References and Footnotes
- Chothia , C. 1992 . Nature , 357 : 543 – 544 .
- Ramachandran , G. N. , Ramakrishnan , C. and Sasisekharan , V. 1963 . J Mol Biol , 7 : 95 – 99 .
- Fitzkee , N. C. and Rose , G. D. 2004 . Protein Sci , 13 : 633 – 639 .
- Banavar , J. R. , Hoang , T. X. , Maritan , A. , Seno , F. and Trovato , A. 2004 . Phys Rev E Stat Nonlin Soft Matter Phys , 70 : 041905
- Hardin , C. , Pogorelov , T. V. and Luthey-Schulten , Z. 2002 . Curr Opin Struct Biol , 12 : 176 – 181 .
- Skolnick , J. , Kolinski , A. , Kihara , D. , Betancourt , M. , Rotkiewicz , P. and Boniecki , M. 2001 . Proteins Suppl , 5 : 149 – 156 .
- Kihara , D. , Lu , H. , Kolinski , A. and Skolnick , J. 2001 . Proc Natl Acad Sci USA , 98 : 10125 – 10130 .
- Frishman , D. and Argos , P. 1995 . Proteins , 23 : 566 – 579 .
- Crick , C. F. H. 1953 . Acta Crystallogr , 6 : 689 – 697 .
- Richmond , T. J. and Richards , F. M. 1978 . J Mol Biol , 119 : 537 – 555 .
- Chothia , C. , Levitt , M. and Richardson , D. 1981 . J Mol Biol , 145 : 215 – 250 .
- Walther , D. , Eisenhaber , F. and Argos , P. 1996 . J Mol Biol , 255 : 536 – 553 .
- Bowie , J. U. 1997 . Nat Struct Biol , 4 : 915 – 917 .
- Lee , S. and Chirikjian , G. S. 2004 . Biophys J , 86 : 1105 – 1117 .
- White , S. H. and Wimley , W. C. 1999 . Annu Rev Biophys Biomol Struct , 28 : 319 – 365 .
- Lomize , M. A. , Lomize , A. L. , Pogozheva , I. D. and Mosberg , H. I. 2006 . Bioinformatics , 22 : 623 – 625 .
- Bywater , R. P. , Thomas , D. and Vriend , G. 2001 . J Comput Aided Mol Des , 15 : 533 – 552 .
- Dutzler , R. , Campbell , E. B. , Cadene , M. , Chait , B. T. and MacKinnon , R. 2002 . Nature , 415 : 287 – 294 .
- von Heijne , G. 2006 . Nat Rev Mol Cell Biol , 7 : 909 – 918 .
- Kallblad , P. and Dean , P. M. 2004 . Proteins , 56 : 693 – 703 .
- Senes , A. , Gerstein , M. and Engelman , D. M. 2000 . J Mol Biol , 296 : 921 – 936 .
- Cordes , F. S. , Bright , J. N. and Sansom , M. S. 2002 . J Mol Biol , 323 : 951 – 960 .
- Javadpour , M. M. , Eilers , M. , Groesbeek , M. and Smith , S. O. 1999 . Biophys J , 77 : 1609 – 1618 .
- Eilers , M. , Patel , A. B. , Liu , W. and Smith , S. O. 2002 . Biophys J , 82 : 2720 – 2736 .
- Gimpelev , M. , Forrest , L. R. , Murray , D. and Honig , B. 2004 . Biophys J , 87 : 4075 – 4086 .
- Brinda , K. V. and Vishveshwara , S. 2006 . Proteins , 64 : 992 – 1000 .
- Banavar , J. R. and Maritan , A. 2007 . Annu Rev Biophys Biomol Struct , 36 : 261 – 280 .
- Hoang , T. X. , Trovato , A. , Seno , F. , Banavar , J. R. and Maritan , A. 2004 . Proc Natl Acad Sci USA , 101 : 7960 – 7964 .
- Banavar , J. R. , Cieplak , M. , Flammini , A. , Hoang , T. X. , Kamien , R. D. , Lezon , T. , Maren-duzzo , D. , Maritan , A. , Seno , F. , Snir , Y. and Trovato , A. 2006 . Phys Rev E Stat Nonlin Soft Matter Phys , 73 : 031921
- Hoang , T. X. , Marsella , L. , Trovato , A. , Seno , F. , Banavar , J. R. and Maritan , A. 2006 . Proc Natl Acad Sci USA , 103 : 6883 – 6888 .
- Kannan , N. and Vishveshwara , S. 1999 . J Mol Biol , 292 : 441 – 464 .
- Brinda , K. V. and Vishveshwara , S. 2005 . Biophys J , 89 : 4159 – 4170 .
- Raman , P. , Cherezov , V. and Caffrey , M. 2006 . Cell Mol Life Sci , 63 : 36 – 51 .
- Berman , H. M. , Westbrook , J. , Feng , Z. , Gilliland , G. , Bhat , T. N. , Weissig , H. , Shindyalov , I. N. and Bourne , P. E. 2000 . Nucleic Acids Res , 28 : 235 – 242 .
- Krogh , A. , Larsson , B. , von Heijne , G. and Sonnhammer , E. L. 2001 . J Mol Biol , 305 : 567 – 580 .
- Tusnady , G. E. , Dosztanyi , Z. and Simon , I. 2005 . Nucleic Acids Res , 33 : D275 – 278 .
- Kabsch , W. and Sander , C. 1983 . Biopolymers , 22 : 2577 – 2637 .
- Heringa , J. and Argos , P. 1991 . J Mol Biol , 220 : 151 – 171 .
- Bowie , J. U. 1997 . J Mol Biol , 272 : 780 – 789 .
- Miyazawa , S. and Jernigan , R. L. 1996 . J Mol Biol , 256 : 623 – 644 .
- Humphrey , W. , Dalke , A. and Schulten , K. 1996 . J Mol Graph , 14 : 33 – 8 . 27–8
- Goldstein , H. 1980 . Classical mechanics., , 2nd ed. Reading, MA:Addison-Wesley
- Kuo-Chen Chou , G. N. and Scheraga , H. A. 1984 . J Am Chem Soc , 106 : 3161 – 3170 .
- Ulmschneider , M. B. , Sansom , M. S. and Di Nola , A. 2006 . Biophys J , 90 : 1650 – 1660 .
- Walther , D. , Springer , C. and Cohen , F. E. 1998 . Proteins , 33 : 457 – 459 .
- Manikandan , K. and Ramakumar , S. 2004 . Proteins , 56 : 768 – 781 .
- Trovato , A. and Seno , F. 2004 . Proteins , 55 : 1014 – 1022 .
- Kumar , S. and Bansal , M. 1998 . Proteins , 31 : 460 – 476 .
- White , S. H. 2004 . Protein Sci , 13 : 1948 – 1949 .
- Eilers , M. , Shekar , S. C. , Shieh , T. , Smith , S. O. and Fleming , P. J. 2000 . Proc Natl Acad Sci USA , 97 : 5796 – 5801 .
- Hildebrand , P. W. , Rother , K. , Goede , A. , Preissner , R. and Frommel , C. 2005 . Biophys J , 88 : 1970 – 1977 .
- Zhou , F. X. , Cocco , M. J. , Russ , W. P. , Brunger , A. T. and Engelman , D. M. 2000 . Nat Struct Biol , 7 : 154 – 160 .
- Senes , A. , Ubarretxena-Belandia , I. and Engelman , D. M. 2001 . Proc Natl Acad Sci USA , 98 : 9056 – 9061 .
- Pabuwal , V. and Li , Z. 2008 . Protein Eng Des Sel , 21 : 55 – 64 .