References and Footnotes
- Luscombe , N. M. , Laskowski , R. A. and Thornton , J. M. 1997 . Nucleic Acids Res , 25 : 4940 – 4945 .
- Luscombe , N. M. , Laskowski , R. A. and Thornton , J. M. 2001 . Nucleic Acids Res , 29 : 2860 – 2874 .
- Jones , S. , Heyningen , P. , Berman , H. M. and Thornton , J. M. 1999 . J Mol Biol , 287 : 877 – 896 .
- Jones , S. , Shanahan , H. P. , Berman , H. M. and Thornton , J. M. 2003 . Nucleic Acids Res , 31 : 7189 – 7198 .
- Shanahan , H. P. , Garcia , M. A. , Jones , S. and Thornton , J. M. 2004 . Nucleic Acids Res , 32 : 4732 – 4741 .
- Tsuchiya , Y. , Kinoshita , K. and Nakamura , H. 2004 . Proteins , 55 : 885 – 894 .
- Liu , Z. , Mao , F. , Guo , J. , Yan , B. , Wang , P. , Qu , Y. and Xu , Y. 2005 . Nucleic Acids Res , 33 : 546 – 558 .
- Szilagyi , A. and Skolnick , J. 2006 . J Mol Biol , 358 : 922 – 933 .
- Mandel-Gutfreund , Y. , Schueler , O. and Margalit , H. 1995 . J Mol Biol , 253 : 370 – 382 .
- Chirgadze , Y. N. and Tabolina , O. Y. 1996 . Protein Eng , 9 : 745 – 754 .
- Chirgadze , Y. N. and Larionoiva , E. A. 1999 . Protein Eng , 12 : 101 – 105 .
- Chirgadze , Y. N. and Larionoiva , E. A. 2001 . Mol Biol (Moscow) , 35 : 709 – 716 .
- Chirgadze , Y. N. and Larionoiva , E. A. 2003 . Mol Biol (Moscow) , 37 : 232 – 239 .
- Chirgadze , Y. N. and Larionoiva , E. A. 2005 . Mol Biol (Moscow) , 39 : 892 – 905 .
- Pabo , C. O. and Nekludova , L. 2000 . J Mol Biol , 301 : 597 – 624 .
- Cappen , C. 2005 . Encyclopedia of Genetics, Genomics, Proteomics and Bioinformatics, Part 1. 1. Genetic Variation and Evolution. , DOI: 10.1002/047001153X.g101209 http://mrw.interscience.wiley.com/ggpb/articles/g101209/frame.html
- Gehring , W. J. , Qian , Y. Q. , Billeter , M. , Furukubo-Tokunaga , K. , Schier , A. F. , Resendez- Perez , D. , Affolter , M. , Otting , G. and Wüthrich , K. 1994 . Cell , 78 : 211 – 223 .
- Ledneva , R. K. , Alexseevskii , A. V. , Vasiliev , S. A. , Spirin , S. A. and Karyagina , A. S. 2001 . Mol Biol (Moscow) , 35 : 764 – 777 .
- Murzin , A. G. , Brenner , S. E. , Hubbard , T. and Chothia , C. 1995 . J Mol Biol , 247 : 536 – 540 .
- Berman , H. M. , Westbrook , J. , Feng , Z. , Gilliland , G. , Bhat , T. N. , Weissig , H. , Shindyalov , I. N. and Bourne , P. E. 2000 . Nucleic Acids Res , 28 : 235 – 242 .
- Fraenkel , E. , Rould , M. A. , Chambers , K. A. and Pabo , C. O. 1998 . J Mol Biol , 284 : 351 – 361 .
- Clarke , N. D. , Kissinger , C. R. , Desjarlais , J. , Gilliland , G. L. and Pabo , C. O. 1994 . Protein Sci , 3 : 1779 – 1787 .
- Zhao , X. , Huang , X. R. and Sun , C. C. 2006 . J Struct Biol , 155 : 426 – 437 .
- Jacobson , E. M. , Li , P. , Leon-del-Rio , A. , Rosenfeld , M. G. and Aggarwal , A. K. 1997 . Genes Dev , 11 : 198 – 212 .
- Hovde , S. , Abate-Shen , C. and Geiger , J. H. 2001 . Biochemistry , 40 : 12013 – 12021 .
- Fraenkel , E. and Pabo , C. O. 1998 . Nat Struct Biol , 5 : 692 – 697 .
- Wilson , D. S. , Guenther , B. , Desplan , C. and Kuriyan , J. 1995 . Cell , 82 : 709 – 719 .
- Ohlendorf , D. H. and Matthew , J. B. 1985 . Adv Biophys , 20 : 137 – 151 .
- Berman , H. M. , Olson , W. K. , Beveridge , D. L. , Westbrook , J. , Gelbin , A. and Demeny , T. 1992 . Biophys J , 63 : 751 – 759 .
- Polozov , R. V. , Montrel , M. , Ivanov , V. V. , Melnikov , Y. and Sivozhelezov , V. S. 2006 . Biochemistry , 45 : 4481 – 4490 .
- Wang , J. , Wolf , R. M. , Caldwell , J. W. , Kollman , P. A. and Case , D. A. 2004 . J Comput Chem , 25 : 1157 – 1174 .
- Netz , R. R. and Orland , H. 2003 . Eur Phys J E Soft Matter , 11 : 301 – 311 .
- Felder , C. E. , Prilusky , J. , Silman , I. and Sussman , J. L. 2007 . Nucleic Acids Res , 35 : W512 – W521 .
- Fogolari , F. , Elcock , A. H. , Esposito , G. , Viglino , P. , Briggs , J. M. and McCammon , J. A. 1997 . J Mol Biol , 267 : 368 – 381 .
- Billeter , M. , Qian , Y. Q. , Otting , G. , Müller , M. , Gehring , W. and Wüthrich , K. 1993 . J Mol Biol , 234 : 1084 – 1093 .
- Schwabe , J. W. 1997 . Curr Opin Struct Biol , 7 : 126 – 134 .
- Suzuki , M. and Yagi , N. 1994 . Proc Natl Acad Sci USA , 91 : 12357 – 12361 .