References and Footnotes
- Sigel , A. and Sigel , H. , eds. 1996 . Metal Ions in Biological Systems Vol. 32 , Marcel Dekker .
- Saenger , W. 1984 . Principles of Nucleic Acids Structure. Springer-Verlag .
- Nakano , S.-I. , Fujimoto , M. , Hara , H. and Sugimoto , N. 1999 . Nucl. Acid. Res. , 27 : 2957 (a). (b) E. Moldrheim, B. Andersen, N.A. Froystein, E. Sletten. Inorg. Chim. Acta 273, 41 (1998)
- Potaman , V. N. and Soyfer , V. N. 1994 . J. Biomol. Struct. Dyn. , 11 : 10351
- Šponer , J. , Burda , J. V. , Sabat , M. , Leszczynski , J. and Hobza , P. 1998 . J. Phys. Chem A , 102 : 5951
- Garmer , D. R. and Gresh , N. 1994 . J. Am. Chem. Soc. , 116 : 3556
- Bock , C. W. , Katz , A. K. and Glusker , J. P. J. Am. Chem. Soc. , 117 3754 (a) (1995). (b) A.K. Katz, J.P. Glusker, S.A. Beebe, C.W. Bock, J. Am. Chem. Soc. 118, 5752 (1996). (c) C.W. Bock, A.K. Katz, G.D. Markham, J.P. Glusker J. Am. Chem. Soc. 123, 7360 (1999)
- Shui , X. , McFail-Isom , L. , Hu , G. H. and Williams , L. D. Biochemistry , 37 8341 (a) (1998). (b) L. McFail-Isom, X. Shui, L.D. Williams, Biochemistry 37, 17105 (1998). (c) V. Tereshko, G. Minasov, M. Egli, J. Am. Chem. Soc. 103, 471 (1999)
- Chiu , T. K. , Kaczor-Grzeskowiak , M. and Dickerson , R. E. 1999 . J. Mol. Biol. , 286 : 589
- Hud , N. V. and Feigon , J. 1997 . J. Am. Chem. Soc. , 119 : 5756 (a). (b) N.V. Hud, V. Sklenar, J. Feigon, J. Mol. Biol. 286, 651 (1999)
- Abrescia , N. G.A. , Malinina , L. , Fernandez , L. G. , Huynh-Dinh , T. , Neidle , S. and Subirana , J. A. 1999 . Nucl. Acid. Res. , 27 : 1593
- Lippert , B. 1997 . J. Chem. Soc., Dalton Trans. , 3971
- Takahara , P. M. , Frederick , C. A. and Lippard , S. J. 1996 . J. Am. Chem. Soc. , 118 : 12309
- Coste , J. , Maligne , J.-M. , Serre , L. , Shepard , W. , Roth , M. , Leng , M. and Zelwer , C. 1999 . Nucl. Acid. Res. , 27 : 1837
- Anwander , E. H.S. , Probst , M. M. and Rode , B. M. 1990 . Biopolymers , 29 : 757
- Carloni , P. and Andreoni , W. 1996 . J. Phys. Chem. , 100 : 17797
- Rulíšek , L. and Havlas , Z. 1999 . J. Phys. Chem. A , 103 : 1634 (a). (b) J. Bertran, L. Rodriguez- Santiago, M. Sodupe J. Phys. Chem. B 103, 2310 (1999)
- Burda , J. V. , Šponer , J. and Hobza , P. 1996 . J. Phys. Chem. , 100 : 7250 (a). (b) J.V. Burda, J. Šponer, J. Leszczynski, P. Hobza, J. Phys. Chem. B 101, 9670 (1997). (c) J. Šponer, J.V. Burda, M. Sabat, J. Leszczynski, P. Hobza, J. Biomol. Struct. Dyn. 16, 139 (1998). (d) J. Šponer, J.V. Burda, M. Sabat, J. Leszczynski, P. Hobza, J. Phys. Chem. B 103, 2528 (1999). (e) J. Šponer, J.V. Burda, J. Leszczynski, P. Hobza, J. Biomol. Struct. Dyn. 17, 61 (1999). (f) J. Šponer, J.V. Burda, P. Mejzlik, J. Leszczynski, P. Hobza, J. Biomol. Struct. Dyn. 14, 613 (1997)
- Hardin , C. C. and Ross , W. S. J. Am. Chem. Soc. , 116 6080 (1994). (b) J. Tohl, W. Eimer, Biophys. Chem. 67, 177 (1997)
- Young , M. A. , Jayram , B. and Beveridge , D. L. 1997 . J. Am. Chem. Soc. , 119 : 59
- Špačková , N. , Berger , I. and Šponer , J. 1999 . J. Am. Chem. Soc. , 121 : 5519
- Lyubartsev , A. P. and Laaksonen , A. 1998 . J. Biomol. Struct. Dyn. , 16 : 579 (a). (b) A.V. Teplukhin, G.G. Malenkov, V.I. Poltev, J. Biomol. Struct. Dyn. 16, 289 (1998). (c) V.K. Misra, D.E. Draper, Biopolymers 48, 113 (1999). (d) T. Herman, E. Westhof Structure 6, 1303 (1998)
- Hoyau , S. , Norrman , K. , McMahon , T. B. and Ohanessian , G. 1999 . J. Am. Chem. Soc. , 121 : 8864 (a) and references therein. (b) B.A. Cerda, C. Wesdemiotis, J. Am. Chem. Soc. 118, 11884 (1996)
- Gresh , N. J. Comput. Chem. , 16 856 (a) (1995). (b) N. Gresh, W.J. Stevens, M. Krauss, J. Comput. Chem. 16, 843 (1995). (c) N. Gresh, D.R. Garmer J. Comput. Chem. 17, 1481 (1996). (d) N. Gresh, J. Šponer, J. Phys. Chem. A 103, 11406 (1999)
- Sigel , R. K.O. and Lippert , B. 1999 . Chem. Commun. , 2167
