References
- Demirel , M. C. and Keskin , O. 2005 . J Biomol Struct Dyn , 22 : 381 – 386 .
- Khan , S. H. , Ahmad , F. , Ahmad , N. , Flynn , D. C. and Kumar , R. 2011 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 929 – 938 .
- Sardiu , M. E. and Washburn , M. P. 2011 . J Biol Chem , 286 : 23645 – 23651 .
- Sangadala , S. , Metpally , R. P. and Reddy , B. V. 2007 . J Biomol Struct Dyn , 25 : 11 – 23 .
- Vinekar , R. and Ghosh , I. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 741 – 754 .
- Hu , X. and Wang , Y. 2006 . J Biomol Struct Dyn , 23 : 509 – 518 .
- Lemaitre , V. , Willbold , D. , Watts , A. and Fischer , W. B. 2006 . J Biomol Struct Dyn , 23 : 485 – 496 .
- Najarro , P. , Traktman , P. and Lewis , J. A. 2001 . J Virol , 75 : 3185 – 3196 .
- Guan , K. L. , Broyles , S. S. and Dixon , J. E. 1991 . Nature , 350 : 359 – 362 .
- Patterson , K. I. , Brummer , T. , O'Brien , P. M. and Daly , R. S. 2009 . Biochem J , 418 : 475 – 489 .
- Ishibashi , T. , Bottaro , D. P. , Chan , A. , Miki , T. and Aaronson , S. A. 1992 . Proc Natl Acad Sci USA , 89 : 12170 – 12174 .
- Alonso , A. , Sasin , J. , Bottint , N. , Friedberg , I. , Osterman , A. , Godzik , A. , Hunter , T. , Dixon , J. and Mustelin , T. 2004 . Cell , 117 : 699 – 720 .
- Tonks , N. K. 2006 . Nat Rev Mol Cell Biol , 7 : 833 – 846 .
- Denu , J. M. , Stuckey , J. A. , Saper , M. A. and Dixon , J. E. 1998 . Cell , 87 : 361 – 364 .
- Keyse , S. M. 1995 . Biochim Biophys Acta , 1265 : 152 – 160 .
- Pulido , R. and van Huijsduijnen , R. H. 2008 . FEBS J , 275 : 848 – 866 .
- Camps , M. , Nichols , A. and Arkinstall , S. 2000 . FASEB J , 14 : 6 – 16 .
- Yi , T. and Lindner , D. 2008 . Curr Oncol Rep , 10 : 114 – 121 .
- Tonks , N. K. 2005 . Cell , 121 : 667 – 670 .
- Wiland , A. M. , Denu , J. M. , Mourey , J. M. and Dixon , J. E. 1996 . J Biol Chem , 271 : 33486 – 33492 .
- Jackson , M. D. and Denu , J. M. 2001 . Chem Rev , 101 : 2313 – 2340 .
- Yuvaniyama , J. , Denu , J. M. , Dixon , J. E. and Saper , M. A. 1996 . Science , 272 : 1328 – 1331 .
- Hoyt , R. , Zhu , W. , Cerignoli , F. , Alonso , A. , Mustelin , T. and David , M. 2007 . J Immunol , 179 : 3402 – 3406 .
- Mann , B. A. , Huang , J. H. , Li , P. , Chang , H. C. , Slee , R. B. , O'Sullivan , A. , Anita , M. , Yeh , N. , Klemsz , M. J. , Brutkiewicz , R. R. , Blum , J. S. and Kaplan , M. H. 2008 . J Interferon Cytokine Res , 28 : 367 – 380 .
- Levy , D. E. and Darnell , J. E. Jr. 2002 . Nat Rev Mol Cell Biol , 3 : 651 – 662 .
- Lim , C. P. and Cao , X. 2006 . Molecular BioSyst , 2 : 536 – 550 .
- Greenlund , A. C. , Farrar , M. A. , Viviano , B. L. and Schreiber , R. D. 1994 . EMBO J , 13 : 1591 – 1600 .
- Horvath , C. M. and Darnell , J. E. Jr. 1996 . J Virol , 70 : 647 – 650 .
- Dupuis , S. , Jouanguy , E. , Al-Hajjar , S. , Fieschi , C. , Zaid Al-Mohsen , I. , Al-Jumaah , S. , Yang , K. , Chapgier , A. , Eidenschenk , C. , Eid , P. , Al Ghonaium , A. , Tufenkeji , H. , Frayha , H. , Al-Gazlan , S. , Al-Rayes , H. , Schreiber , R. D. , Gresser , I. and Casanova , J. L. 2003 . Nat Genet , 33 : 388 – 391 .
