Design of Sequence-Specific DNA Binding Ligands That Use a Two-Stranded Peptide Motif for DNA Sequence Recognition

References and Footnotes

• Zimmer , Ch. and Wahnert , U. 1986 . Prog. Biophys. Mol. Biol. , 47 : 31 – 112 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Dervan , P. B. 1986 . Science , 232 : 464 – 471 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Zasedatelev , A. S. , Gursky , G. V. , Zimmer , Ch. and Thrum , H. 1974 . Mol. Biol. Rep. , 1 : 337 – 342 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Zasedatelev , A. S. , Zhuze , A. L. , Zimmer , Ch. , Grokhovsky , S. L. , Tumanyan , V. G. , Gursky , G. V. and Gottikh , B. P. 1976 . Dokl. Akad. Nauk USSR , 231 : 1006 – 1009 .
   PubMedGoogle Scholar
• Gursky , G. V. , Tumanyan , V. G. , Zasedatelev , A. S. , Zhuze , A. L. , Grokhovsky , S. L. and Gottikh , B. P. 1977 . Nucleic Acid-Protein Recognition Edited by: Vogel , H. 189 – 217 . New York : Acad. Press .
   Google Scholar
• Krylov , A. S. , Grokhovsky , S. L. , Zasedatelev , A. S. , Zhuze , A. L. , Gursky , G. V. and Gottikh , B. P. 1979 . Nucleic Acids Res. , 6 : 289 – 304 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Gursky , G. V. , Zasedatelev , A. S. , Zhuze , A. L. , Khorlin , A. A. , Grokhovsky , S. L. , Streltsov , S. A. , Surovaya , A. N. , Nikitin , S. M. , Krylov , A. S. , Retchinsky , V. O. , Mikhailov , M. V. , Beabealaschvilli , Sh. R. and Gottikh , B. P. 1983 . Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. , 47 : 367 – 378 .
   PubMedGoogle Scholar
• Kopka , M. L. , Yoon , C. , Goodsell , D. , Pjura , P. and Dickerson , R. E. 1985 . Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. , 82 : 1376 – 1380 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Coll , M. , Frederick , C. A. , Wang , A. H.-J and Rich , A. 1987 . Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. , 84 : 8385 – 8389 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Klevit , R. E. , Wemmer , D. E. and Reid , B. R. 1986 . Biochemistry. , 25 : 3296 – 3303 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Lown , J. W. , Krowicki , K. , Bhat , U. G. , Ward , B. and Dabrowiak , J. C. 1987 . Biochemistry , 25 : 7408 – 7416 .
   Google Scholar
• Kissinger , K. , Krowicki , K. , Dabrowiak , J. C. and Lown , J. W. 1987 . Biochemistry , 26 : 5590 – 5595 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Wade , W. S. and Dervan , P. B. 1987 . J. Am. Chem. Soc. , 109 : 1574 – 1575 .
   Web of Science ®Google Scholar
• Burkhardt , G. , Votavova , H. , Spooner , J. , Luckand , G. and Zimmer , Ch. 1985 . J. Biomol. Struct. Dyn. , 2 : 721 – 736 .
   PubMedGoogle Scholar
• Pelton , J. G. and Wemmer , D. E. 1989 . Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. , 86 : 5723 – 5727 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Pelton , J. G. and Wemmer , D. E. 1990 . J. Am. Chem. Soc. , 112 : 1393 – 1399 .
   Web of Science ®Google Scholar
• Chen , X. , Ramakrishnan , B. , Rao , S. T. and Sudaralingam , M. 1994 . Struct. Biol. , 1 : 169 – 175 .
   Web of Science ®Google Scholar
• Wade , W. S. , Mrksich , M. and Dervan , P. B. 1992 . J Am. Chem. Soc. , 114 : 8783 – 8792 .
   Web of Science ®Google Scholar
• Mrksich , M. , Wade , W. S. , Dwyer , T. J. , Geierstanger , B. H. , Wemmer , D. E. and Dervan , P. B. 992 . Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. , 89 : 7586 – 7590 .
   Google Scholar
• Dwyer , T. , Geierstanger , B. H. , Bathini , Y. , Lown , J. W. and Wemmer , D. E. 1992 . J. Am. Chem. Soc. , 114 : 5911 – 5919 .
   Web of Science ®Google Scholar
• Geierstanger , B. H. , Dwyer , T. , Bathini , Y. , Lown , J. W. and Wemmer , D. E. 1993 . J. Am. Chem. Soc. , 115 : 4474 – 4482 .
   Web of Science ®Google Scholar
• Geierstanger , B. H. , Mrksich , M. , Dervan , P. B. and Wemmer , D. E. 1994 . Science , 266 : 646 – 650 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Waring , M. J. and Fox , K. R. 1983 . Molecular Aspects of Anticancer Drug Action Edited by: Neidle , S. and Waring , M. J. 127 – 156 . Verlag Chemie
   Google Scholar
• Wang , A.M.-J , Ughetto , G. J. , Quigley , T. , Hakoshima , T. , van der Marel , G. A. , van Boom , J. H. and Rich , A. 1984 . Science. , 225 : 1115 – 1123 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Addess , K. J. , Sinsheimer , J. C. and Feigen , J. 1993 . Biochemistry , 23 : 2496 – 2508 .
   Google Scholar
• A Streltsov , S. , Khorlin , A. A. , Surovaya , A. N , Gursky , G. V. , Zasedatelev , A. S , Zhuze , A. L. and Gottikh , B. P. 1980 . Biofizika (USSR) , 25 : 929 – 941 .
   PubMedGoogle Scholar
• Yu Vengerov , Yu. , Semenov , T. E. , Surovaya , A. N , Sidorova , N. Yu. , Streltsov , S. A. , Khorlin , A. A. , Zhuze , A. L. and Gursky , G. V. 1988 . J. Biomol. Struct. Dyn. , 6 : 311 – 330 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Grokhovsky , S. L. , Surovaya , A. N. , Sidorova , Yu. N. , Votavova , H. , Sponar , J. , Frich , I. and Gursky , G. V. 1988 . Mol.Biol. , 22 : 1315 – 1333 .
   PubMedGoogle Scholar
• Sidorova , N. Yu. , Surovaya , A. N. , Nikolaev , V. A. , Zhuze , A. L and Gursky , G. V. 1991 . Mol. Biol. , 25 : 706 – 717 .
   Google Scholar
• A Leinsoo , T. , Nikolayev , V. A. , Grokhovsky , S. L. , Streltsov , S. A. , Zasedatelev , A. S. , Zhuze , A. L. and Gursky , G. V. 1988 . Mol.Biol. , 22 : 159 – 179 .
   Google Scholar
• Leinsoo , T. A. , Nikolaev , V. A. , Grokhovsky , S. L. , Surovaya , A. N. , Sidorova , Yu. N. , Streltsov , S. A. , Zasedatelev , A. S. , Zhuze , A. L and Gursky , G. V . 1989 . Mol. Biol. , 23 : 1616 – 1637 .
   PubMedGoogle Scholar
• Ovchinnikov , Yu. A. , Guryev , S. O. , Krayev , A. S. , Monastyrskaya , G. S , Skryabin , K. G. , Sverdlov , E. D. , Zhakaryev , V. M. and Bayev , A. A. 1979 . Gene , 6 : 235 – 249 .
   PubMedGoogle Scholar
• Sambrook , J. , Fritsch , E. F and Maniatis , T. 1989 . Molecular Cloning. A Laboratory Manual, , 2nd ed. New York : Cold Spring Harbour Laboratory, Cold Spring Harbor .
   Google Scholar
• Jacobs , P. , Cravador , A. , Loriau , R. , Brockly , F. , Colau , B. , Chuchana , P. , Von Elsen , A. , Herzog , A. and Bollen , A. 1985 . DNA , 4 : 139 – 146 .
   PubMedGoogle Scholar
• Galas , D. J. and Schmitz , A. 1976 . Nucleic Acids Res. , 5 : 3157 – 3170 .
