References and Footnotes
- Pain , R. H. and Robson , B. 1970 . Nature (London) , 227 : 62 – 63 .
- Finkelstein , A. V. and Ptitsyn , O. B. 1971 . J. Mol. Biol. , 62 : 613 – 624 .
- Robson , B. and Pain , R. H. 1971 . J. Mol. Biol. , 58 : 237 – 259 .
- Kabat , E. A. and Wu , T. T. 1973 . Proc. Nat. Acad. Sci., U.S.A. , 70 : 1473 – 1477 .
- Kabat , E. A. and Wu , T. T. 1973 . Biopolymers , 12 : 751 – 774 .
- Nagano , K. 1973 . J. Mol. Biol. , 75 : 401 – 420 .
- Nagano , K. 1977 . J. Mol. Biol. , 109 : 251 – 274 .
- Burgess , A. W. , Ponnuswamy , P. K. and Scheraga , H. A. 1974 . Israel J. Chem. , 12 : 239 – 286 .
- Chou , P. Y. and Fasman , G. D. 1974 . Biochemistry , 13 : 211 – 215 .
- Chou , P. Y. and Fasman , G. D. 1978 . Advan. Enzymol. , 47 : 45 – 148 .
- Lim , V. I. 1974 . J. Mol. Biol. , 88 : 857 – 872 .
- Nagano , K. and Hasegawa , K. 1975 . J. Mol. Biol. , 94 : 257 – 281 .
- Maxfield , F. R. and Scheraga , H. A. 1976 . Biochemistry , 15 : 5138 – 5153 .
- Maxfield , F. R. and Scheraga , H. A. 1979 . Biochemistry , 18 : 697 – 704 .
- Robson , R. 1976 . J. Mol. Biol. , 107 : 327 – 356 .
- Garnier , J. , Osguthorpe , D. J. and Robson , B. 1978 . J. Mol. Biol. , 120 : 97 – 120 .
- Cohen , F. E. , Abarbanel , R. M. , Kuntz , I. D. and Fletterick , R. J. 1978 . Biochemistry , 22 : 4894 – 4904 .
- Cohen , F. E. , Abarbanel , R. M. , Kuntz , I. D. and Fletterick , R. J. 1986 . Biochemistry , 25 : 266 – 275 .
- Ptitsyn , O. B. and Finkelstein , A. V. 1983 . Biopolymers , 22 : 15 – 25 .
- Taylor , W. R. and Thornton , J. M. 1983 . Nature (London) , 301 : 540 – 542 .
- Deleage , G. and Roux , B. 1987 . Protein Eng. I , : 289 – 194 .
- Gilbrat , J.-F. , Garnier , J. and Robson , B. 1987 . J. Mol. Biol. , 198 : 425 – 443 .
- Zvelebil , M. J. , Barton , G. J. , Taylor , W. R. and Sternber , J. J. E. 1987 . J. Mol. Biol. , 195 : 957 – 961 .
- Biou , V. , Gilbrat , J. F. , Levin , J. M. , Robson , B. and Garnier , J. 1988 . Protein Eng. , 2 : 185 – 191 .
- Gascuel , O. and Golmard , J. L. 1988 . CABIOS , 4 : 357 – 365 .
- Qian , N. and Sejnowski , T. J. 1988 . J. Mol. Biol. , 202 : 865 – 884 .
- Holley , H. L. and Karplus , M. 1989 . Proc. Nat. Acad. Sci., U.S.A. , 86 : 152 – 156 .
- Taylor , W. R. and Orengo , C. A. 1989 . J. Mol. Biol. , 208 : 1 – 22 .
- King , R. D. and Sternberg , M. J. 1996 . Protein Sci. , 5 : 2298 – 310 .
- King , R. D. and Sternberg , M. J. 1990 . J. Mol. Biol. , 216 : 441 – 457 .
- Kneller , D. G. , Cohen , F. E. and Langridge , R. 1990 . J. Mol. Biol. , 214 : 171 – 182 .
- Nishikawa , K. and Noguchi , T. 1991 . Methods Enzymol. , 202 : 31 – 44 .
- Rooman , M. J. , Kocher , J. P. and Wodak , S. J. 1991 . J. Mol. Biol. , 221 : 961 – 979 .
- Muggleton , S. , King , R. D. and Sternberg , M. J. E. 1992 . Protein Eng. , 5 : 647 – 657 .
