References and Footnotes
- Franklin , R. E. and Gosling , R. G. 1953 . Acta Crystallogr. , 6 : 673 – 677 .
- Langridge , R. , Marvin , D. A. , Seeds , W. E. , Wilson , H. R. , Hooper , C. W. , Wilkins , M. H.F. and Hamilton , L. D. 1960 . J. MoL. Biol. , 2 : 38 – 62 .
- Ivanov , V. I. , Minchenkova , L. E. , Minyat , E. E. , Frank-Kamenetskii , M. D. and Schyolkina , A. K. 1974 . J. Mol. Biol. , 87 : 817 – 833 .
- Fairall , L. , Martin , S. and Rhodes , D. 1989 . EMBO J. , 8 : 1809 – 1817 .
- Fairall , L. and Finch , J. T. 1992 . J. Biomol. Struct. Dyn. , 9 : 633 – 642 .
- Borden , K. L. 1993 . Biochemistry , 32 : 6506 – 6514 .
- Ng , H. L. , Kopka , M. L. and Dickerson , R. E. 2000 . Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. , 97 : 2035 – 2039 .
- Trantirek , L. , Stefl , R. , Vorlickova , M. , Koca , J. , Sklenar , V. and Kypr , J. 2000 . J. Mol. Biol. , 297 : 907 – 922 .
- Kamath Sarma , M. H. , Zhurkin , V. B. , Turner , C. J. and Sarma , R. H. 2000 . J. Biomol. Struct. Dynamics Conversation , 11 : 317 – 325 .
- Dornberger , U. , Hillisch , A. , Gollmick , F. A. , Fritzsche , H. and Diekmann , S. 1999 . Biochemistry , 38 : 12860 – 12868 .
- Dornberger , U. , Behlke , J. , Birch-Hirschfeld , E. and Fritzsche , H. 1997 . Nucleic Acids Res. , 25 : 822 – 829 .
- Delaglio , F. , Grzesiek , S. , Vuister , G. W. , Zhu , G. , Pfeifer , J. and Bax , A. 1995 . J. Biomol. NMR , 6 : 277 – 293 .
- Hore , P. J. 1983 . J. Magn. Reson. , 55 : 283 – 300 .
- Piotto , M. , Saudek , V. and Sklenar , V. 1996 . J. Biomol. NMR , 2 : 661 – 665 .
- Griesinger , C. , Sorensen , O. W. and Ernst , R. R. 1985 . J. Am. Chem. Soc. , 107 : 6394 – 6396 .
- Gonzales , C. , Stec , W. , Kobylanska , A. , Hogrefe , R. I. , Reynolds , M. and James , T. L. 1994 . Biochemistry , 33 : 11062 – 11072 .
- Sklenar , V. , Miyashiro , H. , Zon , G. , Miles , H. T. and Bax , A. 1986 . FEBS Letters , 208 : 94 – 98 .
- Chou , S. H. , Tseng , Y. Y. and Chu , B. Y. 2000 . J. Biomol. NMR , 17 : 1 – 16 .
- Borgias , B. A. and James , T. L. 1990 . J. Magn. Res. , 87 : 475 – 487 .
- Ivanov , V. I. , Minchenkova , L. E. , Burckhardt , G. , Birch-Hirschfeld , E. , Fritzsche , H. and Zimmer , C. 1996 . Biophys. J. , 71 : 3344 – 3349 .
- Ivanov , V. I. and Krylov , D. Y. 1992 . Methods Enzym.(DNA Structures Part A) , 211 : 111 – 127 .
- Cornell , W. D. , Cieplak , P. , Bayly , C. I. , Gould , I. R. , Merz , K. M. , Ferguson , D. M. , Spellmeyer , D. C. , Fox , T. , Caldwell , J. W. and Kollman , P. A. 1995 . J. Am. Chem. Soc. , 117 : 5179 – 5197 .
- Cheatham , T. E. III , Cieplak , P. and Kollman , P. A. 1999 . J. Biomol. Struct. Dyn. , : 849 – 866 .
- Wang , J. M. , Cieplak , P. and Kollman , P. A. 2000 . J. Comput. Chem. , 21 : 1049 – 1074 .
- Cheatham , T. E. III and Kollman , P. A. 2000 . Annu. Rev. Phys. Chem. , 51 : 435 – 471 .
- Case , D. A. , Pearlman , D. A. , Caldwell , J. W. , Cheatham , T. E. III , Ross , W. S. , Simmerling , C. L. , Darden , T. A. , Merz , K. M. , Stanton , R. V. , Cheng , A. L. , Vincent , J. J. , Crowley , M. , Ferguson , D. M. , Radmer , R. J. , Seibel , G. L. , Singh , U. C. , Weiner , P. K. and Kollman , P. A. 1997 . UCSF. San Francisco, CA. , , USA AMBER 5.0
- Jorgensen , W. L. , Chandrasekhar , J. , Madura , J. , Impey , R. W. and Klein , M. L. 1983 . J. Chem. Phys. , 79 : 926 – 937 .
- Darden , T. A. , York , D. and Pedersen , L. G. 1993 . J. Chem. Phys. , 98 : 10089 – 10092 .
- Essman , U. , Perera , L. , Berkowitz , M. L. , Darden , T. A. , Lee , H. and Pedersen , L. G. 1995 . J. Chem. Phys. B , 103 : 8577 – 8593 .
- Case , D. A. , Pearlman , D. A. , Caldwell , J. W. , Cheatham , T. E. III , Ross , W. S. , Simmerling , C. L. , Darden , T. A. , Merz , K. M. , Stanton , R. V. , Cheng , A. L. , Vincent , J. J. , Crowley , M. , Tsui , V. , Radmer , R. J. , Duan , Y. , Pitera , J. , Massova , I. , Seibel , G. L. , Singh , U. C. , Weiner , P. K. and Kollman , P. A. 1999 . UCSF. San Francisco, CA. , , USA AMBER 6.0
- Tsui , V. and Case , D. A. 2000 . J. Am. Chem. Soc. , 122 : 2489 – 2498 .
- Harvey , S. C. , Tan , R.-K. and Cheatham , T. E. III . 1998 . J. Comput. Chem. , 19 : 726 – 740 .
- Pohle , W. and Fritzsche , H. 1980 . Nucleic Acids Res. , 8 : 2527 – 2535 .
- Taillandier , E. and Liquier , J. 1992 . Methods Enzym.(DNA Structures Part A) , 211 : 307 – 335 .
- Wüthrich , K. 1986 . NMR of Proteins and Nucleic Acids. New York. : John Wiley & Sons .
- Westerink , H. P , Van derMarel , G. , VanBoom , J. H. and Haasnoot , C. A.G. 1984 . Nucleic Acids Res. , 12 : 4323 – 4338 .
- vanWijk , J. , Huckriede , B. D. , Ippel , J. H. and Altona , C. 1992 . Methods Enzym.(DNA Structures Part A) , 211 : 286 – 306 .
- Rinkel , L. J. and Altona , C. 1987 . J. Biomol. Struct. Dyn. , 4 : 621 – 649 .
- Dornberger , U. , Flemming , J. and Fritzsche , H. 1998 . J. Mol. Biol. , 284 : 1453 – 1463 .
- Kypr , J. , Chladkova , J. , Zimulova , M. and Vorlickova , M. 1999 . Nucleic Acids Res. , 27 : 3466 – 3473 .
- Sponer , J. , Florian , J. , Ng , H. L. , Sponer , J. E. and Spackova , N. 2000 . Nucleic Acids Res. , 28 : 4893 – 4902 .
- Langley , D. R. 1998 . J. Biomol. Struct. Dyn. , 16 : 487 – 509 .
- Cheatham , T. E. III , Srinivasan , J. , Case , D. A. and Kollman , P. A. 1998 . J. Biomol. Struct. Dyn , 16 : 265 – 280 .
- Lankas , F. , Sponer , J. , Hobza , P. and Langowski , J. 2000 . J. Mol. Biol. , 299 : 695 – 709 .
- Stefl , R. and Koca , J. 2000 . J. Am. Chem. Soc. , 122 : 5025 – 5033 .
- Lu , X. J. , Shakked , Z. and Olson , W. K. 2000 . J. Mol. Biol. , 300 : 819 – 840 .
