42
Views
8
CrossRef citations to date
0
Altmetric
Original Articles

Building Blocks, Hinge-Bending Motions and Protein Topology

, &
Pages 369-380 | Received 19 Jun 2001, Published online: 15 May 2012

References and Footnotes

  • Tsai , C. J. and Nussinov , R. 1997 . Protein Sci. , 6 : 24 – 42 .
  • Tsai , C. J. , Maizel , J. V. Jr. and Nussinov , R. 1999 . Protein Sci. , 8 : 1591 – 1604 .
  • Tsai , C. J. , Maizel , J. V. Jr. and Nussinov , R. 2000 . Proc. Natl. Acad. Sci. USA. , 97 : 12038 – 12043 .
  • Gerstein , M. and Krebs , W. 1998 . Nucleic Acids Res. , 26 : 4280 – 4290 .
  • Bernstein , F. C. , Koetzle , T. F. , Williams , G. J.B. , Meyer , E. F. Jr. , Brice , M. D. , Rodgers , J. R. , Kennard , O. , Shimanouchi , T. and Tasumi , M. 1977 . J. Mol. Biol. , 112 : 535 – 542 .
  • Wlodawer , A. , Miller , M. , Jaskolski , M. , Sathyanarayana , B. K. , Baldwin , E. , Weber , I. T. , Selk , L. M. , Clawson , L. , Schneider , J. and Kent , S. B. 1989 . Science , 245 : 616 – 621 .
  • Lapatto , R. , Blundell , T. , Hemmings , A. , Overington , J. , Wilderspin , A. , Wood , S. , Merson , J. R. , Whittle , P. J. , Danley , D. E. Geoghegan , K. F. 1989 . Nature , 342 : 299 – 302 .
  • Spinelli , S. , Liu , Q. Z. , Alzari , P. M. , Hirel , P. H. and Poljak , R. J. 1991 . Biochimie. , 73 : 1391 – 1396 .
  • Nicholson , L. K. , Yamazaki , T. , Torchia , D. A. , Grzesiek , S. , Bax , A. , Stahl , S. J. , Kaufman , J. D. , Wingfield , P. T. , Lam , P. Y. Jadhav , P. K. 1995 . Nat. Struc. Biol. , 2 : 274 – 280 .
  • Rodriguez , E. J. , Debouck , C. , Deckman , I. C. , Abu-Soud , H. , Raushel , F. M. and Meek , T. D. 1993 . Biochemistry , 32 : 3557 – 3563 .
  • Fitzgerald , P. M. , McKeever , B. M. , Van-Middlesworth , J. F. , Springer , J. P. , Heimbach , J. C. , Leu , C. T. , Herber , W. K. , Dixon , R. A. and Darke , P. L. 1990 . J. Mol. Biol. , 265 : 14209 – 14219 .
  • Crivici , A. and Ikura , M. 1995 . Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. , 24 : 85 – 116 .
  • Celio , M. R. , Pauls , T. and Schwaller , B. 1996 . Guide book to the Calcium-Binding Proteins Oxford University Press .
  • Seaton , B. A. , Head , J. F. , Engelman , D. M. and Richards , F. M. 1985 . Biochemistry , 24 : 6740 – 6743 .
  • Heidorn , D. B. and Trewhella , J. 1988 . Biochemistry , 27 : 909 – 915 .
  • Finn , B. E. , Evenas , J. , Drakenberg , T. , Waltho , J. P. , Thulin , E. and Forsen , S. 1995 . Nat. Struct. Biol. , 2 : 777 – 783 .
  • Zhang , M. , Tanaka , T. and Ikura , M. 1995 . Nature Struct. Biol. , 2 : 758 – 767 .
  • Babu , Y. S. , Bugg , C. E. and Cook , W. J. 1988 . J. Mol. Biol. , 204 : 191 – 204 .
  • Chattopadhyaya , R. , Meador , W. E. , Means , A. R. and Quiocho , F. A. 1992 . J. Mol. Biol. , 228 : 1177 – 1192 .
  • Tjandra , N. , Kuboniwa , H. , Ren , H. and Bax , A. 1995 . Eur. J Biochem. , 230 : 1014 – 1024 .
