References and Footnotes
- Schwyzer , R. 1995 . Biopolymers , 37 : 5 – 16 .
- Schwyzer , R. 1992 . Chemtracts—Biochem. and Mol. Biol. , 3 : 347 – 379 .
- Schwyzer , R. 1977 . Ann. N. Y. Acad. Sci. , 297 : 3 – 26 .
- Gysin , B. and Schwyzer , R. 1984 . Biochemistry , 23 : 1811 – 1818 .
- Gremlich , H.-U. , Fringeli , U.-P. and Schwyzer , R. 1983 . Biochemistry , 22 : 4257 – 4264 .
- Gao , X-F. and Wong , T. C. 1998 . Biophys. J. , 74 : 1871 – 1888 .
- Roux , M. , Neumann , J.-M. and Toma , F. 1997 . Biopolymers. , 42 : 731 – 744 .
- Moreno , M. J. and Prieto , M. 1993 . Photochem. Photobiol. , 57 : 431 – 437 .
- Jacobs , R. and White , S. H. 1989 . Biochemistry , 28 : 3421 – 3437 .
- Merz , K. M. Jr. and Roux , B. 1996 . Biological Membranes: A molecular perspective from computation and experiment. Boston : Birkhauser .
- Cheatham , T. E. and Brooks , B. R. 1998 . Theor. Chem. Acc. , 99 : 279 – 288 .
- Damodaran , K. V. and Merz , K. M. 1995 . J. Am. Chem. Soc. , 117 : 6561 – 6571 .
- Damodaran , K. V. , Merz , K. M. and Gaber , B. P. 1995 . Biophys. J. , 69 : 1299 – 1308 .
- Huang , P. and Loew , G. H. 1995 . J. Biomol. Struct. Dyn. , 12 : 937 – 956 .
- Zhou , F. and Schulten , K. 1996 . Proteins, Struct. Funct. Gen. , 25 : 12 – 27 .
- Berneche , S. M. Nina and Roux , B. 1998 . Biophys. J. , 75 : 1603 – 1618 .
- Wymore , T. and Wong , T. C. 1999 . Biophys. J. , 76 : 1213 – 1227 .
- Guba , W. , Haessner , R. , Breipohl , G. , Henke , S. , Knolle , J. , Santagada , V. and Kessler , H. 1994 . J. Am. Chem. Soc. , 116 : 7532 – 7540 .
- Chipot , C. and Pohorille , A. 1998 . J. Am. Chem. Soc. , 120 : 11912 – 11924 .
- Wymore , T. and Wong , T. C. 1999 . Biophys. J. , 76 : 1199 – 1212 .
- Belohorcova , K. , Davis , J. H. , Woolf , T. B. and Roux , B. 1997 . Biophys. J. , 73 : 3039 – 3055 .
- Shen , L. , Bassolino , D. and Stouch , T. 1997 . Biophys. J. , 73 : 3 – 20 .
- Tieleman , D. P. , Forrest , L. R. , Sansom , M. S.P. and Berendsen , H. J.C. 1998 . Biochemistry , 37 : 17554 – 17561 .
- Woolf , T. B. and Roux , B. 1996 . PROTEINS: Struct. Funct. Gen. , 24 : 92 – 114 .
- Woolf , T. B. 1997 . Biophys. J. , 73 : 2376 – 2392 .
- Brooks , B. R. , Bruccoleri , R. E. , Olafson , B. D. , States , D. J. , Swaminathan , S. and Karplus , M. 1983 . J. Comp. Chem. , 4 : 187 – 217 .
- MacKerell , A. D. Jr. , Bashford , D. , Bellott , M. , Dunbrack , R. L. Jr. , Evanseck , J. D. , Field , M. J. , Fischer , S. , Gao , J. , Guo , H. , Ha , S. , Joseph-McCarthy , D. , Kuchnir , L. , Kuczera , K. , Lau , F. T.K. , Mattos , C. , Michnick , S. , Ngo , T. , Nguyen , D. T. , Prodhom , B. , Reiher , W. E. III , Roux , B. , Schlenkrich , M. , Smith , J. C. , Stote , R. , Straub , J. , Watanabe , M. , Wiorkiewicz-Kuczera , J. , Yin , D. and Karplus , M. 1998 . J. Phys. Chem. B , 102 : 3586 – 3616 .
- Schlenkrich , M. , Brickmann , J. , MacKerell , A. D. Jr. and Karplus , M. 1996 . “ An empirical potential energy function for phospholipids, criteria for parameter optimization and applications. ” . In Biological Membranes: A molecular perspective from computation and experiment. Edited by: Merz , K. M. and Roux , B. Birkhauser .
- Jorgenson , W. L. , Impey , R. W. , Chandrasekhar , J. , Madura , J. D. and Klein , M. L. 1983 . J. Chem. Phys. , 79 : 926 – 935 .
- Ryckaert , J.-P. , Cicotti , G. and Berendsen , H. J.C. 1977 . J. Comput. Phys. , 23 : 327 – 341 .
- Steinbach , P. and Brooks , B. R. 1994 . J. Comp. Chem. , 15 : 667 – 683 .
- Oda , K. , Miyagawa , H. and Kitamura , K. 1996 . Mol. Sim. , 16 : 167 – 177 .
