References and Footnotes
- Noller , H. F. and Woese , C. R. 1981 . Science , 212 : 403 – 411 .
- Michel , F. and Westhof , E. 1990 . J. Mol. Biol. , 216 : 585 – 610 .
- Le , S.-Y. and Zuker , M. 1991 . J. Biomol. Struct. Dyn. , 8 : 1027 – 1044 .
- Pipas , J. M. and McMahon , J. E. 1975 . Proc. Natl. Acad. Sci. USA , 72 : 2017 – 2021 .
- Nussinov , R. , Pieczenik , G. , Griggs , J. R. and Kleitman , D. J. 1978 . SIAM J. Appi. Math. , 35 : 68 – 82 .
- Nussinov , R. and Jacobson , A. B. 1980 . Proc. Natl. Acad. Sci. USA , 77 : 6309 – 6313 .
- Studnicka , G. M. , Rahn , G. M. , Cummings , I. W. and Salser , W. A. 1978 . Nucl. Acids Res. , 5 : 3365 – 3387 .
- SantaLucia , J. , Kierzek , R. and Turner , D. H. 1982 . Biochemistry , 21 : 437 – 444 .
- Woese , C. R. , Winker , S. and Gutell , R. R. 1990 . Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87 8467 – 8471 .
- Peritz , A. E. , Kierzek , R. , Sugimoto , N. and Turner , D. H. 1991 . Biochemistry , 30 : 6428 – 6436 .
- Zuker , M. 1989 . Science , 244 : 48 – 52 .
- Morgan , S. R. and Higgs , P. G. 1996 . J. Chem. Phys. , 105 : 7152 – 7157 .
- Jordan , B. R. 1971 . J. Theor. Biol. , 34 : 363 – 378 .
- Martinez , H. M. 1984 . Nucl. Acids Res. , 12 : 323 – 324 .
- Mironov , A. A. , Dyakonova , L. P. and Kister , A. E. 1985 . J. Biomol. Struct. Dyn. , 2 : 953 – 962 .
- Anshelevich , V. V. , Vologodskii , A. V. , Lukashin , A. V. and Frank-Kamenetskii , M. D. 1984 . Biopolymers , 23 : 39 – 58 .
- Monforte , J. A. , Kahn , J. D. and Hearst , J. E. 1990 . Biochemistry , 29 : 7882 – 7890 .
- Boyle , J. , Robillard , G. T. and Kim , S.-H. 1980 . J. Mol. Biol. , 139 : 601 – 625 .
- Mironov , A. A. and Kister , A. E. 1986 . J. Biomol. Struct. Dyn. , 4 : 1 – 9 .
- Mironov , A. A. and Lebedev , V. F. 1993 . Biosystems , 30 : 49 – 56 .
- Fernandez , A. 1988 . J. Theor. Biol. , 134 : 419 – 430 .
- Suvernev , A. A. and Frantsuzov , P. A. 1995 . J. Biomolec Struct. Dyn. , 13 : 135 – 144 .
- Schmitz , M. and Steger , G. 1996 . J. Mol. Biol. , 255 : 254 – 266 .
- Gultyaev , A. P. , van Batenburg , F. H.D. and Pleij , C. W.A. 1995 . J. Mol. Biol. ,
- Tacker , M. , Fontana , W. , Stadler , P. F. and Schuster , P. 1994 . Eur. Biophys. J.
- Gultyaev , A. P. , van Batenburg , F. H.D. and Pleij , C. W.A. 1995 . Nucleic Acids Res.
- Jacob , C. , Breton , N. and Daegelen , P. 1996 . submitted
- Turner , D. H. , Sugimoto , N. and Freier , S. M. 1988 . Ann. Rev. Biophys. Biophys. Chem. , 17 : 167 – 192 .
- Pörschke , D. 1974 . Biophys. Chem. , 2 : 97 – 101 .
- Anderson , W. J. 1991 . Continuous time Markov chains Springer-Verlag Berlin
- Rhodes , G. and Chamberlin , M. J. 1974 . J. Biol. Chem. , 249 : 6675 – 6683 .
- Waterman , M. S. and Smith , T. F. 1978 . Math. Biosciences , 42 : 257 – 266 .
- Moler , C. B. and van Loan , C. F. 1978 . SIAM review , 20 : 801 – 836 .
- Ball , F. and Yeo , G. F. 1993 . J. Appi. Prob. , 30 : 518 – 525 .
- McCaskill , J. S. 1990 . Biopolymers , 29 : 1105 – 1119 .
- Ninio , J. 1979 . Biochimie , 61 : 1133 – 1150 .
- Papanicolaou , C. and Gouy , M. 1984 . J. Ninio, Nucl. Acids Res. , 12 : 31 – 44 .
- Syski , R. 1992 . Passage time for Markov chains IOS Press Amsterdam
- Gillespie , D. T. 1977 . J. Phys. Chem. , 81 : 2340 – 2361 .
- Antao , V. P. and Tinoco , I. 1992 . Nucl. Acids Res. , 20 : 819 – 824 .
- Fernández , A. 1993 . J. Biochem. , 113 : 22 – 28 .
- Sprinzl , M , Hartmann , T. , Weber , J. , Blank , J. and Zeidler , R. 1989 . Nucl. Acids Res. , 17 : 1 – 172 .