Binding of Bis-linked Netropsin Derivatives in the Parallel-Stranded Hairpin Form to DNA

References and Footnotes

• Zimmer , Ch. and Wahnert , U. 1986 . Prog. Biophys. Mol. Biol. , 47 : 31 – 112 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Geierstanger , B. H. and Wemmer , D. E. 1995 . Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. , 24 : 463 – 493 .
   PubMedGoogle Scholar
• Kopka , M. L. , Yoon , D. , Goodsell , D. , Pjura , P. and Dickerson , R. E. 1985 . Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. , 82 : 1376 – 1380 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Coll , M. , Frederick , C. A. , Wang , A.-J H. and Rich , A. 1987 . Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. , 84 : 8385 – 8389 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Tabernero , L. , Verdaguer , N. , Coll , M. , Fita , I. , Van DerMarel , G. A. , Van Boom , J. H. , Rich , A. and Aymami , J. 1993 . Biochemistry , 32 : 8403 – 8410 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Klevit , R. E. , Wemmer , D. E. and Reid , B. R. 1986 . Biochemistry , 25 : 3296 – 3303 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Khorlin , A. A. , Krylov , A. S. , Grokhovsky , S. L. , Zhuze , A. L. , Zasedatelev , A. S. , Gursky , G. V. and Gottikh , B. P. 1980 . FEBS Lett. , 118 : 311 – 314 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Gursky , G. V. , Zasedatelev , A. S. , Zhuze , A. L. , Khorlin , A. A. , Grokhovsky , S. L. , Streltsov , S. A. , Surovaya , A. N. , Nikitin , S. M. , Krylov , A. S. , Retchinsky , V. O. , Mikhailov , M. V. , Beabealaschvilli , R. Sh. and Gottikh , B. P. 1983 . Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. , 47 : 367 – 378 .
   PubMedGoogle Scholar
• Youngquist , R. S. and Dervan , P. B. 1987 . J. Am. Chem. Soc. , 109 : 7564 – 7566 .
   Web of Science ®Google Scholar
• Lown , J. K. , Krowicki , K. , Bhat , U. G. , Skorobogaty , A. , Ward , B. and Dabrowiak , J. C. 1986 . Biochemistry , 25 : 7408 – 7416 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Lown , J. W. , Krowicki , K. , Balzarini , J. , Newman , R. A. and Clerk , E. D. 1989 . J. Med. Chem. , 32 : 2368 – 2375 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Skamrov , A. V. , Rybalkin , I. L. , Beabealashvilli , R. Sh. , Gottikh , B. P. , Grokhovsky , S. L. , Gursky , G. V. , Zhuze , A. L. , Zasedatelev , A. S. , Nechipurenko , Yu. D. and Khorlin , A. A. 1985 . Mol. Biol. (USSR) , 19 : 157 – 179 .
   Google Scholar
• Leinsoo , T. A. , Nikolaev , V. A. , Grokhovsky , S. L. , Surovaya , A. N. , Sidorova , A. N. , Streltsov , S. A. , Zasedatelev , A. S. , Zhuze , A. L. and Gursky , G. V. 1989 . Mol. Biol. (USSR) , 23 : 1616 – 1637 .
   PubMedGoogle Scholar
• Mrksich , M. , Parks , M. E. and Dervan , P. B. 1994 . J. Am. Chem. Soc. , 116 : 7983 – 7988 .
   Web of Science ®Google Scholar
• Pilch , D. S. , Poklar , N. , Gelfand , C. A. , Law , S. M. , Breslauer , K. J. , Baird , E. E. and Dervan , P. B. 1996 . Proc. Natl. Acad. Sci. USA , 93 : 8306 – 8311 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Singh , M. P. , Plouvier , B. , Hill , G. C. , Gueck , J. , Pon , R. T. and Lown , J. W. 1994 . J. Am. Chem. Soc. , 116 : 7006 – 7020 .
   Web of Science ®Google Scholar
• Grokhovsky , S. L. and Zubarev , V. E. 1990 . Nucleic Acids Res. , 19 : 257 – 264 . (1990)
   Web of Science ®Google Scholar
• Beerman , T. A. , Woynarowski , J. M. , Sigmund , R. D. , Gawron , L. S. , Rao , K. E. and Lown , J. W. 1991 . Biochim. Biophys. Acta , 1090 : 52 – 60 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Burkhardt , G. , Simon , H. , Storl , K. , Triebel , H. , Walter , A. , Lown , J. W. and Zimmer , Ch. 1997 . J. Biomol. Struct. Dyn. , 15 : 81 – 95 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Filipowsky , M. E. , Kopka , M. L. , Brazil-Zison , M. , Lown , J. W. and Dickerson , R. E. 1996 . Biochemistry , 35 : 15397 – 15410 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Neamati , N. , Mazumder , A. , Sunder , S. , Owen , J. M. , Tandon , M. , Lown , J. W. and Pommier , Y. 1998 . Mol. Pharm. , 54 : 280 – 286 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Nikolaev , V. A. , Grokhovsky , S. L. , Surovaya , A. N. , Leinsoo , T. A. , Sidorova , N. Yu. , Zasedatelev , A. S. , Zhuze , A. L. , Strachan , G. A. , Shafer , R. H. and Gursky , G. V. 1996 . J. Biomol. Struct. Dyn. , 14 : 31 – 47 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Pelton , J. G. and Wemmer , D. E. 1990 . J. Am. Chem. Soc. , 112 : 1393 – 1399 .