- Ma , J. C. and Dougherty , D. A. 1997 . Chem. Rev. , 97 : 1303 (a). (b) R.A. Kumpf, D.A. Dougherty, Science 261, 1708 (1993). (c) J.Y. Lee, S.J. Lee, H.S. Choi, S.J. Cho, K.S. Kim, T.-K. Ha, Chem. Phys. Lett. 232, 1995, 76. (d) H. Basch, W.J. Stevens, J. Mol. Struct. (Theochem) 338, 303 (1995). (e) E. Cubero, M. Orozco, F. J. Luque, J. Phys. Chem. A 103, 315 (1999). (f) E. Cubero, M. Orozco, F.J. Luque, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95, 5976 (1998). (g) S.D. Zaric, Chem. Phys. Lett. 311, 77 (1999). (h) H. Minoux, C. Chipot J. Am. Chem. Soc. 121, 10366 (1999)
- Frisch , M. J. , Trucks , G. W. , Schlegel , H. B. , Gill , P. M.W. , Johnson , B. G. , Robb , M. A. , Cheeseman , J. R. , Keith , T. , Petersson , G. A. , Montgomery , J. A. , Raghavachari , K. , Al-Laham , M. A. , Zakrzewski , W. G. , Ortiz , J. V. , Foresman , J. B. , Peng , Y. C. , Ayala , P. Y. , Chen , W. , Wong , M. W. , Andres , L. J. , Replogle , E. S. , Gomperts , R. , Martin , R. L. , Fox , D. J. , Binkley , J. S. , Defrees , D. J. , Baker , J. , Stewart , J. J.P. , Head-Gordon , M. , Gonzalez , C. and Pople , J. A. 1995 . Pittsburgh PA : Gaussian Inc. .
- Hurley , M. M. , Pacios , L. F. , Christiansen , P. A. , Roos , R. B. and Ermler , W. C. 1986 . J. Chem. Phys. , 84 : 6840
- Kroon-Batenburg , L. M.J. and van Duijneveldt , F. B. 1985 . J. Mol. Struct. , 121 : 185
- Šponer , J. , Leszczynski , J. and Hobza , P. 1996 . J. Phys. Chem. , 100 : 5590 (a). (b) J. Šponer, H.A. Gabb, J. Leszczynski, P. Hobza, Biophys. J. 73, 76 (1997). (c) J. Sponer, P. Hobza, Chem. Phys. Lett 267, 263 (1997)
- Kristyán , S. and Pulay , P. 1994 . Chem. Phys. Lett. , 229 : 175 (a). (b) P. Hobza, J. Šponer, T. Reschel, J. Comput. Chem. 17, 1315 (1995). (c) T.A. Wesolowski, O. Parisel, Y. Ellinger, J. Weber, J. Phys. Chem. A 101, 7818 (1997). (d) T.A. Wesolowski, Y. Ellinger, J. Weber, J. Chem. Phys. 108, 6078 (1998). (e) J.M. Perez-Jorda, E. San-Fabian, A.J. Perez-Jimenez J. Chem. Phys. 110, 1916 (1999)
- Šponer , J. , Leszczynski , J. and Hobza , P. J. Phys. Chem. A , 101 9489 (a) (1997). (b) O.V. Shiskhin, J. Šponer, P. Hobza J. Mol. Struct. 477, 15 (1999)
- Hobza , P. , Selzle , H. L. and Schlag , E. W. 1996 . J. Phys. Chem. , 100 : 18970 and references therein
- Šponer , J. , Leszczynski , J. , Vetterl , V. and Hobza , P. 1996 . J. Biomol. Struct. Dyn. , 13 : 695
- Šponer , J. and Hobza , P. 1994 . J. Am. Chem. Soc. , 116 : 709
- Šponer , J. , Florián , J. , Leszczynski , J. and Hobza , P. 1996 . J. Biomol. Struct. Dyn. , 13 : 827
- Luisi , B. , Orozco , M. , Sponer , J. , Luque , F. J. and Shakked , Z. 1998 . J. Mol. Biol. , 279 : 1123
- Vlieghe , D. , Šponer , J. and van Meervelt , L. 1999 . Biochemistry , 38 : 16443
- Shiskhin , O. V. 1995 . J. Chem. Soc., Chem. Commun. , 1539
- Hobza , P. and Šponer , J. 1998 . Chem. Phys. Lett. , 288 : 7
- Šponer , J. and Hobza , P. 1994 . J. Phys. Chem. , 98 : 3161 (a). (b) J. Šponer, P. Hobza, J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 304, 35 (1994). (c) J. Šponer, P. Hobza, Int. J. Quantum Chem. 57, 959 (1995). (d) O. Bludský, J. Šponer, J. Leszczynski, V. Spirko, P. Hobza, J. Chem. Phys. 105, 11042 (1996). (e) J. Šponer, J. Leszczynski, P. Hobza, J. Biomol. Struct. Dyn. 14, 117 (1996)
- Šponer , J. , Burcl , R. and Hobza , P. 1994 . J. Biomol. Struct. Dyn. , 11 : 1357 (a). (b) J. Šponer, P. Hobza J. Biomol. Struct. Dyn. 12, 671 (1994)
- The magnesium hexahydrate—cytosine geometries shown by the calculations are more favorable than those observed in the crystal. It is because the structure obtained by the constrained gradient optimization is obviously the structure with the lowest energy assuming these constraints; other structures are necessarily higher in energy