References
- Bukovnik, U.; Gao, J.; Cook, G.A.; Shank, L.P.; Seabra, M.B.; Schultz, B.D.; Iwamoto, T.; Chen, J.; Tomich, J.M. Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 2012, 1818, 1039–1048. DOI: 10.1016/j.bbamem.2011.07.037.
- Chung, L.A.; Lear, J.D.; DeGrado, W.F. Biochemistry. 1992, 31, 6608–6616. DOI: 10.1021/bi00143a035.
- Marks, J.R.; Placone, J.; Hristova, K.; Wimley, W.C. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 8995–9004. DOI: 10.1021/ja2017416.
- Guidotti, G.; Brambilla, L.; Rossi, D. Trends Pharmacol. Sci. 2017, 38, 406–424. DOI: 10.1016/j.tips.2017.01.003.
- Sukthankar, P.; Avila, L.A.; Whitaker, S.K.; Iwamoto, T.; Morgenstern, A.; Apostolidis, C.; Liu, K.; Hanzlik, R.P.; Dadachova, E.; Tomich, J.M. Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 2014, 1838, 2296–2305. DOI: 10.1016/j.bbamem.2014.02.005.
- Avila, L.A.; Chandrasekar, R.; Wilkinson, K.E.; Balthazor, J.; Heerman, M.; Bechard, J.; Brown, S.; Park, Y.; Dhar, S.; Reeck, G.R.; Tomich, J.M. J. Controlled Release. 2018, 273, 139–146. DOI: 10.1016/j.jconrel.2018.01.010.
- Ageitos, J.M.; Sanchez-Perez, A.; Calo-Mata, P.; Villa, T.G. Biochem. Pharmacol. 2017, 133, 117–138. DOI: 10.1016/j.bcp.2016.09.018.
- Moreno, M.; Giralt, E. Toxins. 2015, 7, 1126–1150. DOI: 10.3390/toxins7041126.
- Zhao, H.; Qin, X.; Yang, D.; Jiang, Y.; Zheng, W.; Wang, D.; Tian, Y.; Liu, Q.; Xu, N.; Li, Z. Cell Death Discovery. 2017, 3, 17037. DOI: 10.1038/cddiscovery.2017.37.
- Moe, M.K.; Haug, T.; Sydnes, M.O.; Sperstad, S.V.; Li, C.; Vaagsfjord, L.C.; de la Vega, E.; Stensvåg, K. J. Nat. Prod. 2018, 81, 140–150. DOI: 10.1021/acs.jnatprod.7b00780.
- Luna-Ramirez, K.; Tonk, M.; Rahnamaeian, M.; Vilcinskas, A. Toxins. 2017, 9, 22. DOI: 10.3390/toxins9010022.
- Porto, W.F.; Irazazabal, L.; Alves, E.S.F.; Ribeiro, S.M.; Matos, C.O.; Pires, Á.S.; Fensterseifer, I.C.M.; Miranda, V.J.; Haney, E.F.; Humblot, V.; Torre, S.M.D. T.; Hancock, R.E.W.; Liao, L.M.; Ladram, A.; Lu, T.K.; Fuente-Nunez, C.; Franco, O.L. Nat. Commun. 2018, 9, 1490. DOI: 10.1038/s41467-018-03746-3.
- Rathinakumar, R.; Walkenhorst, W.F.; Wimley, W.C. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 7609–7617. DOI: 10.1021/ja8093247.
- Tossi, A.; Sandri, L.; Giangaspero, A. Biopolymers. 2000, 55, 4–30. DOI: 10.1002/1097-0282(2000)55:1<4::AID-BIP30>3.0.CO;2-M.
- Ouellet, M.; Otis, F.; Voyer, N.; Auger, M. Biochim. Biophys. Acta. 2006, 1758, 1235–1244. DOI: 10.1016/j.bbamem.2006.02.020.
