Importance of V3 Loop Flexibility and Net Charge in the Context of Co-Receptor Recognition. A Molecular Dynamics Study on HIV gp120

References

• Kwong , P. D. , Wyatt , R. , Robinson , J. , Sweet , R. W. , Sodroski , J. and Hendrickson , W. A. 1998 . Nature , 393 : 648 – 659 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Kwong , P. D. , Wyatt , R. , Majeed , S. , Robinson , J. , Sweet , R. W. , Sodroski , J. and Hendrickson , W. A. 2000 . Structure , 8 : 1329 – 1339 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Huang-chin , C. , Venturi , M. , Majeed , S. , Moore , M. J. , Phogat , S. , Zhang , M.-Y. , Dimitrov , D. S. , Hendrickson , W. A. , Robinson , J. , Sodroski , J. , Wyatt , R. , Choe , H. , Farzan , M. and Kwong , P. D. 2004 . Proc Natl Acad Sci U S A , 101 : 2706 – 2711 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Huang-chin , C. , Tang , M. , Zhang , M.-Y. , Majeed , S. , Montabana , E. , Stanfield , R. L. , Dimitrov , D. S. , Korber , B. , Sodroski , J. , Wilson , I. A. , Wyatt , R. and Kwong , P. D. 2005 . Science , 310 : 1025 – 1028 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Zhou , T. , Xu , L. , Dey , B. , Hessell , A. J. , Van Ryk , D. , Xiang , S.-H. , Yang , X. , Zhang , M.-Y. , Zwick , M. B. , Arthos , J. , Burton , D. R. , Dimitrov , D. S. , Sodroski , J. , Wyatt , R. , Nabel , G. J. and Kwong , P. D. 2007 . Nature , 445 : 732 – 737 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Huang , C.-C. , Lam , S. N. , Acharya , P. , Tang , M. , Xiang , S.-H. , Hussan , S. S.-U. , Stanfield , R. L. , Robinson , J. , Sodroski , J. , Wilson , I. A. , Wyatt , R. , Bewley , C. A. and Kwong , P. D. 2007 . Science , 317 : 1930 – 1934 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Diskin , R. , Marcovecchio , P. M. and Bjorkman , P. J. 2010 . Nat Struct Mol Biol , 17 : 608 – 613 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Goudsmit , J. , Debouck , C. , Meloen , R. H. , Smit , L. , Bakker , M. , Asher , D. M. , Wolff , A. V. , Gibbs , C. J. Jr. and Gajdusek , D. C. 1988 . Proc Natl Acad Sci U S A , 85 : 4478 – 4482 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Chesebro , B. , Nishio , J. , Perryman , S. , Cann , A. , O'Brien , W. , Chen , I. S. and Wehrly , K. 1991 . J. Virol , 65 : 5782 – 5789 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Fouchier , R. A. , Groenink , M. , Kootstra , N. A. , Tersmette , M. , Huisman , H. G. , Miedema , F. and Schuitemaker , H. 1992 . J Virol , 66 : 3183 – 3187 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• De Jong , J. J. , De Ronde , A. , Keulen , W. , Tersmette , M. and Goudsmit , J. 1992 . J Virol , 66 : 6777 – 6780 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Modrow , S. , Hahn , B. H. , Shaw , G. M. , Gallo , R. C. , Wong-Staal , F. and Wolf , H. 1987 . J Virol , 61 : 570 – 578 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Groenink , M. , Fouchier , R. A. , Broersen , S. , Baker , C. H. , Koot , M. , van't Wout , A. B. , Huisman , H. G. , Miedema , F. , Tersmette , M. and Schuitemaker , H. 1993 . Science , 260 : 1513 – 1516 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Wang , N. , Zhu , T. and Ho , D. D. 1995 . J Virol , 69 : 2708 – 2715 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Resch , W. , Hoffman , N. and Swanstrom , R. 2001 . Virology , 288 : 51 – 62 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Pillai , S. , Good , B. , Richman , D. and Corbeil , J. 2003 . AIDS Res. Hum Retroviruses , 19 : 145 – 149 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Jensen , M. A. , Coetzer , M. , van't Wout , A. B. , Morris , L. and Mullins , J. I. 2006 . J Virol , 80 : 4698 – 4704 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Sander , O. , Sing , T. , Sommer , I. , Low , A. J. , Cheung , P. K. , Harrigan , P. R. , Lengauer , T. and Domingues , F. S. 2007 . PLoS Comput Biol , 3 : e58
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Dybowski , J. N. , Heider , D. and Hoffmann , D. 2010 . PLoS Comput Biol , 6 : e1000743
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Myszka , D. G. , Sweet , R. W. , Hensley , P. , Brigham-Burke , M. , Kwong , P. D. , Hendrickson , W. A. , Wyatt , R. , Sodroski , J. and Doyle , M. L. 2000 . Proc Natl Acad Sci U S A , 97 : 9026 – 9031 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Pan , Y. , Ma , B. , Keskin , O. and Nussinov , R. 2004 . J Biol Chem , 279 : 30523 – 30530 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Hsu , S.-T. D. and Bonvin , A. M.J. J. 2004 . Proteins , 55 : 582 – 593 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Pan , Y. , Ma , B. and Nussinov , R. 2005 . J Mol Biol , 350 : 514 – 527 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Jorgensen , W. L. , Chandrasekhar , J. , Madura , J. D. , Impey , R. W. and Klein , M. L. 1983 . J Chem Phys , 79 : 926
   Web of Science ®Google Scholar
• Hornak , V. , Abel , R. , Okur , A. , Strockbine , B. , Roitberg , A. and Simmerling , C. 2006 . Proteins , 65 : 712 – 725 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Darden , T. , York , D. and Pedersen , L. 1993 . The Journal of Chemical Physics , 98 : 10089 – 10092 .
