References and Footnotes
- Cheatham , T. E. III and Kollman , P. A. 1996 . J. Mol. Biol. , 259 : 434 – 444 .
- Cheatham , T. E. III and Kollman , P. A. 1997 . J. Amer. Chem. Soc. , 119 : 4805 – 4825 .
- Duan , Y. , Wilkosz , P. , Crowley , M. and Rosenberg , J. M. 1997 . J. Mol. Biol. , 272 : 553 – 572 .
- Feig , M. and Pettitt , B. M. 1997 . J. Phys. Chem. , 101 : 7361 – 7363 .
- Young , M. A. , Ravishanker , G. and Beveridge , D. L. 1997 . Biophys. J. , 73 : 2313 – 2336 .
- Feig , M. and Pettitt , B. M. 1998 . Biophys. J. , 75 : 134 – 149 .
- Flatters , D. and Lavery , R. 1998 . Biophys. J. , 75 : 372 – 381 .
- Young , M. A. and Beveridge , D. L. 1998 . J. Mot. Biol. , 281 : 675 – 687 .
- Cheatham , T. E. III , Crowley , M. F. , Fox , T. and Kollman , P. A. 1997 . Proc. Natl. Acad. Sci. , 94 : 9626 – 9630 .
- Cheatham , T. E. III and Kollman , P. A. 1997 . Structure , 5 : 1297 – 1311 .
- Langley , D. R. 1998 . J. Biomol. Struct. Dyn. , [in press]
- MacKerell , A. D. Jr. 1997 . J. Phys. Chem. , B101 : 646 – 650 .
- Sprous , D. , Young , M. A. and Beveridge , D. L. 1998 . J. Phys. Chem. B. , 102 : 4658 – 4667 .
- Young , M. A. , Jayaram , B. and Beveridge , D. L. 1997 . J. Amer. Chem. Soc. , 119 : 59 – 69 .
- Miaskiewicz , K. , Miller , J. , Cooney , M. and Osman , R. 1996 . J. Amer. Chem. Soc. , 118 : 9156 – 9163 .
- Spector , T. I. , Cheatham , T. E. III and Kollman , P. A. 1997 . J. Amer. Chem. Soc. , 119 : 7095 – 7104 .
- Cieplak , P. , Cheatham , T. E. III and Kollman , P. A. 1997 . J. Amer. Chem. Soc. , 119 : 6722 – 6730 .
- Luo , J. and Bruice , T. C. 1997 . J. Amer. Chem. Soc. , 119 : 6693 – 6701 .
- Luo , J. and Bruice , T. C. 1998 . J. Amer. Chem. Soc. , 120 : 1115 – 1123 .
- Sen , S. and Nilsson , L. 1998 . J. Amer. Chem. Soc. , 120 : 619 – 631 .
- Shields , G. C. , Laughton , C. A. and Orozco , M. 1998 . J. Amer. Chem. Soc. , 120 : 5895 – 5904 .
- Bostock-Smith , C. E. , Laughton , C. A. and Searle , M. S. 1998 . Nue. Acids Res. , 26 : 1660 – 1667 .
- Zichi , D. A. 1995 . J. Amer. Chem. Soc. , 117 : 2957 – 2969 .
- Miller , J. L. and Kollman , P. A. 1997 . J. Mol. Biol. , 270 : 436 – 450 .
- Miller , J. L. and Kollman , P. A. 1997 . Biophys. J. , 73 : 2702 – 2710 .
- Auffinger , P. and Westhof , E. 1996 . Biophys. J. , 71 : 940 – 954 .
- Auffinger , P. , Louise-May , S. and Westhof , E. 1996 . J. Amer. Chem. Soc. , 118 : 1181 – 1189 .
- Auffinger , P. and Westhof , E. 1997 . J. Mol. Biol. , 269 : 326 – 341 .
- Hermann , T. , Auffinger , P. , Scott , W. G. and Westhof , E. 1997 . Nue. Acids Res. , 25 : 3421 – 3427 .
