References
- Louis , J. M. , Weber , I. T. , Tozser , J. , Clore , G. M. and Gronenborn , A. M. 2000 . Adv Pharmacol , 49 : 111 – 146 .
- Louis , J. M. , Ishima , R. , Torchia , D. A. and Weber , I. T. 2007 . Adv Pharmacol , 55 : 261 – 298 .
- Condra , J. H. , Schleif , W. A. , Blahy , O. M. , Gabryelski , L. J. , Graham , D. J. , Quintero , J. C. , Rhodes , A. , Robbins , H. L. , Roth , E. , Shivaprakash , M. and et al . 1995 . Nature , 374 : 569 – 571 .
- Tomasselli , A. G. and Heinrikson , R. L. 2000 . Biochim Biophys Acta , 1477 : 189 – 214 .
- Richman , D. D. 2001 . Nature , 410 : 995 – 1001 .
- King , N. M. , Melnick , L. , Prabu-Jeyabalan , M. , Nalivaika , E. A. , Yang , S. S. , Gao , Y. , Nie , X. , Zepp , C. , Heefner , D. L. and Schiffer , C. A. 2002 . Protein Science , 11 : 418 – 429 .
- Miller , M. , Schneider , J. , Sathyanarayana , B. K. , Toth , M. V. , Marshall , G. R. , Clawson , L. , Selk , L. , Kent , S. B. and Wlodawer , A. 1998 . Science , 246 : 1149 – 1152 .
- Davies , D. R. 1990 . The structure and function of the aspartic proteinases 1 . Annu Rev Biophys Chem , 19 : 189 – 215 .
- Rick , S. W. , Erickson , J. W. and Burt , S. K. 1998 . Proteins , 32 : 7 – 16 .
- Piana , S. , Carloni , P. and Parrinello , M. 2000 . J Mol Biol , 319 : 567 – 583 .
- Wlodawer , A. , Miller , M. , Jaskolski , M. , Sathyanarayana , B. K. , Baldwin , E. , Weber , I. T. , Selk , L. M. , Clawson , L. , Schneider , J. and Kent , S. B. 1989 . Science , 245 : 616 – 621 .
- Chang , C. , Shen , T. , Trylska , J. , Tozzini , V. and McCammon , J. A. 2006 . Biophys J , 90 : 3880 – 3885 .
- Purohit , R. , Rajasekaran , R. , Sudandiradoss , C. , George Priya Doss , C. , Ramanathan , K. and Sethumadhavan , R. 2008 . Int J Biol Macromol , 42 : 386 – 391 .
- Purohit , R. and Sethumadhavan , R. 2009 . Interdiscip Sci , 4 : 320 – 328 .
- Purohit , R. , Rajendran , V. and Sethumadhavan , R. 2010 . Journal of Molecular Modeling , 17 : 869 – 877 .
- Freedberg , D. L. , Ishima , R. , Jacob , J. , Wang , Y.-X. , Kustanovichm , E. , Louis , J. M. and Torchia , D. A. 2002 . Prot Sci , 11 : 221 – 232 .
- Surleraux , D. L. , Tahri , A. , Verschueren , W. G. , Pille , G. M. , de Kock , H. A. , Jonckers , T. H. , Peeters , A. , De Meyer , S. , Azijn , H. , Pauwels , R. , de Bethune , M. P. , King , N. M. , Prabu- Jeyabalan , M. , Schiffer , C. A. and Wigerinck , P. B. 2005 . J Med Chem , 48 : 1813 – 1822 .
- De Meyer , S. , Azijn , H. , Surleraux , D. , Jochmans , D. , Tahri , A. , Pauwels , R. , Wigerinck , P. and de Bethune , M. P. 2005 . Antimicrob Agents Chemother , 49 : 2314 – 2321 .
- Koh , Y. , Nakata , H. , Maeda , K. , Ogata , H. , Bilcer , G. , Devasamudram , T. , Kincaid , J. E. , Boross , P. , Wang , Y. E. , Tie , Y. , Volarath , P. , Gaddis , L. , Harrison , R. W. , Weber , I. T. , Ghosh , A. K. and Mitsuya , H. 2003 . Antimicrob Agents Chemother , 47 : 3123 – 3129 .
- Johnson , V. , Brun-Vézinet , F. , Clotet , B. , Günthard , H. F. , Kuritzkes , D. R. , Pillay , D. , Schapiro , J. M. and Richman , D. D. 2009 . Topics in HIV Medicine , 17 : 138 – 145 .
- Scott , W. R. P. and Schiffer , C. A. 2000 . Structure , 8 : 1259 – 1265 .