- Vandenburg, Y.R.; Smith, B.D.; Biron, E.; Voyer, N. Chem. Commun. 2002, 1694–1695. DOI: 10.1039/b204640g.
- Lorin, A.; Noël, M.; Provencher, M.E.; Turcotte, V.; Masson, C.; Cardinal, S.; Lagüe, P.; Voyer, N.; Auger, M. Biochemistry. 2011, 50, 9409–9420. DOI: 10.1021/bi201335t.
- Lorin, A.; Noël, M.; Provencher, M.E.; Turcotte, V.; Cardinal, S.; Lagüe, P.; Voyer, N.; Auger, M. Biophys. J. 2012, 103, 1470–1479. DOI: 10.1016/j.bpj.2012.08.055.
- Fillion, M.; Goudreault, M.; Voyer, N.; Bechinger, B.; Auger, M. Biochemistry. 2016, 55, 6919–6930. DOI: 10.1021/acs.biochem.6b00961.
- Biron, E.; Otis, F.; Meillon, J.C.; Robitaille, M.; Lamothe, J.; Van Hove, P.; Cormier, M.E.; Voyer, N. Bioorg. Med. Chem. 2004, 12, 1279–1290. DOI: 10.1016/j.bmc.2003.08.037.
- Boutin, J.M.; Richer, J.; Tremblay, M.; Bissonette, V.; Voyer, N. New J. Chem. 2007, 31, 741–747. DOI: 10.1039/b617877d.
- Wang, S.S.;. J. Am. Chem. Soc. 1973, 95, 1328–1333. DOI: 10.1021/ja00785a052.
- Fields, G.B.; Noble, R.L. Int. J. Pept. Protein Res. 1990, 35, 161–214. DOI: 10.1111/j.1399-3011.1990.tb00939.x.
- Arseneault, M.; Dumont, M.; Otis, F.; Voyer, N. Biophys. Chem. 2012, 162, 6–13. DOI: 10.1016/j.bpc.2011.12.001.
- Benachir, T.; Lafleur, M. Biophys. J. 1996, 70, 831–840. DOI: 10.1016/S0006-3495(96)79622-4.
- Bartlett, G.R.;. J. Biol. Chem. 1959, 234, 469–471.
- Ryge, T.S.; Doisy, X.; Ifrah, D.; Olsen, J.E.; Hansen, P.R. J. Pept. Res. 2004, 64, 171–185. DOI: 10.1111/j.1399-3011.2004.00177.x.
- Anantharaman, A.; Rizvi, M.S.; Sahal, D. Antimicrob. Agents Chemother. 2010, 54, 1693–1699. DOI: 10.1128/AAC.01231-09.
- Bürck, J.; Roth, S.; Wadhwani, P.; Afonin, S.; Kanithasen, N.; Strandberg, E.; Ulrich, A.S. Biophys. J. 2008, 95, 3872–3881. DOI: 10.1529/biophysj.108.136085.
- Bürck, J.; Roth, S.; Windisch, D.; Wadhwani, P.; Moss, D.; Ulrich, A.S. J. Synchrotron Radiat. 2015, 22, 844–852. DOI: 10.1107/S1600577515004476.
- Vanommeslaeghe, K.; Raman, E.P.; MacKerell, A.D. J. Chem. Inf. Model. 2012, 52, 3155–3168. DOI: 10.1021/ci3003649.
- Vanommeslaeghe, K.; MacKerell, A.D. J. Chem. Inf. Model. 2012, 52, 3144–3154. DOI: 10.1021/ci300363c.
- CGenFF interface. https://cgenff.umaryland.edu (accessed Oct 14, 2018).
