References
- Davey , C. A. , Sargent , D. F. , Luger , K. , Maeder , A. W. and Richmond , T. J. 2002 . J Mol Biol , 319 : 1097 – 1113 .
- Luger , K. , Mader , A. W. , Richmond , R. K. , Sargent , D. F. and Richmond , T. J. 1997 . Nature , 389 : 251 – 260 .
- Simpson , R. T. and Stafford , D. W. 1983 . Proc Natl Acad Sci USA , 80 : 51 – 55 .
- Piña , B. , Bruggemeier , U. and Beato , M. 1990 . Cell , 60 : 719 – 731 .
- Lowary , P. T. and Widom , J. 1998 . J Mol Biol , 276 : 19 – 42 .
- Flaus , A. , Luger , K. , Tan , S. and Richmond , T. J. 1996 . Proc Natl Acad Sci USA , 93 : 1370 – 1375 .
- Almer , A. and Hörz , W. 1986 . Embo J , 5 : 2689 – 2696 .
- Richard-Foy , H. and Hager , G. L. 1987 . Embo J , 6 : 2321 – 2328 .
- Shimizu , M. , Roth , S. Y. , Szent-Gyorgyi , C. and Simpson , R. T. 1991 . Embo J , 10 : 3033 – 3041 .
- Verdone , L. , Camilloni , G. , Di Mauro , E. and Caserta , M. 1978–1988 . Mol Cell Biol , 16 1996.
- Mavrich , T. N. , Ioshikhes , I. P. , Venters , B. J. , Jiang , C. , Tomsho , L. P. , Qi , J. , Schuster , S. C. , Albert , I. and Pugh , B. F. 2008 . Genome Res , 18 : 1073 – 1083 .
- Field , Y. , Kaplan , N. , Fondufe-Mittendorf , Y. , Moore , I. K. , Sharon , E. , Lubling , Y. , Widom , J. and Segal , E. 2008 . PLoS Comp Biol , 4 : 1 – 25 .
- Travers , A. , Hiriart , E. , Churcher , M. , Caserta , M. and Di Mauro , E. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 713 – 724 .
- Xu , F. and Olson , W. K. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 725 – 739 .
- Trifonov , E. N. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 741 – 746 .
- De Santis , P. , Morosetti , S. and Scipioni , A. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 747 – 764 .
- Babbitt , G. A. , Tolstorukov , M. Y. and Kim , Y. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 765 – 780 .
- Clark , D. J. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 781 – 793 .
- Johnson , S. M. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 795 – 802 .
- Arya , G. , Maitra , A. and Grigoryev , S. A. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 803 – 820 .
- Cui , F. and Zhurkin , V. B. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 821 – 841 .
- Wang , D. , Ulyanov , N. B. and Zhurkin , V. B. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 843 – 859 .
- West , S. M. , Rohs , R. , Mann , R. S. and Honing , B. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 861 – 866 .
- Sereda , Y. V. and Bishop , T. C. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 867 – 887 .
- Gabdank , I. , Barash , D. and Trifonov , E. N. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 403 – 411 .
- Gabdank , I. , Barash , D. and Trifonov , E. N. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 107 – 121 .
- Rapoport , A. E. , Frenkel , Z. M. and Trifonov , E. N. 2011 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 567 – 574 .
- Travers , A. , Hiriart , E. , Churcher , M. , Caserta , M. and Di Mauro , E. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 713 – 724 .
- Trifonov , E. N. 1980 . Nucleic Acids Res , 8 : 4041 – 4053 .
- Peckham , H. E. , Thurman , R. E. , Fu , Y. , Stamatoyannopoulos , J. A. , Noble , W. S. , Struhl , K. and Weng , Z. 2007 . Genome Res , 17 : 1170 – 1177 .
- Satchwell , S. C. , Drew , H. R. and Travers , A. A. 1986 . J Mol Biol , 191 : 659 – 675 .
- Widlund , H. R. , Cao , H. , Simonsson , S. , Magnusson , E. , Simonsson1 , T. , Nielsen , P. E. , Kahn , J. D. , Crothers , D. M. and Kubista , M. 1997 . J Biol Chem , 267 : 807 – 817 .
- Widlund , H. R. , Kuduvalli , P. N. , Bengtsson , M. , Cao , H. , Tullius , T. D. and Kubista , M. 1999 . J Biol Chem , 274 : 31847 – 31852 .
- Segal , E. , Fondufe-Mittendorf , Y. , Chen , L. , Thastrom , A. , Field , Y. , Moore , I. , Wang , J. P. and Widom , J. 2006 . Nature , 442 : 772 – 778 .
- Yuan , G. C. and Liu , J. S. 2008 . PLoS Comput Biol , 4 : e13
- Tolstorukov , M. , Choudhary , V. , Olson , W. , Zhurkin , V. and Park , P. 2008 . Bioinformatics , 28 : 1456 – 1458 .
- Zhang , Y. S. and Chen , W. 2011 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 557 – 565 .
- Zhang , Y. S. and Chen , W. 2011 . MATCH Commun Math Comput Chem , 65 : 477 – 488 .
- Lee , W. , Tillo , D. , Bray , N. , Morse , R. H. and Davis , R. W. 2007 . Nat Genet , 39 : 1235 – 1244 .
- Zhao , X. J. , Pei , Z. Y. , Liu , J. , Qin , S. and Cai , L. 2010 . Chromosome Res , 18 : 777 – 785 .
- Yuan , G. C. , Liu , Y. J. , Dion , M. F. , Slack , M. D. , Wu , L. F. , Altschuler , S. J. and Rando , O. J. 2005 . Science , 309 : 26 – 630 .
- Yi , X. F. , Cai , Y. D. , He , Z. S. , Cui , W. R. and Kong , X. Y. 2010 . PLoS ONE , 5 ( 9 ) e12495
- Travers , A. A. and Klug , A. 1987 . Phil Trans R Soc Lond , 317 : 537 – 561 .
- Kunkel , G. R. and Martinson , H. G. 1981 . Nucleic Acids Res , 9 : 6869 – 6888 .
- Schalch , T. , Duda , S. , SargentF , D. F. and Richmond , T. J. 1997 . Nature , 436 : 138 – 141 .
- Cao , H. , Widlund , H. R. , Simonsson , T. and Kubista , M. 1998 . J Mol Biol , 281 : 253 – 260 .
- Field , Y. , Fondufe-Mittendorf , Y. and Moore , I. K. 2009 . Nat Genet , 41 : 438 – 445 .
- Hörz , W. and Altenburger , W. 1981 . Nucl Acids Res , 9 : 2643 – 2658 .
- Dingwall , C. , Lomonossof , G. P. and Laskey , R. A. 1981 . Nucl Acids Res , 9 : 2659 – 2673 .
- Flick , J. T. , Eissenberg , J. C. and Elgin , S. C. R. 1986 . J Mol Biol , 190 : 619 – 633 .
- Noll , M. and Kornberg , R. D. 1977 . J Mol Biol , 109 : 393 – 404 .