- Clemente , J. C. , Moose , R. E. , Hemrajani , R. , Whitford , L. R. S. , Govindasamy , L. , Reutzel , R. , McKenna , R. , Agbandje-McKenna , M. , Goodenow , M. M. and Dunn , B. M. 2004 . Biochemistry , 43 : 12141 – 12151 .
- Tao , Y. , Rao , Z. H. and Liu , S. Q. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 143 – 157 .
- Wiesner , J. , Kriz , Z. , Kuca , K. , Jun , D. and Koca , J. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 393 – 403 .
- Zhong , L. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 355 – 361 .
- Cao , Z. , Liu , L. and Wang , J. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 343 – 353 .
- Aman , M. J. , Karauzum , H. , Bowden , M. G. and Nguyen , T. L. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 1 – 12 .
- Chang , L. K. , Zhao , J. H. , Liu , H. L. , Wu , J. W. , Chuang , C. K. , Liu , K. T. , Chen , J. T. , Tsai , W. B. and Ho , Y. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 39 – 50 .
- Yuan , Y. , Knaggs , M. H. , Poole , L. B. , Fetrow , J. S. and Salsbury , F. R. Jr. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 51 – 70 .
- Koshy , C. , Parthiban , M. and Sowdhamini , R. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 71 – 83 .
- Tao , Y. , Rao , Z. H. and Liu , S. Q. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 143 – 157 .
- Varughese , J. F. , Chalovich , J. M. and Li , Y. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 159 – 173 .
- Yu , Y. , Wang , Y. , He , J. , Liu , Y. , Li , H. , Zhang , H. and Song , Y. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 641 – 649 .
- Cao , Z. and Wang , J. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 651 – 661 .
- Mehrnejad , F. and Zarei , M. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 551 – 559 .
- Sharadadevi , A. and Nagaraj , R. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 541 – 550 .
- Tuszynska , I. and Bujnicki , J. M. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 511 – 520 .
- Sklenovsky , P. and Otyepka , M. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 521 – 539 .
- Yoon , J. , Jang , S. , Lee , K. and Shin , S. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 259 – 269 .
- Ilda , D. , Giovanni , C. and Alessandro , D. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 307 – 317 .
- Cordomí , A. and Perez , J. J. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 127 – 147 .
- Zhang , J. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 159 – 162 .
- Zhong , L. and Xie , J. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 525 – 533 .
- Chang , L.-K. , Zhao , J.-H. , Liu , H.-L. , Liu , K.-T. , Chen , J.-T. , Tsai , W.-B. and Ho , Y. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 731 – 740 .
- Zhao , J.-H. , Liu , H.-L. , Liu , Y.-F. , Lin , H.-Y. , Fang , H.-W. , Ho , Y. and Tsai , W.-B. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 481 – 490 .
- Fang , P.-S. , Zhao , J.-H. , Liu , H.-L. , Liu , K.-T. , Chen , J.-T. , Lin , H.-Y. , Huang , C.-H. and Fang , H.-W. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 549 – 559 .
- Sunilkumar , P. N. , Nair , D. G. , Sadasivan , C. and Haridas , M. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 491 – 496 .
- Bairagya , H. R. , Mukhopadhyay , B. P. and Sekar , K. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 149 – 158 .
- Achary , M. S. and Nagarajaram , H. A. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 609 – 623 .
- Kovalevsky , A. Y. , Tie , Y. , Liu , F. , Boross , P. I. , Wang , W. F. , Leshchenko , S. , Ghosh , A. K. , Harrison , R. W. and Weber , I. T. 2006 . J Med Chem , 49 : 1379 – 1387 .
- Liu , F. , Kovalevsky , A. Y. , Tie , Y. , Ghosh , A. K. , Harrison , R. W. and Weber , I. T. 2008 . J Mol Biol , 381 : 102 – 115 .
- Berman , H. M. , Westbrook , J. Z. , Feng , G. , Gilliland , T. N. , Bhat , H. , Weissig , I. N. and et al . 2000 . Nucleic Acids Research , 28 : 235 – 242 .
- King , N. M. , Moses , P. J. , Nalivaika , E. A. , Wigerinck , P. , Béthune , M.-P. and Schiffer , A. 2004 . Journal of Virology , 78 : 12012 – 12021 .
- Ghosh , A. K. , Dawson , Z. L. and Mitsuya , H. 2007 . Bioorganic and Medicinal Chemistry , 24 : 7576 – 7580 .
- Wishart , D. S. , Knox , C. , Guo , A. C. , Shrivastava , S. , Hassanali , M. , Stothard , P. , Chang , Z. and Woolsey , J. 2006 . Nucleic Acids Res , 34 : 668 – 672 .
- Coleman , R. G. and Sharp , K. A. 2006 . J Mol Biol , 362 : 441 – 458 .
- Nayal , M. and Honig , B. 2006 . Proteins Structure, Function and Bioinformatics , 63 : 892 – 906 .
- Coleman , R. G. , Burr , M. A. , Sourvaine , D. L. and Cheng , A. C. 2005 . Proteins Structure, Function and Bioinformatics , 61 : 1068 – 1074 .
- Agarwal , P. K. , Edelsbrunner , H. , Harer , J. and Wang , Y. 2004 . Symp Comp Geo , 20 : 357 – 365 .
- Liang , J. , Edelsbrunner , H. and Woodward , C. 1998 . Protein Sci , 7 : 1884 – 1897 .
- Dundas , J. , Ouyang , Z. , Tseng , J. , Binkowski , A. , Turpaz , Y. and Liang , J. 2006 . Nucleic Acids Research , 34 : 116 – 118 .
- Eckenhoff , R. G. and Johansson , J. S. 1997 . Pharmacol Rev , 49 : 343 – 367 .
- Thompson , J. D. , Higgins , D. G. and Gibson , T. J. 1994 . Nucleic Acids Research , 22 : 4673 – 4680 .
- Duhovny , D. , Inbar , Y. , Nussinov , R. and Wolfson , H. J. 2005 . Nucleic Acids Research , 33 : 363 – 367 .
- Duhovny , D. , Nussinov , R. and Wolfson , H. J. 2004 . Lecture Notes in Computer Science, SpringerVerlag 2452. 185 – 200 .
- Connolly , M. L. 1983 . Journal of Applied Crystallogrphy , 16 : 548 – 558 .
- Connolly , M. L. 1993 . Science , 221 : 709 – 713 .
- Zhang , C. , Vasmatzis , G. , Cornette , J. L. and DeLisi , C. 1997 . Journal of Molecular Biology , 267 : 707 – 726 .
- Morris , G. M. , Goodsell , D. S. , Halliday , R. S. , Huey , R. , Hart , W. E. , Belew , R. K. and Olson , A. J. 1998 . J Comput Chem , 19 : 1639 – 1662 .
- Hess , B. , Kutzner , C. and Spoel , D. 2008 . J Chem Theory Comput , 4 : 435 – 447 . Lindahl
- Spoel , D. , Lindahl , E. , Hess , B. , Groenhof , G. , Mark , A. E. and Berendsen , H. J. 2005 . J Comput Chem , 26 : 1701 – 1718 .
- Gunsteren , W. F. V. , Billeter , S. R. , Eising , A. A. , Hunenberger , P. H. , Kruger , P. , Mark , A. E. , Scott , W. R. P. and Tironi , T. G. 1996 . Hochschulverlag AG an der Zurich
- Chothia , C. and Janin , J. 1975 . Nature , 256 : 705 – 708 .
- Jacob , N. I. 1992 . New York : Academic Press . 1992
- Shrake , A. and Rupley , J. A. 1997 . J Mol Biol , 79 : 351 – 371 .
- Ahmad , S. , Gromiha , M. , Fawareh , H. and Sarai , A. 2004 . Bioinformatics , 5 : 51
- Gilis , D. and Rooman , M. 1997 . J Mol Biol , 272 : 276 – 290 .
- Meagher , K. L. and Carlson , H. A. 2005 . Proteins, Struct Funct Bioinformatics , 58 : 119 – 125 .
- Berendsen , H. J. C. , Postma , J. P. M. , Gunsteren , W. F. V. and Hermans , J. 1981 . 331 – 342 . Dordrecht : D Reidel Publishing Company .
- Berendsen , H. J. C. , Postma , J. P. M. , DiNola , A. and Hakk , J. R. 1984 . J Chem Phys , 81 : 3684 – 3690 .
- Essmann , U. , Perera , L. , Berkowitz , M. L. , Darden , T. , Lee , H. and Pedersen , L. G. 1995 . J Chem Phys , 103 : 8577 – 8593 .
- Case , D. A. , Pearlman , D. A. , Caldwell , J. W. , Wang , J. , Ross , W. S. , Simmerling , C. L. , Darden , T. A. , Mertz , K. M. , Stanton , R. V. , Cheng , A. L. , Vincent , J. J. , Crowley , M. , Tsue , V. , Gohlke , H. , Radmer , R. , Duan , Y. , Pitera , J. , Massova , I. , Seibel , G. L. , Singh , C. , Weiner , P. and Kollman , P. A. 2002 . AMBER Simulation Software Package, version 7, Vol. 2006. San Francisco , CA : University of California .
- Humphrey , W. , Dalke , A. and Schulten , K. 1996 . J Mol Graph , 14 : 33 – 38 .
- Emsley , P. and Cowtan , K. 2004 . Acta Crystallographica Section D—Biological Crystallography , 60 : 2126 – 2132 .