- Hermann , T. , Auffinger , P. and Westhof , E. 1998 . Eur. Biopys. J. , 27 : 153 – 165 .
- Weerasinghe , S. , Smith , P. E. , Mohan , V. , Cheng , Y. K. and Pettitt , B. M. 1995 . J. Amer. Chem. Soc. , 117 : 2147 – 2158 .
- Weerasinghe , S. , Smith , P. E. and Pettitt , B. M. 1995 . Biochem. , 34 : 16269 – 16278 .
- Shields , G. C. , Laughton , C. A. and Orozco , M. 1997 . J. Amer. Chem. Soc. , 119 : 7463 – 7469 .
- Spackova , N. , Berger , I. , Egli , M. and Sponer , J. 1998 . J. Amer. Chem. Soc. , 120 : 6147 – 6151 .
- Strahan , G. D. , Keniry , M. A. and Shafer , R. H. 1998 . Biophys. J. , 75 : 968 – 981 .
- Essmann , U. , Perera , L. , Berkowitz , M. L. , Darden , T. , Lee , H. and Pedersen , L. G. 1995 . J. Chem. Phys. , 103 : 8577 – 8593 .
- Pearl man , D. A. , Case , D. A. , Caldwell , J. W. , Ross , W. S. , Cheatham , T. E. , Debolt , S. , Ferguson , D. , Seibel , G. and Kollman , P. 1995 . Comp. Phys. Comm. , 91 : 1 – 41 .
- Cornell , W. D. , Cieplak , P. , Bayly , C. I. , Gould , I. R. , Merz , K. M. , Ferguson , D. M. , Spellmeyer , D. C. , Fox , T. , Caldwell , J. W. and Kollman , P. A. 1995 . J. Amer. Chem. Soc. , 117 : 5179 – 5197 .
- Saenger , W. 1984 . Principles of Nucleic Acid Structure New York : Springer-Verlag .
- Peck , L. J. and Wang , J. C. 1981 . Nature , 292 : 375 – 378 .
- Rhodes , D. and Klug , A. 1980 . Nature , 286 : 573 – 578 .
- Ulyanov , N. B. and James , T. L. 1995 . Meth. Enzym. , 261 : 90 – 120 .
- Brooks , B. R. , Bruccoleri , R. E. , Olafson , B. D. , States , D. , Swaminathan , J. S. and Karplus , M. 1983 . J. Comp. Chem. , 4 : 187 – 217 .
- Binkley , J. S. , Pople , J. A. and Hehre , W. J. 1980 . J. Amer. Chem. Soc. , 102 : 939
- Hehre , W. J. , Ditchfield , R. and Pople , J. A. 1972 . J. Chem. Phys. , 56 : 2257
- Frisch , M. J. 1995 . Gaussian Vol. 94 , Pittsburgh , PA : Gaussian, Ine . Editors
- Moller , C. and Plesset , M. S. 1934 . Phys. Rev. , 46 : 618
- Cheatham , T. E. III and Kollman , P. A. 1998 . Structure, motion, interactions and expression of bio logical macromolecules. Edited by: Sarma , M. and Sarma , R. 99 – 116 . Schenectady , NY : Adenine Press .
- Berendsen , H. J. C. , Postma , J. P. M. , van Gunsteren , W. F. , DiNola , A. and Haak , J. R. 1984 . J. Comp. Phys. , 81 : 3684 – 3690 .
- Andersen , H. C. 1980 . J. Chem. Phys. , 72 : 2384 – 2393 .
- Nose , S. and Klein , M. L. 1983 . Mol. Phys. , 50 : 1055 – 1076 .
- Hoover , W. G. 1985 . Phys. Rev. A , 31 : 1695 – 1697 .
- Feller , S. E. , Zhang , Y. , Pastor , W. and Brooks , B. R. 1995 . J. Chem. Phys. , 103 : 4613 – 4621 .
- Prive , G. G. , Yanagi , K. and Dickerson , R. E. 1991 . J. Mol. Biol. , 217 : 177 – 199 .
