References
- Westermark , P. 2005 . FEBS J , 272 : 5942 – 5949 .
- Dobson , C. M. 2005 . Nature , 435 : 747 – 749 .
- Groenning , M. , Norrman , M. , Flink , J. M. , van de Weert , M. , Bukrinsky , J. T. , Schluckebier , G. and Frokjaer , S. 2007 . J Struct Biol , 159 : 483 – 497 .
- Makin , O. S. and Serpell , L. C. 2005 . Methods Mol Biol , 299 : 67 – 80 .
- Nilsson , M. R. 2004 . Methods , 34 : 151 – 160 .
- Rochet , J. C. and Lansbury , P. T. Jr. 2000 . Curr Opin Struct Biol , 10 : 60 – 68 .
- Sipe , J. D. and Cohen , A. S. 2000 . J Struct Biol , 130 : 88 – 98 .
- Bucciantini , M. , Giannoni , E. , Chiti , F. , Baroni , F. , Formigli , L. , Zurdo , J. , Taddei , N. , Ramponi , G. , Dobson , C. M. and Stefani , M. 2002 . Nature , 416 : 507 – 511 .
- Bucciantini , M. , Calloni , G. , Chiti , F. , Formigli , L. , Nosi , D. , Dobson , C. M. and Stefani , M. 2004 . J Biol Chem , 279 : 31374 – 31382 .
- Hardy , J. and Selkoe , D. J. 2002 . Science , 97 : 353 – 356 .
- Klein , W. L. 2002 . Neurochem int , 41 : 345 – 352 .
- Hepler , R. W. , Grimm , K. M. , Nahas , D. D. , Breese , R. , Dodson , E. C. , Acton , P. , Keller , P. M. , Yeager , M. , Wang , H. , Shughrue , P. , Kinney , G. and Joyce , J. G. 2006 . Biochemistry , 45 : 15157 – 15167 .
- Lesne , S. , Koh , M. T. , Kotilinek , L. , Kayed , R. , Glabe , C. G. , Yang , A. , Gallagher , M. and Ashe , K. H. 2006 . Nature , 440 : 352 – 357 .
- Cohen , F. E. and Kelly , J. W. 2003 . Nature , 426 : 905 – 909 .
- Wang , S. S.-S. and Good , T. A. 2005 . J Chin Inst Chem Engrs , 35 : 533 – 559 .
- Kim , W. and Hecht , M. H. 2006 . Proc Nat l Acad Sci USA , 103 : 15824 – 15829 .
- Kheterpal , I. , Williams , A. , Murphy , C. , Bledsoe , B. and Wetzel , R. 2001 . Biochemistry , 40 : 11757 – 11767 .
- Williams , A. D. , Portelius , E. , Kheterpal , I. , Guo , J. T. , Cook , K. D. , Xu , Y. and Wetzel , R. 2004 . J Mol Biol , 335 : 833 – 842 .
- Wurth , C. , Guimard , N. K. and Hecht , M. H. 2002 . J Mol Biol , 319 : 1279 – 1290 .
- Buchete , N. V. , Tycko , R. and Hummer , G. 2005 . J Mol Biol , 353 : 804 – 821 .
- Zheng , J. , Jang , H. , Ma , B. , Tsai , C. J. and Nussinov , R. 2007 . Biophys J , 93 : 3046 – 3057 .
- Sawaya , M. R. , Sambashivan , S. , Nelson , R. , Ivanova , M. I. , Sievers , S. A. , Apostol , M. I. , Thompson , M. J. , Balbirnie , M. , Wiltzius , J. J. , McFarlane , H. T. , Madsen , A. Ø. , Riekel , C. and Eisenberg , D. 2007 . Nature , 447 : 453 – 457 .
- Nelson , R. , Sawaya , M. R. , Balbirnie , M. , Madsen , A. O. , Riekel , C. , Grothe , R. and Eisenberg , D. 2005 . Nature , 435 : 773 – 778 .
- Chang , L.-K. , Zhao , J.-H. , Liu , H.-L. , Liu , K.-T. , Chen , J.-T. , Tsai , W.-B. and Ho , Y. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 731 – 740 .
- Zhao , J.-H. , Liu , H.-L. , Liu , Y.-F. , Lin , H.-Y. , Fang , H.-W. , Ho , Y. and Tsai , W.-B . 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 481 – 490 .
- Fang , P.-S. , Zhao , J.-H. , Liu , H.-L. , Liu , K.-T. , Chen , J.-T. , Lin , H.-Y. , Huang , C.-H. and Fang , H.-W. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 549 – 559 .
- Mehrnejad , F. and Chaparzadeh , N. 2008 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 255 – 262 .
- Yoon , J. , Park , J. , Jang , S. , Lee , K. and Shin , S. 2008 . J Biomol Struct Dyn , 25 : 505 – 515 .
- Hwang , M. J. , Ni , X. , Waldman , M. , Ewig , C. S. and Hagler , A. T. 1998 . Biopolymers , 45 : 435 – 468 .
- Allen , M. P. and Tildesley , D. J. 1987 . Computer simulation of liquids. Oxford : Clarendon Press .
- Andersen , H. C. 1983 . J Comput Phys , 52 : 24 – 34 .
- Tsai , H. H. , Zanuy , D. , Haspel , N. , Gunasekaran , K. , Ma , B. , Tsai , C. J. and Nussinov , R. 2004 . Biophys J , 87 : 146 – 158 .
- Cavalli , A. , Ferrara , P. and Caflisch , A. 2002 . Proteins , 47 : 305 – 314 .
- Rao , F. and Caflisch , A. 2003 . J Comput Phys , 119 : 4035 – 4042 .
- Zheng , J. , Zanuy , D. , Haspel , N. , Tsai , C. J. , Aleman , C. and Nussinov , R. 2007 . Biochemistry , 46 : 1205 – 1218 .
- Rohrig , U. F. , Laio , A. , Tantalo , N. , Parrinello , M. and Petronzio , R. 2006 . Biophys J , 91 : 3217 – 3229 .
- Zheng , J. , Ma , B. , Tsai , C. J. and Nussinov , R. 2006 . Biophys J , 91 : 824 – 833 .
- Wu , C. , Lei , H. and Duan , Y. 2005 . Biophys J , 88 : 2897 – 2906 .
- Li , D. W. , Mohanty , S. , Irback , A. and Huo , S. 2008 . PLoS Comput Biol , 4 : e1000238
- Bouchard , M. , Zurdo , J. , Nettleton , E. J. , Dobson , C. M. and Robinson , C. V. 2000 . Protein Sci , 9 : 1960 – 1967 .
- Chothia , C. 1973 . J Mol Biol , 75 : 295 – 302 .
- Jimenez , J. L. , Nettleton , E. J. , Bouchard , M. , Robinson , C. V. , Dobson , C. M. and Saibil , H. R. 2002 . Proc Natl Acad Sci USA , 99 : 9196 – 9201 .
- Haspel , N. , Zanuy , D. , Ma , B. , Wolfson , H. , Nussinov , R. and Mol , J. 2005 . Biol , 345 : 1213 – 1227 .
- Wang , J. , Gulich , S. , Bradford , C. , Ramirez-Alvarado , M. and Regan , L. 2005 . Structure , 13 : 1279 – 1288 .
- De Simone , A. , Pedone , C. and Vitagliano , L. 2008 . Biochem Biophys Res Commun , 366 : 800 – 806 .
- Esposito , L. , Pedone , C. and Vitagliano , L. 2006 . Proc Natl Acad Sci USA , 103 : 11533 – 11538 .
- Periole , X. , Rampioni , A. , Vendruscolo , M. and Mark , A. E. 2009 . J Phys Chem B , 113 : 1728 – 1737 .
- Cohen , A. S. , Shirahama , T. and Skinner , M. 1982 . Electron microscopy of proteins , 3 : 165 – 205 .
- Serpell , L. C. , Sunde , M. , Benson , M. D. , Tennent , G. A. , Pepys , M. B. and Fraser , P. E. 2000 . J Mol Biol , 300 : 1033 – 1039 .
- Sato , T. , Kienlen-Campard , P. , Ahmed , M. , Liu , W. , Li , H. , Elliott , J. I. , Aimoto , S. , Constantinescu , S. N. , Octave , J. N. and Smith , S. O. 2006 . Biochemistry , 45 : 5503 – 5516 .
- Fradinger , E. A. , Monien , B. H. , Urbanc , B. , Lomakin , A. , Tan , M. , Li , H. , Spring , S. M. , Condron , M. M. , Cruz , L. , Xie , C. W. , Benedek , G. B. and Bitan , G. 2008 . Proc Natl Acad Sci USA , 105 : 14175 – 14180 .