   Web of Science ®Google Scholar
• Wade , W. S. , Mrksich , M. and Dervan , P. B. 1992 . J. Am. Chem. Soc. , 114 : 8783 – 8792 .
   Web of Science ®Google Scholar
• Mrksich , M. , Wade , W. S. , Dwyer , T. J. , Geierstanger , B. H. , Wemmer , D. E. and Dervan , P. B. 1992 . Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. , 89 : 7586 – 7590 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Dwyer , T. , Geierstanger , B. H. , Bathini , Y. , Lown , J. W. and Wemmer , D. E. 1992 . J. Am. Chem. Soc. , 114 : 5911 – 5919 .
   Web of Science ®Google Scholar
• Geierstanger , B. H. , Mrksich , M. , Dervan , P. B. and Wemmer , D. E. 1994 . Science , 266 : 646 – 650 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Chen , X. , Ramakrishnan , B. , Rao , S. T. and Sundaralingam , M. 1994 . Struct. Biol. , 1 : 169 – 175 .
   Web of Science ®Google Scholar
• Kopka , M. L. , Goodsell , D. S. , Han , G. W. , Chiu , T. K. , Lown , J. W. and Dickerson , R. E. 1997 . Structure , 5 : 1033 – 1044 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Kleikopf , C. L. , Baird , E. E. , Dervan , P. B. and Rees , D. C. 1998 . Nature Struct. Biol. , 5 : 104 – 109 .
   PubMedGoogle Scholar
• Trauger , J. W. , Baird , E. E. and Dervan , P. B. 1996 . Nature , 382 : 559 – 561 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Swalley , S. E. , Eldon , E. , Baird , E. E. and Dervan , P. B. 1997 . J. Am. Chem. Soc. , 119 : 6953 – 6961 .
   Web of Science ®Google Scholar
• White , S. , Szewczyk , J. W. , Turner , J. M. , Baird , E. E. and Dervan , P. B. 1998 . Nature , 391 : 468 – 471 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Dickinson , L. A. , Gulizia , R. J. , Trauger , J. W. , Baird , E. E. , Mosier , D. E. , Gottesfeld , J. M. and Dervan , P. B. 1998 . Proc. Natl. Acad. Sci. USA , 95 : 12890 – 12895 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Surovaya , A. N. , Burkhardt , G. , Grokhovsky , S. L. , Birch-Hirschfeld , E. , Gursky , G. V. and Ch. Zimmer , J. 1997 . Biomol. Struct. Dyn. , 14 : 595 – 606 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Grokhovsky , S. L. , Surovaya , A. N. , Burkhardt , G. , Pismensky , V. F. , Chernov , B. K. , Zimmer , Ch. and Gursky , G. V. 1998 . FEBS Lett. , 439 : 346 – 350 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Grokhovsky , S. L. , Zhuze , A. L. and Gottikh , B. P. 1992 . Bioorg. Chem. (Russia) , 18 : 570 – 583 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Quintana , J. R. , Grzeskowiak , K. , Yanagi , K. and Dickerson , R. E. 1992 . J. Mol. Biol. , 225 : 379 – 395 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Pearlman , D. A. , Case , D. A. , Cardel , J. W. , Ross , W. S. , Cheatham , T. E. , Ferguson , D. M. , Siebel , G. L. , Singh , U. C. , Weiner , P. K. and Kollman , P. L. 1995 . AMBER 4.1. San Fracisko : University of Calofornia .
   Google Scholar
• Fagan , P. and Wemmer , D. E. 1992 . J. Am. Chem. Soc. , 114 : 1080 – 1081 .
   Web of Science ®Google Scholar
• Rentzeperis , D. , Marky , L. A. , Dwyer , T. J. , Geierstanger , B. H. , Pelton , J. and Wemmer , D. E. 1995 . Biochemistry , 34 : 2937 – 2945 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Abu-Daya , A. , Brown , P. M. and Fox , K. R. 1995 . Nucleic Acids Res. , 23 : 3385 – 3392 . (1995)
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Kim , Y. , Geiger , J. H. , Hahn , S. and Sigler , P. 1993 . Nature , 365 : 512 – 520 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Kim , J. L. , Nikolov , D. B. and Burley , S. K. 1993 . Nature , 365 : 520 – 527 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar