References and Footnotes
- Zhurkin , V. B. , Lysov , Yu. P. and Ivanov , V. I. 1975 . FEBS Lett. , 59 : 44 – 47 .
- Khutorsky , V. E. and Poltev , V. I. 1976 . Biofizika (Moscow) , 21 : 201 – 207 .
- Brooks , B. R. , Bruccoleri , R. E. , Olafson , B. D. , States , D. J. , Swaminatan , S. and Karplus , M. 1983 . J. Comput. Chem. , 4 : 187 – 217 .
- Perl man , D. A. , Case , D. A. , Caldwell , J. S. , Seibel , G. L. , Singh , U. C. , Weiner , S. J. and Kollman , P. A. 1991 . AMBER 4.0 (UCSF) University of California San Francisco , C. : Department of Pharmaceutical Chemistry .
- Tumanyan , V. G. and Esipova , N. G. 1975 . Biopolymers , 14 : 2231 – 2246 .
- De Santis , P. , Morosetti , S. , Palleschi , A. and Savino , M. 1981 . Biopolymers , 20 : 1707 – 1739 .
- Miller , K. J. 1979 . Biopolymers , 18 : 959 – 980 .
- Taylor , E. R. and Miller , K. J. 1984 . Biopolymers , 23 : 2853 – 2878 .
- Schlick , T. 1988 . J. Comput. Chem. , 9 : 861 – 889 .
- Srinivasan , A. R. and Olson , W. K. 1984 . J. Biomol. Struct. Dyn. , 4 : 239 – 247 .
- Srinivasan , A. R. and Olson , W. K. 1987 . J. Biomol. Struct. Dyn. , 6 : 895 – 938 .
- Zhurkin , V. B. , Lyzov , Yu. P. and Ivanov , V. I. 1978 . Biopolymers , 17 : 377 – 412 .
- Gorin , A. A. , Ulyanov , N. B. and Zhurkin , V. B. 1990 . Molek. Biol. (Moscow, Engl, trans.) , 24 : 1036 – 1047 .
- Lavery , R. , Zakrzewska , K. and Sklenar , H. 1995 . Comput. Phys. Commun. , 91 : 135 – 158 .
- Chuprina , V. P. and Poltev , V. I. 1985 . Nucleic Acids Res. , 13 : 141 – 154 .
- Chuprina , V. P. and Abagyan , R. A. 1988 . J. Biomol. Struct. Dyn. , 6 : 1121 – 1138 .
- Nesterova , E. N. , Chuprina , V. P. and Poltev , V. I. 1995 . Molek. Biol. (Moscow, Engl, trans.) , 28 : 697 – 703 .
- Go , N. and Sheraga , H. A. 1970 . Macromolecules , 3 : 178 – 185 .
- Lugovskoy , A. A. and Dashevskiy , V. G. 1972 . Zh. Struct. Khim. (Moscow) , 13 : 122 – 129 .
- Altona , C. and Sundaranlingam , M. 1972 . J. Amer. Chem. Soc. , 94 : 8205 – 8212 .
- Zhurkin , V. V. , Poltev , V. I. and Florentev , V. L. 1980 . Mol. Biol. , 14 : 1116 – 1130 .
- Poltev , V. I. and Shulyupina , N. V. 1986 . J. Biomol. Struct. Dyn. , 3 : 739 – 765 .
- Dickerson , R. E. , Bansal , M. , Calladine , C. R. , Diekmann , S. , Hunter , W. N. , Kennard , O. , Lavery , R. , Nelson , H. C. M. , Olson , W. K. , Saenger , W. , Shakked , Z. , Sklenar , H. , Soumpasis , D. M. , von Kitzing , E. , Wang , A. H.-J. and Zhurkin , V. B. 1989 . J. Biomol. Struct. Dyn. , 2 : 1005 – 2112 .
- Kim , K. V. , Nesterov , Yu. E. , Skokov , V. A. and Cherkassky , B. V. 1984 . Dokl. AN USSR (Moscow) , 285 : 1304 – 1320 .
- Himmelblau , D. M. 1972 . Applied nonlinear programming New-York
- Saenger , W. 1984 . Principles of Nucleic Acid Structure New-York : Springer Verlag .
- Milane , R. P. , Walker , J. K. , Arnott , S. , Chandrasekaran , R. , Birdsell , D. L. and Ratliff , R. L. 1984 . Nucleic Acids Res. , 12 : 5475 – 5493 .
- Guzikevich-Guerstein , G. and Shakked , Z. 1996 . Nat. Struc. Biol. , 3 : 32 – 37 .
- Shakked , Z. and Kennard , O. 1985 . Biological Macromolecules and Assemblies Edited by: Jurnak , F. A. and McPherson . Vol. 2 , 1 – 35 . New-York
- Wang , A. H.J. , Fujii , S. , van Boom , J. H. and Rich , A. 1982 . Proc. Natl. Acad. Sci. USA , 79 : 3968 – 3972 .
- Takusagawa , F. 1990 . J. Biomol. Struct. Dyn. , 7 : 795 – 809 .
- Arnott , S. , Chandrasekaran , R. , Puigjaner , L. S. , Walker , J. K. , Hall , I. H. , Birdsall , D. L. and Ratliff , R. L. 1983 . Nucleic Acids Res. , 11 : 1457 – 1474 .
- Dickerson , R. E. 1992 . Methods in Enzimology Vol. 211 , Orlando , FL : Academic Press .
- Yoon , C. , Prive , G. G. , Goodsell , D. S. and Dickerson , R. E. 1988 . Proc. Natl. Acad. Sci. USA , 85 : 6332 – 6336 .
- Yuan , H. , Quintana , J. and Dickerson , R. E. 1992 . Biochemistry , 31 : 8009 – 8021 .
- Gorin , A. A. , Zhurkin , V. B. and Olson , W. K. 1995 . J. Mol. Biol. , 247 : 34 – 48 .
- Ulyanov , N. B. and James , T. L. 1995 . Methods in Enzymology , 261 : 90 – 120 .
- Poncin , M. , Hartman , B. and Lavery , R. 1992 . J. Mol. Biol. , 226 : 775 – 794 .
- Chuprina , V. P. , Nerdal , W. , Sletten , E. , Poltev , V. I. and Fedoroff , O. Yu. 1993 . J. Biomol. Struct. Dyn. , 11 : 671 – 682 .