- Meraz , M. A. , White , J. M. , Sheehan , K. C. F. , Bach , E. A. , Rodig , S. J. , Dighe , A. S. , Kaplan , D. H. , Riley , J. K. , Greenlund , A. C. , Campbell , D. , Carver-Moore , K. , DuBois , R. N. , Clark , R. , Aguet , M. and Schreiber , R. D. 1996 . Cell , 84 : 431 – 442 .
- Dupuis , S. , Dargemont , C. , Fieschi , C. , Thomassin , N. , Rosenzweig , S. , Harris , J. , Holland , S. M. , Schreiber , R. D. and Casanova , J. L. 2001 . Science , 293 : 300 – 303 .
- Gavrilescu , L. C. , Butcher , B. A. , Del Rio , L. , Taylor , G. A. and Denkers , E. Y. 2004 . Infect Immun , 72 : 1257 – 1264 .
- Bromberg , J. F. , Fan , Z. , Brown , C. , Mendelsohn , J. and Darnell , J. E. Jr. 1998 . Cell Growth Differ , 9 : 505 – 512 .
- Ohtsubo , M. , Takayanaci , A. , Gamou , S. and Shimizu , N. 2000 . J Cell Physiol , 184 : 131 – 137 .
- Kumar , A. , Commane , M. , Flickinger , T. W. , Horvath , C. M. and Stark , G. R. 1997 . Science , 278 : 1630 – 1632 .
- Townsend , P. A. , Scarabelli , T. M. , Davidson , S. M. , Knight , R. A. , Latchman , D. S. and Stephanou , A. 2004 . J Biol Chem , 279 : 5811 – 5820 .
- Huang , S. , Bucana , C. D. , Van Arsdall , M. and Fidler , I. J. 2002 . Oncogene , 21 : 2504 – 2512 .
- Kaplan , D. H. , Shankaran , V. , Dighe , A. S. , Stockert , E. , Aguet , M. , Old , L. J. and Schreiber , R. D. 1998 . Proc Natl Acad Sci USA , 95 : 7556 – 7561 .
- Vinkemeyer , U. , Cohen , S. L. , Moarefi , I. , Chait , B. T. , Kuriyan , J. and Darnell , J. E. Jr. 1996 . EMBO J , 15 : 5616 – 5626 .
- Horvath , C. M. 2000 . Trends Biochem Sci , 25 : 496 – 502 .
- Wenta , N. , Strauss , H. , Meyer , S. and Vinkemeier , U. 2008 . Proc Natl Acad Sci USA , 105 : 9238 – 9243 .
- Koksal , A. C. , Nardozzi , J. D. and Cingolani , G. 2009 . J Biol Chem , 284 : 10129 – 10137 .
- Koksal , A. C. and Cingolani , G. 2011 . J Biol Chem , 286 : 14373 – 14382 .
- Alonso , A. , Rahmouni , S. , Williams , S. , van Stipdonk , M. , Jaroszewski , L. , Godzik , A. , Abraham , R. T. , Schoenberger , S. P. and Mustelin , T. 2003 . Nat Immunol , 4 : 44 – 48 .
- Chen , X. , Vinkemeier , U. , Zhao , Y. , Jeruzalmi , D. , Darnell , J. E. Jr. and Kuriyan , J. J. 1998 . Cell , 93 : 827 – 839 .
- Neculai , D. , Neculai , A. M. , Verrier , S. , Straub , K. , Klumpp , K. , Pfitzner , E. and Becker , S. 2005 . J Biol Chem , 280 : 40782 – 40787 .
- 2007 . Sybyl Version 7.3. St. Louis , MO : Tripos Associates .
- Arnold , K. , Bordoli , L. , Kopp , J. and Schwede , T. 2006 . Bioinformatics , 22 : 195 – 201 .
- Kiefer , F. , Arnold , K. , Künzli , M. , Bordoli , L. and Schwede , T. 2009 . Nuc Acids Res , 37 : D387 – D392 .
- Peitsch , M. C. 1995 . Bio/Technology , 13 : 658 – 660 .
- Kabsch , W. and Sander , C. 1983 . Biopolymers , 22 : 2577 – 2637 .
- Katchalski-Katzir , E. , Shariv , I. , Eisenstein , M. , Friesem , A. A. , Aflalo , C. and Vakser , I. A. 1992 . Proc Natl Acad Sci USA , 89 : 2195 – 2199 .
- Vakser , A. and Aflalo , C. 1994 . Proteins , 20 : 320 – 329 .
- Vakser , A. 1996 . Prot Eng , 9 : 37 – 41 .
- Jardin , C. , Horn , A. H. C. , Schürer , S. and Sticht , H. 2008 . J Phys Chem B , 112 : 13391 – 13400 .