   Web of Science ®Google Scholar
• Ryckaert , J. , Ciccotti , G. and Berendsen , H. 1977 . Journal of Computational Physics , 23 : 327 – 341 .
   Web of Science ®Google Scholar
• Izaguirre , J. A. , Catarello , D. P. , Wozniak , J. M. and Skeel , R. D. 2001 . J Chem Phys , 114 : 2090
   Web of Science ®Google Scholar
• Huang , X. , Bowman , G. R. , Bacallado , S. and Pande , V. S. 2009 . Proc Natl Acad Sci U S A. , 106 : 19765 – 19769 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Smith , L. J. , Daura , X. and van Gunsteren , W. F. 2002 . Proteins , 48 : 487 – 496 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Caves , L. S. , Evanseck , J. D. and Karplus , M. 1998 . Protein Sci , 7 : 649 – 666 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Humphrey , W. , Dalke , A. and Schulten , K. 1996 . J Mol Graph , 14 : 33 – 38 . 27–28
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Feig , M. , Karanicolas , J. and Brooks , C. L. 2004 . J Mol Graph Model , 22 : 377 – 395 . 3rd
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Baker , N. A. , Sept , D. , Joseph , S. , Holst , M. J. and McCammon , J. A. 2001 . Proc Natl Acad Sci U S A , 98 : 10037 – 10041 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Pettersen , E. F. , Goddard , T. D. , Huang , C. C. , Couch , G. S. , Greenblatt , D. M. , Meng , E. C. and Ferrin , T. E. 2004 . J Comput Chem , 25 : 1605 – 1612 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Hunter , J. 2007 . Computing in Science and Engineering , 9 : 90 – 95 .
   Web of Science ®Google Scholar
• Arnold , K. , Bordoli , L. , Kopp , J. and Schwede , T. 2006 . Bioinformatics , 22 : 195 – 201 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Ghiara , J. B. , Ferguson , D. C. , Satterthwait , A. C. , Dyson , H. J. and Wilson , I. A. 1997 . J Mol Biol , 266 : 31 – 39 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Stanfield , R. , Cabezas , E. , Satterthwait , A. , Stura , E. , Profy , A. and Wilson , I. 1999 . Structure , 7 : 131 – 142 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Tugarinov , V. , Zvi , A. , Levy , R. and Anglister , J. 1999 . Nat Struct Biol , 6 : 331 – 335 .
   PubMedGoogle Scholar
• Tugarinov , V. , Zvi , A. , Levy , R. , Hayek , Y. , Matsushita , S. and Anglister , J. 2000 . Structure , 8 : 385 – 395 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Sharon , M. , Kessler , N. , Levy , R. , Zolla-Pazner , S. , Görlach , M. and Anglister , J. 2003 . Structure , 11 : 225 – 236 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Zhang , W. , Godillot , A. P. , Wyatt , R. , Sodroski , J. and Chaiken , I. 2001 . Biochemistry , 40 : 1662 – 1670 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Saphire , E. O. , Parren , P. W. , Pantophlet , R. , Zwick , M. B. , Morris , G. M. , Rudd , P. M. , Dwek , R. A. , Stanfield , R. L. , Burton , D. R. and Wilson , I. A. 2001 . Science , 293 : 1155 – 1159 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Sterjovski , J. , Churchill , M. J. , Roche , M. , Ellett , A. , Farrugia , W. , Wesselingh , S. L. , Cunningham , A. L. , Ramsland , P. A. and Gorry , P. R. 2011 . Virology , 410 : 418 – 428 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Da , L.-T. , Quan , J.-M. and Wu , Y.-D. 2009 . J Phys Chem B , 113 : 14536 – 14543 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Naganawa , S. , Yokoyama , M. , Shiino , T. , Suzuki , T. , Ishigatsubo , Y. , Ueda , A. , Shirai , A. , Takeno , M. , Hayakawa , S. , Sato , S. , Tochikubo , O. , Kiyoura , S. , Sawada , K. , Ikegami , T. , Kanda , T. , Kitamura , K. and Sato , H. 2008 . PLoS ONE , 3 : e3206
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Shioda , T. , Levy , J. A. and Cheng-Mayer , C. 1992 . Proc Natl Acad Sci U S A , 89 : 9434 – 9438 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar