References
- Resnick , S. M. , Lee , K. and Gibson , D. T. 1996 . J Ind Microbiol , 17 : 438 – 457 .
- Peng , R-H. , Xiong , A-S. , Xue , Y. , Fu , X-Y. , Gao , F. , Zhao , W. , Tian , Y-S. and Yao , Q-H. 2008 . FEMS Microbiol. Rev , 32 : 927 – 955 .
- Guo , F. B. and Lin , Y. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 413 – 420 .
- Cho , I. H. , Lu , Z. R. , Yu , J. R. , Park , Y. D. , Yang , J. M. , Hahn , M. J. and Zou , F. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 331 – 345 .
- Sabbia , V. , Romero , H. , Musto , H. and Naya , H. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 361 – 369 .
- Zhao , J. N. , Wang , Y. , Zhao , B. S. and Chen , L. L. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 371 – 380 .
- Mukhopadhyay , P. and Ghosh , T. C. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 477 – 488 .
- Anbazhagan , P. , Purushottam , M. , Kumar , H. B. K. , Mukherjee , O. , Jain , S. and Sowdhamini , R. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 581 – 598 .
- Putta , P. and Mitra , C. K. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 599 – 610 .
- Liu , Z. , Xu , Y. , Wu , L. and Zhang , S. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 97 – 106 .
- Lu , Z. R. , Seo , E. , Yan , L. , Yin , S. J. , Si , Y. X. , Qian , G. Y. , Park , Y. D. and Yang , J. M. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 259 – 276 .
- Das , S. , Mitra , S. and Chakrabarti , J. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 239 – 246 .
- Das , S. , Mukherjee , R. , Sahoo , S. , Thakkar , R. and Chakrabarti , J. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 381 – 390 .
- Zhang , S. and Wang , T. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 247 – 258 .
- Huang , W. , Guo , Y. and Zhang , J. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 599 – 608 .
- Jia , C. , Liu , T. , Zhang , X. , Fu , H. and Yang , Q. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 763 – 769 .
- Sujatha , K. , Mahalakshmi , A. , Solaiman , D. K. Y. and Shenbagarathai , R. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 771 – 779 .
- Murzin , A. G. , Brenner , S. E. , Hubbard , T. and Chothia , C. 1995 . J Mol Biol , 247 : 536 – 540 .
- Breiteneder , H. , Pettenburger , K. , Bito , A. , Valenta , R. , Kraft , D. , Rumpold , H. , Scheiner , O. and Breitenbach , M. 1989 . EMBO J , 8 : 1935 – 1938 .
- van Loon , L. C. , Rep , M. and Pieterse , C. M. 2006 . Annu Rev Phytopathol , 44 : 135 – 162 .
- Radauer , C. , Lackner , P. and Breiteneder , H. 2008 . BMC Evol Biol , 8 : 286
- Gajhede , M. and et al . 1996 . Nat Struct Biol , 3 : 1040 – 1045 .
- Rieske , J. S. , MacLennan , D. H. and Coleman , R. 1964 . Biochem Biophys Res Commun , 15 : 338 – 344 .
- Schneider , D. and Schmidt , C. L. 2005 . Biochimica et Biophysica Acta , 1710 : 1 – 12 .
- Berman , H. M. , Westbrook , J. , Feng , Z. , Gilliland , G. , Bhat , T. N. , Weissig , H. , Shindyalov , I. N. and Bourne , P. E. 2000 . Nucleic Acid Res , 28 : 235 – 242 .
- Brenner , S. E. , Koehl , P. and Levitt , M. 2000 . Nucleic Acid Res , 28 : 254 – 256 .
- Gibrat , J. F. , Madej , T. and Bryant , S. H. 1996 . Curr Opin Struct Biol , 6 : 377 – 385 .
- Russell , R. B. and Barton , G. J. 1992 . Proteins , 14 : 309 – 323 .
- Humphrey , W. , Dalke , A. and Schulten , K. 1996 . J Mol Graph , 14 : 33 – 38 .
- Eargle , J. , Wright , D. and Luthey-Schulten , Z. 2006 . Bioinformatics , 22 : 504 – 506 .
- Panchenko , A. R. and Madej , T. 2004 . Proteins , 57 : 539 – 547 .
- O'Donoghue , P. and Luthey-Schulten , Z. 2005 . J Mol Biol , 346 : 875 – 894 .
- Holm , L. and Sander , C. 1993 . J Mol Biol , 233 : 123 – 138 .
- Fitch , W. M. and Margoliash , E. 1967 . Science , 155 : 279 – 284 .
- Felsenstein , J. 1989 . Cladistics , 5 : 164 – 166 .
- Tamura , K. , Dudley , J. , Nei , M. and Kumar , S. 2007 . Mol Biol Evol , 24 : 1596 – 1599 .
- Johnson , M. S. , Sutcliffe , M. J. and Blundell , T. L. 1990 . J Mol Evol , 30 : 43 – 59 .
- Johnson , M. S. , Sali , A. and Blundell , T. L. 1992 . Methods Enzymol , 183 : 670 – 690 .
- Marchler-Bauer , A. , Panchenko , A. , Shoemaker , B. , Thiessen , P. , Geer , L. and Bryant , S. 2002 . Nucleic Acid Res , 30 : 281 – 283 .
- Ptitsyn , O. B. and Finkelstein , A. V. 1981 . Q Rev Biophys , 13 : 339 – 386 .
- Holm , L. and Sander , C. 1997 . Proc Int Conf Intell Syst Mol Biol , 5 : 140 – 146 .
- Russell , R. B. , Saqi , M. A. , Sayle , R. A. , Bates , P. A. and Sternberg , M. J. 1997 . J Mol Biol , 269 : 423 – 439 .
- Lupas , A. N. , Ponting , C. P. and Russell , R. B. 2001 . J Struct Biol , 134 : 191 – 203 .
- Chothia , C. and Lesk , A. M. 1986 . EMBO J , 5 : 823 – 826 .
- Holm , L. and Sander , C. 1996 . Science , 273 : 595 – 603 .
- Grishin , N. V. 2001 . J Str Biol , 134 : 167 – 185 .
- Illergard , K. , Ardell , D. H. and Elofsson , A. 2009 . Proteins , 77 : 499 – 508 .
- Todd , A. E. , Orengo , C. A. and Thornton , J. M. 2001 . J Mol Biol , 307 : 1113 – 1143 .
- Todd , A. E. , Orengo , C. A. and Thornton , J. M. 2002 . Structure , 10 : 1435 – 1451 .
- Murzin , A. G. 1998 . Curr Opin Struct Biol , 8 : 380 – 387 .
- Matsuo , Y. and Bryant , S. H. 1999 . Proteins , 35 : 70 – 79 .
- Kinch , L. N. and Grishin , N. V. 2002 . Curr Opin Struct Biol , 12 : 400 – 408 .
- Matthews , B. 1995 . Adv Protein Chem , 46 : 249 – 278 .
- Berezovsky , I. N. , Grosberg , A. Y. and Trifonov , E. N. 2000 . FEBS Lett , 466 : 283 – 286 .
- Berezovsky , I. N. and Trifonov , E. N. 2001 . J Biomol Struct Dyn , 19 : 397 – 403 .
- Berezovsky , I. N. and Trifonov , E. N. 2001 . J Mol Biol , 307 : 1419 – 1426 .
- Berezovsky , I. N. , Kirzhner , V. M. , Kirzhner , A. , Rosenfeld , V. R. and Trifonov , E. N. 2003 . J Biomol Struct Dyn , 21 : 317 – 325 .
- Berezovsky , I. N. , Kirzhner , A. , Kirzhner , V. M. and Trifonov , E. N. 2003 . J Biomol Struct Dyn , 21 : 327 – 339 .
- Goncearenco , A. and Berezovsky , I. N. 2010 . Bioinformatics , 26 : i497 – 503 .
- Capyk , J. K. , D'Angelo , I. , Strynadka , N. C. and Eltis , L. D. 2009 . J Biol Chem , 284 : 9937 – 9946 .
- Pandey , A. K. and Sassetti , C. M. 2008 . Proc Natl Acad Sci , 105 : 4376 – 4380 .
- Yam , K. C. and et al . 2009 . PLoS Pathog. , 5 : e1000344
- Kauppi , B. , Lee , K. , Carredano , E. , Parales , R. E. , Gibson , D. T. , Eklund , H. and Ramaswamy , S. 1998 . Structure , 6 : 571 – 586 .