- Brooks, B.R.; Brooks, C.L.; Mackerell, A.D.; Nilsson, L.; Petrella, R.J.; Roux, B.; Won, Y.; Archontis, G.; Bartels, C.; Boresch, S.; Caflisch, A.; Caves, L.; Cui, Q.; Dinner, A.R.; Feig, M.; Fischer, S.; Gao, J.; Hodoscek, M.; Im, W.; Kuczera, K.; Lazaridis, T.; Ma, J.; Ovchinnikov, V.; Paci, E.; Pastor, R.W.; Post, C.B.; Pu, J.Z.; Schaefer, M.; Tidor, B.; Venable, R.M.; Woodcock, H.L.; Wu, X.; Yang, W.; York, D.M.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 2009, 30, 1545–1614. DOI: 10.1002/jcc.21287.
- Teixeira, V.H.; Vila-Viçosa, D.; Reis, P.B.P.S.; Machuqueiro, M. J. Chem. Theory Comput. 2016, 12, 930–934. DOI: 10.1021/acs.jctc.5b01114.
- Huang, J.; Rauscher, S.; Nawrocki, G.; Ran, T.; Feig, M.; de Groot, B.L.; Grubmüller, H.; MacKerell, A.D., Jr. Nat. Methods. 2016, 14, 71–73. DOI: 10.1038/nmeth.4067.
- Im, W.; Feig, M.; Brooks, C.L. Biophys. J. 2003, 85, 2900–2918. DOI: 10.1016/S0006-3495(03)74712-2.
- Im, W.P.; Lee, M.S.; Brooks, C.L. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1691–1702. DOI: 10.1002/jcc.10321.
- Sugita, Y.; Okamoto, Y. Chem. Phys. Lett. 1999, 314, 141–151. DOI: 10.1016/S0009-2614(99)01123-9.
- Kučerka, N.; Nieh, M.-P.; Katsaras, J. Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 2011, 1808, 2761–2771. DOI: 10.1016/j.bbamem.2011.07.022.
- Feig, M.; Karanicolas, J.; Brooks, C.L. J. Mol. Graphics Modell. 2004, 22, 377–395. DOI: 10.1016/j.jmgm.2003.12.005.
- Seeber, M.; Felline, A.; Raimondi, F.; Muff, S.; Friedman, R.; Rao, F.; Caflisch, A.; Fanelli, F. J. Comput. Chem. 2011, 32, 1183–1194. DOI: 10.1002/jcc.21688.
- Khrapunov, S.;. Anal. Biochem. 2009, 389, 174–176. DOI: 10.1016/j.ab.2009.03.036.
- Micsonai, A.; Wien, F.; Kernya, L.; Lee, Y.-H.; Goto, Y.; Réfrégiers, M.; Kardos, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2015, 112, E3095–E3103. DOI: 10.1073/pnas.1500851112.
- Barth, A.;. Biochim. Biophys. Acta, Bioenerg. 2007, 1767, 1073–1101. DOI: 10.1016/j.bbabio.2007.06.004.
- Surewicz, W.K.; Mantsch, H.H.; Chapman, D. Biochemistry. 1993, 32, 389–394. DOI: 10.1021/bi00053a001.
- Chirgadze, Y.N.; Fedorov, O.V.; Trushina, N.P. Biopolymers. 1975, 14, 679–694. DOI: 10.1002/bip.1975.360140402.
- Matsuzaki, K.;. Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 2009, 1788, 1687–1692. DOI: 10.1016/j.bbamem.2008.09.013.
- Olah, G.A.; Huang, H.W. J. Chem. Phys. 1988, 89, 2531–2538. DOI: 10.1063/1.455047.
- Wu, Y.; Huang, H.W.; Olah, G.A. Biophys. J. 1990, 57, 797–806. DOI: 10.1016/S0006-3495(90)82599-6.
- Sengupta, D.; Leontiadou, H.; Mark, A.E.; Marrink, S.-J. Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 2008, 1778, 2308–2317. DOI: 10.1016/j.bbamem.2008.06.007.
- Savoie, J.-D.; Otis, F.; Bürck, J.; Ulrich, A.S.; Voyer, N. Pept. Sci. 2015, 104, 427–433. DOI: 10.1002/bip.22633.