References
- Wemmer , D. E. 2000 . Annu Rev Biophys Biomol Struct , 29 : 439 – 461 .
- Wilson , W. D. and Li , K. 2000 . Curr Med Chem , 7 : 73 – 98 .
- Ebbinghaus , S. W. 2003 . Chem Biol , 10 : 895 – 897 .
- Tse , W. C. and Boger , D. L. 2004 . Chem Biol , 11 : 1607 – 1617 .
- Wang , B. C. , Tan , J. and Zhu , L. C. 2010 . Colloids Surf, B , 79 : 1 – 4 .
- Kakkar , R. , Suruchi and Grover , R. 2005 . J Biomol Struct Dyn , 23 : 37 – 47 .
- Kanakis , C. D. , Tarantilis , P. A. , Polissiou , M. G. , Diamantoglou , S. and Tajmir-Riahi , H. A. 2005 . J Biomol Struct Dyn , 22 : 719 – 724 .
- Vardevanyan , P. O. , Antonyan , A. P. , Parsadanyan , M. A. , Davtyan , H. G. , Boyajyan , Z. R. and Karapetian , A. T. 2005 . J Biomol Struct Dyn , 22 : 465 – 470 .
- Ovchinnikov , A. V. , Baranovsky , S. F. , Rozvadovska , A. O. , Rogova , O. V. , Veselkov , K. A. , Ermolaev , A. V. , Parkes , H. , Davies , D. B. and Evstigneev , M. P. 2007 . J Biomol Struct Dyn , 24 : 443 – 453 .
- Barone , G. , Guerra , C. F. , Gambino , N. , Silvestri , A. , Lauria , A. , Almerico , A. M. and Bickelhaupt , F. M. 2008 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 115 – 129 .
- Bazhulina , N. P. , Nikitin , A. M. , Rodin , S. A. , Surovaya , A. N. , Kravatsky , Y. V. , Pismensky , V. F. , Archipova , V. S. , Martin , R. and Gursky , G. V. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 701 – 718 .
- Saha , B. , Mukherjee , A. , Santra , C. R. , Chattopadhyay , A. , Ghosh , A. N. , Choudhuri , U. and Karmakar , P. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 421 – 429 .
- Lown , J. W. 1993 . Pharmacol Ther , 60 : 185 – 214 .
- Arcamone , F. , Animati , F. , Capranico , G. , Lombardi , P. , Pratesi , G. , Manzini , S. , Supino , R. and Zunino , F. 1997 . Pharmacol Ther , 76 : 117 – 124 .
- Monneret , C. 2001 . Eur J Med Chem , 36 : 483 – 493 .
- Minotti , G. , Menna , P. , Salvatorelli , E. , Cairo , G. and Gianni , L. 2004 . Pharmacol Rev , 56 : 185 – 229 .
- Asche , C. 2005 . Mini-Rev Med Chem , 5 : 449 – 467 .
- Kratz , F. , Warnecke , A. , Schmid , B. , Chung , D. E. and Gitzel , M. 2006 . Curr Med Chem , 13 : 477 – 523 .
- Agbandje , M. , Jenkins , T. C. , McKenna , R. , Reszka , A. P. and Neidle , S. 1992 . J Med Chem , 35 : 1418 – 1429 .
- Tanious , F. A. , Jenkins , T. C. , Neidle , S. and Wilson , W. D. 1992 . Biochemistry , 31 : 11632 – 11640 .
- Haq , I. , Ladbury , J. E. , Chowdhry , B. Z. and Jenkins , T. C. 1996 . J Am Chem Soc , 118 : 10693 – 10701 .
- McKnight , R. E. , Zhang , J. G. and Dixon , D. W. 2004 . Bioorg Med Chem Lett , 14 : 401 – 404 .
- Fox , K. R. , Polucci , P. , Jenkins , T. C. and Neidle , S. 1995 . Proc Natl Acad Sci U S A , 92 : 7887 – 7891 .
