wang , L. and Brown , S. J. 2006 . Nucleic Acids Res , 34 : W243 – W248 .
- Berman , G. H. M. , Westbrook , J. , Feng , Z. , Gilliland , G. , Bhat , T. N. , Weissig , H. , Shindyalov , I. N. and Bourne , P. E. 2000 . Nucleic Acids Res , 28 : 235 – 242 .
- Gasteiger , E. , Jung , E. and Bairoch , A. 2001 . Mol Biol , 3 : 47 – 55 .
- Li , W. , Jaroszewski , L. and Godzik , A. 2001 . Bioinformatics , 17 : 82 – 283 .
- Pugalenthi , G. , Kumar , K. K. , Suganthan , P. N. and Gangal , R. 2008 . Biochem Biophys Res Commun , 367 : 630 – 634 .
- McGuffin , L. J. , Bryson , K. and Jones , D. T. 2000 . Bioinformatics , 16 : 404 – 405 .
- Kawashima , S. , Pokarowski , P. , Pokarowska , M. , Kolinski , A. , Katayama , T. and Kanehisa , M. 2008 . Nucleic Acids Res , 36 : D202 – 205 .
- Wu , B. , Abbott , T. , Fishman , D. , McMurray , W. , Mor , G. , Stone , K. , Ward , D. , Williams , K. and Zhao , H. 2003 . Bioinformatics , 19 : 1636 – 1643 .
- Dudoit , S. , Fridlyan , J. and Fridlyan , T. P. 2002 . J Am Stat Assoc , 97 : 77 – 87 .
- Lee , J. W. , Lee , J. B. , Park , M. and Song , S. H. 2005 . Comput Stat Data Anal , 48 : 869 – 885 .
- Uriarte , R. D. and Andres , S. A. 2006 . BMC Bioinformatics , 3
- Qi , Y. , Seetharaman , J. K. and Joseph , J. Z. B. 2005 . Pac Symp Biocomput , : 531 – 542 .
- Statnikov , A. , Wang , L. and Aliferis , C. F. 2008 . BMC Bioinformatics , 9 : 319
- Breiman , L. 2001 . Machine Learning , 45 : 5 – 32 .
- Ho , T. Kam . 2002 . Pattern Analysis and Applications , 5 : 102 – 112 .
- Breiman , L. , Friedman , J. H. , Olshen , R. A. and Stone , C. J. 1984 . New York : Chapman & Hall .
- Liaw , A. and Wiener , M. 2002 . R News , 2 : 18 – 22 .
- Ho , T. K. , Hull , J. J. and Srihari , S. N. 1994 . IEEE Trans on Pattern Analysis and Machine Intelligence , 16 : 66 – 75 .
- Ho , T. Kam . 1998 . IEEE Trans on Pattern Analysis and Machine Intelligence , 20 : 832 – 844 .
- Hall , M. 1999 . Correlation based feature selection for machine learning University of Waikato, Dept of Computer Science . Ph.D. dissertation
- Hall , M. and Smith , L. A. 1997 . International Conference on Neural Information Processing and Intelligent Information Systems 855 – 858 . Berlin : Springer .
- Liu , L. Yu H. 2003 . Proceedings of the Twentieth International Conference on Machine Learning Washington DC (ICML-2003)
- Chen , K. , Kurgan , L. A. and Ruan , J. 2007 . BMC Struct Biol , 7 : 25
- Zeng , F. , Yap , R. H. and Wong , L. 2002 . Genome Inform , 13 : 192 – 200 .
- Osl , M. , Dreiseitl , S. , Pfeifer , B. , Weinberger , K. , Klocker , H. , Bartsch , G. , Schäfer , G. , Tilg , B. , Graber , A. and Baumgartner , C. 2008 . Bioinformatics , 24 : 2908 – 2914 .
- Ooi , C. H. , Chetty , M. and Teng , S. W. 2006 . BMC Bioinformatics , 7 : 320
- Liu , H. , Li , J. and Wong , L. 2002 . Genome Inform , 13 : 51 – 60 .
- Frank , E. , Hall , M. , Trigg , L. , Holmes , G. and Witten , I. H. 2004 . Bioinformatics , 20 : 2479 – 2481 .
- Vapnik , V. N. 1998 . New York : Wiley .
- Ahmad , S. , Gromiha , M. M. and Sarai , A. 2004 . Bioinformatics , 20 : 477 – 486 .
- Nadassy , K. , Wodak , S. J. and Janin , J. 1999 . Biochemistry , 38 : 1999 – 2017 .
- West , M. , Flanery , D. , Woytek , K. , Rangasamy , D. and Wilson , V. G. 2001 . J Virol , 75 : 11948 – 11960 .