References
- Kumar , S. and Nussinov , R. 1999 . J Mol Biol , 293 : 1241 – 1255 .
- Kumar , S. , Tsai , C. J. , Ma , B. and Nussinov , R. 1999 . J Biomol Struct Dyn Conversation11(Albany) , 1
- Jackson , R. C. , Weber , G. and Morris , H. P. 1975 . Nature Lond , 256 : 331 – 333 .
- Prosise , G. L. and Luecke , H. 2003 . J Mol Biol , 326 : 517 – 527 .
- Hedstrom , L. 2009 . Chem Rev , 109 : 2903 – 2928 .
- Nagai , M. , Hoffman , R. , Irino , S. , Konno , Y. , Natsumeda , Y. and Weber , G. 1991 . CancerRes , 51 : 3886 – 3890 .
- Barnes , B. J. , Eakin , A. E. , Hall , I. H. and Izydore , R. A. 2001 . Int J Cancer , 94 : 275 – 281 .
- Colby , T. D. , Vanderveen , K. , Strickler , M. D. , Markham , G. D. and Goldstein , B. M. 1999 . Proc Natl Acad Sci , 96 : 3531 – 3536 .
- Bryson , S. 2001 . National Library of Canada (Ph.D.Thesis) , : 1 – 127 .
- Sintchak , M. D. , Fleming , M. A. , Futer , O. , Raybuck , S. A. , Chambers , S. P. , Caron , P. R. , Murcko , M. A. and Wilson , K. P. 1996 . Cell , 85 : 921 – 930 .
- Goldstein , B. M. and Colby , T. D. 1999 . Curr Med Chem , 6 : 519 – 536 .
- Bairagya , H. R. , Mukhopadhyay , B. P. and Sekar , K. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 497 – 508 .
- Bairagya , H. R. and Mukhopadhyay , B. P. 2009 . The 16th Conversation at the State University of New York, Albany . J Biomol Struct Dyn , 26 : 855
- Bairagya , H. R. , Mukhopadhyay , B. P. and Sekar , K. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 149 – 158 .
- Kemp , B. E. 2004 . J Clin Invest , 113 : 182 – 184 .
- Scott , J. W. , Hawley , S. A. , Green , K. A. , Anis , M. , Stewart , G. , Scullion , G. A. , Norman , D. G. and Hardie , D. G. 2004 . J Clin Invest , 113 : 274 – 284 .
- Nair , V. and Shu , Q. 2007 . Antivir Chem Chemother , 18 : 245 – 258 .
- Pankiewicz , K. W. and Goldstein , B. M. 2003 . ACS Symposium Series No. 839. 140 – 168 . UK : Oxford University Press .
- Berman , H. M. , Bhat , T. N. , Bourne , P. E. , Gilliand , G. , Feng , Z. , Shindyalov , I. N. , Westbrook , J. and Weissig , H. 2003 . Nat Struct Biol , 10 : 980
- Guex , N. and Peitsch , M. C. 1997 . Electrophoresis , 18 : 2714 – 2723 .
- Guex , N. , Diemand , A. , Peitsch , M. C. , Schwede , T. , Smith , Glaxo and Kline , R. D . 2000 . Swiss PDB Viewer, Glaxo Welcome Experimental Res.
- Gunsteren , V. W. F. and Angew , B. H.J. C. 1990 . Chem Int Ed Engl , 29 : 992 – 1023 .
- Tapas , S. , Patel , G. K. , Dhindwal , S. and Tomar , S. 2011 . J Mol Model , 17 ( 4 ) : 621 – 631 .
- Pisabarro , M. T. , Ortiz , A. R. , Serrano , L. and Wade , R. C. 1994 . Proteins , 20 : 203 – 215 .
- Laskowski , R. A. , MacArthur , M. W. , Moss , D. S. and Thornton , J. M. 1993 . J Appl Crystallogr , 26 : 283 – 291 .
- Colovos , C. and Yeates , T. O. 1993 . Protein Sci , 2 : 1511 – 1519 .
- Luthy , R. , Bowie , J. U. and Eisenberg , D. 1992 . Nature , 356 : 83 – 85 .
- Furnham , N. , Bakker , P. I. W. , Blundell , T. L. , Chirgadze , D. Y. , Dore , A. S. and Depristo , M. A. 2006 . Structure , 14 : 1313 – 1320 .
- Fleming , P. J. , Fitzkee , M. M. , George , D. R. , Mezei , M. , Nicholas , C. and Rajgopal , S. 2005 . Protein Sci , 14 : 111 – 118 .
- MacKerell , A. D. , Bellott , M. , Dunbrack , R. L. , Fischer , M. J. , Guo , S. , Ha , J. H. , Joseph , S. Jr , Bashford , D. Jr , Evanseck , R. L. , Field , J. , Kuchnir , D. , Kuczera , L. , Karplus , M. D. , Lau , K. , Mattos , F. T. K. , Michnick , C. , Ngo , S. , Nguyen , T. , Prodhom , D. T. , Reiher , B. , Roux , I. W. E. , Schlenkrich , B. , Smith , M. , Stote , J. , Straub , R. , Watanabe , J. , Kuczera , Wiorkiewiczm. and Yin , J. 1998 . J Phys Chem , 102 : 3586 – 3616 .
- Brooks , B. R. , Bruccoleri , R. E. , Karplus , M. , Olafson , B. D. , States , D. J. and Swaminathan , S. 1983 . J Comput Chem , 4 : 187 – 217 .
- Humphrey , W. , Dalke , A. and Schulten , K. 1996 . J Mol Graph. , 14 : 33 – 38 .
- Grayson , P. , Schulten , K. and Tajkhorshid , E. 2003 . Biophys J , 85 : 36 – 48 .
- Kale , L. , Bhandarkar , M. , Brunner , R. , Gursoy , A. , Krawetz , N. , Phillips , J. , Skeel , R. , Shinozaki , A. , Schulten , K. and Varadarajan , K. 1999 . J Comp Phys , 151 : 283 – 312 .
- Gullingsrud , J. , Kosztin , D. and Schulten , K. 2001 . Biophys J , 80 : 2074 – 2081 .
- Karplus , M. and Petsko , G. A. 1990 . Nature , 347 : 631 – 639 .
- Costantini , S. , Colonna , G. and Facchiano , A. M. 2008 . Bioinformation , 3 : 137 – 138 .
- Schymkowitz , J. , Berg , F. , Stricher , F. , Rousseau , F. and Serrano , L. 2005 . NucleicAcid Res , 33 : 382 – 388 .
- Fraternali , F. and Cavallo , L. 2002 . Nucleic Acids Research , 30 : 2950 – 2960 .
- Bairagya , H. R. , Mukhopadhyay , B. P. and Bhattacharya , S. 2009 . J Mol Struct Theochem , 908 : 31 – 39 .
- Chakrabarti , B. , Bairagya , H. R. , Mallik , P. , Mukhopadhyay , B. P. and Bera , A. K. 2011 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 503 – 516 .
- Pankiewicz , K. W. , Patterson , S. E. , Black , P. L. , Jayaram , H. N. , Risal , D. , Goldstein , B. M. , Stuyver , L. J. and Schinazi , R. F. 2004 . Curr Med Chem , 11 : 887 – 900 .
- Barnes , B. J. , Eakin , A. E. , Izydore , R. A. and Hall , I. H. 2000 . Biochemistry , 39 : 13641 – 13650 .
- Fersht , A. 1999 . Structure and Mechanism in Protein Science W. H. Freeman Publication .
- Bairagya , H. R. , Mukhopadhyay , B. P. and Bera , A. K. 2011 . J Mol Recognit , 24 : 35 – 44 .
- Willard , L. , Ranjan , A. , Zhang , H. , Monzavi , H. , Boyko , R. F. , Sykes , B. D. and Wishart , D. S. 2003 . Nucleic Acids Res , 31 ( 13 ) : 3316 – 3319 .
- Wiederstein , M. and Sippl , M. J. 2007 . Nucleic Acids Research , 35 : 407 – 410 .
- Folch , B. , Rooman , M. and Dehouck , Y. 2007 . J Chem Inf Model , 48 ( 1 ) : 119 – 127 .