- Keppler , M. D. , Read , M. A. , Perry , P. J. , Trent , J. O. , Jenkins , T. C. , Reszka , A. P. , Neidle , S. and Fox , K. R. 1999 . Eur J Biochem , 263 : 817 – 825 .
- Sun , D. Y. , Thompson , B. , Cathers , B. E. , Salazar , M. , Kerwin , S. M. , Trent , J. O. , Jenkins , T. C. , Neidle , S. and Hurley , L. H. 1997 . J Med Chem , 40 : 2113 – 2116 .
- Han , H. Y. and Hurley , L. H. 2000 . Trends Pharmacol Sci , 21 : 136 – 142 .
- Harrington , D. J. , Cemeli , E. , Carder , J. , Fearnley , J. , Estdale , S. , Perry , P. J. , Jenkins , T. C. and Anderson , D. 2003 . Teratog Carcinog Mutagen , 23 : 31 – 41 .
- Zagotto , G. , Sissi , C. , Lucatello , L. , Pivetta , C. , Cadamuro , S. A. , Fox , K. R. , Neidle , S. and Palumbo , M. 2008 . J Med Chem , 51 : 5566 – 5574 .
- Zagotto , G. , Sissi , C. , Moro , S. , Dal Ben , D. , Parkinson , G. N. , Fox , K. R. , Neidle , S. and Palumbo , M. 2008 . Bioorg Med Chem , 16 : 354 – 361 .
- Helissey , P. , Bailly , C. , Vishwakarma , J. N. , Auclair , C. , Waring , M. J. and Giorgi-Renault , S. 1996 . Anticancer Drug Des , 11 : 527 – 551 .
- Steullet , V. , Edwards-Bennett , S. and Dixon , D. W. 1999 . Bioorg Med Chem , 7 : 2531 – 2540 .
- Breslin , D. T. and Schuster , G. B. 1996 . J Am Chem Soc , 118 : 2311 – 2319 .
- Shammas , M. A. , Koley , H. , Beer , D. G. , Li , C. , Goyal , R. K. and Munshi , N. C. 2004 . Gastroenterology , 126 : 1337 – 1346 .
- Huang , H. S. , Huang , K. F. , Li , C. L. , Huang , Y. Y. , Chiang , Y. H. , Huang , F. C. and Lin , J. J. 2008 . Bioorg Med Chem , 16 : 6976 – 6986 .
- Huang , H. S. , Chen , T. C. , Chen , R. H. , Huang , K. F. , Huang , F. C. , Jhan , J. R. , Chen , C. L. , Lee , C. C. , Lo , Y. and Lin , J. J. 2009 . Bioorg Med Chem , 17 : 7418 – 7428 .
- Shangguan , G. Q. , Huang , L. L. and Qu , X. G. 2007 . Chin Chem Lett , 18 : 1347 – 1350 .
- Shchekotikhin , A. E. , Glazunova , V. A. , Luzikov , Y. N. , Buyanov , V. N. , Susova , O. Y. , Shtil , A. A. and Preobrazhenskaya , M. N. 2006 . Bioorg Med Chem , 14 : 5241 – 5251 .
- Perry , P. J. , Gowan , S. M. , Reszka , A. P. , Polucci , P. , Jenkins , T. C. , Kelland , L. R. and Neidle , S. 1998 . J Med Chem , 41 : 3253 – 3260 .
- Jackson Beckford , S. and Dixon , D. W. 2011 . Manuscript in Preparation
- Jain , N. and Yalkowsky , S. H. 2001 . J Pharm Sci , 90 : 234 – 252 .
- Mills , N. 2006 . J Am Chem Soc , 128 : 13649 – 13650 .
- Lavery , P. E. and Kowalczykowski , S. C. 1992 . J Biol Chem , 267 : 9307 – 9314 .
- Ellis , R. J. 2001 . Trends Biochem Sci , 26 : 597 – 604 .
- Goobes , R. , Kahana , N. , Cohen , O. and Minsky , A. 2003 . Biochemistry , 42 : 2431 – 2440 .
- Miyoshi , D. and Sugimoto , N. 2008 . Biochimie , 90 : 1040 – 1051 .
- Muhuri , S. , Mimura , K. , Miyoshi , D. and Sugimoto , N. 2009 . J Am Chem Soc , 131 : 9268 – 9280 .
- Zheng , K. , Chen , Z. , Hao , Y. and Tan , Z. 2010 . Nucl Acids Res , 38 : 327 – 338 .
- Kilburn , D. , Roh , J. H. , Guo , L. , Briber , R. M. and Woodson , S. A. 2010 . J Am Chem Soc , 132 : 8690 – 8696 .
- Rajendran , A. , Nakano , S. and Sugimoto , N. 2010 . Chem Commun , 46 : 1299 – 1301 .
- Chaires , J. B. , Satyanarayana , S. , Suh , D. , Fokt , I. , Przewloka , T. and Priebe , W. 1996 . Biochemistry , 35 : 2047 – 2053 .
- Zhu , S. H. , Yan , L. M. , Ji , X. B. and Lu , W. C. 2010 . Theochem , 951 : 60 – 68 .
- Kostjukov , V. V. , Khomytova , N. M. , Davies , D. B. and Evstigneev , M. P. 2008 . Biopolymers , 89 : 680 – 690 .
- Kostjukov , V. V. , Khomytova , N. M. and Evstigneev , M. P. 2009 . Biopolymers , 91 : 773 – 790 .
- Mukherjee , A. , Lavery , R. , Bagchi , B. and Hynes , J. T. 2008 . J Am Chem Soc , 130 : 9747 – 9755 .
- Sarma , R. L. , Kalita , R. , Karim , M. , Bezbaruah , B. and Medhi , C. 2008 . Indian J Chem, Sect B , 47 : 1605 – 1610 .
- Kostjukov , V. V. , Lantushenko , A. O. , Davies , D. B. and Evstigneev , M. P. 2007 . Biophys Chem , 129 : 56 – 59 .
- Jain , M. , Barthwal , S. K. , Barthwal , R. and Govil , G. 2005 . Arch Biochem Biophys , 439 : 12 – 24 .
- Cashman , D. J. and Kellogg , G. E. 2004 . J Med Chem , 47 : 1360 – 1374 .
- Trieb , M. , Rauch , C. , Wibowo , F. R. , Wellenzohn , B. and Liedl , K. R. 2004 . Nucl Acids Res , 32 : 4696 – 4703 .
- Trieb , M. , Rauch , C. , Wellenzohn , B. , Wibowo , F. , Loerting , T. , Mayer , E. and Liedl , K. R. 2004 . J Biomol Struct Dyn , 21 : 713 – 724 .
- Shi , Y. Y. , Zhao , H. M. and Wang , C. X. 1993 . Int J Biol Macromol , 15 : 247 – 251 .
- Song , M. Y. and Jhon , M. S. 1992 . Theochem , 89 : 33 – 47 .
- Islam , S. A. , Neidle , S. , Gandecha , B. M. and Brown , J. R. 1983 . Biochem Pharmacol , 32 : 2801 – 2808 .
- van Houte , L. P. A. , van Garderen , C. J. and Patel , D. J. 1993 . Biochemistry , 32 : 1667 – 1674 .
- Mazerski , J. , Martelli , S. and Borowski , E. 1998 . Acta Biochim Pol , 45 : 1 – 11 .
- Williams , H. E. L. and Searle , M. S. 1999 . J Mol Biol , 290 : 699 – 716 .
- Willcott , M. R. 2009 . J Am Chem Soc , 131 : 13180 – 13180 .
- Searle , M. S. , Maynard , A. J. and Williams , H. E. L. 2003 . Org Biomol Chem , 1 : 60 – 66 .
- Halgren , T. A. 1999 . J Comput Chem , 20 : 730 – 748 .
- Dupradeau , F. Y. , Pigache , A. , Zaffran , T. , Savineau , C. , Lelong , R. , Grivel , N. , Lelong , D. , Rosanski , W. and Cieplak , P. 2010 . Phys Chem Chem Phys , 12 : 7821 – 7839 .
- Frisch , M. J. , Trucks , G. W. , Schlegel , H. B. , Scuseria , G. E. , Robb , M. A. , Cheeseman , J. R. , Montgomery , J. A. , Vreven , T. , Kudin , K. N. , Burant , J. C. , Millam , J. M. , Iyengar , S. S. , Tomasi , J. , Barone , V. , Mennucci , B. , Cossi , M. , Scalmani , G. , Rega , N. , Petersson , G. A. , Nakatsuji , H. , Hada , M. , Ehara , M. , Toyota , K. , Fukuda , R. , Hasegawa , J. , Ishida , M. , Nakajima , T. , Honda , Y. , Kitao , O. , Nakai , H. , Klene , M. , Li , X. , Knox , J. E. , Hratchian , H. P. , Cross , J. B. , Bakken , V. , Adamo , C. , Jaramillo , J. , Gomperts , R. , Stratmann , R. E. , Yazyev , O. , Austin , A. J. , Cammi , R. , Pomelli , C. , Ochterski , J. W. , Ayala , P. Y. , Morokuma , K. , Voth , G. A. , Salvador , P. , Dannenberg , J. J. , Zakrzewski , V. G. , Dapprich , S. , Daniels , A. D. , Strain , M. C. , Farkas , O. , Malick , D. K. , Rabuck , A. D. , Raghavachari , K. , Foresman , J. B. , Ortiz , J. V. , Cui , Q. , Baboul , A. G. , Clifford , S. , Cioslowski , J. , Stefanov , B. B. , Liu , G. , Liashenko , A. , Piskorz , P. , Komaromi , I. , Martin , R. L. , Fox , D. J. , Keith , T. , Al-Laham , A. , Peng , C. Y. , Nanayakkara , A. , Challacombe , M. , Gill , P. M. W. , Johnson , B. , Chen , W. , Wong , M. W. , Gonzalez , C. and Pople , J. A. 2003 . Gaussian 03, Revision C.02 Wallingford , CT : Gaussian, Inc. .
- Walker , R. C. , Crowley , M. F. and Case , D. A. 2008 . J Comput Chem , 29 : 1019 – 1031 .
- Case , D. A. , Cheatham , T. E. , Darden , T. , Gohlke , H. , Luo , R. , Merz , K. M. , Onufriev , A. , Simmerling , C. , Wang , B. and Woods , R. J. 2005 . J Comput Chem , 26 : 1668 – 1688 .
- Jorgensen , W. L. , Chandrasekhar , J. , Madura , J. D. , Impey , R. W. and Klein , M. L. 1983 . J Chem Phys , 79 : 926 – 935 .
- Mahoney , M. W. and Jorgensen , W. L. 2000 . J Chem Phys , 112 : 8910 – 8922 .
- Darden , T. , York , D. and Pedersen , L. 1993 . J Chem Phys , 98 : 10089 – 10092 .
- Ryckaert , J.-P. , Ciccotti , G. and Berendsen , H. J. C. 1977 . J Comput Phys , 23 : 327 – 341 .
- Schlitter , J. 1993 . Chem Phys Lett , 215 : 617 – 621 .
- Humphrey , W. , Dalke , A. and Schulten , K. 1996 . J Mol Graph , 14 : 33 – 38 .
- Hamelberg , D. , Shen , T. and McCammon , J. A. 2005 . J Chem Phys , 122 : 241103
- Stewart , W. E. and Siddall , T. H. 1970 . Chem Rev , 70 : 517 – 551 .
- Pedersen , B. F. and Pedersen , B. 1965 . Tetrahedron Lett , 6 : 2995 – 3001 .
- Bourn , A. J. R. , Gillies , D. G. and Randall , E. W. 1966 . Tetrahedron , 22 : 1825 – 1829 .
- Manea , V. P. , Wilson , K. J. and Cable , J. R. 1997 . J Am Chem Soc , 119 : 2033 – 2039 .
- Shin , S. , Kurawaki , A. , Hamada , Y. , Shinya , K. , Ohno , K. , Tohara , A. and Sato , M. 2006 . J Mol Struct , 791 : 30 – 40 .
- Evans , F. E. and Miller , D. W. 1983 . J Am Chem Soc , 105 : 4863 – 4868 .
- Shell , M. , Panagiotopoulos , A. and Pohorille , A. 2007 . Free Energy Calculations Vol. 86 Springer Series in Chemical Physics Edited by: Chipot , C. and Pohorille , A. 77 – 118 . Springer Berlin Heidelberg .
- Wang , A. H. , Ughetto , G. , Quigley , G. J. and Rich , A. 1987 . Biochemistry , 26 : 1152 – 1163 .
- Gao , Y. G. and Wang , A. H. 1991 . Anticancer Drug Des , 6 : 137 – 149 .
- Leonard , G. A. , Brown , T. and Hunter , W. N. 1992 . Eur J Biochem , 204 : 69 – 74 .
- Dautant , A. , d'Estaintot , B. L. , Gallois , B. , Brown , T. and Hunter , W. N. 1995 . Nuc Acids Res , 23 : 1710 – 1716 .
- Temperini , C. , Cirilli , M. , Aschi , M. and Ughetto , G. 2005 . Bioorg Med Chem , 13 : 1673 – 1679 .
- Duff , M. R. , Tan , W. B. , Bhambhani , A. , Perrin , B. S. , Thota , J. , Rodger , A. and Kumar , C. V. 2006 . J Phys Chem B , 110 : 20693 – 20701 .
- Adnan , N. , Buck , D. P. , Evison , B. J. , Cutts , S. M. , Phillips , D. R. and Collins , J. G. 2010 . Org Biomol Chem , 8 : 5359 – 5366 .
- Spolar , R. and Record , M. 1994 . Science , 263 : 777 – 784 .
- Wahab , S. A. , Harada , T. , Matsubara , T. and Aida , M. 2006 . J Phys Chem A , 110 : 1052 – 1059 .
- Juneja , A. , Numata , J. , Nilsson , L. and Knapp , E. W. 2010 . J Chem Theory Comput , 6 : 1871 – 1883 .
- Pal , S. K. and Zewail , A. H. 2004 . Chem Rev , 104 : 2099 – 2123 .
- Li , Z. and Lazaridis , T. 2007 . Phys Chem Chem Phys , 9 : 573 – 581 .
- Kiser , J. R. , Monk , R. W. , Smalls , R. L. and Petty , J. T. 2005 . Biochemistry , 44 : 16988 – 16997 .
- Vlieghe , D. , Sponer , J. and Van Meervelt , L. 1999 . Biochemistry , 38 : 16443 – 16451 .
- Tanious , F. A. , Hamelberg , D. , Bailly , C. , Czarny , A. , Boykin , D. W. and Wilson , W. D. 2004 . J Am Chem Soc , 126 : 143 – 153 .
- Van Hecke , K. , Nam , P. C. , Nguyen , M. T. and Van Meervelt , L. 2005 . FEBS J , 272 : 3531 – 3541 .
- Yu , H. J. , Ren , J. S. , Chaires , J. B. and Qu , X. G. 2008 . J Med Chem , 51 : 5909 – 5911 .
- Qu , X. G. and Chaires , J. B. 2001 . J Am Chem Soc , 123 : 1 – 7 .