References and Footnotes
- Hartley , O. , Klasse , P. J. , Sattentau , Q. J. and Moore , J. P. 2005 . AIDS Res Hum Retroviruses , 21 : 171 – 189 .
- Sirois , S. , Sing , T. and Chou , K. C. 2005 . Curr Protein Pept Sci , 6 : 413 – 422 .
- Sirois , S. , Touaibia , M. , Chou , K. C. and Roy , R. 2007 . Curr Med Chem , 14 : 3232 – 3242 .
- LaRosa , G. J. , Davide , J. P. , Weinhold , K. , Waterbury , J. A. , Profy , A. T. , Lewis , J. A. , Langlois , A. J. , Dressman , G. R. , Boswell , R. N. , Shadduk , P. , Holley , L. H. , Karplus , M. , Bolognesi , D. P. , Matthews , T. J. , Emini , E. A. and Putney , S. D. 1990 . Science , 249 : 932 – 935 .
- Kartikeyan , S. , Bharmal , R. N. , Tiwari , R. P. and Bisen , P. S. 2007 . HIV and AIDS: Basic Elements and Priorities. 428 Springer : Netherlands .
- Papuashvili , M. N. , Novokhatsky , A. S. and Shcherbakova , T. I. 2005 . Infect Gen Evol , 5 : 45 – 53 .
- Andrianov , A. M. 2008 . J Biomol Struct Dynam , 26 : 49 – 56 .
- Andrianov , A. M. 2009 . J Biomol Struct Dynam , 26 : 445 – 454 .
- Andrianov , A. M. and Veresov , V. G. 2006 . Biochemistry (Moscow) , 71 : 1119 – 1128 .
- Andrianov , A. M. and Veresov , V. G. 2007 . J Biomol Struct Dynam , 24 : 597 – 608 .
- Andrianov , A. M. 2008 . J Biomol Struct Dynam , 26 : 247 – 254 .
- Huang , C. C. , Tang , M. , Zhang , M. Y. , Majeed , S. , Montabana , E. , Stanfield , R. L. , Dimitrov , D. S. , Korber , B. , Sodroski , J. , Wilson , I. A. , Wyatt , R. and Kwong , P. D. 2005 . Science , 310 : 1025 – 1028 .
- Andrianov , A. M. 2007 . Biochemistry (Moscow) Suppl Series B: Biomed Chem , 1 : 125 – 130 .
- http://www.hiv.lanl.gov/content/sequences/hiv
- Sali , A. and Blundell , T. L. 1993 . J Mol Biol , 234 : 779 – 815 .
- Fiser , A. , Do , R. K. and Sali , A. 2000 . Protein Science , 9 : 1753 – 1773 .
- Leonard , C. K. , Spellman , M. W. , Riddle , L. , Harris , R. J. , Thomas , J. N. and Gregory , T. J. 1990 . J Biol Chem , 265 : 10373 – 10382 .
- Chou , K-C. and Carlacci , L. 1991 . Protein Engineering , 4 : 661 – 667 .
- Weiner , P. K. and Kollman , P. A. 1981 . J Comput Chem , 2 : 287 – 303 .
- Ren , P. and Ponder , J. W. 2003 . J Phys Chem B , 107 : 5933 – 5947 .
- Sherman , S. A. , Andrianov , A. M. and Akhrem , A. A. 1987 . J Biomol Struct Dynam , 4 : 869 – 884 .
- Laskowski , R. A. , MacArthur , M. W. , Moss , D. S. and Thornton , J. M. 1993 . J Appl Cryst , 26 : 283 – 291 .
- Smith , L. J. , Bolin , K. A. , Schwalbe , H. , Mc Arthur , M. W. , Thornton , J. M. and Dobson , C. M. 1996 . J Mol Biol , 255 : 494 – 506 .
- Lewis , P. N. , Momany , F. A. and Scheraga , H. A. 1973 . Biochim Biophys Acta , 303 : 211 – 229 .
- Sherman , S. A. and Johnson , M. E. 1993 . Prog Biophys Mol Biol , 59 : 285 – 339 .
- Berendsen , H. J. C. , van der Spoel , D. and van Drunen , R. 1995 . Comp Phys Commun , 91 : 43 – 56 .
- Oostenbrink , C. , Villa , A. , Mark , A. E. and van Gunsteren , W. F. 2004 . J Comput Chem , 25 : 1656 – 1676 .
- Berendsen , H. J. C. , Postma , J. P. M. , van Gunsteren , W. F. and Hermans , J. 1981 . Intermolecular Forces. Pullman, B Edited by: Reidel , D. 331 – 342 . Dordrecht : Publishing Company .
- Berendsen , H. J. C. , Postma , J. P. M. , DiNola , A. and Haak , J. R. 1984 . J Chem Phys , 81 : 3684 – 3690 .
- Ablameyko , S. V. , Abramov , S. M. , Anishchanka , U. V. , Medvedev , S. V. , Paramonov , N. N. and Tchij , O. P. 2005 . SKIF Supercomputer Configurations (in Russian). 195 United Institute of Informatics Problems : Minsk .
- Mustard , D. and Ritchie , D. W. 2005 . Proteins: Struct Funct Bioinf , 60 : 269 – 274 .
- Van Duyne , G. D. , Standaert , R. F. , Karplus , P. A. , Schreiber , S. L. and Clardy , J. 1991 . Science , 252 : 839 – 842 .
- Kallen , J. , Mikol , V. , Taylor , P. and Walkinshaw , M. D. 1998 . J Mol Biol , 283 : 435 – 449 .
- Guex , N. and Peitsch , M. C. 1997 . Electrophoresis , 18 : 2714 – 2723 .
- Wang , W.-K. , Dudek , T. , Zhao , Y.-J. , Brumblay , H. G. , Essex , M. and Lee , T.-H. 1998 . Proc Natl Acad Sci USA , 95 : 5740 – 5745 .
- de Parseval , A. , Bobardt , M. D. , Chatterji , U. , Elder , J. H. , David , G. , Zolla-Pazner , S. , Farzan , M. , Lee , T. H. and Gallay , P. A. 2005 . J Biol Chem , 280 : 39493 – 39504 .
- Ogert , R. A. , Lee , M. K. , Ross , W. , Buckler-White , A. , Martin , M. A. and Cho , M. W. 2001 . J Virol , 75 : 5998
- McCaffrey , R. A. , Saunders , C. , Hensel , M. and Stamatatos , L. 2004 . J Virol , 78 : 3279 – 3295 .
- Teeraputon , S. , Louisirirojchanakul , S. and Auewarakul , P. 2005 . Viral Immunol , 18 : 343 – 353 .
- Pollakis , G. , Kang , S. , Kliphuis , A. , Chalaby , M. I. M. , Goudsmit , J. and Paxton , W. A. 2001 . J Biol Chem , 276 : 13433 – 13441 .
- Li , Y. , Rey-Cuille , M. A. and Hu , S. L. 2001 . AIDS Res Hum Retroviruses , 17 : 1473 – 1479 .
- Polzer , S. , Dittmar , M. T. , Schmitz , H. , Meyer , B. , Muller , H. , Krausslich , G. and Schreiber , M. 2001 . Glycobiology , 11 : 11 – 19 .
- Malenbaum , S. E. , Yang , D. , Cavacini , L. , Posner , M. , Robinson , J. and Cheng-Mayer , C. 2000 . J Virol , 74 : 11008 – 11013 .
- Ghiara , J. B. , Stura , E. A. , Stanfield , R. L. , Profy , A. T. and Wilson , I. A. 1994 . Science , 264 : 82 – 85 .
- Andrianov , A. M. and Sokolov , Yu. A. 2003 . J Biomol Struct Dynam , 20 : 603 – 614 .
- Andrianov , A. M. and Sokolov , Yu. A. 2004 . J Biomol Struct Dynam , 21 : 577 – 590 .
- Andrianov , A. M. 2004 . J Biomol Struct Dynam , 22 : 159 – 170 .
- Ivanoff , L. A. , Looney , D. J. , McDanal , C. , Morris , J. F. , Wong-Staat , F. , Lang , A. J. , Petteway , S. R. Jr. and Matthews , T. J. 1991 . AIDS Res Hum Retroviruses , 7 : 595 – 603 .
- Lee , S.-K. , Pestano , G. A. , Riley , J. , Hasan , A. S. , Pezzano , M. , Samms , M. , Park , K. J. , Guyden , J. and Boto , W. M. O. 2000 . Arch Virol , 145 : 2087 – 2103 .
- Hu , Q. , Napier , K. B. , Trent , J. O. , Wang , Z. , Taylor , S. , Griffin , G. E. , Peiper , S. C. and Shattock , R. J. 2005 . J Mol Biol , 350 : 699 – 712 .
- Suphaphiphat , P. 2004 . http://www.aids.harvard.edu/conferencesevents/2004/wordaids04present/2Suphaphiphat.pdf
- Fouchier , R. A. M. , Groenink , M. , Kootstra , N. A. , Tersmette , M. , Huisman , H. G. , Miedema , F. and Schuitemaker , H. 1992 . J Virol , 66 : 3183 – 3187 .
- De Jong , J. J. , De Ronde , A. , Keulen , W. , Tersmette , M. and Goudsmit , J. 1992 . J Virol , 66 : 6777 – 6780 .
- Smith , J. A. and Pease , L. J. 1980 . CRC Crit Rev Biochem , 8 : 315 – 399 .
- Dunbrack , R. L. Jr. and Karplus , M. 1993 . J Mol Biol , 230 : 543 – 574 .
- Andrianov , A. M. 1999 . J Biomol Struct Dynam , 16 : 931 – 953 .
- Rini , J. M. , Stanfield , R. L. , Stura , E. A. , Salinas , P. A. , Profy , A. T. and Wilson , I. A. 1993 . Proc Natl Acad Sci USA , 90 : 6325 – 6329 .
- Stanfield , R. L. , Ghiara , J. B. , Saphire , E. O. , Profy , A. T. and Wilson , I. A. 2003 . Virology , 315 : 159 – 173 .
- Andrianov , A. M. 2002 . J Biomol Struct Dynam , 19 : 973 – 990 .
- Chandrasekhar , K. , Profy , A. T. and Dyson , H. J. 1991 . Biochemistry , 30 : 9187 – 9194 .
- Cormier , E. G. and Dragic , T. 2002 . J Virol , 76 : 8953 – 8957 .
- Endrich , M. M. and Gehring , H. 1998 . Eur J Biochem , 252 : 441 – 446 .