- Ravishanker , G. , Swaminathan , S. , Beveridge , D. L. , Lavery , R. and Sklenar , H. 1989 . J. Biomol. Struct. Dyn. , 6 : 669 – 699 .
- Lavery , R. and Sklenar , H. 1988 . J. Biomol. Struct. Dyn. , 6 : 63 – 91 .
- Ferrin , T. E. , Huang , C. C. , Jarvis , L. E. and Langridge , R. 1988 . J. Mol. Graphics , 6 : 13 – 27 .
- Dickerson , R. E. , Bansal , M. , Calladine , C. R. , Diekmann , S. , Hunter , W. , Kennard , O. , von Kitzing , E. , Lavery , R. , Nelson , H. C. M. , Olson , W. K. , Saenger , W. , Shakked , Z. , Sklenar , H. , Soumpasis , D. M. , Tung , C. S. , Wang , A. H. and Zhurkin , V. B. 1989 . Nuc. Acids Res. , 17 : 1797 – 1803 .
- Altona , C. and Sundaralingam , M. 1972 . J. Amer. Chem. Soc. , 94 : 8205 – 8212 .
- Jalluri , R. K. , Yuh , Y. H. and Taylor , E. W. 1993 . Anomeric effect and associated stereoelectronic effects Edited by: Thatcher , G. R.J. 277 – 293 . Washington) : (ACS .
- Olson , W. 1982 . Topics in nucleic acid structure Edited by: Neidle , S. London : (Macmillan .
- Caldwell , J. W. and Kollman , P. A. 1995 . J. Phys. Chem. , 99 : 6208 – 6219 .
- Davies , D. B. 1978 . Prog. Nuc. Magn. Res. Spect. , 12 : 135 – 225 .
- Ramakrishnan , B. and Sundaralingam , M. 1993 . J. Biomol. Struct. Dyn. , 11 : 11 – 26 .
- Gorenstein , D. G. 1994 . Chem. Rev. , 94 : 1315 – 1338 .
- Bayly , C. I. , Cieplak , P. , Cornell , W. D. and Kollman , P. A. 1993 . J. Phys. Chem. , 97 : 10269 – 10280 .
- Cieplak , P. , Cornell , W. D. , Bayly , C. and Kollman , P. A. 1995 . J. Comp. Chem. , 16 : 1357 – 1377 .
- Hobza , P. , Kabelac , M. , Sponer , J. , Mejzlik , P. and Vondrasek , J. 1997 . J. Comp. Chem. , 18 : 1136 – 1150 .
- Jorgensen , W. L. , Maxwell , D. S. and Tirado-Rives , J. 1996 . J. Amer. Chem. Soc. , 118 : 11225 – 11236 .
- Mackerell , A. D. , Wiorkiewicz-Kuczera , J. and Karplus , M. 1995 . J. Amer. Chem. Soc. , 117 : 11946 – 11975 .
- MacKerell , A. D. 1998 . J. Phys. Chem. B. , 102 : 3586 – 3616 .
- Halgren , T. A. 1996 . J. Comp. Chem. , 17 : 490 – 519 .
- Allinger , N. L. 1977 . J. Amer. Chem. Soc. , 99 : 8127 – 8134 .
- Allinger , N. L. , Yuh , Y. H. and Lii , J. H. 1989 . J. Amer. Chem. Soc. , 111 : 8551 – 8566 .
- Allinger , N. L. , Chen , K. and Lii , J.-H. 1996 . J. Comp. Chem. , 17 : 642 – 668 .
- Yang , L. Q. and Pettitt , B. M. 1996 . J. Phys. Chem. , 100 : 2564 – 2566 .
- Norberg , J. and Nilsson , L. 1996 . J. Chem. Phys. , 104 : 6052 – 6057 .
- MacKerell , A. D. Jr. 1998 . Molecular modeling of nucleic acids Edited by: Leontis , N. B. and Santa Lucia , J. J. 304 – 311 . Washington) : (ACS .
- Cheatham , T. E. , Srinivasan , J. , Case , D. A. and Kollman , P. A. 1998 . J. Biomol. Struct. Dyn. , 16 : 265 – 280 .