- Feller , S. E. , Zhang , Y. , Pastor , R. W. and Brooks , B. R. 1995 . J. Chem. Phys. , 103 : 4613 – 4621 .
- Hoover , W. G. 1985 . Phys. Rev. A , 31 : 1695 – 1697 .
- Tu , K. , Tobias , D. J. , Blasie , J. K. and Klein , M. L. 1996 . Biophys. J. , 70 : 595 – 608 .
- Chiu , S.-W. , Clark , M. , Balaji , V. , Subramaniam , S. , Scott , H. L. and Jakobsson , E. 1995 . Biophys. J. , 69 : 1230 – 1245 .
- MacKerell , A. D. Jr. 1995 . J. Phys. Chem. , 99 : 1846 – 1855 .
- Wilmot , C. M. and Thorton , J. M. 1990 . Protein Engineer. , 3 : 479 – 493 .
- Ravishanker , G. , Vijakumar , S. and Beveridge , D. L. 1994 . “ STRIPS: An algorithm for generating two-dimensional hydrogen-bond topology diagrams for proteins ” . In Modeling the Hydrogen Bond. 209 – 219 . Washington , DC : American Chemical Society .
- Brooks , C. L. III , Karplus , M. and Pettitt , B. M. 1988 . Adv. Chem. Phys. , 71
- Böcker , J. , Brickmann , J. and Bopp , P. 1994 . J. Phys. Chem. , 98 : 712 – 717 .
- Shelley , J. C. , Sprik , M. and Klein , M. L. 1993 . Langmuir , 9 : 916 – 926 .
- Watanabe , K. and Klein , M. L. 1989 . J. Phys. Chem. , 93 : 6897 – 6901 .
- Wymore , T. , Gao , X.-F. and Wong , T. C. 1999 . J. Mol. Struct. , : 485 – 486 . 195–210
- Darden , T. , York , D. and Pedersen , L. 1993 . J. Chem. Phys. , 98 : 10089 – 10092 .
- Palmer , A. G. III , Williams , J. and McDermott , A. 1996 . J. Phys. Chem. , 100 : 13293 – 13310 .
- Lipari , G. and Szabo , A. 1982 . J. Am. Chem. Soc. , 104 : 4546 – 4559 .
- Philippopoulos , M. , Mandel , A. M. , Palmer , A. G. III and Lim , C. 1997 . PROTEINS: Struct. Funct. Gen. , 28 : 481 – 493 .
- Clore , G. M. , Szabo , A. , Bax , A. , Kay , L. E. , Driscoll , P. C. and Gronenborn , A. M. 1990 . J. Am. Chem. Soc. , 112 : 4989 – 4991 .
- Chandrasekhar , I. , Clore , G. M. , Szabo , A. , Gronenborn , A. M. and Brooks , B. R. 1992 . J. Mol. Biol. , 226 : 239 – 250 .
- Eriksson , M. A.L. , Berglund , H. , Hard , T. and Nilsson , L. 1993 . PROTEINS: Struct. Funct. Gen. , 17 : 375 – 390 .
- Gallay , J. , Vincent , M. , Nicot , C. and Waks , M. 1987 . Biochemistry. , 26 : 5738 – 5747 .
- Zhang , Y. , Venable , R. M. and Pastor , R. W. 1996 . J. Phys. Chem. , 100 : 2652 – 2660 .
- Söderman , O. , Carlstrom , G. , Olsson , U. and Wong , T. C. 1988 . J. Chem. Soc. Faraday Trans. , 1 ( 84 ) : 4475 – 4486 .
- Feller , S. E. , Pastor , R. W. , Rojnuckarin , A. , Bogusz , S. and Brooks , B. R. 1996 . J. Phys. Chem. , 100 : 17011 – 17020 .
- Lau , K. F. , Alper , H. E. , Thacher , T. S. and Stouch , T. R. 1994 . J. Phys. Chem. , 98 : 8785 – 8792 .
- Ben-Tal , N. , Ben-Shaul , A. , Nicholls , A. and Honig , B. 1996 . Biophys. J. , 70 : 1803 – 1812 .
- Wimley , W. C. and White , S. H. 1996 . Nat. Struct. Biol. , 3 : 842 – 848 .
- White , S. and Wimley , W. C. 1998 . Biophys. Biochim. Acta , 1376 : 339 – 352 .
- Weiner , M. C. and White , S. H. 1992 . Biophys J. , 61 : 434 – 447 .
- Liu , L.-P. and Deber , C. M. 1997 . Biochemistry , 36 : 5476 – 5482 .
- Kachel , K. , Asuncion-Punzalan , E. and London , E. 1995 . Biochemistry , 34 : 15474 – 15479 .
- Yau , W.-M. , Wimley , W. C. , Gawrisch , K. and White , S. H. 1998 . Biochemistry , 37 : 14713 – 14718 .
- Preusch , P. C. , Norvell , J. C. , Cassatt , J. C. and Cassman , M. 1998 . Nat. Struct. Biol. , 5 : 12 – 14 .
- Tobias , D. J. , Gesell , J. , Klein , M. L. and Opella , S. J. 1995 . J. Mol. Biol. , 253 : 391 – 395 .
- Spyracopoulos , L. , Yee , A. A. and O'Neil , J. D.J. 1996 . J. Biomol. NMR , 7 : 283 – 294 .