- Lu , X. J. , ElHassan , M. A. and Hunter , C. A. 1997 . J. Mol. Biol. , 273 : 681 – 691 .
- Derreumaux , S. and Fermandjian , S. 2000 . Biophys. J. , 79 : 656 – 669 .
- Ulyanov , N. B. and James , T. L. 1995 . Nuclear Magnetic Resonance and Nucleic Acids (Series: Methods in Enzymology 261) , : 90 – 120 .
- Heinemann , U. , Alings , C. and Hahn , M. 1994 . Biophys. Chem. , 50 : 157 – 167 .
- Prive , G. G. , Yanagi , K. and Dickerson , R. E. 1991 . J. Mol. Biol. , 217 : 177 – 199 .
- Privé , G. G. , Heinemann , U. , Chandrasegaran , S. , Kan , L. S. , Kopka , M. L. and Dickerson , R. E. 1987 . Science , 238 : 498 – 504 .
- Heinemann , U. and Alings , C. 1989 . J. Mol. Biol. , 210 : 369 – 381 .
- Sponer , J. , Jursa , J. and Kypr , J. 1994 . Nucleos. Nucleot. , 13 : 1669 – 1677 .
- Dickerson , R. E. 1999 . Oxford Handbook of Nucleic Acid Structure Edited by: Neidle , S. 145 – 197 . Oxford : Oxford Academic Press . In
- Gorin , A. A. , Zhurkin , V. B. and Olson , W. K. 1995 . J. Mol. Biol. , 247 : 34 – 48 .
- Suzuki , M. , Amano , N. , Kakinuma , J. and Tateno , M. 1997 . J. Mol. Biol. , 274 : 421 – 435 .
- Sponer , J. and Kypr , J. 1994 . Int. J. Biol. Macromol. , 16 : 3 – 6 .
- Shatzky-Schwartz , M. , Arbuckle , N. D. , Eisenstein , M. , Rabinovich , D. , Bareketsamish , A. , Haran , T. E. , Luisi , B. F. and Shakked , Z. 1997 . J. Mol. Biol. , 267 : 595 – 623 .
- Sponer , J. and Hobza , P. 1994 . J. Am. Chem. Soc. , 116 : 709 – 714 .
- Sponer , J. , Leszczynski , J. and Hobza , P. 1996 . J. Biomol. Struct. Dyn. , 14 : 117 – 135 .
- Luisi , B. , Orozco , M. , Sponer , J. , Luque , F. J. and Shakked , Z. 1998 . J. Mol. Biol. , 279 : 1123 – 1136 .
- Sponer , J. and Hobza , P. 1994 . J. Phys. Chem. , 98 : 3161 – 3164 .
- Goodsell , D. S. , Kopka , M. L. , Cascio , D. and Dickerson , R. E. 1993 . Proc. Natl. Acad. Sci. USA , 90 : 2930 – 2934 .
- Biburger , M. , Niederweis , M. and Hillen , W. 1994 . Nucleic Acids Res. , 22 : 1562 – 1566 .
- Dornberger , U. , Leijon , M. and Fritzsche , H. 1999 . J. Biol. Chem. , 274 : 6957 – 6962 .
- Neugebauerová , S. and Kypr , J. 2000 . J. Biomol. Struct. Dynamics , 18 : 73 – 81 .
- Bandyopadhyay , D. and Bhattacharyya , D. 2000 . J. Biomol. Struct. Dynamics , 18 : 29 – 43 .
- Pohle , W. , Zhurkin , V. and Fritzsche , H. 1984 . Biopolymers , 23 : 2603 – 2622 .
- Vorlickova , M. , Subirana , J. A. , Chladkova , J. , Tejralova , I. , Huynh-Dinh , T. , Arnold , L. and Kypr , J. 1996 . Biophys. J. , 71 : 1530 – 1538 .
- Sponer , J. , Gabb , H. A. , Leszczynski , J. and Hobza , P. 1997 . Biophys.J. , 73 : 76 – 87 .
- Bevan , D. R. , Li , L. , Pedersen , L. G. and Darden , T. A. 2000 . Biophys. J. , 78 : 668 – 682 .