References and Footnotes
- Clementi , E. 1980 . “ Computational Aspects for Large Chemical Systems ” . In Lecture Notes in Chemistry Vol. 19 , Berlin, Heidelberg , New York : Springer-Verlag .
- Seibel , G. L. , Singh , U. C. and Kollman , P. A. 1985 . Proc. Natl. Acad. Sci. USA , 82 : 6537
- van Gunsteren , W. F. , Berendsen , H. J.C. , Geursten , R. G. and Zwinderman , H. R.J. 1986 . Ann. N.Y. Acad. Sci. , 482 : 287
- Nigles , M. , Clore , G. M. , Gronenbom , A. M. , Brunger , A. T. , Karplus , M. and Nilsson , L. 1987 . Biochemistry , 26 : 3718
- Laaksonen , A. , Nilsson , L. G. , Jönsson , B. and Teleman , O. 1989 . Chem. Phys. , 129 : 175
- Ravishanker , G. , Swaminathan , S. , Beveridge , D. L. , Lavery , R. and Sklenar , H. 1989 . J. Biomol. Struct, and Dyn. , 6 : 669
- Cornell , W. D. 1995 . J. Am. Chem. Soc , 117 : 5179
- MacKerell , A. D. , Wiorkiewicz-Kuczera , J. and Karplus , M. 1995 . J. Am. Chem. Soc. , 117 : 11946 – 11975 .
- Allen , M. P. and Tildesley , D. J. 1987 . Computer Simulations of Liquids; Oxford : Clarendon .
- Darden , T. , York , D. and Pedersen , L. 1993 . J. Chem. Phys. , 98 : 10089
- Cheatham , T. E. ILL , Miller , J. L. , Fox , T. , Darden , T. A. and Kollman , P. A. 1995 . J. Am. Chem. Soc. , 117 : 4193
- Yang , L. and Pettitt , M. 1996 . J. Phys. Chem. , 100 : 2564
- Tapia , O. and Velazquez , I. 1997 . J. Am. Chem. Soc. , 119 : 5934
- Cheatham , T. E. Ill and Kollman , P. 1997 . J. Am. Chem. Soc. , 119 : 4805
- Young , M. A. , Ravishanker , G. and Beveridge , D. L. 1997 . Biophys. J. , 73 : 2313
- Saenger , W. 1983 . Principles of nucleic acid structure. New York : Springer Verlag .
- Anderson , C. F. and Record , M. T. 1995 . Annu. Rev. Phys. Chem. , 46 : 657
- Swaminathan , S. , Ravishanker , G. and Beveridge , D. L. 1991 . J. Am. Chem. Soc. , 113 : 5027
- Weerasinghe , S. , Smith , P. , Mohan , V. and Pettitt , B. M. 1995 . J. Am. Chem. Soc. , 117 : 2147
- York , D. , Darden , T. , Deerfield , D. II and Pedersen , L. G. 1992 . Int. J. Quant. Chem. , 19 : 145
- Laughton , C. A. , Luque , F. J. and Orozco , M. 1995 . J. Phys. Chem. , 99 : 11591
- Young , M. A. , Jayaram , B. and Beveridge , D. L. 1997 . J. Am. Chem. Soc. , 119 : 59
- Svishchev , I. M. and Kusalik , P. G. 1993 . J. Chem. Phys. , 99 : 3049
- Bergman , D. , Laaksonen , L. and Laaksonen , A. 1997 . J. Mol. Graph, and Model. , 301
- Suzuki , M. 1988 . J. Mol. Biol. , 294 : 653
- Lindsay , S. M. , Lee , S. A. , Powell , J. W. , Weidlich , T. , Demarco , C. , Lewen , G. D. , Tao , N. J. and Rupprecht , A. 1988 . Biopolymers , 27 : 1015
- Brandes , R. , Rupprecht , A. and Kearns , D. R. 1989 . Biophys. J. , 56 : 683
- Dang , L. X. 1992 . J. Chem. Phys. , 96 : 6970
- Smith , D. E. and Dang , L. X. 1994 . J. Chem. Phys. , 100 : 3757
- Heinzinger , K. 1985 . Physica B&C , 131 : 196
- Toukan , K. and Rahman , A. 1985 . Phys. Rev. B. , 31 : 2643
- Anderson , J. , Ullo , J. J. and Yip , S. 1987 . J. Chem. Phys. , 87 : 1726
- Lyubartsev , A. P. and Laaksonen , A. 1996 . J. Phys. Chem. , 100 : 16410
- Tuckerman , M. , Berne , B. J. and Martyna , G. J. 1992 . J. Chem. Phys. , 97 : 1990
- Nosé , S. 1990 . J Phys.: Condensed Matter. , 2 : 15 SAI
- Melchionna , S. , Ciccotti , G. and Holian , B. L. 1993 . Mol. Phys. , 78 : 533
- Lyubartsev , A. P. and Laaksonen , A. Lecture Notes in Computer Science , (in press); (see also http://www.fos.su.se/physical/sasha/md_prog.html)
- Lee , S. A. , Lindsay , S. M. , Powell , J. W. , Weidlich , T. , Tao , N. J. , Lewen , G. D. and Rupprecht , A. 1987 . Biopolymers , 26 : 1637
- Feig , M. and Pettitt , B. M. 1997 . J. Phys. Chem. B. , 101 : 7361
- York , D. M. , Yang , W. , Lee , H. , Darden , T. and Pedersen , L. G. 1995 . J. Am. Chem. Soc. , 117 : 5001
- http://www.fos.su.se/physical/sasha/dna_sim
- Burda , J. V. , Sponer , J. and Hobza , P. 1996 . J Phys. Chem. , 100 : 7250
- Chandrasekaran , R. , Radha , A. and Park , H. S. 1995 . Acta Cryst., D , 5I : 1025
- Bartenev , V. N. , Golovanov , Eu I. , Kapitonova , K. A. , Mokulskii , M. A. , Volkova , L. I. and Skuratovskii , I. Ya. 1983 . J. Mol. Biol. , 169 : 217 MD Simulations of DNA with Different Counter-ions
- Bleam , L. M. , Anderson , C. F. and Record , T. M. Jr. Pive. Natl. Acad. Sci. USA. , 77 3085
- Kuznetsov , I. A. , Gorshkov , V. I. , Ivanov , V. A. , Kargov , S. J. , Korolev , N. I. , Filippov , S. M. and Khasimov , R. Kh. 1984 . Reactive Polymers. , 3 : 37
- Trido , R. , Grigera Jr. and Blum , L. 1976 . J. Phys. Chem. , 80 : 1858
- Frank-Kamenetskii , M. D. , Anshelevich , V. V. and Lukashin , A. V. 1987 . Sov. Phys. Usp. , 30 : 317
- van Dam , L. , Lyubartsev , A. R. , Laaksonen , A. and Nordenskiold , L. J. Phys. Chem , (in press)
- Loprete , D. M. and Hartman , K. A. 1993 . Biochemistry. , 32 : 4077
- Harmouchi , M. , Albiser , G. and Permilat , S. 1990 . Eur. Biophys. J. , 19 : 87