References and Footnotes
- Holbrook , S. R. and Kim , S.-H. 1997 . Biopolymers , 44 : 3 – 21 .
- Varani , G. , Aboul-ela , F. and Allain , F. H.-T. 1996 . Prog. NMR Spectr. , 29 : 51 – 127 .
- Beveridge , D. L. , Young , M. A. and Sprous , D. Molecular Modeling of Nucleic Acids Edited by: Leontis , N. B. and SantaLucia , J. 260 – 284 . Washington , DC : American Chemical Society .
- Cheatham , T. E. III , Miller , J. L. , Spector , T. I. , Cieplak , P. and Kollman , P. A. Molecular Modeling of Nucleic Acids Edited by: Leontis , N. B. and SantaLucia , J. 285 – 303 . Washington , DC : American Chemical Society .
- Auffinger , P. and Westhof , E. 1998 . Curr. Opin. Struct. Biol. , 8 : 227 – 236 .
- Cornell , W. D. , Cieplak , P. , Bayly , C. I. , Gould , I. R. , Merz , K. M. Jr. , Ferguson , D. M. , Spellmeyer , D. C. , Fox , T. , Caldwell , J. W. and Kollman , P. A. 1995 . J. Am. Chem. Soc. , 117 : 5179 – 5197 .
- MacKerell , A. D. Jr. , Wiökiewicz-Kuczera , J. and Karplus , M. 1995 . J. Am. Chem. Soc. , 1171194611975
- Essmann , U. , Perera , L. , Berkowitz , M. L. , Darden , T. , Lee , H. and Pedersen , L. G. 1995 . J. Chem. Phys. , 103 : 8577 – 8593 .
- York , D. M. , Yang , W. , Lee , H. , Darden , T. and Pedersen , L. G. 1995 . J. Am. Chem. Soc. , 117 : 5001 – 5002 .
- Ösapay , K. , Young , W. , Bashford , D. , Brooks , C. L. III and Case , D. A. 1996 . J. Phys. Chem. , 100 : 26982705
- Bashford , D. , Case , D. A. , Choi , C. and Gippert , G. P. 1997 . J. Am. Chem. Soc. , 119 : 4964 – 4971 .
- Demchuk , E. , Bashford , D. , Gippert , G. and Case , D. A. 1997 . J. Mol. Biol. , 270 : 305 – 317 .
- Yang , A.-S. and Honig , B. 1995 . J. Mol. Biol. , 252 : 351 – 365 .
- Yang , A.-S. and Honig , B. 1995 . J. Mol. Biol. , 252 : 366 – 376 .
- Yang , A.-S. , Hitz , B. and Honig , B. 1996 . J. Mol. Biol. , 259 : 873 – 882 .
- Smith , K. C. and Honig , B. 1994 . Proteins , 18 : 119 – 132 .
- Srinivasan , J. , Cheatham , T. E. III , Cieplak , P. , Kollman , P. A. and Case , D. A. 1998 . J. Am. Chem. Soc. , 120 : 9401 – 9409 .
- Jayaram , B. , Sprous , D. , Young , M. A. and Beveridge , D. L. 1998 . J Am. Chem. Soc. , 120 : 10629 – 10633 .
- Varani , G. , Cheong , C. and Tinoco , I. 1991 . Biochemistry , 30 : 3280 – 3289 .
- Allain , F. H.-T. and Varani , G. 1995 . J. Mol. Biol. , 250 : 333 – 353 .
- Miller , J. L. and Kollman , P. A. 1997 . J. Mol. Biol. , 270 : 436 – 450 .
- Simmerling , C. , Miller , J. L. and Kollman , P. A. 1998 . J. Am. Chem. Soc. , 120 : 7149 – 7155 .
- Butcher , S. E. , Dieckmann , T. and Feigon , J. 1997 . J. Mol. Biol. , 268 : 348 – 358 .
- Scott , W. G. , Finch , J. T. and Klug , A. 1995 . Cell , 81 : 991 – 1002 .
- Quigley , G. J. and Rich , A. 1976 . 194 : 796 – 806 .
- Holbrook , S. R. , Cheong , C. , Tinoco , I. Jr and Kim , S.-H. 1991 . Nature , 353 : 579 – 581 .
- Pearl man , D. A. , Case , D. A. , Caldwell , J. W. , Ross , W. S. , Cheatham , T. E. III , DeBolt , S. , Ferguson , D. , Seibel , G. and Kollman , P. 1995 . Comp. Phys. Commun. , 91 : 1 – 41 .
- Jorgensen , W. L. 1982 . J. Chem. Phys. , 77 : 4156
- Gautheret , D. , Major , F. and Cedergren , R. 1993 . J. Mol. Biol. , 229 : 1049 – 1064 .
- Saenger , W. 1984 . “Principles of nucleic acid structure”. Springer-Verlag, Inc., New York, USA
- Sitkoff , D. , Sharp , K. A. and Honig , B. 1994 . J. Phys. Chem. , 98 : 1978 – 1988 .
- Warwicker , J. and Watson , H. C. 1982 . J. Mol Biol. , 157 : 671 – 679 .
- Sharp , K. A. and Honig , B. 1990 . Annu. Rev. Biophys. Biophys. Chem. , 19 : 301 – 332 .
- Honig , B. , Sharp , K. and Yang , A.-S. 1993 . J. Phys. Chem. , 97 : 1101 – 1109 .
- Gilson , M. K. , Sharp , K. A. and Honig , B. H. 1987 . J. Computat. Chem. , 9 : 327 – 335 .
- Sharp , K. A. and Honig , B. 1990 . J. Phys. Chem , 94 : 7684 – 7692 .
- Still , W. C. , Tempczyk , A. , Hawley , R. C. and Hendrickson , T. 1990 . J. Am. Chem. Soc. , 112 : 6127 – 6129 .
- Qiu , D. , Shenkin , P. S. , Hollinger , F. P. and Still , W. C. 1997 . J. Phys. Chem. A , 101 : 3005 – 3014 .
- Hawkins , G. D. , Cramer , C. J. and Truhlar , D. G. 1995 . Chem. Phys. Lett. , 246 : 122 – 129 .
- Hawkins , G. D. , Cramer , C. J. and Truhlar , D. G. 1996 . J. Phys. Chem. , 100 : 19824 – 19839 .
- Dudek , M. J. , Ramnarayan , K. and Ponder , J. W. 1998 . J. Computai. Chem. , 19 : 548 See also http://dasher.wustl.edu/tinker.
- McQuarrie , D. A. 1976 . “Statistical Mechanics”, Harper and Rowe, New York
- Anderson , C. F. and Record , M. T. Jr. 1995 . Annu. Rev. Phys. Chem. , 46 : 657 – 700 .
- Bloomfield , V. A. 1996 . Curr. Opin. Struct. Biol. , 6 : 334 – 341 .
- Chen , S. W. and Honig , B. 1997 . J. Phys. Chem. B. , 101 : 9113 – 9118 .
- Karplus , M. and Kushick , J. N. 1981 . Macromolecules , 14 : 325 – 332 .
- Garcia , A. E. , Soumpasis , D. M. and Jovin , T. M. 1994 . Biophys J. , 66 : 1742 – 1755 .
- Cheatham , T. E. III , Srinivasan , J. , Case , D. A. and Kollman , P. A. 1998 . J. Biom. Struct. Dyn. , 16 : 265 – 280 .