References and Footnotes
- Fox , G. E. and Woese , C. R. 1975 . Nature , 256 : 505 – 507 .
- Woese , C. R. , Gutell , R. , Gupta , R. and Noller , H. F. 1983 . Microbiol. Rev. , 47 : 621 – 669 .
- Noller , H. F. 1984 . Annu. Rev. Biochem. , 53 : 119 – 162 .
- Gutell , R. , Weiser , B. , Woese , C. R. and Noller , H. F. 1985 . Prog, in Nucl. Acid Res. and Mol. Biol. , 32 : 155 – 216 .
- James , B. D. , Olsen , G. J. and Pace , N. R. 1989 . Method in Enzymology. , 180 : 227 – 239 . James. B.D., Olsen, G.J., Liu, J. and Pace, N.R., Cell 52, 19–26 (1988)
- Tinoco , I. , Uhlenbeck , O. C. and Levine , M. D. 1971 . Nature , 230 : 362 – 367 .
- Pipas , J. M. and McMahon , J. E. 1975 . Proc. Natl. Acad. Sci. USA , 72 : 2017 – 2021 .
- Studnicka , G. M. , Rohn , G. M. , Cummings , I. W. and Salser , W. A. 1978 . Nucl. Acids Res. , 5 : 3365 – 3387 .
- Nussinov , R. and Jacobson , A. 1980 . Proc. Natl. Acad. Sci. USA , 77 : 6309 – 6313 .
- Zuker , M. and Stiegler , P. 1981 . Nucl. Acids Res. , 10 : 6487 – 6500 .
- Dumas , J. P. and Ninio , J. 1982 . Nucl. Acids Res. , 10 : 197 – 206 .
- Sankoff , D. , Kruskal , J. B. , Mainville , S. and Cedergreen , R. J. 1983 . Time Warps, String Edits, and Macromolecules: The Theory and Practice of Sequence Comparison Edited by: Sankoff , D. and Kruskal , J. B. 93 – 120 . Reading , Massachusetts : Addison-Wesley .
- Zuker , M. 1989 . Science , 244 : 48 – 52 .
- Le , S.-Y. , Chen , J.-H. , Nussinov , R. and Maizel , J. V. 1989 . CABIOS , 5 : 205 – 210 .
- Martinez , H. 1984 . Nucl. Acids Res. , 12 : 323 – 334 .
- Williams , A. L. and Tinoco , I. 1986 . Nucl. Acids Res. , 14 : 299 – 315 .
- Waterman , M. S. and Smith , T. F. 1978 . Mathematical Biosciences , 42 : 257 – 266 .
- Nussinov , R. , Piecznik , G. , Grigg , J. R. and Kleitman , D. J. 1978 . SIAM Journal of Applied Mathematics , 35 : 68 – 82 .
- Zuker , M. 1989 . Mathematical Methods for DNA Sequences Edited by: Waterman , M. S. 159 – 184 . Boca Raton , Fla. : CRC Press .
- Freier , S. M. , Kierzek , R. , Jaeger , J. A. , Sugimoto , N. , Caruthers , N. H. , Neilson , T. and Turner , D. H. 1986 . Proc. Natl. Acad. Sci. USA , 83 : 9373 – 9377 .
- Turner , D. H. , Sugimoto , N. , Jaeger Longfellow , C. E. , Freier , S. M. and Kierzek , R. 1987 . Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. , 52 : 123 – 133 .
- Jaeger , J. A. , Turner , D. H. and Zuker , M. 1989 . Proc. Natl. Acad. Sci. USA , 86 : 7706 – 7710 .
- Le , S.-Y. , Owens , J. , Nussinov , R. , Chen , J.-H. , Shapiro , B. and Maizel , J. V. 1989 . CABIOS , 5 : 205 – 210 .
- Le , S.-Y. and Zuker , M. 1990 . J. Mol. Biol. , 216 : 729 – 741 .
- Guerrier-Takada , C. and Altman , S. 1984 . Biochemistry , 23 : 6327 – 6334 .
- Altman , S. , Baer , M. , Guerrier-Takada , C. and Vioque , A. 1986 . TIBS , 11 : 515 – 518 .