- Salzberg , S. and Cost , S. 1992 . J. Mol. Biol. , 227 : 371 – 374 .
- Zhang , X. , Mesirov , J. P. and Waltz , S. L. 1992 . J. Mol. Biol. , 225 : 1049 – 63 .
- Maclin , R. and Shavlik , J. W. 1993 . Machine Learning , 11 : 195 – 215 .
- Geourjon , C. and Deleage , G. 1994 . Protein Eng. , 7 : 157 – 164 .
- Rost , B. and Sander , C. 1993 . Proc. Nat. Acad. Sci., U.S.A. , 90 : 7558 – 7562 .
- Rost , B. and Sander , C. 1993 . J. Mol. Biol. , 232 : 584 – 599 .
- Rost , B. , Sander , C. and Schneider , R. 1994 . J. Mol. Biol. , 235 : 13 – 26 .
- Gromiha , M. M. and Ponnuswamy , P. K. 1995 . Int. J. Pept. Protein Res. , 45 : 225 – 240 .
- Mehta , P. K. , Heringa , J. and Argos , P. 1995 . Protein Sci. , 4 : 2517 – 25 .
- Chandonia , J. M. and Karplus , M. 1995 . Protein Sci. , 4 : 275 – 285 .
- Chandonia , J. M. and Karplus , M. 1996 . Protein Sci. , 5 : 768 – 774 .
- Rychlewski , L. and Godzik , A. 1997 . Protein Eng. , 10 : 1143 – 53 .
- Thompson , M. J. and Goldstein , R. A. 1997 . Protein Sci. , 6 : 1963 – 1975 .
- Cuff , J. A. , Clamp , M. E. , Siddiqui , A. S. , Finlay , M. and Barton , G. J. 1998 . Bioinformatics , 14 : 892 – 893 .
- Westhead , D. R. and Thornton , J. M. 1998 . Curr. Opin. Biotechnol. , 9 : 383 – 389 .
- Zhu , Z. Y. 1995 . Protein Eng. , 8 : 103 – 108 .
- Zemla , A. , Venclovas , C. , Fidelis , K. and Rost , B. 1999 . Proteins , 34 : 220 – 223 .
- Schultz , G. E. and Schirmer , R. H. 1979 . Principles of Protein Structure. New York : Springer .
- Prothero , J. W. 1966 . Biophys. J. , 6 : 367 – 370 .
- Lewis , P. N. and Scheraga , H. A. 1971 . Arch. Biophys. Biochem. , 144 : 576 – 583 .
- Kotelchuck , D. and Scheraga , H. A. 1969 . Proc. Nat. Acad. Sci., U.S.A. , 62 : 14 – 21 .
- Lewis , P. N. , Go , N. , Go , M. , Kotelchuck , D. and Scheraga , H. A. 1970 . Proc. Nat. Acad. Sci., U.S.A. , 65 : 810 – 815 .
- Leberman , R. 1971 . J. Mol. Biol. , 55 : 23 – 30 .
- Ptitsyn , O. B. and Finkelstein , A. V. 1970 . Biofizika (USSR) , 15 : 757 – 768 . (Biophysics 15, 785–796)
- Kabat , E. A. and Wu , T. T. 1974 . Proc. Nat. Acad. Sci., U.S.A. , 71 : 4217 – 4220 .
- Matthews , B. W. 1975 . Biochim. Biophys. Acta , 405 : 442 – 451 .
- Argos , P. , Schwarz , J. and Schwarz , J. 1976 . Biochim. Biophys. Acta , 439 : 261 – 273 .
- Lenstra , J. A. 1977 . Biochim. Biophys. Acta , 491 : 333 – 338 .
- Wallace , B. A. , Cascio , M. and Mielke , D. L. 1986 . Proc. Nat. Acad. Sci., U.S.A. , 83 : 9423 – 9427 .
- Jenny , T. F. and Benner , S. A. 1994 . Biochem. Biophys. Res. Commun. , 200 : 149 – 155 .
- Leplae , R. , Hubbard , T. and Tramontano , A. 1998 . Proteins , 30 : 339 – 51 .
- Zhang , C. T. and Zhang , R. 1991 . Nucleic Acids Res. , 22 : 6313 – 6317 .
- Eisenhaber , F. , Imperiale , F. , Argos , P. and Frommel , C. 1996 . Proteins , 25 : 157 – 168 .
- Kabsch , W. and Sander , C. 1983 . Biopolymers , 22 : 2577 – 2637 .