- Case , D. A. , Darden , T. A. , Cheatham , T. E. I. , Simmerling , C. L. , Wang , J. , Duke , R. E. , Luo , R. , Merz , K. M. , Pearlman , D. A. , Crowley , M. , Walker , R. C. , Zhang , W. , Wang , B. , Hayik , S. , Roitberg , A. , Seabra , G. , Wong , K. F. , Paesani , F. , Wu , X. , Brozell , S. , Tsui , V. , Gohlke , H. , Yang , L. , Tan , C. , Mongan , J. , Hornak , V. , Cui , G. , Beroza , P. , Mathews , D. H. , Schafmeister , C. , Ross , W. S. and Kollman , P. A. 2006 . AMBER9. San Francisco : University of California .
- Hornak , V. , Abel , R. , Okur , A. , Strockbine , B. , Roitberg , A. and Simmerling , C. 2006 . Proteins , 65 : 712 – 725 .
- Homeyer , N. , Horn , A. H. C. , Lanig , H. and Sticht , H. 2006 . J Mol Model , 12 : 281 – 289 .
- Jorgensen , W. L. , Chandrasekhar , J. , Madura , J. D. , Impey , R. W. and Klein , M. L. 1983 . J Chem Phys , 79 : 926 – 935 .
- Wartha , F. , Horn , A. H. C. , Meiselbach , H. and Sticht , H. 2005 . J Chem Theory Comput , 1 : 315 – 324 .
- Sayle , R. A. and Milner-White , E. J. 1995 . Trends Biochem Sci , 29 : 374 – 376 .
- Humphrey , W. , Dalke , A. and Schulten , K. 1996 . J Molec Graphics , 14 : 33 – 38 .
- Drozdov-Tikhomirov , L. N. , Linde , D. M. , Poroikov , V. V. , Alexandrov , A. A. , Skurida , G. I. , Kovalev , P. V. and Potapov , V. Y. 2003 . J Biomol Struct Dyn , 21 : 257 – 266 .
- Kovalev , P. V. , Drozdov-Tikhomirov , L. N. , Poroikov , V. V. and Alexandrov , A. A. 2004 . J Biomol Struct Dyn , 22 : 111 – 118 .
- Castro , G. , Boswell , C. A. and Northrup , S. H. 1998 . J Biomol Struct Dyn , 16 : 413 – 424 .
- Majumder , R. , Roy , S. and Thakur , A. R. 2011 . J Biomol Struct Dyn , 29 : 297 – 310 .
- Gursahani , S. , Schoephoerster , R. T. and Prabhakaran , M. 2008 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 329 – 338 .
- Dominguez , C. , Boelens , R. and Bonvin , A. M. 2003 . J Am Chem Soc , 127 : 1731 – 1737 .
- de Vries , S. J. , van Dijk , A. D. , Krzeminski , M. , van Dijk , M. , Thureau , A. , Hsu , V. , Wassenaar , T. and Bonvin , A. M. 2007 . Proteins , 69 : 726 – 733 .
- Ericksen , S. S. and Szklarz , G. D. 2005 . J Biomol Struct Dyn , 23 : 243 – 256 .
- Seewald , M. J. , Metzger , A. U. , Willbold , D. , Rosch , P. and Sticht , H. 1998 . J Biomol Struct Dyn , 16 : 683 – 692 .
- Hasegawa , H. and Holm , L. 2009 . Curr Opin Struct Biol , 19 : 341 – 348 .
- Denu , J. M. , Zhou , G. , Wu , L. , Zhao , R. , Yuvaniyama , J. , Saper , M. A. and Dixon , J. E. 1995 . J Biol Chem , 270 : 3796 – 3803 .
- Schumacher , M. A. , Todd , J. L. , Rice , A. E. , Tanner , K. G. and Denu , J. M. 2002 . Biochemistry , 41 : 3009 – 3017 .
- Olmez , E. O. and Alakent , B. 2011 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 675 – 693 .
- Rao , G. S. , Ramachandran , M. V. and Bajaj , J. S. 2006 . J Biomol Struct Dyn , 23 : 377 – 384 .
- Shi , Y. 2009 . Cell , 139 : 468 – 484 .
- Kurakin , A. and Bredesen , D. 2002 . J Biomol Struct Dyn , 19 : 1015 – 1029 .
- Jemth , P. and Gianni , S. 2007 . Biochemistry , 46 : 8701 – 8708 .
- Bennecib , M. , Gong , C. X. , Grundke-Iqbal , I. and Iqbal , K. 2000 . FEBS Lett , 490 : 15 – 22 .
- Gong , C. X. , Lidsky , T. , Wegiel , J. , Zuck , L. , Grundke-Iqbal , I. and Iqbal , K. 2000 . J Biol Chem , 275 : 5535 – 5544 .
- Kins , S. , Crameri , A. , Evans , D. R. , Hemmings , B. A. , Nitsch , R. M. and Gotz , J. 2001 . J Biol Chem , 276 : 38193 – 38200 .