  • Barbato , G. , Ikura , M. , Kay , L. E. , Pastor , R. W. and Bax , A. 1992 . Biochemistry , 31 : 5269 – 5278 .
  • Muller , C. W. and Schulz , G. E. 1992 . J. Mol. Biol. , 224 : 159 – 177 .
  • Muller , C. W. , Schlauderer , G. J. , Reinstein , J. and Schulz , G. E. 1996 . Structure. , 4 : 147 – 156 .
  • Vonrhein , C. , Schlauderer , G. J. and Schulz , G. E. 1995 . Structure. , 3 : 483 – 490 .
  • Anderson , C. M. , Zucker , F. H. and Steitz , T. A. 1979 . Science. , 204 : 375 – 380 .
  • Faber , H. R. and Matthews , B. W. 1990 . Nature , 348 : 263 – 266 .
  • Dixon , M. M. , Nicholson , H. , Shewchuk , L. , Baase , W. A. and Matthews , B. W. 1992 . J. Mol. Biol. , 227 : 917 – 933 .
  • Mchaourab , H. S. , Oh , K. J. , Fang , C. J. and Hubbell , W. L. 1997 . Biochemistry , 36 : 307 – 316 .
  • Arnold , G. E. , Manchester , J. I. , Townsend , B. D. and Ornstein , R. L. 1994 . J. Biomol. Struct. Dyn. , 12 : 457 – 474 .
  • Arnold , G. E. and Ornstein , R. L. 1997 . Biopolymers , 41 : 533 – 544 .
  • Gerstein , M. , Lesk , A. M. and Chothia , C. 1994 . Biochemistry , 33 : 6739 – 6749 .
  • Bahar , I. , Erman , B. , Haliloglu , T. and Jernigan , R. L. 1997 . Biochemistry , 36 : 13512 – 13523 .
  • Keskin , O. , Jernigan , R. L. and Bahar , I. 2000 . Biophys. J. , 78 : 2093 – 2106 .
  • Sinha , N. , Kumar , S. and Nussinov , R. 2001 . Structure: Folding and Design , In Press
  • Ma , B. , Tsai , C. J. and Nussinov , R. 2000 . Protein Eng. , 13 : 617 – 27 .
  • Kumar , S. , Sham , Y. Y. , Tsai , C. J. and Nussinov , R. 2001 . Biophys J. , 80 : 2439 – 2454 .
  • Sinha , N. and Nussinov , R. 2001 . Proc. Natl. Acad. Sci. USA. , 98 : 3139 – 3144 .
  • Meador , W. E. , Means , A. R. and Quiocho , F. A. 1993 . Science , 262 : 1718 – 1721 .
  • Schulz , G. E. , Muller , C. W. and Diederichs , K. 1990 . J. Mol. Biol. , 213 : 627 – 630 .
  • Shatsky , M. , Fligelman , Z. , Nussinov , R. and Wolfson , H. 2000 . Proceedings of the 8th Conference on Intelligent Systems in Molecular Biology (ISMB) Edited by: Altman . 329 – 343 . Menlo Park : CAAAAI Press . In., Ed
  • Sun , J. and Sampson , N. S. 1998 . Protein Sci. , 7 : 1495 – 1505 .

Reprints and Corporate Permissions

Please note: Selecting permissions does not provide access to the full text of the article, please see our help page How do I view content?

To request a reprint or corporate permissions for this article, please click on the relevant link below:

Academic Permissions

Please note: Selecting permissions does not provide access to the full text of the article, please see our help page How do I view content?

Obtain permissions instantly via Rightslink by clicking on the button below:

If you are unable to obtain permissions via Rightslink, please complete and submit this Permissions form. For more information, please visit our Permissions help page.