   Google Scholar
• Maxam , A. M. and Gilbert , W. 1980 . Methods in Enzymology , 65 : 499 – 560 .
   PubMedGoogle Scholar
• Ulyanov , N. B. , Gorin , A. A. and Zhurkin , V. B. 1989 . Proceedings of the International Conference on Supercomputing 89: Supercomputer Applications Edited by: Kaitashev , L. P. and Kartashev , S. L. 368 – 370 . St. Petersburg , FL : International Supercomputing Institute Inc. .
   Google Scholar
• Zhurkin , V. B. , Gorin , A. A , Charakhchyan , A. A. and Ulyanov , N. B. 1990 . Theoretical Biochemistry and Molecular Biophysics Edited by: Beveridge , D. L. and Lavery , R. 409 – 429 . New York : Adenine Press .
   Google Scholar
• Tabernero , L. , Verdaguer , N. , Coll , M. , Fita , I. , Van Der Marel , G. A. , Van Boom , J. H. , Rich , A. and Aymami , J. 1993 . Biochemistry , 32 : 8403
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Addess , K. J. and Feigon , J. 1994 . Biochemistry , 33 : 12386 – 12396 .
   PubMedGoogle Scholar
• Stewart , J. J.P. 1990 . J. Computer-Aided Molec. Design , 4 : 1 – 105 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Cornell , W. D. , Cieplak , P. , Bayly , C. L. , Gould , I. R. , Merz , Ir. , Ferguson , D. M. , Spellmeyer , D. C. , Fox , T. , Caldell , J. W. and Kollman , P. A. 1995 . J. Am. Chem. Soc. , 117 : 5179 – 5197 .
   Web of Science ®Google Scholar
• Pearlman , D. A. , Case , D. A. , Caldell , J. W. , Ross , W. S. III , Cheatham , T. E. , Ferguson , D. M. , Seibel , G. L , Singh , U. C. , Weiner , P. K and Kollman , P. A. 1995 . AMBER Vol. 41 , San Francisco : University of California .
   Google Scholar
• Gallo , K. , Huang , C. , Ferrin , T. E. and Landgridge , R. 1989 . Molecular Interactive Display and Simulation San Francisco : (MLDASplus), University of California .
   Google Scholar
• Kozman , L. I. , Gause , G. G. , Galkin , V. L. and Dudnik , Yu. V. 1978 . Antibiotics , 23 : 602 – 606 .
   Google Scholar
• Petrusek , R. L. , Anderson , G. L. , Gamer , T. F. , Fannin , O. L. , Kaplan , D. J. , Zimmer , S. G and Hurley , L. H. 1981 . Biochemistry. , 20 : 111 1–1119
   Google Scholar
• Graves , D. E. , Stone , M. P. and Krugh , T. R. 1985 . Biochemistry , 24 : 7573 – 7581 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Gursky , G. V. and Zasedatelev , A. S. 1984 . Sov. Sci. Rev. D. Physico-Chem. Biol. , 5 : 53 – 139 .
   Google Scholar
• Gursky , G. V. , Grokhovsky , S. L. , Nikolaev , V. A. , Surovaya , A. N. , Chernov , B. K. , Pismensky , V. F. , Sidorova , Yu. N. , Zasedatelev , A. S. , Zhuze , A. L and Shafer , R. H. 1995 . J. Biomol. , Str. Dyn. 12, a081
   Google Scholar
• Gursky , G. V. , Tumanyan , V. G. , Zasedatelev , A. S. , Zhuze , A. L. , Grokhovsky , S. L and Gottikh , B. P. 1976 . Mol.Biol. Reports , 2 : 413 – 425 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Kim , Y. , Geiger , J. H. , Hahn , S. and Sigler , P. B. 1993 . Nature , 365 : 512 – 520 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Kim , J. L. , Nikolov , D. B. and Burley , S. K. 1993 . Nature , 365 : 520 – 527 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Church , G. M. , Sussman , I. L. and Kim , S-. H. 1977 . Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A. , 74 : 1458 – 1462 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar